Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8573
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8573, 890 aa
1>>>pF1KB8573 890 - 890 aa - 890 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.4055+/-0.00117; mu= 1.3847+/- 0.069
mean_var=229.4388+/-48.246, 0's: 0 Z-trim(108.5): 102 B-trim: 113 in 2/51
Lambda= 0.084672
statistics sampled from 10128 (10222) to 10128 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.66), E-opt: 0.2 (0.314), width: 16
Scan time: 4.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4199.1 KIF20A gene_id:10112|Hs108|chr5 ( 890) 5810 723.9 3.2e-208
CCDS7422.1 KIF11 gene_id:3832|Hs108|chr10 (1056) 495 74.6 1e-12
CCDS55217.1 KIF13B gene_id:23303|Hs108|chr8 (1826) 487 73.8 3.2e-12
CCDS47324.1 KIF4B gene_id:285643|Hs108|chr5 (1234) 483 73.2 3.2e-12
CCDS13200.1 KIF3B gene_id:9371|Hs108|chr20 ( 747) 478 72.5 3.3e-12
CCDS111.1 KIF1B gene_id:23095|Hs108|chr1 (1770) 478 72.7 6.6e-12
CCDS47380.1 KIF13A gene_id:63971|Hs108|chr6 (1749) 476 72.5 7.7e-12
CCDS54967.1 KIF13A gene_id:63971|Hs108|chr6 (1757) 476 72.5 7.8e-12
CCDS54968.1 KIF13A gene_id:63971|Hs108|chr6 (1770) 476 72.5 7.8e-12
CCDS47381.1 KIF13A gene_id:63971|Hs108|chr6 (1805) 476 72.5 7.9e-12
CCDS11065.1 KIF1C gene_id:10749|Hs108|chr17 (1103) 457 70.0 2.7e-11
CCDS33744.1 KIF15 gene_id:56992|Hs108|chr3 (1388) 459 70.3 2.7e-11
CCDS112.1 KIF1B gene_id:23095|Hs108|chr1 (1153) 457 70.0 2.8e-11
CCDS7407.1 KIF20B gene_id:9585|Hs108|chr10 (1780) 460 70.5 3e-11
CCDS60590.1 KIF20B gene_id:9585|Hs108|chr10 (1820) 459 70.4 3.4e-11
CCDS68768.1 CENPE gene_id:1062|Hs108|chr4 (2580) 458 70.4 4.8e-11
CCDS72722.1 KIF17 gene_id:57576|Hs108|chr1 ( 929) 447 68.7 5.4e-11
CCDS44079.1 KIF17 gene_id:57576|Hs108|chr1 (1028) 447 68.8 5.9e-11
CCDS213.1 KIF17 gene_id:57576|Hs108|chr1 (1029) 447 68.8 5.9e-11
>>CCDS4199.1 KIF20A gene_id:10112|Hs108|chr5 (890 aa)
initn: 5810 init1: 5810 opt: 5810 Z-score: 3851.6 bits: 723.9 E(32554): 3.2e-208
Smith-Waterman score: 5810; 100.0% identity (100.0% similar) in 890 aa overlap (1-890:1-890)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MSQGILSPPAGLLSDDDVVVSPMFESTAADLGSVVRKNLLSDCSVVSTSLEDKQQVPSED
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CCDS41 MSQGILSPPAGLLSDDDVVVSPMFESTAADLGSVVRKNLLSDCSVVSTSLEDKQQVPSED
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SMEKVKVYLRVRPLLPSELERQEDQGCVRIENVETLVLQAPKDSFALKSNERGIGQATHR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SMEKVKVYLRVRPLLPSELERQEDQGCVRIENVETLVLQAPKDSFALKSNERGIGQATHR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FTFSQIFGPEVGQASFFNLTVKEMVKDVLKGQNWLIYTYGVTNSGKTHTIQGTIKDGGIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 FTFSQIFGPEVGQASFFNLTVKEMVKDVLKGQNWLIYTYGVTNSGKTHTIQGTIKDGGIL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS41 PRSLALIFNSLQGQLHPTPDLKPLLSNEVIWLDSKQIRQEEMKKLSLLNGGLQEEELSTS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LKRSVYIESRIGTSTSFDSGIAGLSSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LKRSVYIESRIGTSTSFDSGIAGLSSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 IWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLK
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 VGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSIRILHLQGEGDIVPKISELSLCDLAGSERCKDQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSIRILHLQGEGDIVPKISELSLCDLAGSERCKDQKS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 GERLKEAGNINTSLHTLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GERLKEAGNINTSLHTLGRCIAALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCM
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pF1KB8 IVNVNPCASTYDETLHVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEKGAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IVNVNPCASTYDETLHVAKFSAIASQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEKGAK
