Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7713
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7713, 423 aa
1>>>pF1KB7713 423 - 423 aa - 423 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7002+/-0.000735; mu= 13.1644+/- 0.045
mean_var=125.5054+/-24.722, 0's: 0 Z-trim(114.1): 122 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.114484
statistics sampled from 14603 (14726) to 14603 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.778), E-opt: 0.2 (0.452), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 423) 2816 475.7 3.8e-134
CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 ( 422) 2799 472.9 2.6e-133
CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 470) 1591 273.4 3.3e-73
CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 435) 981 172.6 6.6e-43
CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 458) 981 172.6 6.9e-43
CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 ( 396) 969 170.6 2.4e-42
CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 ( 508) 956 168.5 1.3e-41
CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 530) 787 140.6 3.4e-33
CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 474) 718 129.2 8.4e-30
CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 481) 718 129.2 8.5e-30
CCDS32096.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 495) 718 129.2 8.7e-30
CCDS12352.1 NR2F6 gene_id:2063|Hs108|chr19 ( 404) 653 118.4 1.3e-26
CCDS8310.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 933) 601 110.1 9.3e-24
CCDS4278.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 777) 589 108.0 3.2e-23
CCDS47298.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 742) 580 106.5 8.6e-23
CCDS34258.1 NR3C1 gene_id:2908|Hs108|chr5 ( 778) 577 106.1 1.3e-22
CCDS2201.1 NR4A2 gene_id:4929|Hs108|chr2 ( 598) 564 103.8 4.6e-22
CCDS6743.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 626) 549 101.4 2.6e-21
CCDS6742.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 637) 549 101.4 2.7e-21
CCDS43965.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 388) 525 97.2 2.9e-20
CCDS14387.1 AR gene_id:367|Hs108|chrX ( 920) 525 97.5 5.5e-20
CCDS61469.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 ( 439) 479 89.7 6.1e-18
CCDS1228.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 348) 464 87.1 2.8e-17
CCDS41430.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 352) 456 85.8 7.1e-17
CCDS5234.1 ESR1 gene_id:2099|Hs108|chr6 ( 595) 451 85.2 1.9e-16
CCDS44260.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 339) 445 84.0 2.4e-16
CCDS44261.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 340) 436 82.5 6.9e-16
CCDS41429.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 357) 436 82.5 7.1e-16
CCDS59229.1 PGR gene_id:5241|Hs108|chr11 ( 339) 421 80.0 3.8e-15
CCDS6856.1 NR5A1 gene_id:2516|Hs108|chr9 ( 461) 393 75.5 1.2e-13
CCDS6744.1 NR4A3 gene_id:8013|Hs108|chr9 ( 443) 382 73.7 4.1e-13
CCDS8818.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 598) 380 73.4 6.4e-13
CCDS55828.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 611) 380 73.4 6.5e-13
CCDS60383.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 469) 378 73.0 6.7e-13
CCDS73471.1 NR4A1 gene_id:3164|Hs108|chr12 ( 652) 380 73.5 6.9e-13
CCDS1400.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 495) 378 73.0 7e-13
CCDS1401.1 NR5A2 gene_id:2494|Hs108|chr1 ( 541) 378 73.1 7.5e-13
CCDS41428.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 314) 371 71.7 1.1e-12
CCDS1248.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 463) 367 71.2 2.3e-12
CCDS53405.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 296) 363 70.4 2.6e-12
CCDS44262.1 NR1I3 gene_id:9970|Hs108|chr1 ( 309) 363 70.4 2.7e-12
CCDS45359.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 261) 358 69.5 4.2e-12
CCDS45358.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 281) 358 69.6 4.5e-12
CCDS3772.1 NR3C2 gene_id:4306|Hs108|chr4 ( 984) 365 71.1 5.2e-12
CCDS72970.1 RXRG gene_id:6258|Hs108|chr1 ( 340) 357 69.5 5.8e-12
CCDS35172.1 RXRA gene_id:6256|Hs108|chr9 ( 462) 359 69.9 5.8e-12
CCDS4768.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 533) 352 68.8 1.5e-11
CCDS59007.1 RXRB gene_id:6257|Hs108|chr6 ( 537) 352 68.8 1.5e-11
CCDS10375.1 NR2F2 gene_id:7026|Hs108|chr15 ( 414) 343 67.2 3.4e-11
CCDS11361.1 NR1D1 gene_id:9572|Hs108|chr17 ( 614) 339 66.7 7.2e-11
>>CCDS41667.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (423 aa)
initn: 2816 init1: 2816 opt: 2816 Z-score: 2521.9 bits: 475.7 E(32554): 3.8e-134
Smith-Waterman score: 2816; 100.0% identity (100.0% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-423)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 PGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 CEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 CEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 SWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEA
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 MMD
:::
CCDS41 MMD
