FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3825, 2610 aa 1>>>pF1KE3825 2610 - 2610 aa - 2610 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2813+/-0.00136; mu= 12.1491+/- 0.081 mean_var=223.3157+/-45.558, 0's: 0 Z-trim(107.0): 141 B-trim: 57 in 1/50 Lambda= 0.085825 statistics sampled from 9184 (9320) to 9184 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.286), width: 16 Scan time: 8.450 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610) 17298 2157.6 0 CCDS63145.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1722) 573 86.5 1.3e-15 CCDS33391.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (1992) 573 86.6 1.4e-15 CCDS63146.1 TRIP12 gene_id:9320|Hs108|chr2 (2040) 573 86.6 1.5e-15 >>CCDS41939.1 HECTD1 gene_id:25831|Hs108|chr14 (2610 aa) initn: 17298 init1: 17298 opt: 17298 Z-score: 11583.4 bits: 2157.6 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 17298; 100.0% identity (100.0% similar) in 2610 aa overlap (1-2610:1-2610) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MADVDPDTLLEWLQMGQGDERDMQLIALEQLCMLLLMSDNVDRCFETCPPRTFLPALCKI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MADVDPDTLLEWLQMGQGDERDMQLIALEQLCMLLLMSDNVDRCFETCPPRTFLPALCKI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 FLDESAPDNVLEVTARAITYYLDVSAECTRRIVGVDGAIKALCNRLVVVELNNRTSRDLA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 FLDESAPDNVLEVTARAITYYLDVSAECTRRIVGVDGAIKALCNRLVVVELNNRTSRDLA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 EQCVKVLELICTRESGAVFEAGGLNCVLTFIRDSGHLVHKDTLHSAMAVVSRLCGKMEPQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 EQCVKVLELICTRESGAVFEAGGLNCVLTFIRDSGHLVHKDTLHSAMAVVSRLCGKMEPQ 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DSSLEICVESLSSLLKHEDHQVSDGALRCFASLADRFTRRGVDPAPLAKHGLTEELLSRM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SNMSKLIYESRGDRDLHCTESQSEASTEEGHDSLSVGSFEEDSKSEFILDPPKPKPPAWF 2290 2300 2310 2320 2330 2340 2350 2360 2370 2380 2390 2400 pF1KE3 NGILTWEDFELVNPHRARFLKEIKDLAIKRRQILSNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 NGILTWEDFELVNPHRARFLKEIKDLAIKRRQILSNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSG 2350 2360 2370 2380 2390 2400 2410 2420 2430 2440 2450 2460 pF1KE3 PPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAVDLKPSGEDEMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 PPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAVDLKPSGEDEMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQK 2410 2420 2430 2440 2450 2460 2470 2480 2490 2500 2510 2520 pF1KE3 QMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 QMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGF 2470 2480 2490 2500 2510 2520 2530 2540 2550 2560 2570 2580 pF1KE3 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CCDS63 ------RGEEVTLSNPKGSQEGTKYIQNLQGLFALPFGRTAKPAHIAKVKMKFRFLGKLM 1390 1400 1410 1420 1430 2260 2270 2280 2290 2300 2310 pF1KE3 AKCIQDNRLVDLPISKPFFKLMCMGDIKSNMSKLIYESRGDRDLHCTESQSEASTEEGHD :: :.: ::::::.. ::.: : ..:.: CCDS63 AKAIMDFRLVDLPLGLPFYKWML--------------------------RQETS------ 1440 1450 1460 2320 2330 2340 2350 2360 2370 pF1KE3 SLSVGSFEEDSKSEFILDPPKPKPPAWFNGILTWEDFELVNPHRARFLKEIKDLAIKRRQ :: .:. ..: :: . ...:.. .... 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