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pF1KB8 ADTGLDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ADTGLDDDIENEADISMYGKEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQM
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pF1KB8 QQREQWCSEHLDTQKELLEEMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QQREQWCSEHLDTQKELLEEMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQ
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pF1KB8 QSVAHQQSGSELALRRSQRLAASASTQQLQEVKAKLQQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QSVAHQQSGSELALRRSQRLAASASTQQLQEVKAKLQQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPP
670 680 690 700 710 720
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pF1KB8 PSAKPFTIDVDKKLEEGQKNIRLLRTELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PSAKPFTIDVDKKLEEGQKNIRLLRTELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDD
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 ILIKQDQTLAELQNNMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTVLKLQGQVSAKKRLGTNQENQQPN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 ILIKQDQTLAELQNNMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTVLKLQGQVSAKKRLGTNQENQQPN
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890
pF1KB8 QQPPGKKPFLRNLLPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 QQPPGKKPFLRNLLPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
850 860 870 880 890
>>CCDS7422.1 KIF11 gene_id:3832|Hs108|chr10 (1056 aa)
initn: 646 init1: 199 opt: 495 Z-score: 341.7 bits: 74.6 E(32554): 1e-12
Smith-Waterman score: 504; 26.9% identity (59.8% similar) in 584 aa overlap (299-867:154-696)
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 QCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFSIWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQT
::. .:..::::: :.:::.: :. .:
CCDS74 EYTWEEDPLAGIIPRTLHQIFEKLTDNGTEFSVKVSLLEIYNEELFDLLNPSSDVSER--
130 140 150 160 170 180
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 LRLCEDQNGNP--YVKDLNWIHVQDAEEAWKLLKVGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSI
:.. .: .. .: :. : :.. .:....:. : ... :.: .: ::::::.::.
CCDS74 LQMFDDPRNKRGVIIKGLEEITVHNKDEVYQILEKGAAKRTTAATLMNAYSSRSHSVFSV
190 200 210 220 230 240
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 RILHLQG---EGDIVPKISELSLCDLAGSERC-KDQKSGERLKEAGNINTSLHTLGRCIA
: :.. .:. . ::..:.: :::::: .. .: .:::::: :: :::: :.
CCDS74 TI-HMKETTIDGEELVKIGKLNLVDLAGSENIGRSGAVDKRAREAGNINQSLLTLGRVIT
250 260 270 280 290 300
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 ALRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCMIVNVNPCASTYDETLHVAKFSA
:: . :. . ::.:.:::::..: . :: :. .:....: . . .::: . ...
CCDS74 ALVE----RTPH--VPYRESKLTRILQDSLGGRTRTSIIATISPASLNLEETLSTLEYAH
310 320 330 340 350
510 520 530 540 550
pF1KB8 IASQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEK---GAKADTGLDDDIENEADISMYG
:..... : .. . . ...:::.. .. :.. .:. .:. . :: .:
CCDS74 RAKNILNKPEVNQKLTK-KALIKEYTEEIE-RLKRDLAAAREKNGVYISEENFRVMSGKL
360 370 380 390 400 410
560 570 580 590 600 610
pF1KB8 KEELLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQMQQREQWCSEHLDTQKELLE
. :.:: .. . :.. . :. . .. ::. .: .. : ...:.: .. :.
CCDS74 TVQEEQIVELIEKIGAVEEELNRVTELFMDNK--NEL-DQCKSDLQNKTQELETTQKHLQ
420 430 440 450 460
620 630 640 650 660 670
pF1KB8 EMYEEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQQSVAHQQSGSELALRRSQR
: ::...:: . .. .::... . : .. .... .. :: . : :..
CCDS74 ET---KLQLVKEE---YITSALESTEEKLHDAASKLLNTVEETT-KDVSGLHSKLDRKK-
470 480 490 500 510 520
680 690 700 710 720 730
pF1KB8 LAASASTQQLQEVKAKLQQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPPPSAKPFTIDVDKKLEEG--
:.. . . :.. .: .::: ......... : . ..: : : .
