Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8573
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8573, 890 aa
1>>>pF1KB8573 890 - 890 aa - 890 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9523+/-0.000502; mu= -1.2493+/- 0.031
mean_var=312.3751+/-66.560, 0's: 0 Z-trim(116.1): 258 B-trim: 621 in 2/53
Lambda= 0.072566
statistics sampled from 26822 (27084) to 26822 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.661), E-opt: 0.2 (0.318), width: 16
Scan time: 15.290
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005724 (OMIM: 605664) kinesin-like protein KIF2 ( 890) 5810 623.4 1.5e-177
NP_001268230 (OMIM: 605064) kinesin-like protein K ( 766) 546 72.2 1e-11
XP_011520541 (OMIM: 605064) PREDICTED: kinesin-lik ( 839) 546 72.3 1.1e-11
XP_011520540 (OMIM: 605064) PREDICTED: kinesin-lik ( 864) 527 70.3 4.5e-11
NP_004514 (OMIM: 148760,152950) kinesin-like prote (1056) 495 67.0 5.3e-10
XP_016868746 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1490) 487 66.3 1.2e-09
XP_011542761 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 487 66.4 1.4e-09
XP_011542762 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 487 66.4 1.4e-09
XP_011542763 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1783) 487 66.4 1.4e-09
XP_005273515 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1805) 487 66.4 1.4e-09
XP_011542760 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1826) 487 66.4 1.4e-09
NP_056069 (OMIM: 607350) kinesin-like protein KIF1 (1826) 487 66.4 1.4e-09
NP_001092763 (OMIM: 609184) chromosome-associated (1234) 483 65.8 1.4e-09
NP_004789 (OMIM: 603754) kinesin-like protein KIF3 ( 747) 478 65.1 1.4e-09
XP_011542759 (OMIM: 607350) PREDICTED: kinesin-lik (1847) 487 66.4 1.4e-09
NP_055889 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1770) 478 65.5 2.7e-09
XP_016866682 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1694) 476 65.2 3e-09
NP_001099038 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1749) 476 65.2 3e-09
NP_001099037 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1757) 476 65.2 3.1e-09
XP_016866681 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1762) 476 65.2 3.1e-09
NP_001099036 (OMIM: 605433) kinesin-like protein K (1770) 476 65.2 3.1e-09
XP_016866680 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1771) 476 65.2 3.1e-09
XP_016866679 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1784) 476 65.2 3.1e-09
XP_016866678 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1792) 476 65.3 3.1e-09
XP_016866677 (OMIM: 605433) PREDICTED: kinesin-lik (1797) 476 65.3 3.1e-09
NP_071396 (OMIM: 605433) kinesin-like protein KIF1 (1805) 476 65.3 3.1e-09
XP_005256481 (OMIM: 603060,611302) PREDICTED: kine (1103) 457 63.1 8.7e-09
NP_006603 (OMIM: 603060,611302) kinesin-like prote (1103) 457 63.1 8.7e-09
NP_904325 (OMIM: 118210,171300,256700,605995) kine (1153) 457 63.1 8.9e-09
NP_057279 (OMIM: 605498) kinesin-like protein KIF2 (1780) 460 63.6 9.8e-09
NP_001271188 (OMIM: 605498) kinesin-like protein K (1820) 459 63.5 1.1e-08
NP_001273663 (OMIM: 117143,616051) centromere-asso (2580) 458 63.5 1.5e-08
XP_011529846 (OMIM: 117143,616051) PREDICTED: cent (2676) 458 63.5 1.5e-08
NP_001274141 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K ( 929) 447 62.0 1.6e-08
XP_011540148 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 963) 447 62.0 1.6e-08
XP_005246008 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 984) 447 62.0 1.6e-08
XP_005246007 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 985) 447 62.0 1.6e-08
XP_011540147 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 992) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540146 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik ( 997) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540145 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1017) 447 62.0 1.7e-08
NP_001116291 (OMIM: 605037) kinesin-like protein K (1028) 447 62.0 1.7e-08
NP_065867 (OMIM: 605037) kinesin-like protein KIF1 (1029) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540144 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1031) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540143 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1038) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540142 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1042) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540141 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1043) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540140 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1062) 447 62.0 1.7e-08
XP_011540139 (OMIM: 605037) PREDICTED: kinesin-lik (1063) 447 62.0 1.7e-08
NP_001305642 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 684) 424 59.4 6.7e-08
NP_001305643 (OMIM: 604535) kinesin-like protein K ( 687) 424 59.4 6.7e-08
>>NP_005724 (OMIM: 605664) kinesin-like protein KIF20A [ (890 aa)
initn: 5810 init1: 5810 opt: 5810 Z-score: 3308.7 bits: 623.4 E(85289): 1.5e-177
Smith-Waterman score: 5810; 100.0% identity (100.0% similar) in 890 aa overlap (1-890:1-890)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSQGILSPPAGLLSDDDVVVSPMFESTAADLGSVVRKNLLSDCSVVSTSLEDKQQVPSED
