Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0002
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0002, 579 aa
1>>>pF1KE0002 579 - 579 aa - 579 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1020+/-0.00029; mu= 12.7358+/- 0.018
mean_var=146.3545+/-29.474, 0's: 0 Z-trim(122.3): 26 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.106016
statistics sampled from 40065 (40091) to 40065 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.774), E-opt: 0.2 (0.47), width: 16
Scan time: 9.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precurs ( 555) 1566 250.9 8e-66
NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 ( 556) 1388 223.7 1.3e-57
XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 485) 1333 215.2 3.9e-55
XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 433) 1193 193.8 9.9e-49
NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Hom ( 558) 1005 165.1 5.4e-40
XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1 ( 486) 819 136.6 1.8e-31
XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glyp ( 324) 593 101.9 3.4e-21
XP_016875924 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 565) 514 90.0 2.2e-17
NP_004457 (OMIM: 602446) glypican-5 precursor [Hom ( 572) 514 90.0 2.2e-17
XP_011519356 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 480) 512 89.7 2.4e-17
XP_011519362 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 443) 491 86.4 2.1e-16
XP_016875925 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519358 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519360 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_016875926 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519359 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519357 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
XP_011519361 (OMIM: 602446) PREDICTED: glypican-5 ( 444) 491 86.4 2.1e-16
NP_004475 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican-3 ( 580) 459 81.6 7.7e-15
XP_016884902 (OMIM: 194070,300037,312870) PREDICTE ( 486) 437 78.2 6.9e-14
NP_001158089 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 603) 409 74.0 1.6e-12
NP_001158091 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 526) 360 66.4 2.6e-10
NP_001158090 (OMIM: 194070,300037,312870) glypican ( 564) 359 66.3 3e-10
>>NP_005699 (OMIM: 258315,604404) glypican-6 precursor [ (555 aa)
initn: 1067 init1: 593 opt: 1566 Z-score: 1302.7 bits: 250.9 E(85289): 8e-66
Smith-Waterman score: 1566; 45.5% identity (77.0% similar) in 508 aa overlap (6-511:11-504)
10 20 30 40 50
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALIS
::: ::: : :. :...:. :::.:.::. ::.:.:: :: :.
NP_005 MPSWIGAVILPLLGLLLSL-----PA-GADVKA-RSCGEVRQAYGAKGFSLADIPYQEIA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 GEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEML
:::::.::::::::..: :..: .... :..:::... :. :...::.:::::: :.:
NP_005 GEHLRICPQEYTCCTTEMEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSRHKKFDEFFRELL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 SVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVF
:..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. : ::::.::::.:
NP_005 ENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEMLNDFWARLLERMF
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE0 PLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGR
:..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:::.::::: .::
NP_005 QLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIAARTFVQGLTVGR
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 NVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWS
.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..:::.... :. .:.
NP_005 EVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGCLANQADLDTEWN
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 NYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA
..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.::: :: : :.::
NP_005 LFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPA
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 -RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVC
:. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.: . :. : :.:
NP_005 LRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTIC
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 GDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQ
: ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: . ::. :.. .
NP_005 KDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMA
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRD
::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
NP_005 LRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRRE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570
pF1KE0 GSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
NP_005 VDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
530 540 550
>>NP_001439 (OMIM: 194070,300168,312870) glypican-4 prec (556 aa)
initn: 1250 init1: 474 opt: 1388 Z-score: 1155.6 bits: 223.7 E(85289): 1.3e-57
Smith-Waterman score: 1388; 42.6% identity (74.7% similar) in 479 aa overlap (29-505:27-499)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
..::.:.:.. ..:.. : : :.:.::.
NP_001 MARFGLPALLCTLAVLSAALLAAELKSKSCSEVRRLYVSKGFNKNDAPLHEINGDHLK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
.::: ::::.: :.. ... :...: .. . : ..:.:..:::::: :.: :..
NP_001 ICPQGSTCCSQEMEEKYSLQSKDDFKSVVSEQCNHLQAVFASRYKKFDEFFKELLENAEK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
::...: ..::.:: :.. .:. :: .:. .: .. .:.. : ::::.::::.: :..
NP_001 SLNDMFVKTYGHLYMQNSELFKDLFVELKRYYVVGNVNLEEMLNDFWARLLERMFRLVNS
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
:: : .:: :.:. . . :.:::: ::.:.::.::..::::.:.::: .. .:::.
NP_001 QYHFTDEYLECVSKYTEQ----LKPFGDVPRKLKLQVTRAFVAARTFAQGLAVAGDVVSK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
. : . :..::...: : :::. .. :: ..: :..::::...: :. .:.:..:.
