Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0130
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0130, 399 aa
1>>>pF1KE0130 399 - 399 aa - 399 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5475+/-0.000341; mu= 16.3550+/- 0.021
mean_var=83.6582+/-16.409, 0's: 0 Z-trim(116.4): 17 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.140223
statistics sampled from 27573 (27590) to 27573 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.69), E-opt: 0.2 (0.323), width: 16
Scan time: 9.470
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-li ( 399) 2649 545.6 7.8e-155
NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-li ( 448) 923 196.5 1.1e-49
NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 923 196.5 1.1e-49
NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 923 196.5 1.1e-49
NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen ( 448) 923 196.5 1.1e-49
XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 923 196.5 1.1e-49
XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplas ( 448) 923 196.5 1.1e-49
NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma ( 353) 883 188.3 2.5e-47
NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen ( 455) 805 172.6 1.7e-42
NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma ( 463) 805 172.6 1.7e-42
XP_011542667 (OMIM: 603970) PREDICTED: paraneoplas ( 364) 552 121.4 3.7e-27
NP_009188 (OMIM: 603970) paraneoplastic antigen Ma ( 364) 552 121.4 3.7e-27
NP_001299820 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domai ( 402) 465 103.8 7.8e-22
NP_776159 (OMIM: 300701) zinc finger CCHC domain-c ( 402) 465 103.8 7.8e-22
NP_071434 (OMIM: 609485) modulator of apoptosis 1 ( 351) 375 85.5 2.1e-16
>>NP_116271 (OMIM: 300917) paraneoplastic antigen-like p (399 aa)
initn: 2649 init1: 2649 opt: 2649 Z-score: 2900.8 bits: 545.6 E(85289): 7.8e-155
Smith-Waterman score: 2649; 100.0% identity (100.0% similar) in 399 aa overlap (1-399:1-399)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_116 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 SVAGALGVGLRRVCWLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEESFEVWLDHTTE
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190 200 210 220 230 240
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NP_116 MLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALAQVFGDNESQAT
190 200 210 220 230 240
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NP_116 IRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQMLTRAHLTEPLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 EALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAGAQAVARASTKV
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370 380 390
pF1KE0 EAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_116 EAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
370 380 390
>>NP_443158 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-like p (448 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_443 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_443 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
70 80 90 100 110
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pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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NP_443 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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NP_443 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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NP_443 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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NP_443 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN
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NP_443 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
360 370 380 390 400
NP_443 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
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>>NP_001096621 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 893 init1: 390 opt: 923 Z-score: 1013.0 bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
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130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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NP_001 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
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170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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NP_001 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
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230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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350 360 370 380 390
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN
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>>NP_001096620 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
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Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
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130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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NP_001 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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NP_001 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
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290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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350 360 370 380 390
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN
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NP_001 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
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NP_001 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
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>>NP_001171853 (OMIM: 300916) paraneoplastic antigen-lik (448 aa)
initn: 893 init1: 390 opt: 923 Z-score: 1013.0 bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)
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pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_001 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
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pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_001 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
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pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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NP_001 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
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pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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NP_001 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
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230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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NP_001 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
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290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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NP_001 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN
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NP_001 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
360 370 380 390 400
NP_001 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
410 420 430 440
>>XP_016884741 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic (448 aa)
initn: 893 init1: 390 opt: 923 Z-score: 1013.0 bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
::.:.:.:::. : .. :..:::.::: .:...:.:....:.:.:. . :::. ::.::
XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
:: :...:: :::. .: .::: :: :.:: :: .:::. :. .: ..::. .
XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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XP_016 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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XP_016 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
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pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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XP_016 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
240 250 260 270 280 290
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pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
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XP_016 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
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XP_016 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
360 370 380 390 400
XP_016 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
410 420 430 440
>>XP_016884742 (OMIM: 300916) PREDICTED: paraneoplastic (448 aa)
initn: 893 init1: 390 opt: 923 Z-score: 1013.0 bits: 196.5 E(85289): 1.1e-49
Smith-Waterman score: 937; 40.2% identity (69.8% similar) in 410 aa overlap (1-395:1-391)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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XP_016 MALTLLEDWCKGMDMDPRKALLIVGIPMECSEVEIQDTVKAGLQPLCAYRVLGRMFRRED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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XP_016 NAKAVFIELADTVNYTTLPSHIPGKGGSWEVVVKPRNPDDEFLS--RLNYFLKDEGRSMT
70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLRRVCWL--RSIGQAVQPWV---------EAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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XP_016 DVARALGC-----CSLPAESLDAEVMPQVRSPPLEPPKESMWYRKLKVFSGTASPSPGEE
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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XP_016 TFEDWLEQVTEIMPIWQ-VSEVEKRRRLLESLRGPALSIMRVLQANNDSITVEQCLDALK
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
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XP_016 QIFGDKEDFRASQFRFLQTSPKIGEKVSTFLLRLEPLLQKAVHKSPLSVRSTDMIRLKHL
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLA--RSVRAQTQEGAGAR
:.:. .: : :. : . : :.:::.. :.:. : :: . : .. . . .: ::
XP_016 LARVAMTPALRGKLELLDQRGCPPNFLELMKLIRDEEEWENTEAVMKNKEKPSGRGRGA-
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AGAQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGG--QEAEELLQEGLKPVLEECDN
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XP_016 SGRQARAEASVSA----------PQATVQARSFSDSSPQTIQGGLPPLVKRRRLLGSEST
360 370 380 390 400
XP_016 RGEDHGQATYPKAENQTPGREGPQAAGEELGNEAGAGAMSHPKPWET
410 420 430 440
>>NP_006020 (OMIM: 604010) paraneoplastic antigen Ma1 [H (353 aa)
initn: 710 init1: 309 opt: 883 Z-score: 970.7 bits: 188.3 E(85289): 2.5e-47
Smith-Waterman score: 883; 44.1% identity (72.4% similar) in 340 aa overlap (1-329:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_006 MAMTLLEDWCRGMDVNSQRALLVWGIPVNCDEAEIEETLQAAM-PQVSYRMLGRMFWREE
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_006 NAKAALLELTGAVDYAAIPREMPGKGGVWKVLFKPPTSDAEFLE--RLHLFLAREGWTVQ
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KE0 SVAGALGV-------GLRRVCWLRS--IGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEESF
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NP_006 DVARVLGFQNPTPTPGPEMPAEMLNYILDNVIQPLVESIWYKRLTLFSGRDIPGPGEETF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 EVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALAQV
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NP_006 DPWLEHTNEVLEEWQ-VSDVEKRRRLMESLRGPAADVIRILKSNNPAITTAECLKALEQV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 FGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQMLT
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NP_006 FGSVESSRDAQIKFLNTYQNPGEKLSAYVIRLEPLLQKVVEKGAIDKDNVNQARLEQVIA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE0 RAHLTEPLDEALRKLRMAGR--SPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
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NP_006 GANHSGAIRRQLW-LTGAGEGPAPNLFQLLVQIREEEAKEEEEEAEATLLQLGLEGHF
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
>>NP_001269464 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 (455 aa)
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Smith-Waterman score: 993; 44.8% identity (70.1% similar) in 375 aa overlap (1-364:1-367)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
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NP_001 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
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NP_001 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLN--RLNRFLEEERRTVS
70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLR----RVC-------WLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
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NP_001 DMNRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWTWAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
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NP_001 AFDAWLEHTTEMLQMWQ-VPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQ
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230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
:::: ::. .:: : :..::..:.:::::: :::.:.:.....: .....::...
NP_001 QVFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
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NP_001 LSGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPD-RESLE---GLEVA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
. :: : : :::
NP_001 PRPPARI-TGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHT
360 370 380 390 400 410
>>NP_037496 (OMIM: 300675) paraneoplastic antigen Ma3 is (463 aa)
initn: 1009 init1: 425 opt: 805 Z-score: 883.8 bits: 172.6 E(85289): 1.7e-42
Smith-Waterman score: 993; 44.8% identity (70.1% similar) in 375 aa overlap (1-364:1-367)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MAVTMLQDWCRWMGVNARRGLLILGIPEDCDDAEFQESLEAALRPMGHFTVLGKAFREED
: .:.:::::: .:.:: .::::::::: . ::.:.:. : : .:.. :.:. ::.:.
NP_037 MPLTLLQDWCRGEHLNTRRCMLILGIPEDCGEDEFEETLQEACRHLGRYRVIGRMFRREE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 NATAALVELDREVNYALVPREIPGTGGPWNVVFVPRCSGEEFLGLGRVFHFPEQEGQMVE
:: : :.:: ....:::.:::::: ::::.:. :: : :::. :. .: :.: . :
NP_037 NAQAILLELAQDIDYALLPREIPGKGGPWEVIVKPRNSDGEFLN--RLNRFLEEERRTVS
70 80 90 100 110
130 140 150 160
pF1KE0 SVAGALGVGLR----RVC-------WLRSIGQAVQPWVEAVRCQSLGVFSGRDQPAPGEE
.. .:: :: : ...: :::: .: . . : :::: ::
NP_037 DMNRVLGSDTNCSAPRVTISPEFWTWAQTLGAAVQPLLEQMLYRELRVFSGNTISIPGAL
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 SFEVWLDHTTEMLHVWQGVSERERRRRLLEGLRGTALQLVHALLAENPARTAQDCLAALA
.:..::.::::::..:: : : :.::::.: ::: :::.: .: : : . :...:::::
NP_037 AFDAWLEHTTEMLQMWQ-VPEGEKRRRLMECLRGPALQVVSGLRASNASITVEECLAALQ
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 QVFGDNESQATIRVKCLTAQQQSGERLSAFVLRLEVLLQKAMEKEALARASADRVRLRQM
:::: ::. .:: : :..::..:.:::::: :::.:.:.....: .....::...
NP_037 QVFGPVESHKIAQVKLCKAYQEAGEKVSSFVLRLEPLLQRAVENNVVSRRNVNQTRLKRV
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LTRAHLTEPLDEALRKLRMAGRSPSFLEMLGLVRESEAWEASLARSVRAQTQEGAGARAG
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NP_037 LSGATLPDKLRDKLKLMKQRRKPPGFLALVKLLREEEEWEATLGPD-RESLE---GLEVA
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390
pF1KE0 AQAVARASTKVEAVPGGPGREPEGLLQAGGQEAEELLQEGLKPVLEECDN
. :: : : :::
NP_037 PRPPARI-TGVGAVPLPASGNSFDARPSQGYRRRRGRGQHRRGGVARAGSRGSRKRKRHT
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399 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]