Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0208
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0208, 371 aa
1>>>pF1KE0208 371 - 371 aa - 371 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2754+/-0.00084; mu= 12.6640+/- 0.051
mean_var=110.4652+/-22.619, 0's: 0 Z-trim(111.0): 148 B-trim: 103 in 1/50
Lambda= 0.122029
statistics sampled from 11875 (12060) to 11875 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.37), width: 16
Scan time: 2.300
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS46892.1 LRRC58 gene_id:116064|Hs108|chr3 ( 371) 2436 439.4 2.3e-123
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 395 80.5 7.6e-15
CCDS61325.1 LRRC63 gene_id:220416|Hs108|chr13 ( 587) 344 71.3 2.5e-12
CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 893) 327 68.4 2.7e-11
CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 910) 327 68.4 2.7e-11
CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18 ( 301) 314 65.8 5.7e-11
>>CCDS46892.1 LRRC58 gene_id:116064|Hs108|chr3 (371 aa)
initn: 2436 init1: 2436 opt: 2436 Z-score: 2328.1 bits: 439.4 E(32554): 2.3e-123
Smith-Waterman score: 2436; 100.0% identity (100.0% similar) in 371 aa overlap (1-371:1-371)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLP
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CCDS46 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 RALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 RALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKE
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 IPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 IPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEEL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 SLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 CGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQSESDSEDEASV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS46 CGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQSESDSEDEASV
310 320 330 340 350 360
370
pF1KE0 AARRMQKVLLG
:::::::::::
CCDS46 AARRMQKVLLG
370
>>CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052 aa)
initn: 753 init1: 274 opt: 395 Z-score: 380.0 bits: 80.5 E(32554): 7.6e-15
Smith-Waterman score: 398; 40.0% identity (64.5% similar) in 245 aa overlap (5-249:127-356)
10 20 30
pF1KE0 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEA
:: ::.: . :: .:..: . : . : :
CCDS34 NRFARLPPAVAELGHHLTELDVSHNRLTALGAEVVSALR-ELR--KLNLSHNQLPA-LPA
100 110 120 130 140 150
40 50 60 70 80 90
pF1KE0 RGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLR
. :: : .: . :::. :: .: : . .:. :::. : :::. .:: : .:.
CCDS34 Q----LGALAHLEELDVSFNRLAHLPDSL-SCLSRLRTLDVDHNQLTAFPRQLLQLVALE
160 170 180 190 200
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 TLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQ
: ...::: : ::. . : : :.:..: ::: . .::.. :: .:..: : .:
CCDS34 ELDVSSNRLRG---LPEDI--SAL-RALKILWLSGAELGTLPAGFCELASLESLMLDNNG
210 220 230 240 250 260
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 LQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSL
::..::.. :: :. : :..:...:.: : : .:. : : :.. :.: .: : :
CCDS34 LQALPAQFSCLQRLKMLNLSSNLFEEFPAALLPLAGLEELYLSRNQLTSVPSLISGLGRL
270 280 290 300 310 320
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 RSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRN
.: : :: . ::: :..: :::: :.:: ..:
CCDS34 LTLWLDNNRIRYLPDSIVELTGLEELVLQGNQIAVLPDHFGQLSRVGLWKIKDNPLIQPP
330 340 350 360 370 380
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 ISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPE
CCDS34 YEVCMKGIPYIAAYQKELAHSQPAVQPRLKLLLMGHKAAGKTLLRHCLTEERVEGCPGGG
390 400 410 420 430 440
>>CCDS61325.1 LRRC63 gene_id:220416|Hs108|chr13 (587 aa)
initn: 341 init1: 217 opt: 344 Z-score: 334.9 bits: 71.3 E(32554): 2.5e-12
Smith-Waterman score: 347; 27.8% identity (57.3% similar) in 316 aa overlap (39-335:246-558)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 VTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHN-RLVSLPRALGS--
:. :..... :. .: . :.:. .
