Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7318
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7318, 1181 aa
1>>>pF1KB7318 1181 - 1181 aa - 1181 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5634+/-0.00109; mu= 21.5429+/- 0.066
mean_var=84.3517+/-17.134, 0's: 0 Z-trim(104.5): 86 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.139646
statistics sampled from 7828 (7915) to 7828 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.594), E-opt: 0.2 (0.243), width: 16
Scan time: 5.110
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS12938.1 NLRP5 gene_id:126206|Hs108|chr19 (1200) 6856 1392.3 0
CCDS7776.1 NLRP14 gene_id:338323|Hs108|chr11 (1093) 2357 485.8 2.3e-136
CCDS12937.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1048) 1495 312.2 4.3e-84
CCDS82402.1 NLRP8 gene_id:126205|Hs108|chr19 (1029) 1087 230.0 2.3e-59
CCDS46183.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 (1037) 1085 229.6 3.1e-59
CCDS54318.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1039) 1062 224.9 7.8e-58
CCDS54319.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1040) 1062 224.9 7.8e-58
CCDS12913.1 NLRP2 gene_id:55655|Hs108|chr19 (1062) 1062 224.9 7.9e-58
CCDS33109.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 ( 980) 996 211.6 7.5e-54
CCDS7697.1 RNH1 gene_id:6050|Hs108|chr11 ( 461) 804 172.7 1.8e-42
CCDS7693.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 892) 801 172.3 4.7e-42
CCDS60680.1 NLRP6 gene_id:171389|Hs108|chr11 ( 891) 795 171.1 1.1e-41
CCDS62785.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1062) 777 167.5 1.5e-40
CCDS12864.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1061) 774 166.9 2.3e-40
CCDS12934.1 NLRP9 gene_id:338321|Hs108|chr19 ( 991) 759 163.9 1.8e-39
CCDS12936.1 NLRP4 gene_id:147945|Hs108|chr19 ( 994) 738 159.6 3.4e-38
CCDS33119.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1043) 719 155.8 4.9e-37
CCDS62784.1 NLRP12 gene_id:91662|Hs108|chr19 (1004) 706 153.2 2.9e-36
CCDS82401.1 NLRP13 gene_id:126204|Hs108|chr19 (1036) 701 152.2 6.1e-36
CCDS1632.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 (1036) 696 151.2 1.2e-35
CCDS74458.1 NLRP11 gene_id:204801|Hs108|chr19 ( 934) 633 138.5 7.5e-32
CCDS12935.1 NLRP11 gene_id:204801|Hs108|chr19 (1033) 633 138.5 8.1e-32
CCDS12912.1 NLRP7 gene_id:199713|Hs108|chr19 (1009) 623 136.5 3.2e-31
CCDS44347.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 979) 613 134.5 1.3e-30
CCDS7784.1 NLRP10 gene_id:338322|Hs108|chr11 ( 655) 610 133.7 1.4e-30
CCDS44346.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 979) 581 128.0 1.1e-28
CCDS32537.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1375) 464 104.5 1.8e-21
CCDS42245.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1429) 464 104.6 1.8e-21
CCDS42246.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1473) 464 104.6 1.9e-21
CCDS58508.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1399) 455 102.7 6.4e-21
CCDS42244.1 NLRP1 gene_id:22861|Hs108|chr17 (1443) 455 102.7 6.5e-21
CCDS1633.1 NLRP3 gene_id:114548|Hs108|chr1 ( 922) 451 101.8 8e-21
