Result of FASTA (ccds) for
pFN21AA1461
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1461, 1494 aa
1>>>pF1KA1461 1494 - 1494 aa - 1494 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.2814+/-0.00113; mu= -14.4266+/- 0.067
mean_var=372.8384+/-77.917, 0's: 0 Z-trim(113.4): 34 B-trim: 406 in 1/52
Lambda= 0.066422
statistics sampled from 14048 (14072) to 14048 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.735), E-opt: 0.2 (0.432), width: 16
Scan time: 7.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS33302.1 MBD5 gene_id:55777|Hs108|chr2 (1494) 10118 984.8 0
CCDS8944.1 MBD6 gene_id:114785|Hs108|chr12 (1003) 624 74.9 1.3e-12
>>CCDS33302.1 MBD5 gene_id:55777|Hs108|chr2 (1494 aa)
initn: 10118 init1: 10118 opt: 10118 Z-score: 5253.8 bits: 984.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 10118; 99.9% identity (99.9% similar) in 1494 aa overlap (1-1494:1-1494)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MNGGKECDGGDKEGGLPAIQVPVGWQRRVDQNGVLYVSPSGSLLSCLEQVKTYLLTDGTC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MNGGKECDGGDKEGGLPAIQVPVGWQRRVDQNGVLYVSPSGSLLSCLEQVKTYLLTDGTC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 KCGLECPLILPKVFNFDPGAAVKQRTAEDVKADEDVTKLCIHKRKIIAVATLHKSMEAPH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KCGLECPLILPKVFNFDPGAAVKQRTAEDVKADEDVTKLCIHKRKIIAVATLHKSMEAPH
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 PSLVLTSPGGGTNATPVVPSRAATPRSVRNKSHEGITNSVMPECKNPFKLMIGSSNAMGR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PSLVLTSPGGGTNATPVVPSRAATPRSVRNKSHEGITNSVMPECKNPFKLMIGSSNAMGR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 LYVQELPGSQQQELHPVYPRQRLGSSEHGQKSPFRGSHGGLPSPASSGSQIYGDGSISPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LYVQELPGSQQQELHPVYPRQRLGSSEHGQKSPFRGSHGGLPSPASSGSQIYGDGSISPR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 TDPLGSPDVFTRSNPGFHGAPNSSPIHLNRTPLSPPSVMLHGSPVQSSCAMAGRTNIPLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TDPLGSPDVFTRSNPGFHGAPNSSPIHLNRTPLSPPSVMLHGSPVQSSCAMAGRTNIPLS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 PTLTTKSPVMKKPMCNFSTNMEIPRAMFHHKPPQGPPPPPPPSCALQKKPLTSEKDPLGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PTLTTKSPVMKKPMCNFSTNMEIPRAMFHHKPPQGPPPPPPPSCALQKKPLTSEKDPLGI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 LDPIPSKPVNQNPVIINPTSFHSNVHSQVPMMNVSMPPAVVPLPSNLPLPTVKPGHMNHG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 LDPIPSKPVNQNPVIINPTSFHSNVHSQVPMMNVSMPPAVVPLPSNLPLPTVKPGHMNHG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SHVQRVQHSASTSLSPSPVTSPVHMMGTGIGRIEASPQRSRSSSTSSDHGNFMMPPVGPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SHVQRVQHSASTSLSPSPVTSPVHMMGTGIGRIEASPQRSRSSSTSSDHGNFMMPPVGPQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 ATSSGIKVPPRSPRSTIGSPRPSMPSSPSTKSDGHHQYKDIPNPLIAGISNVLNTPSSAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ATSSGIKVPPRSPRSTIGSPRPSMPSSPSTKSDGHHQYKDIPNPLIAGISNVLNTPSSAA
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 FPTASAGSSSVKSQPGLLGMPLNQILNQHNAASFPASSLLSAAAKAQLANQNKLAGNNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FPTASAGSSSVKSQPGLLGMPLNQILNQHNAASFPASSLLSAAAKAQLANQNKLAGNNSS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 SSSNSGAVAGSGNTEGHSTLNTMFPPTANMLLPTGEGQSGRAALRDKLMSQQKDALRKRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SSSNSGAVAGSGNTEGHSTLNTMFPPTANMLLPTGEGQSGRAALRDKLMSQQKDALRKRK
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 QPPTTVLSLLRQSQMDSSAVPKPGPDLLRKQGQGSFPISSMSQLLQSMSCQSSHLSSNST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QPPTTVLSLLRQSQMDSSAVPKPGPDLLRKQGQGSFPISSMSQLLQSMSCQSSHLSSNST
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 PGCGASNTALPCSANQLHFTDPSMNSSVLQNIPLRGEAVHCHNANTNFVHSNSPVPNHHL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PGCGASNTALPCSANQLHFTDPSMNSSVLQNIPLRGEAVHCHNANTNFVHSNSPVPNHHL