NP_001 VSVVNPTAQCTHALLKMIYCSHCRGLVTVKPCYNYCSNIMRGCLANQGDLDFEWNNFIDA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRR
.:..:..:.:::..: . . : ::::...: .:.::..:: .::: :::: :.:: : :
NP_001 MLMVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISDAIMNMQDNSVQVSQKVFQGCGPPKPLPAGRISR
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 APPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRM
. ..:. ::::::::::.: ::: ...:.: . . ::. : .::.: ::
NP_001 SISESAFSARFRPH-HPEERPTTAAGTSLDRLVTDVKEKLKQAKKFWSSLPSNVCNDERM
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 AADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAAT
:: . : ::.: :..::: :.:.. :.: ::::..::.: ::. :. . ::. :
NP_001 AAGNGNED-DCWNGKGKSRYLFAVTGNGLANQGNNPEVQVDTSKPDILILRQIMALRVMT
420 430 440 450 460 470
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 ARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGK
..::.: :.:.: : ....:: :.:
NP_001 SKMKNAYNGNDVDFFDISDESSGEGSGSGCEYQQCPSEFDYNATDHAGKSANEKADSAGV
480 490 500 510 520 530
>>XP_016875787 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:..: .... :..:::... :. :...:
XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
:.:::::: :.: :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. :
XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
::::.::::.: :..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
::.::::: .::.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
:: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.:
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
. :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
390 400 410 420 430 440
530 540 550 560 570
pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_016875788 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:..: .... :..:::... :. :...:
XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
:.:::::: :.: :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. :
XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
::::.::::.: :..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
::.::::: .::.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
:: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.:
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
. :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
390 400 410 420 430 440
530 540 550 560 570
pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_011519346 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:..: .... :..:::... :. :...:
XP_011 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
:.:::::: :.: :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. :
XP_011 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
::::.::::.: :..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_011 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
::.::::: .::.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_011 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_011 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
:: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.:
XP_011 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
. :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_011 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
XP_011 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
390 400 410 420 430 440
530 540 550 560 570
pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
XP_011 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_016875789 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (485 aa)
initn: 851 init1: 420 opt: 1333 Z-score: 1110.9 bits: 215.2 E(85289): 3.9e-55
Smith-Waterman score: 1333; 43.9% identity (77.0% similar) in 440 aa overlap (74-511:2-434)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:..: .... :..:::... :. :...:
XP_016 MEDKLSQQSKLEFENLVEETSHFVRTTFVSR
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
:.:::::: :.: :..::...: ..:: :: :.. .:. ::..:. .: .. .:.. :
XP_016 HKKFDEFFRELLENAEKSLNDMFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTGGNVNLEEML
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
::::.::::.: :..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:..:.::...:
XP_016 NDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLKIQVTRAFIA
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
::.::::: .::.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::...::::..::
XP_016 ARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNNYCLNVMKGC
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .:::: .:::.:
XP_016 LANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQENSMQVSAKV
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARM
:: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.: ::: ...:.:
XP_016 FQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVTDIKEKLKLS
270 280 290 300 310 320
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 RGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDAS
. :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.::::. :: .
XP_016 KKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQINNPEVDVDIT
330 340 350 360 370 380
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 GPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPA
::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
XP_016 RPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDVCPTEFEFVT
390 400 410 420 430 440
530 540 550 560 570
pF1KE0 RPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
XP_016 TEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
450 460 470 480
>>XP_016875790 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (433 aa)
initn: 700 init1: 420 opt: 1193 Z-score: 995.9 bits: 193.8 E(85289): 9.9e-49
Smith-Waterman score: 1193; 44.2% identity (76.3% similar) in 389 aa overlap (125-511:1-382)
100 110 120 130 140 150
pF1KE0 FLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGE
.: ..:: :: :.. .:. ::..:. .:
XP_016 MFVRTYGMLYMQNSEVFQDLFTELKRYYTG
10 20 30
160 170 180 190 200 210
pF1KE0 SGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLR
.. .:.. : ::::.::::.: :..::: : ::: :.:. :: .:.:::: ::.:.
XP_016 GNVNLEEMLNDFWARLLERMFQLINPQYHFSEDYLECVSKY---TD-QLKPFGDVPRKLK
40 50 60 70 80
220 230 240 250 260 270
pF1KE0 LQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQG
.:.::...:::.::::: .::.:.... :: . :: .:::... :: :::.:.. ::..