CCDS73817.1 NLRC3 gene_id:197358|Hs108|chr16 (1065) 326 76.7 3.4e-13
>>CCDS12938.1 NLRP5 gene_id:126206|Hs108|chr19 (1200 aa)
initn: 6844 init1: 6844 opt: 6856 Z-score: 7459.5 bits: 1392.3 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 7942; 98.4% identity (98.4% similar) in 1200 aa overlap (1-1181:1-1200)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MKVAGGLELGAAALLSASPRALVTLSTGPTCSILPKNPLFPQNLSSQPCIKMEGDKSLTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MKVAGGLELGAAALLSASPRALVTLSTGPTCSILPKNPLFPQNLSSQPCIKMEGDKSLTF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SSYGLQWCLYELDKEEFQTFKELLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGAS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SSYGLQWCLYELDKEEFQTFKELLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGAS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 LAWATSISIFENMNLRTLSEKARDDMKRHSPEDPEATMTDQGPSKEKVPGISQAVQQDSA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LAWATSISIFENMNLRTLSEKARDDMKRHSPEDPEATMTDQGPSKEKVPGISQAVQQDSA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB7 TAAETKEQEISQAMEQEGATAAETEEQ-------------------GHGGDTWDYKSHVM
::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::
CCDS12 TAAETKEQEISQAMEQEGATAAETEEQEISQAMEQEGATAAETEEQGHGGDTWDYKSHVM
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 TKFAEEEDVRRSFENTAADWPEMQTLAGAFDSDRWGFRPRTVVLHGKSGIGKSALARRIV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 TKFAEEEDVRRSFENTAADWPEMQTLAGAFDSDRWGFRPRTVVLHGKSGIGKSALARRIV
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB7 LCWAQGGLYQGMFSYVFFLPVREMQRKKESSVTEFISREWPDSQAPVTEIMSRPERLLFI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LCWAQGGLYQGMFSYVFFLPVREMQRKKESSVTEFISREWPDSQAPVTEIMSRPERLLFI
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB7 IDGFDDLGSVLNNDTKLCKDWAEKQPPFTLIRSLLRKVLLPESFLIVTVRDVGTEKLKSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IDGFDDLGSVLNNDTKLCKDWAEKQPPFTLIRSLLRKVLLPESFLIVTVRDVGTEKLKSE
370 380 390 400 410 420
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 VVSPRYLLVRGISGEQRIHLLLERGIGEHQKTQGLRAIMNNRELLDQCQVPAVGSLICVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VVSPRYLLVRGISGEQRIHLLLERGIGEHQKTQGLRAIMNNRELLDQCQVPAVGSLICVA
430 440 450 460 470 480
470 480 490 500 510 520
pF1KB7 LQLQDVVGESVAPFNQTLTGLHAAFVFHQLTPRGVVRRCLNLEERVVLKRFCRMAVEGVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LQLQDVVGESVAPFNQTLTGLHAAFVFHQLTPRGVVRRCLNLEERVVLKRFCRMAVEGVW
490 500 510 520 530 540
530 540 550 560 570 580
pF1KB7 NRKSVFDGDDLMVQGLGESELRALFHMNILLPDSHCEEYYTFFHLSLQDFCAALYYVLEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NRKSVFDGDDLMVQGLGESELRALFHMNILLPDSHCEEYYTFFHLSLQDFCAALYYVLEG
550 560 570 580 590 600
590 600 610 620 630 640
pF1KB7 LEIEPALCPLYVEKTKRSMELKQAGFHIHSLWMKRFLFGLVSEDVRRPLEVLLGCPVPLG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LEIEPALCPLYVEKTKRSMELKQAGFHIHSLWMKRFLFGLVSEDVRRPLEVLLGCPVPLG
610 620 630 640 650 660
650 660 670 680 690 700
pF1KB7 VKQKLLHWVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDKEFVRLALNSFQEVWLPINQNLDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 VKQKLLHWVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDKEFVRLALNSFQEVWLPINQNLDL