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 AGLINQIQASGNCGMLSQSGMALGNSLHPNPPQSRISTSSTPVIPNSIVSSYNQTSSEAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 AGLINQIQASGNCGMLSQSGMALGNSLHPNPPQSRISTSSTPVIPNSIVSSYNQTSSEAG
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 GSGPSSSIAIAGTNHPAITKTTSVLQDGVIVTTAAGNPLQSQLPIGSDFPFVGQEHALHF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GSGPSSSIAIAGTNHPAITKTTSVLQDGVIVTTAAGNPLQSQLPIGSDFPFVGQEHALHF
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 PSNSTSNNHLPHPLNPSLLSSLPISLPVNQQHLLNQNLLNILQPSAGEGDMSSINNTLSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 PSNSTSNNHLPHPLNPSLLSSLPISLPVNQQHLLNQNLLNILQPSAGEGDMSSINNTLSN
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 HQLTHLQSLLNNNQMFPPNQQQQQLLQGYQNLQAFQGQSTIPCPANNNPMACLFQNFQVI
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HQLTHLQSLLNNNQMFPPNQQQQQLLQGYQNLQAFQGQSTIPCPANNNPMACLFQNFQVR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 MQEDAALLNKRISTQPGLTALPENPNTTLPPFQDTPCELQPRIDPSLGQQVKDGLVVGGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MQEDAALLNKRISTQPGLTALPENPNTTLPPFQDTPCELQPRIDPSLGQQVKDGLVVGGP
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA1 GDASVDAIYKAVVDAASKGMQVVITTAVNSTTQISPIPALSAMSAFTASIGDPLNLSSAV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GDASVDAIYKAVVDAASKGMQVVITTAVNSTTQISPIPALSAMSAFTASIGDPLNLSSAV
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA1 SAVIHGRNMGGVDHDGRLRNSRGARLPKNLDHGKNVNEGDGFEYFKSASCHTSKKQWDGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SAVIHGRNMGGVDHDGRLRNSRGARLPKNLDHGKNVNEGDGFEYFKSASCHTSKKQWDGE
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA1 QSPRGERNRWKYEEFLDHPGHIHSSPCHERPNNVSTLPFLPGEQHPILLPPRNCPGDKIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 QSPRGERNRWKYEEFLDHPGHIHSSPCHERPNNVSTLPFLPGEQHPILLPPRNCPGDKIL
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA1 EENFRYNNYKRTMMSFKERLENTVERCAHINGNRPRQSRGFGELLSTAKQDLVLEEQSPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 EENFRYNNYKRTMMSFKERLENTVERCAHINGNRPRQSRGFGELLSTAKQDLVLEEQSPS
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA1 SSNSLENSLVKDYIHYNGDFNAKSVNGCVPSPSDAKSISSEDDLRNPDSPSSNELIHYRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SSNSLENSLVKDYIHYNGDFNAKSVNGCVPSPSDAKSISSEDDLRNPDSPSSNELIHYRP
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA1 RTFNVGDLVWGQIKGLTSWPGKLVREDDVHNSCQQSPEEGKVEPEKLKTLTEGLEAYSRV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RTFNVGDLVWGQIKGLTSWPGKLVREDDVHNSCQQSPEEGKVEPEKLKTLTEGLEAYSRV
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490
pF1KA1 RKRNRKSGKLNNHLEAAIHEAMSELDKMSGTVHQIPQGDRQMRPPKPKRRKISR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RKRNRKSGKLNNHLEAAIHEAMSELDKMSGTVHQIPQGDRQMRPPKPKRRKISR
1450 1460 1470 1480 1490
>>CCDS8944.1 MBD6 gene_id:114785|Hs108|chr12 (1003 aa)
initn: 601 init1: 389 opt: 624 Z-score: 339.6 bits: 74.9 E(32554): 1.3e-12
Smith-Waterman score: 713; 29.2% identity (48.4% similar) in 859 aa overlap (1-812:1-767)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MNGGKECDGGDKEGGLPAIQVPVGWQRRVDQNGVLYVSPSGSLLSCLEQVKTYLLTDGTC
::::.: .:.:. :: : .::.:::: : ...:::.::::. :: :::...:::.::::
CCDS89 MNGGNESSGADRAGGPVATSVPIGWQRCVREGAVLYISPSGTELSSLEQTRSYLLSDGTC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KA1 KCGLECPLILPKVFNFDPGAAVKQRTAEDVKA-DEDVTKLCIHKRKIIAVATLHKSMEAP
:::::::: .:::::::: : : : : .::.:::: :.:: .:.:::..:::.
CCDS89 KCGLECPLNVPKVFNFDPLAPVTPGGAGVGPASEEDMTKLCNHRRKAVAMATLYRSMET-
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KA1 HPSLVLTSPGGGTNATP-VVPSRAATPRSVRNKSHEGITNSVMPECKNPFKLMIGSSNAM
. .::: : :.: . . . : :.: . :. : .: .: ..
CCDS89 --TCSHSSPGEG--ASPQMFHTVSPGPPSARPPCRVPPTT---PLNGGPGSLPPEPPSVS
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KA1 GRLYVQELPGSQQQELHPVYPRQRLGSSEHGQKSPFRGSHGGLPSPA-------SSGSQI
. . ::. : : :: :..:: .:. :::: : ..