XP_016 IQVTRAFIAARTFVQGLTVGREVANRVSKVSPTPGCIRALMKMLYCPYCRGLPTVRPCNN
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320 330
pF1KE0 FCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQE
.::::..:::.... :. .:. ..:..:..:..:.:::..: . . : :::::..: .::
XP_016 YCLNVMKGCLANQADLDTEWNLFIDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEAIMNMQE
150 160 170 180 190 200
340 350 360 370 380 390
pF1KE0 NSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVW
:: .:::.::: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.: :::
XP_016 NSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTSLDRLVT
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KE0 ELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVN
...:.: . :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... . ..:.:
XP_016 DIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDGLTNQIN
270 280 290 300 310 320
460 470 480 490 500 510
pF1KE0 NPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDW
:::. :: . ::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:. ::
XP_016 NPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGSGCMDDV
330 340 350 360 370 380
520 530 540 550 560 570
pF1KE0 MAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSA
XP_016 CPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
390 400 410 420 430
>>NP_002072 (OMIM: 600395) glypican-1 precursor [Homo sa (558 aa)
initn: 1281 init1: 544 opt: 1005 Z-score: 839.0 bits: 165.1 E(85289): 5.4e-40
Smith-Waterman score: 1340; 41.1% identity (70.6% similar) in 506 aa overlap (23-527:23-513)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSALRPLLLLLLPLCPGPGPGPGSEAKVTRSCAETRQVLGARGYSLNLIPPALISGEHLR
:. :. .:::.:.::. ::.:.::. .: : :::::::
NP_002 MELRARGWWLLCAAAALVACARGDPASKSRSCGEVRQIYGAKGFSLSDVPQAEISGEHLR
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 VCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAARHRKFDEFFLEMLSVAQH
.::: ::::.:: :. : ...: .. ..::. : ::.. :.::. : ..:. ...
NP_002 ICPQGYTCCTSEMEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQLRSFDDHFQHLLNDSER
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 SLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTLADFWAQLLERVFPLLHP
.: : ..:.::.:.: : :.:.:: .: .. :..:::.:::.::::.: :::
NP_002 TLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETLAEFWARLLERLFKQLHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 QYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVAARAFVQGLETGRNVVSE
: .: ::: ::.. : . :.:::..::.:::. ::..::::.::::: .. .:: .
NP_002 QLLLPDDYLDCLGKQAEA----LRPFGEAPRELRLRATRAFVAARSFVQGLGVASDVVRK
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE0 ALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGCLSSRG-LEPDWSNYLDG
. .::.. ::.:.:.:. : : :::. :: .: ::..:::.... :. .: : ::.
NP_002 VAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGCLANQADLDAEWRNLLDS
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KE0 LLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPARNRRA
.....::. : . : . :. . ..:.. ::.: ..:.:.: :: : : ..
NP_002 MVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKVIQGCGNPKVNP----QG
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMA
: :.:. : . .. .::: . :: :..:: : . .: .. :: : :.:...
NP_002 PGPEEKRRR--GKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQDFWISLPGTLCSEKMAL
360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 ADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATA
. :: . ::.: .:::::: :.: . :.:.::::..:: . ::. :.. .::. :
NP_002 STASDDR--CWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITKPDMTIRQQIMQLKIMTN
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 RMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKG
:...: :.:.: :::..:.::::.:. :: . :. . : :
NP_002 RLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSSSSRTPLTHALPGLSEQE
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570
pF1KE0 GGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
NP_002 GQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
530 540 550
>>XP_011509278 (OMIM: 600395) PREDICTED: glypican-1 isof (486 aa)
initn: 1030 init1: 311 opt: 819 Z-score: 686.0 bits: 136.6 E(85289): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 1103; 38.9% identity (69.0% similar) in 455 aa overlap (74-527:2-441)
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 YSLNLIPPALISGEHLRVCPQEYTCCSSETEQRLIRETEATFRGLVEDSGSFLVHTLAAR
:. : ...: .. ..::. : ::..
XP_011 MEENLANRSHAELETALRDSSRVLQAMLATQ
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 HRKFDEFFLEMLSVAQHSLTQLFSHSYGRLYAQHALIFNGLFSRLRDFYGESGEGLDDTL
:.::. : ..:. ....: : ..:.::.:.: : :.:.:: .: .. :..::
XP_011 LRSFDDHFQHLLNDSERTLQATFPGAFGELYTQNARAFRDLYSELRLYYRGANLHLEETL
40 50 60 70 80 90
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 ADFWAQLLERVFPLLHPQYSFPPDYLLCLSRLASSTDGSLQPFGDSPRRLRLQITRTLVA
:.:::.::::.: :::: .: ::: ::.. : . :.:::..::.:::. ::..::
XP_011 AEFWARLLERLFKQLHPQLLLPDDYLDCLGKQAEA----LRPFGEAPRELRLRATRAFVA
100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ARAFVQGLETGRNVVSEALKVPVSEGCSQALMRLIGCPLCRGVPSLMPCQGFCLNVVRGC
::.::::: .. .:: .. .::.. ::.:.:.:. : : :::. :: .: ::..::
XP_011 ARSFVQGLGVASDVVRKVAQVPLGPECSRAVMKLVYCAHCLGVPGARPCPDYCRNVLKGC
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330 340
pF1KE0 LSSRG-LEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEGLMYLQENSAKVSAQV
:.... :. .: : ::......::. : . : . :. . ..:.. ::.: ..:.:
XP_011 LANQADLDAEWRNLLDSMVLITDKFWGTSGVESVIGSVHTWLAEAINALQDNRDTLTAKV
210 220 230 240 250 260
350 360 370 380 390 400
pF1KE0 FQECGPPDPVPARNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTNLHRLVWELRERLARMR
.: :: : : ..: :.:. : . .. .::: . :: :..:: : . .: ..