CCDS74 -AVDQHNAEAQDIFGK------NLNSL---FNNMEELIKDGSSKQKAMLEVHKTLFGNLL
530 540 550 560 570
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 QKNIRLLRT-ELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDDILIKQDQTLAELQNNM
.... : : :: :: : . :: .... . . ... .. .: :: :
CCDS74 SSSVSALDTITTVALG-SLTSIPENV--STHVSQIFNMILKEQSLAAESKTVLQELIN--
580 590 600 610 620
800 810 820 830 840 850
pF1KB8 VLVKLDLRKKAACI-AEQYHTVLKLQGQVSA--KKRLGTNQENQQPNQQPPGKKPFLRNL
..: :: .. : . ..::...:.. : : . .. .. ... : :: :
CCDS74 -VLKTDLLSSLEMILSPTVVSILKINSQLKHIFKTSLTVADKIEDQKKELDG---FLSIL
630 640 650 660 670 680
860 870 880 890
pF1KB8 LPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
: .: ::
CCDS74 CNNLHELQENTICSLVESQKQCGNLTEDLKTIKQTHSQELCKLMNLWTERFCALEEKCEN
690 700 710 720 730 740
>>CCDS55217.1 KIF13B gene_id:23303|Hs108|chr8 (1826 aa)
initn: 557 init1: 230 opt: 487 Z-score: 333.0 bits: 73.8 E(32554): 3.2e-12
Smith-Waterman score: 509; 26.6% identity (58.4% similar) in 579 aa overlap (299-862:144-653)
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pF1KB8 QCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFSIWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQRKRQT
:.. .:..::::: . :::.: . .:::
CCDS55 MGTADQPGLIPRLCSGLFERTQKEENEEQSFKVEVSYMEIYNEKVRDLLDPKG---SRQT
120 130 140 150 160 170
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 LRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLKVGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIFSIRI
:.. : . .::: :. . : . .. .:.. : :... :.:..:..:::::..:.: .
CCDS55 LKVREHSVLGPYVDGLSKLAVTSYKDIESLMSEGNKSRTVAATNMNEESSRSHAVFKITL
180 190 200 210 220 230
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 LHLQGE---GDIVPKISELSLCDLAGSERC-KDQKSGERLKEAGNINTSLHTLGRCIAAL
: . : :...::: ::::::: : .:.::::..::: :: ::: :.::
CCDS55 THTLYDVKSGTSGEKVGKLSLVDLAGSERATKTGAAGDRLKEGSNINKSLTTLGLVISAL
240 250 260 270 280 290
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 RQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCMIVNVNPCASTYDETLHVAKFSAIA
... ...:...::.::: :: ... . : ... :...:.: :..::::: . ... :
CCDS55 ADQSAGKNKNKFVPYRDSVLTWLLKDSLGGNSKTAMVATVSPAADNYDETLSTLRYADRA
300 310 320 330 340 350
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 SQLVHAPPMQLGFPSLHSFIKEHSLQVSPSLEKGAKADTGLDDDIENEADISMYGKEELL
...:. :. ..: . .:. : ...:. .:.:
CCDS55 KHIVN-----------HAVVNE---------DPNARIIRDLREEVEKL-------REQLT
360 370 380
570 580 590 600 610 620
pF1KB8 QVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQMQQREQWCSEHLDTQKELLEEMYEE
.. ::::. ::.: :. . .: .:. :.... :. .:. ::.: :
CCDS55 KA-EAMKSPELKDRLEESE---KLIQEMTVTWEEKLRKTEEIAQER---QKQL------E
390 400 410 420 430
630 640 650 660 670 680
pF1KB8 KLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQQSVAHQQSGSELALRRSQRLAASA
.:.: :. . :. :.: .. . : .. ... . . : .::
CCDS55 SLGI------SLQSSGIKVGDDKCFLVNLNADPALNELLVYYL--------KEHTLIGSA
440 450 460 470
690 700 710 720 730
pF1KB8 STQQLQEVKAKL--QQCKAELNSTTEELHKYQKMLEPPPSAKPF----TIDVDKKLEEGQ
..:..: . ..: ...: . : :: : ... : ... .:..:.
CCDS55 NSQDIQLCGMGILPEHCIIDITS------EGQVMLTPQKNTRTFVNGSSVSSPIQLHHGD
480 490 500 510 520 530
740 750 760 770 780 790
pF1KB8 K----NIRLLRTELQKLGESLQSAERACCHSTGAGKLRQALTTCDDILIKQDQTLAELQN
. : ...: .: : . ..::: . . : ... : ..... .:..