CCDS61 WPEHFKSTATLTLRVTEFPGFVSLPTPVLPRKPHRQSVIETLVTENGNIESVPKQIPPRP
220 230 240 250 260 270
70 80 90 100 110
pF1KE0 --GFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNN------RLGGPSALP-KGL---
:. . . .. ... . : . .: .:. : .: .. : .:: ::.
CCDS61 PEGLTKTEKIESEIHVVRGEGFKTVAATRYETITAMTNLAIVNCQVYGRNALNLKGFFIL
280 290 300 310 320 330
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 ---AQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLEC
.:: .: :::: : .. :. .: :. :: :.: .: .. ::.::..:. :.
CCDS61 NCPDLTPLAFQLIYLNLSFNDLHYFPTEILCLKNLQILKLRNNPIKEIPSEIQQLEFLRI
340 350 360 370 380 390
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 LYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPRE
. .. :.: .: : .: :. : . :.. :: ....:.::..:.. .: :...:.
CCDS61 FTIAFNLITVLPIGLFSLSYLEELDVSYNELTFIPNEIQKLRSLEKLTVDGNELSFFPHG
400 410 420 430 440 450
240 250 260 270 280
pF1KE0 ILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYD-LPGNLLRY
::.: .: ......: : :: . : : . ..: . :: .: .. .
CCDS61 ILKL-NLTKIQFENNFTHPCFWRDNYLNNPQQLTQIISLFIVQNKLHKFYDKIPVEVQKL
460 470 480 490 500 510
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVDFCGKYRLPLMHYLCSPECSSPCSSASHSSTSQ
: .: : : : : : :. :. : .::.: :.::: :
CCDS61 LKCTSRCE--WCHGPKFGEGFRVIRSCDIFGASQLPVMFYVCSPSCYRRIKESSFVLDGS
520 530 540 550 560 570
350 360 370
pF1KE0 SESDSEDEASVAARRMQKVLLG
CCDS61 PSRRIALDVELSKEL
580
>>CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 (893 aa)
initn: 306 init1: 306 opt: 327 Z-score: 316.2 bits: 68.4 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 355; 37.8% identity (62.7% similar) in 233 aa overlap (15-247:79-295)
10 20 30 40
pF1KE0 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGARE
: . ..: : :.: : .: .:: .
CCDS44 QLLHLCVQQPLQLLQVEFLRLSTHEDPQLLEATLAQLPQSLSCLRS-LVLKGGQRRDTLG
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 ALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLG
: :: . :..:: .: ::. :: ::.: :.: .: .: .::: .:: ..: :
CCDS44 ACLR-----GALTNLPAGL-SGLAHLAHLDLSFNSLETLPACVLQMRGLGALLLSHNCL-
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 GPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIEN
: ::..:. : .: :... : .: .: .: : .:: :.:. : :...: :: .
CCDS44 --SELPEALGALP---ALTFLTVTHNRLQTLPPALGALSTLQRLDLSQNLLDTLPPEIGG
170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLL
: :: : :..: .. .: :..: :: ::: .: . :.: .:..: : :.:..: :
CCDS44 LGSLLELNLASNRLQSLPASLAGLRSLRLLVLHSNLLASVPADLARLPLLTRLDLRDNQL
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 TYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPG
:: :.:. .. :.::::
CCDS44 RDLPPELLDAPFVR---LQGNPLGEASPDAPSSPVAALIPEMPRLFLTSDLDSFPVTPQG
280 290 300 310 320 330
>>CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 (910 aa)
initn: 306 init1: 306 opt: 327 Z-score: 316.1 bits: 68.4 E(32554): 2.7e-11
Smith-Waterman score: 355; 37.8% identity (62.7% similar) in 233 aa overlap (15-247:79-295)
10 20 30 40
pF1KE0 MEEAGAAVVTAGEAELNWSRLSVSTETLESELEARGEERRGARE
: . ..: : :.: : .: .:: .
