Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7665
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7665, 337 aa
1>>>pF1KB7665 337 - 337 aa - 337 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.7187+/-0.000883; mu= 6.0472+/- 0.053
mean_var=154.0842+/-31.420, 0's: 0 Z-trim(111.4): 44 B-trim: 67 in 1/52
Lambda= 0.103323
statistics sampled from 12307 (12347) to 12307 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.732), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6 ( 337) 2193 338.3 5.3e-93
CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 ( 304) 858 139.3 3.9e-33
CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 ( 308) 840 136.6 2.5e-32
CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1 ( 328) 745 122.5 4.9e-28
CCDS64915.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 ( 214) 400 70.9 1.1e-12
>>CCDS5131.1 HEY2 gene_id:23493|Hs108|chr6 (337 aa)
initn: 2193 init1: 2193 opt: 2193 Z-score: 1783.2 bits: 338.3 E(32554): 5.3e-93
Smith-Waterman score: 2193; 100.0% identity (100.0% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
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CCDS51 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHPL
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 HPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 HPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSALRM
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 PSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 PSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAAAVAAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KB7 TAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS51 TAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
310 320 330
>>CCDS6225.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 (304 aa)
initn: 899 init1: 798 opt: 858 Z-score: 708.3 bits: 139.3 E(32554): 3.9e-33
Smith-Waterman score: 999; 54.7% identity (72.8% similar) in 342 aa overlap (1-337:1-304)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MKRPCEE-TTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKR
::: : ..:.:..::::.: .:. . . ::.. ::::.:::.:::.::::::::
CCDS62 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAM
:::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::...:::::::::::::
CCDS62 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAHALAM
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 DFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHHHHP
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CCDS62 DYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAHAGLG
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 LHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADS
: :...: : : :: :.. :.. .: :.: . : : . : .: : ..
CCDS62 HIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---HPEA
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 -ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPNAAA
::: : .::..: : :. :: .:: . ...:. .: ::.:: :.: .: :::
CCDS62 PALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSPNA--
230 240 250 260 270
300 310 320 330
pF1KB7 AVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
.:: :.: :... .:::::::::.:::
CCDS62 -------LSP-------SAPTQAANL--GKPYRPWGTEIGAF
280 290 300
>>CCDS43749.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 (308 aa)
initn: 589 init1: 488 opt: 840 Z-score: 693.8 bits: 136.6 E(32554): 2.5e-32
Smith-Waterman score: 981; 54.0% identity (72.0% similar) in 346 aa overlap (1-337:1-308)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MKRPCEE-TTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKR
::: : ..:.:..::::.: .:. . . ::.. ::::.:::.:::.::::::::
CCDS43 MKRAHPEYSSSDSELDETIEVEKESADENGNLSSALGSMSPTTSSQILARKRRRGIIEKR
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 RRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQ----GSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAH
:::::::::::::::::.::::: :::::::::::::::::::::...:::::::::
CCDS43 RRDRINNSLSELRRLVPSAFEKQVMEQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLHTAGGKGYFDAH
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 ALAMDFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAH
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CCDS43 ALAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAH
130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 HHHPLHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFA
: :...: : : :: :.. :.. .: :.: . : : . : .:
CCDS43 AGLGHIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 HADS-ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPP
: .. ::: : .::..: : :. :: .:: . ...:. .: ::.:: :.: .: :
CCDS43 HPEAPALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSP
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330
pF1KB7 NAAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
:: .:: :.: :... .:::::::::.:::
CCDS43 NA---------LSP-------SAPTQAANL--GKPYRPWGTEIGAF
290 300
>>CCDS439.1 HEYL gene_id:26508|Hs108|chr1 (328 aa)
initn: 718 init1: 545 opt: 745 Z-score: 616.8 bits: 122.5 E(32554): 4.9e-28
Smith-Waterman score: 745; 45.8% identity (65.1% similar) in 347 aa overlap (1-337:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MKRPCEETTSESDMDETIDVGSENNYSGQSTSSVIRLNSPTTTSQIMARKKRRGIIEKRR
:::: : . :... : ::::.: :: .. . :..:.. ::..::::.::::::::
CCDS43 MKRPKEPSGSDGESDGPIDVGQE----GQLSQMARPLSTPSS-SQMQARKKHRGIIEKRR
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 RDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHALAMD
:::::.::::::::::::::::::.::::::.:::::::::::.:::: :.:::.:::.:
CCDS43 RDRINSSLSELRRLVPTAFEKQGSSKLEKAEVLQMTVDHLKMLHATGGTGFFDARALAVD
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB7 FMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDS-SDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAM-TSSMAHHHH
: ::::::::::: :::. .:: .: .::.:.::.:::.. :.. : . :. .:
CCDS43 FRSIGFRECLTEVIRYLGVLEGPSSRADPVRIRLLSHLNSYAAEMEPSPTPTGPLAF---
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PLHPHHWAAAFHHLPAALLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAHADSAL
: : :. :: :. : : .: . : :: :: . .: ...