CCDS55 RILWGNNHFFRLNLPK---KKKKAEREDEDQDPSMKNENSSEQLDVDGDSSSEVSSEVNF
540 550 560 570 580
800 810 820 830 840 850
pF1KB8 NMVLVKLDLRKKAACIAEQYHTVLK-LQGQVSAKKRLGTNQENQQPNQQPPGKKPFLRNL
:. ..... :: . ....:. :. : .:: . : :. . .. . : :
CCDS55 NYEYAQMEVTMKALGSNDPMQSILNSLEQQHEEEKR--SALERQRLMYEHELEQ-LRRRL
590 600 610 620 630 640
860 870 880 890
pF1KB8 LPRTPTCQSSTDCSPYARILRSRRSPLLKSGPFGKKY
:. .:.:
CCDS55 SPEKQNCRSMDRFSFHSPSAQQRLRQWAEEREATLNNSLMRLREQIVKANLLVREANYIA
650 660 670 680 690 700
>>CCDS47324.1 KIF4B gene_id:285643|Hs108|chr5 (1234 aa)
initn: 428 init1: 138 opt: 483 Z-score: 332.8 bits: 73.2 E(32554): 3.2e-12
Smith-Waterman score: 493; 25.2% identity (60.3% similar) in 564 aa overlap (295-847:130-671)
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 SSISQCTSSSQLDETSHRWAQPDTAPLPVPANIRFSIWISFFEIYNELLYDLLEPPSQQR
....:.. .:..::::: . ::: : .:
CCDS47 GAYTAEQENEPTVGIIPRVIQLLFKEIDKKSDFEFTLKVSYLEIYNEEILDLLCP---SR
100 110 120 130 140 150
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 KRQTLRLCEDQNGNPYVKDLNWIHVQDAEEAWKLLKVGRKNQSFASTHLNQNSSRSHSIF
.. . . :: . . . :. : : .. . :. : .... ::: .:..:::::.::
CCDS47 EKAQINIREDPKEGIKIVGLTEKTVLVALDTVSCLEQGNNSRTVASTAMNSQSSRSHAIF
160 170 180 190 200 210
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 SIRILHLQGEGDIVPKISELSLCDLAGSERCKDQKS-GERLKEAGNINTSLHTLGRCIAA
.: : . . :.: : ::::::: : :. :.::::. ::: .: :: :.:
CCDS47 TISIEQRKKSDKNCSFRSKLHLVDLAGSERQKKTKAEGDRLKEGININRGLLCLGNVISA
220 230 240 250 260 270
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 LRQNQQNRSKQNLVPFRDSKLTRVFQGFFTGRGRSCMIVNVNPCASTYDETLHVAKFSAI
: ... : ..::.:::::::..: . : ... ::. :.: :. .::: . ...
CCDS47 LGDDK----KGSFVPYRDSKLTRLLQDSLGGNSHTLMIACVSPADSNLEETLSTLRYADR
280 290 300 310 320 330
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 ASQLVHAPPMQLGFPSLH-SFIKEHSLQVSPSLEKGAKADTGLDDDIENEADISMYGKEE
: .. . : ... . . . .:.. :.. : . :.. : : .:. : . :.
CCDS47 ARKIKNKPIVNIDPHTAELNHLKQQVQQLQVLLLQ-AHGGT-LPGSINAEPS------EN
340 350 360 370 380
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pF1KB8 LLQVVEAMKTLLLKERQEKLQLEMHLRDEICNEMVEQMQQREQWCSEHLDTQKELLEEMY
: ...: ..:. :..:::. . .:.:.. :: .:.:... : :..
CCDS47 LQSLMEKNQSLV--EENEKLSRCLSKAAGQTAQMLERIILTEQ-VNEKLNAKLEELRQHV
390 400 410 420 430 440
630 640 650 660 670 680
pF1KB8 EEKLNILKESLTSFYQEEIQERDEKIEELEALLQEARQQSVAHQQSGSELALRRSQRLAA
::. :.. . .. ..:..: : : .:. :. . ...:: .. . :... .. .
CCDS47 ACKLD-LQKLVETLEDQELKENVEIICNLQQLITQLSDETVACTAAAIDTAVEEEAQVET
450 460 470 480 490 500
690 700 710 720 730
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: :.. ... .:.... .:::.. . .:: . . .:. .. . .
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