CCDS77 QLLHLCVQQPLQLLQVEFLRLSTHEDPQLLEATLAQLPQSLSCLRS-LVLKGGQRRDTLG
50 60 70 80 90 100
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 ALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSGNALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLG
: :: . :..:: .: ::. :: ::.: :.: .: .: .::: .:: ..: :
CCDS77 ACLR-----GALTNLPAGL-SGLAHLAHLDLSFNSLETLPACVLQMRGLGALLLSHNCL-
110 120 130 140 150 160
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 GPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPASLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIEN
: ::..:. : .: :... : .: .: .: : .:: :.:. : :...: :: .
CCDS77 --SELPEALGALP---ALTFLTVTHNRLQTLPPALGALSTLQRLDLSQNLLDTLPPEIGG
170 180 190 200 210
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 LQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLCDNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLL
: :: : :..: .. .: :..: :: ::: .: . :.: .:..: : :.:..: :
CCDS77 LGSLLELNLASNRLQSLPASLAGLRSLRLLVLHSNLLASVPADLARLPLLTRLDLRDNQL
220 230 240 250 260 270
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 TYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTYDPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPG
:: :.:. .. :.::::
CCDS77 RDLPPELLDAPFVR---LQGNPLGEASPDAPSSPVAALIPEMPRLFLTSDLDSFPVTPQG
280 290 300 310 320 330
>>CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18 (301 aa)
initn: 441 init1: 242 opt: 314 Z-score: 310.4 bits: 65.8 E(32554): 5.7e-11
Smith-Waterman score: 314; 33.5% identity (65.5% similar) in 200 aa overlap (48-247:75-265)
20 30 40 50 60 70
pF1KE0 WSRLSVSTETLESELEARGEERRGAREALLRLLLPHNRLVSLPRALGSGFPHLQLLDVSG
.: : ::.: :: .:. . .. .:.. :
CCDS42 KRGMHHVSFSLVTRGMTDIPDFLWGLSEVQKLNLSHNQLRVLPPEVGK-LTRIVVLNLCG
50 60 70 80 90 100
80 90 100 110 120 130
pF1KE0 NALTALGPELLALRGLRTLLAKNNRLGGPSALPKGLAQSPLCRSLQVLNLSGNCFQEVPA
: : .: :. :. :..:... : : . .: :. :::.:.::.:: ::....::
CCDS42 NRLKSLPREVSLLQCLKVLFVNMNCL---TEVP---AELSLCRKLEVLSLSHNCLSQLPA
110 120 130 140 150
140 150 160 170 180 190
pF1KE0 SLLELRALQTLSLGGNQLQSIPAEIENLQSLECLYLGGNFIKEIPPELGNLPSLNYLVLC
. .: :. :.:..: . :: . .:. : :..:.: ...: . .: ::. ..
CCDS42 CFADLSRLRKLNLSNNFFAHIPMCVFSLKELIFLHVGSNRLENIAESIQHLASLQIFIAE
160 170 180 190 200 210
200 210 220 230 240 250
pF1KE0 DNKIQSIPPQLSQLHSLRSLSLHNNLLTYLPREILNLIHLEELSLRGNPLVVRFVRDLTY
:.:.:.: .: . ::. :.:.:: . :: :. : .: ... ::.
CCDS42 GNNIHSFPRSLCLVTSLELLNLNNNDIQTLPSELHLLCRLVRIAW--NPMDKGLHISHNP
220 230 240 250 260 270
260 270 280 290 300 310
pF1KE0 DPPTLLELAARTIKIRNISYTPYDLPGNLLRYLGSASNCPNPKCGGVYFDCCVRQIKFVD
CCDS42 LSKPLPELVEGGLEMLFGYLKDKKHT
280 290 300
371 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 21:13:11 2016 done: Thu Nov 3 21:13:12 2016
Total Scan time: 2.300 Total Display time: 0.000
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]