CCDS89 QAFPTLAGPGG----LFP--PRLADPVPSGGSSSPRFLPRGNAPSPAPPPPPAISLNAPS
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KA1 YGDG-----SISPRTDPLGSPDV-FTRSNPGFHGAPNSSPIHLNRTPLSPPSVMLHGSPV
:. : :. : .: :::: . . :.: :.. :. :.:: . :
CCDS89 YNWGAALRSSLVP-SD-LGSPPAPHASSSP-----PSDPPLFHCSDALTPPPL----PPS
230 240 250 260 270
290 300 310 320 330
pF1KA1 QSSCAMAGRTNIPLSPTLTTKSPVMKKPMCNFSTNMEIPRA-------MFHHKPPQGPPP
.. : : .. : . : . :.. :. . : .: : : .. ::
CCDS89 NNLPAHPGPASQPPVSSATMHLPLVLGPLGGAPT-VEGPGAPPFLASSLLSAAAKAQHPP
280 290 300 310 320 330
340 350 360 370 380 390
pF1KA1 PPPPSCALQKKPLTSEKDPLGILDPIPSKPVNQNPVIINPTSFH--SNVHSQVPMMNVSM
:::: ..: .. . . ::. . : :: :. . :.: .
CCDS89 LPPPSTLQGRRPRAQAPSASHSSSLRPSQRRPRRP----PTVFRLLEGRGPQTPRRSRPR
340 350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KA1 PPAVVPLPSNLPLPTVKPGHMNHGSHVQRVQHSASTSLSPSPVTSPVHMMGTG--IGRIE
:: :: : .:: :. : . :. :: :. .: : :. .:
CCDS89 APAPVPQPFSLPEPS------------QPILPSV-LSLLGLPTPGPSHSDGSFNLLGSDA
400 410 420 430
460 470 480 490 500 510
pF1KA1 ASPQRSRSSSTSSDHGNFMMPPVGPQATSSGIKVPPRSPRSTIGSPRPSMPS----SPST
: :: : . . : : .::.... : .: .: : .:: :::
CCDS89 HLPPPPTLSSGSPPQPRHPIQPSLPGTTSGSLSSVPGAPAPPAASKAPVVPSPVLQSPS-
440 450 460 470 480 490
520 530 540 550 560
pF1KA1 KSDGHHQYKDIPNPLIAGISNVLNTPSSAAFPTASAGSS-SVKSQPGLLG-MPLNQILNQ
.. : : : .:: . ::. : . : . ::.:: .:: :.:
CCDS89 EGLGMGAGPACPLPPLAG-------GEAFPFPSPEQGLALSGAGFPGMLGALPLPLSLGQ
500 510 520 530 540
570 580 590 600 610 620
pF1KA1 HNAASFPASSLLSAAAKAQLANQNKLAGNNSSSSSNSGAVAGSGNTEGHSTLNTMFPPTA
: : ::. : :...:.: :. . ..:: .
CCDS89 P-----PPSPLLN--------------------HSLFGVLTGGG---GQPPPEPLLPPPG
550 560 570 580
630 640 650 660 670
pF1KA1 NMLLPTGEGQS-GRAALRDKLMSQQ-KDALRKRKQPPTTVLS----LL----RQSQMDSS
. : . :. : . : .:. .: : . ::...:. :: .. ..:
CCDS89 GPGPPLAPGEPEGPSLLVASLLPPPPSDLLPPPSAPPSNLLASFLPLLALGPTAGDGEGS
590 600 610 620 630 640
680 690 700 710 720 730
pF1KA1 AVPKPGPDLLRKQGQGS-----FPISSMSQLLQSMSCQSSHLSSNSTPGCGASNTALPCS
: ::. .: :. :: : : ... :. :... : :. ::
CCDS89 AEGAGGPSGEPFSGLGDLSPLLFPPLSAPPTLIALN--SALLAATLDPPSGTP--PQPCV
650 660 670 680 690
740 750 760 770 780 790
pF1KA1 ANQLHFTDPSMNSSVLQNIPLRGEAVHCHNANTNFVHSNSPVPNHHLAGLINQIQASGNC
. . :. ::: : . . . . ::: : . :. :.. . :.
CCDS89 LSAPQPGPPT--SSVTTATTDPGAS------SLGKAPSNSGRPPQLLSPLLGA-SLLGDL
700 710 720 730 740
800 810 820 830 840 850
pF1KA1 GMLSQSGMALGNSLHPNPPQSRISTSSTPVIPNSIVSSYNQTSSEAGGSGPSSSIAIAGT
. :..: :: . :.: :
CCDS89 SSLTSSPGALPSLLQPPGPLLSGQLGLQLLPGGGAPPPLSEASSPLACLLQSLQIPPEQP
750 760 770 780 790 800
1494 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 03:46:39 2016 done: Mon Nov 7 03:46:40 2016
Total Scan time: 7.010 Total Display time: 0.130
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]