XP_011 IQGCGNPKVNP----QGPGPEEKRRR--GKLAPRERPPS--GT-LEKLVSEAKAQLRDVQ
270 280 290 300 310
410 420 430 440 450 460
pF1KE0 GFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGSPAEQVNNPELKVDASG
:: : :.:... . :: . ::.: .:::::: :.: . :.:.::::..:: .
XP_011 DFWISLPGTLCSEKMALSTASDDR--CWNGMARGRYLPEVMGDGLANQINNPEVEVDITK
320 330 340 350 360 370
470 480 490 500 510 520
pF1KE0 PDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQQYADDWMAGAVAPPAR
::. :.. .::. : :...: :.:.: :::..:.::::.:. :: . :. .
XP_011 PDMTIRQQIMQLKIMTNRLRSAYNGNDVDFQDASDDGSGSGSGDGCLDDLCSRKVSRKSS
380 390 400 410 420 430
530 540 550 560 570
pF1KE0 PPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTILILSLSALALLGPR
: :
XP_011 SSRTPLTHALPGLSEQEGQKTSAASCPQPPTFLLPLLLFLALTVARPRWR
440 450 460 470 480
>>XP_016875791 (OMIM: 258315,604404) PREDICTED: glypican (324 aa)
initn: 485 init1: 244 opt: 593 Z-score: 501.6 bits: 101.9 E(85289): 3.4e-21
Smith-Waterman score: 593; 42.8% identity (73.0% similar) in 215 aa overlap (298-511:62-273)
270 280 290 300 310 320
pF1KE0 SLMPCQGFCLNVVRGCLSSRGLEPDWSNYLDGLLILADKLQGPFSFELTAESIGVKISEG
:..:..:..:.:::..: . . : :::::.
XP_016 QGLWGNSITGRRNSRCKAWRQDCIWLCPDPDAMLLVAERLEGPFNIESVMDPIDVKISEA
40 50 60 70 80 90
330 340 350 360 370 380
pF1KE0 LMYLQENSAKVSAQVFQECGPPDPVPA-RNRRAPPPREEAGRLWSMVTEEERPTTAAGTN
.: .:::: .:::.::: :: : :.:: :. :. : :. . . . ::::::::::.
XP_016 IMNMQENSMQVSAKVFQGCGQPKPAPALRSARSAP--ENFNTRFRPYNPEERPTTAAGTS
100 110 120 130 140
390 400 410 420 430 440
pF1KE0 LHRLVWELRERLARMRGFWARLSLTVCGDSRMAADASLEAAPCWTGAGRGRYLPPVVGGS
: ::: ...:.: . :. : :.: : ..: .: : ::.: ...:::: ... .
XP_016 LDRLVTDIKEKLKLSKKVWSALPYTICKDESVTAGTSNEEE-CWNGHSKARYLPEIMNDG
150 160 170 180 190 200
450 460 470 480 490 500
pF1KE0 PAEQVNNPELKVDASGPDVPTRRRRLQLRAATARMKTAALGHDLDGQDADEDASGSGGGQ
..:.::::. :: . ::. :.. . ::. : ..:.: :.:.. ::.....::::.:.
XP_016 LTNQINNPEVDVDITRPDTFIRQQIMALRVMTNKLKNAYNGNDVNFQDTSDESSGSGSGS
210 220 230 240 250 260
510 520 530 540 550 560
pF1KE0 QYADDWMAGAVAPPARPPRPPYPPRRDGSGGKGGGGSARYNQGRSRSGGASIGFHTQTIL
::
XP_016 GCMDDVCPTEFEFVTTEAPAVDPDRREVDSSAAQRGHSLLSWSLTCIVLALQRLCR
270 280 290 300 310 320
579 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Sat Nov 5 21:57:43 2016 done: Sat Nov 5 21:57:44 2016
Total Scan time: 9.640 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]