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 MSQGILSPPAGLLSDDDVVVSPMFESTAADLGSVVRKNLLSDCSVVSTSLEDKQQVPSED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SMEKVKVYLRVRPLLPSELERQEDQGCVRIENVETLVLQAPKDSFALKSNERGIGQATHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 SMEKVKVYLRVRPLLPSELERQEDQGCVRIENVETLVLQAPKDSFALKSNERGIGQATHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FTFSQIFGPEVGQASFFNLTVKEMVKDVLKGQNWLIYTYGVTNSGKTHTIQGTIKDGGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 FTFSQIFGPEVGQASFFNLTVKEMVKDVLKGQNWLIYTYGVTNSGKTHTIQGTIKDGGIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 PRSLALIFNSLQGQLHPTPDLKPLLSNEVIWLDSKQIRQEEMKKLSLLNGGLQEEELSTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PRSLALIFNSLQGQLHPTPDLKPLLSNEVIWLDSKQIRQEEMKKLSLLNGGLQEEELSTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LKRSVYIESRIGTSTSFDSGIAGLSSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 LKRSVYIESRIGTSTSFDSGIAGLSSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 IWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 VGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSIRILHLQGEGDIVPKISELSLCDLAGSERCKDQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 VGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSIRILHLQGEGDIVPKISELSLCDLAGSERCKDQKS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 GERLKEAGNINTSLHTLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 GERLKEAGNINTSLHTLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCM
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 IVNVNPCASTYDETLHVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEKGAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 IVNVNPCASTYDETLHVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEKGAK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 ADTGLDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ADTGLDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQM
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 QQREQWCSEHLDTQKELLEEMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QQREQWCSEHLDTQKELLEEMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQ
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 QSVAHQQSGSELALRRSQRLAASASTQQLQEVKAKLQQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QSVAHQQSGSELALRRSQRLAASASTQQLQEVKAKLQQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPP
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 PSAKPFTIDVDKKLEEGQKNIRLLRTELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 PSAKPFTIDVDKKLEEGQKNIRLLRTELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 ILIKQDQTLAELQNNMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTVLKLQGQVSAKKRLGTNQENQQPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 ILIKQDQTLAELQNNMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTVLKLQGQVSAKKRLGTNQENQQPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB8 QQPPGKKPFLRNLLPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_005 QQPPGKKPFLRNLLPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
850 860 870 880 890
>>NP_001268230 (OMIM: 605064) kinesin-like protein KIF23 (766 aa)
initn: 553 init1: 215 opt: 546 Z-score: 331.2 bits: 72.2 E(85289): 1e-11
Smith-Waterman score: 635; 29.6% identity (61.8% similar) in 524 aa overlap (299-771:106-623)
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 QCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFSIWISFFEIYNELLYDLLE--P--PSQQR
.....:..::::. .::::: : : . .
NP_001 SSKRQVDPEFADMITVQEFCKAEEVDEDSVYGVFVSYIEIYNNYIYDLLEEVPFDPIKPK
80 90 100 110 120 130
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 KRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLKVGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIF
:. : ::.: : :: . ..:...:::.... :.:.. .:.::::..::::::.:
NP_001 PPQSKLLREDKNHNMYVAGCTEVEVKSTEEAFEVFWRGQKKRRIANTHLNRESSRSHSVF
140 150 160 170 180 190
390 400 410 420 430
pF1KB8 SIRILH--LQGEGDIVPK------ISELSLCDLAGSERCKDQKS-GERLKEAGNINTSLH
.:.... :...:: : . ::.::: ::::::: . .. :.::.:::::: ::
NP_001 NIKLVQAPLDADGDNVLQEKEQITISQLSLVDLAGSERTNRTRAEGNRLREAGNINQSLM
200 210 220 230 240 250
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pF1KB8 TLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCMIVNVNPCASTYDETL
:: :. .::.::. ... .::.::::::..:...: :.:. ::: ::: : :.:.:
NP_001 TLRTCMDVLRENQMYGTNK-MVPYRDSKLTHLFKNYFDGEGKVRMIVCVNPKAEDYEENL
260 270 280 290 300 310
500 510 520 530
pF1KB8 HVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSL----------------HSFIKEHSLQVSPSLEKGA
.: .:. ..... : :.. .. .: . .. . :: : : .
NP_001 QVMRFAEVTQEVEVARPVDKAICGLTPGRRYRNQPRGPVGNEPLVTDVVLQSFPPLPSCE
320 330 340 350 360 370
540 550 560 570 580 590
pF1KB8 KADTG-------LDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEI
: . : . .:.. .. .. .:. . .:.:.:: . . :. : :.. ..
NP_001 ILDINDEQTLPRLIEALEKRHNLRQMMIDEFNKQSNAFKALLQEFDNAVLSKENHMQGKL
380 390 400 410 420 430
600 610 620 630 640
pF1KB8 CNEMVEQMQQREQWCSEHLDTQKELLE---EMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIE
:: :.: . .. :.:. ... :: :. :. .: .:. .. :.:.. ...:..