CCDS43 PAWP--WSF-FHSCPGLPALSNQLAILGRVPSPVLPGVSSPAYPIPALRTAPLRRA-TGI
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 RMPSTGSVAPCVPPLSTSL---LSLSATVHAAAAAATAA--AHSFPLSFAGAFPMLPPNA
.:. .: : :: : :: .: .. :: .: :: . .. : ::.
CCDS43 ILPARRNVLPSRGASSTRRARPLERPATPVPVAPSSRAARSSHIAPL-LQSSSPT-PPGP
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330
pF1KB7 AAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWG---TEVGAF
... :: .:. : : ::: .. .. :. : ::.:::
CCDS43 TGS-AAYVAVPTPNS----SSPGPAGRPAGAMLYHSWVSEITEIGAF
290 300 310 320
>>CCDS64915.1 HEY1 gene_id:23462|Hs108|chr8 (214 aa)
initn: 445 init1: 344 opt: 400 Z-score: 341.6 bits: 70.9 E(32554): 1.1e-12
Smith-Waterman score: 541; 44.7% identity (64.7% similar) in 255 aa overlap (87-337:3-214)
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 EKRRRDRINNSLSELRRLVPTAFEKQGSAKLEKAEILQMTVDHLKMLQATGGKGYFDAHA
::. ... .. .: :: .:::::::
CCDS64 MPLEERNVFWLSKGNL-----TGDQGYFDAHA
10 20
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 LAMDFMSIGFRECLTEVARYLSSVEGLDSSDPLRVRLVSHLSTCATQREAAAMTSSMAHH
::::. :.::::::.::::::: .::::.::::::::::::.. :.::::: : ::
CCDS64 LAMDYRSLGFRECLAEVARYLSIIEGLDASDPLRVRLVSHLNNYASQREAA----SGAHA
30 40 50 60 70 80
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 HHPLHPHHWAAAFHHLPAA---LLQPNGLHASESTPCRLSTTSEVPPAHGSALLTATFAH
: :...: : : :: :.. :.. .: :.: . : : . : .: :
CCDS64 GLGHIP--WGTVFGHHPHIAHPLLLPQNGHGNAGT-----TASPTEPHHQGRLGSA---H
90 100 110 120 130
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 ADS-ALRMPSTGSVAPCVPPLSTSLLSLSATVHAAAAAATAAAHSFPLSFAGAFPMLPPN
.. ::: : .::..: : :. :: .:: . ...:. .: ::.:: :.: .: ::
CCDS64 PEAPALRAPPSGSLGP-VLPVVTSASKLSPPLLSSVASLSA----FPFSF-GSFHLLSPN
140 150 160 170 180
300 310 320 330
pF1KB7 AAAAVAAATAISPPLSVSATSSPQQTSSGTNNKPYRPWGTEVGAF
: .:: :.: :... .:::::::::.:::
CCDS64 A---------LSP-------SAPTQAAN--LGKPYRPWGTEIGAF
190 200 210
337 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 21:29:36 2016 done: Fri Nov 4 21:29:36 2016
Total Scan time: 3.040 Total Display time: -0.010
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]