670 680 690 700 710 720
710 720 730 740 750 760
pF1KB7 IASSFCLQHCPYLRKIRVDVKGIFPRDESAEACPVVPLWMRDKTLIEEQWEDFCSMLGTH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 IASSFCLQHCPYLRKIRVDVKGIFPRDESAEACPVVPLWMRDKTLIEEQWEDFCSMLGTH
730 740 750 760 770 780
770 780 790 800 810 820
pF1KB7 PHLRQLDLGSSILTERAMKTLCAKLRHPTCKIQTLMFRNAQITPGVQHLWRIVMANRNLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 PHLRQLDLGSSILTERAMKTLCAKLRHPTCKIQTLMFRNAQITPGVQHLWRIVMANRNLR
790 800 810 820 830 840
830 840 850 860 870 880
pF1KB7 SLNLGGTHLKEEDVRMACEALKHPKCLLESLRLDCCGLTHACYLKISQILTTSPSLKSLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 SLNLGGTHLKEEDVRMACEALKHPKCLLESLRLDCCGLTHACYLKISQILTTSPSLKSLS
850 860 870 880 890 900
890 900 910 920 930 940
pF1KB7 LAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGITATGCQSLASALVSNRSLTHLCLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 LAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGITATGCQSLASALVSNRSLTHLCLSN
910 920 930 940 950 960
950 960 970 980 990 1000
pF1KB7 NSLGNEGVNLLCRSMRLPHCSLQRLMLNQCHLDTAGCGFLALALMGNSWLTHLSLSMNPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NSLGNEGVNLLCRSMRLPHCSLQRLMLNQCHLDTAGCGFLALALMGNSWLTHLSLSMNPV
970 980 990 1000 1010 1020
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KB7 EDNGVKLLCEVMREPSCHLQDLELVKCHLTAACCESLSCVISRSRHLKSLDLTDNALGDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EDNGVKLLCEVMREPSCHLQDLELVKCHLTAACCESLSCVISRSRHLKSLDLTDNALGDG
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1070 1080 1090 1100 1110 1120
pF1KB7 GVAALCEGLKQKNSVLARLGLKACGLTSDCCEALSLALSCNRHLTSLNLVQNNFSPKGMM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 GVAALCEGLKQKNSVLARLGLKACGLTSDCCEALSLALSCNRHLTSLNLVQNNFSPKGMM
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1130 1140 1150 1160 1170 1180
pF1KB7 KLCSAFACPTSNLQIIGLWKWQYPVQIRKLLEEVQLLKPRVVIDGSWHSFDEDDRYWWKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 KLCSAFACPTSNLQIIGLWKWQYPVQIRKLLEEVQLLKPRVVIDGSWHSFDEDDRYWWKN
1150 1160 1170 1180 1190 1200
>>CCDS7776.1 NLRP14 gene_id:338323|Hs108|chr11 (1093 aa)
initn: 2108 init1: 1282 opt: 2357 Z-score: 2561.5 bits: 485.8 E(32554): 2.3e-136
Smith-Waterman score: 2475; 38.2% identity (67.2% similar) in 1133 aa overlap (53-1179:3-1091)
30 40 50 60 70 80
pF1KB7 VTLSTGPTCSILPKNPLFPQNLSSQPCIKMEGDKSLTFSSYGLQWCLYELDKEEFQTFKE
....: : ..:: : ::.:::..:::
CCDS77 MADSSSSSFFPDFGLLLYLEELNKEELNTFK-
10 20 30
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 LLKKKSSESTTCSIPQFEIENANVECLALLLHEYYGASLAWATSISIFENMNLRTLSEKA
:. :.. : : :...: : :: :...:: . ::..:..:: .:::. : :.:
CCDS77 LFLKETMEPEHGLTPWNEVKKARREDLANLMKKYYPGEKAWSVSLKIFGKMNLKDLCERA
40 50 60 70 80 90
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 RDDMKRHSPEDPEATMTDQGPSKEKVPGISQAVQQDSATAAETKEQEISQAMEQEGATAA
::.. .:.. :.: :.::.:.. .:. .: :
CCDS77 ----------------------KEEINWSAQTIGPDDAKAGETQEDQ--EAVLGDG-TEY
100 110 120
210 220 230 240 250 260
pF1KB7 ETEEQGHGGDTWDYKSHVMTKFAEEEDVRRSFENTAADWPEMQTLAGAFDSD-RWGFRPR
... . . ::: :: . .. :: :.. :. . . : :: : . : .:.