NP_001 -NEK-EKMISGQKLEIERLEKKNKTLEYKIEILEKTTTIYEEDKRNL-QQELETQNQKLQ
440 450 460 470 480 490
650 660 670 680 690
pF1KB8 E-------LEALLQEARQQSVAHQQSGSELALRRSQRLAAS---ASTQQLQEVKAKLQQC
. ::: :: ... . .. : . .: . .. ..:...:: . .
NP_001 RQFSDKRRLEARLQGMVTETTMKWEKECERRVAAKQLEMQNKLWVKDEKLKQLKAIVTEP
500 510 520 530 540 550
700 710 720 730 740 750
pF1KB8 KAELNSTTEELHKYQKMLEPP--PSAKPFTIDVDKKLEEGQKNIRLLRTELQKLGESLQS
:.: . . .:. . :: :.. . .. .::. . . .:.. ..: .:
NP_001 KTEKPERPSRERDREKVTQRSVSPSPVPLSSNYIAQISNGQQ--LMSQPQLHRRSNSCSS
560 570 580 590 600
760 770 780 790 800 810
pF1KB8 AERACCHSTGAGKLRQALTTCDDILIKQDQTLAELQNNMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTV
: : : :.
NP_001 ISVASCISEWEQKIPTYNTPLKVTSIARRRQQEPGQSKTCIVSDRRRGMYWTEGREVVPT
610 620 630 640 650 660
>>XP_011520541 (OMIM: 605064) PREDICTED: kinesin-like pr (839 aa)
initn: 611 init1: 215 opt: 546 Z-score: 330.7 bits: 72.3 E(85289): 1.1e-11
Smith-Waterman score: 653; 28.0% identity (59.0% similar) in 653 aa overlap (170-771:1-612)
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 TVKEMVKDVLKGQNWLIYTYGVTNSGKTHTIQGTIKDGGILPRSLALIFNSLQGQLHPTP
. :. .::.::: : .::::. :...
XP_011 MTGSPGEGGLLPRCLDMIFNSI-GSFQAKR
10 20
200 210 220 230 240 250
pF1KB8 DLKPLLSNEVIWLDSKQIRQEEMKKLSLLNGGLQEEELSTSLKRSVYIESRIGTSTSFDS
. . ::. .: : :. .::. :..: . : : ... . :
XP_011 YV--FKSNDRNSMDI----QCEVD--ALLE--RQKREAMPNPKTS-------SSKRQVDP
30 40 50 60 70
260 270 280 290 300 310
pF1KB8 GIAGLSSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFSIWISFFEIYNELLYDLLE-
.: . .... .. ..:: : .....:..::::. .:::::
XP_011 EFADMITVQEFCKAEEVDEDS-----------------VYGVFVSYIEIYNNYIYDLLEE
80 90 100 110
320 330 340 350 360 370
pF1KB8 -P--PSQQRKRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLKVGRKNQSFASTHLNQ
: : . . :. : ::.: : :: . ..:...:::.... :.:.. .:.::::.
XP_011 VPFDPIKPKPPQSKLLREDKNHNMYVAGCTEVEVKSTEEAFEVFWRGQKKRRIANTHLNR
120 130 140 150 160 170
380 390 400 410 420
pF1KB8 NSSRSHSIFSIRILH--LQGEGDIVPK------ISELSLCDLAGSERCKDQKS-GERLKE
.::::::.:.:.... :...:: : . ::.::: ::::::: . .. :.::.:
XP_011 ESSRSHSVFNIKLVQAPLDADGDNVLQEKEQITISQLSLVDLAGSERTNRTRAEGNRLRE
180 190 200 210 220 230
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 AGNINTSLHTLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCMIVNVNP
::::: :: :: :. .::.::. ... .::.::::::..:...: :.:. ::: :::
XP_011 AGNINQSLMTLRTCMDVLRENQMYGTNK-MVPYRDSKLTHLFKNYFDGEGKVRMIVCVNP
240 250 260 270 280 290
490 500 510 520 530
pF1KB8 CASTYDETLHVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSL----------------HSFIKEHSLQ
: :.:.:.: .:. ..... : :.. .. .: . .. . ::
XP_011 KAEDYEENLQVMRFAEVTQEVEVARPVDKAICGLTPGRRYRNQPRGPVGNEPLVTDVVLQ
300 310 320 330 340 350
540 550 560 570 580
pF1KB8 VSPSLEKGAKADTG-------LDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQ
: : . : . : . .:.. .. .. .:. . .:.:.:: . . :.
XP_011 SFPPLPSCEILDINDEQTLPRLIEALEKRHNLRQMMIDEFNKQSNAFKALLQEFDNAVLS
360 370 380 390 400 410
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XP_011 NYEYAQMEVTMKALGSNDPMQSILNSLEQQHEEEKR--SALERQRLMYEHELEQ-LRRRL
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XP_011 SPEKQNCRSMDRFSFHSPSAQQRLRQWAEEREATLNNSLMRLREQIVKANLLVREANYIA
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]