CCDS77 RNRIKEKFCITWDKKSLA----GKPED----FHHGIAE-KDRKLLEHLFDVDVKTGAQPQ
130 140 150 160 170
270 280 290 300 310 320
pF1KB7 TVVLHGKSGIGKSALARRIVLCWAQGGLYQGMFSYVFFLPVREMQRKKESSVTEFISREW
:::.: .:.::..:.:. .: ::.:.::: :.:::.: ::... :: : ...::..:
CCDS77 IVVLQGAAGVGKTTLVRKAMLDWAEGSLYQQRFKYVFYLNGREINQLKERSFAQLISKDW
180 190 200 210 220 230
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 PDSQAPVTEIMSRPERLLFIIDGFDDLGSVLNN-DTKLCKDWAEKQPPFTLIRSLLRKVL
:....:. ::: .: ::::::.::.:. .... . ::.::....: :. ::::::.
CCDS77 PSTEGPIEEIMYQPSSLLFIIDSFDELNFAFEEPEFALCEDWTQEHPVSFLMSSLLRKVM
240 250 260 270 280 290
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 LPESFLIVTVRDVGTEKLKSEVVSPRYLLVRGISGEQRIHLLLERGIGEHQKTQGLRAIM
:::. :.::.: . ...::. . . .:. . :.: . : . . . .. . . ..
CCDS77 LPEASLLVTTRLTTSKRLKQLLKNHHYVELLGMSEDAREEYIYQFFEDKRWAMKVFSSLK
300 310 320 330 340 350
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pF1KB7 NNRELLDQCQVPAVGSLICVALQLQDVVGESVAPFNQTLTGLHAAFVFHQLTPRGVVRRC
.:. :...:::: : :. :. : : .:. :: :.: . .. .:: :
CCDS77 SNEMLFSMCQVPLVCWAACTCLKQQMEKGGDVTLTCQTTTALFTCYISSLFTP--VDGGS
360 370 380 390 400 410
510 520 530 540 550 560
pF1KB7 LNLEERVVLKRFCRMAVEGVWNRKSVFDGDDLMVQGLGESELRALFHMNILLPDSHCEEY
.: ... :.:.:..:..:.:. :: ..: :: .:.. ... ::. :.. :.
CCDS77 PSLPNQAQLRRLCQVAAKGIWTMTYVFYRENLRRLGLTQSDVSSFMDSNIIQKDAEYENC
420 430 440 450 460 470
570 580 590 600 610
pF1KB7 YTFFHLSLQDFCAALYYVLEG-LEIEPALCPLYVEKTKRSMELKQAGFH-IHSLWMKRFL
:.: :: .:.: ::..:.:.: : : . : : :. :...... : :: ::
CCDS77 YVFTHLHVQEFFAAMFYMLKGSWEAGNPSCQPF-EDLK-SL-LQSTSYKDPHLTQMKCFL
480 490 500 510 520 530
620 630 640 650 660 670
pF1KB7 FGLVSEDVRRPLEVLLGCPVPLGVKQKLLHWVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDK
:::..:: . :: ..: . : .:.:::. . .::.. . . :. ::::.:::::
CCDS77 FGLLNEDRVKQLERTFNCKMSLKIKSKLLQCMEVLGNSDYSPSQLGFLELFHCLYETQDK
540 550 560 570 580 590
680 690 700 710 720 730
pF1KB7 EFVRLALNSFQEVWLPINQNLDLIASSFCLQHCPYLRKIRVDVKGIFPRDESAEACPVVP
:. :. : .: . : ... :..:::::.:: :: ::..: .: . . :.
CCDS77 AFISQAMRCFPKVAINICEKIHLLVSSFCLKHCRCLRTIRLSVTVVFEKKILKTSLPT-N
600 610 620 630 640 650
740 750 760 770 780 790
pF1KB7 LWMRDKTLIEEQWEDFCSMLGTHPHLRQLDLGSSILTERAMKTLCAKLRHPTCKIQTLMF
: :. : . :.:.::.: :. :::.::: : : . ::. : .::::.::.: :..
CCDS77 TWDGDR--ITHCWQDLCSVLHTNEHLRELDLYHSNLDKSAMNILHHELRHPNCKLQKLLL
660 670 680 690 700
800 810 820 830 840 850
pF1KB7 RNAQITPGVQHLWRIVMANRNLRSLNLGGTHLKEEDVRMACEALKHPKCLLESLRLDCCG
. . : : . .. :.:: :.: :. . .. :. :::::::.: :..:::. :.
CCDS77 KFITFPDGCQDISTSLIHNKNLMHLDLKGSDIGDNGVKSLCEALKHPECKLQTLRLESCN
710 720 730 740 750 760
860 870 880 890 900 910
pF1KB7 LTHACYLKISQILTTSPSLKSLSLAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGITA
:: : :.::. : : :: :.:. :.. :.::. : .::: .: :..: ::.::.:
CCDS77 LTVFCCLNISNALIRSQSLIFLNLSTNNLLDDGVQLLCEALRHPKCYLERLSLESCGLTE
770 780 790 800 810 820
920 930 940 950 960 970
pF1KB7 TGCQSLASALVSNRSLTHLCLSNNSLGNEGVNLLCRSMRLPHCSLQRLMLNQCHLDTAGC
.::. :. ::.::. ::::::..: ::. ::.:. ... .:.:. :.: .::. . .
CCDS77 AGCEYLSLALISNKRLTHLCLADNVLGDGGVKLMSDALQHAQCTLKSLVLRRCHFTSLSS
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pF1KB7 GFLALALMGNSWLTHLSLSMNPVEDNGVKLLCEVMREPSCHLQDLELVKCHLTAACCESL
.:. .:. :. ::::.:. : ..::::::::.:.:.:::.::::::. : :: ::: .:
CCDS77 EYLSTSLLHNKSLTHLDLGSNWLQDNGVKLLCDVFRHPSCNLQDLELMGCVLTNACCLDL
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pF1KB7 SCVISRSRHLKSLDLTDNALGDGGVAALCEGLKQKNSVLARLGLKACGLTSDCCEALSLA
. :: . .:.:::: .: : : :: ::..:. : . ::::. ::::: ::. :: :
CCDS77 ASVILNNPNLRSLDLGNNDLQDDGVKILCDALRYPNCNIQRLGLEYCGLTSLCCQDLSSA
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1100 1110 1120 1130 1140 1150
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: ::..: ..::.::... .:..:: ... : .::..:: : . . .:::: : .
CCDS77 LICNKRLIKMNLTQNTLGYEGIVKLYKVLKSPKCKLQVLGLCKEAFDEEAQKLLEAVGVS
1010 1020 1030 1040 1050 1060
1160 1170 1180
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CCDS46 RPRALRDLQLLAQQPIYVRVEGFLEEDRRAYFLRHFGDEDQAMRAFELMRSNAALFQLGS
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CCDS46 APAVCWIVCTTLKLQMEKGEDPVPTCLTRTGLFLRFLCSRF-PQGA-------QLRGALR
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CCDS46 FLTALFYALEKEEGEDRDGHAWDIGDVQKLLSGEERLKNPDLIQVGHFLFGLANEKRAKE
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pF1KB7 LEVLLGCPVPLGVKQKLLH-WVSLLGQQPNATTPGDTLDAFHCLFETQDKEFVRLALNSF
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CCDS46 LEATFGCRMSPDIKQELLQCKAHLHANKPLSVT--DLKEVLGCLYESQEEELAKVVVAPF
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CCDS46 KEISIHLTNTSEVMHCSFSLKHCQDLQKLSLQVAKGVFLENYMDFELDIEFERCTYLTIP
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CCDS46 NWARQDLRSLRLWTDFCSLFSSNSNLKFLEVKQSFLSDSSVRILCDHVTRSTCHLQKVEI
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pF1KB7 CGLTHACYLKISQILTTSPSLKSLSLAGNKVTDQGVMPLSDALRVSQCALQKLILEDCGI
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CCDS46 HCATPEQWAEFFYVLKANQSLKHLRLSANVLLDEGAMLLYKTMTRPKHFLQMLSLENCRL
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