>>CCDS60830.1 ESRRA gene_id:2101|Hs108|chr11 (422 aa)
initn: 1478 init1: 1478 opt: 2799 Z-score: 2506.7 bits: 472.9 E(32554): 2.6e-133
Smith-Waterman score: 2799; 99.8% identity (99.8% similar) in 423 aa overlap (1-423:1-422)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 PGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 PGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 CEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 CEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 LAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTI
::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 LAVAGGPRKTA-PVNALVSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTI
190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 SWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 SWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 GLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 GLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALL
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 EYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS60 EYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEA
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 MMD
:::
CCDS60 MMD
420
>>CCDS58061.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (470 aa)
initn: 1632 init1: 736 opt: 1591 Z-score: 1427.8 bits: 273.4 E(32554): 3.3e-73
Smith-Waterman score: 1604; 57.8% identity (78.1% similar) in 434 aa overlap (12-420:43-468)
10 20 30 40
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP
.::.::.:: : : . .. . : :
CCDS58 KSDLACVPSAKRLLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
20 30 40 50 60 70
50 60 70
pF1KB7 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR
. . . ::.. :. :.:: : . .:.:.:::
CCDS58 SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
80 90 100 110 120 130
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
:::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.::::::
CCDS58 LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
140 150 160 170 180 190
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPV-NA
:::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : : : . :. :
CCDS58 KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP---AKKPLLWSDPADNK
200 210 220 230 240
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 LVSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSD
.::::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.:
CCDS58 IVSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLAD
250 260 270 280 290 300
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 QMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRL
:::.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::..
CCDS58 QMSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKY
310 320 330 340 350 360
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 QALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERR
....::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . :
CCDS58 KSMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPR
370 380 390 400 410 420
380 390 400 410 420
pF1KB7 RAGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
:::..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::
CCDS58 RAGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
430 440 450 460 470
>>CCDS1517.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (435 aa)
initn: 1632 init1: 736 opt: 981 Z-score: 883.8 bits: 172.6 E(32554): 6.6e-43
Smith-Waterman score: 1600; 57.7% identity (77.8% similar) in 433 aa overlap (12-420:15-433)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGE
.::.::.:: : : . .. . : : . . . ::.. :.
CCDS15 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-SYSSTMNGHQNGLDSP
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB7 ----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGV
:.:: : . .:.:.::::::::::.::::::::
CCDS15 PLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGV
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDR
::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: :::.::::::::::::
CCDS15 ASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLDR
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 VRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMP
::::::::::: ... :. .: . : .: : : .::::::.::::.::::
CCDS15 VRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKIVSHLLVAEPEKIYAMP
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGV
::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::::.:::.:::.:.:::
CCDS15 DPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGV
240 250 260 270 280 290
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 AQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALA
. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. ....::.::.: :::.:
CCDS15 VYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIA
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . ::::..:.::::::::.
CCDS15 LANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRRAGKMLMTLPLLRQTST
360 370 380 390 400
400 410 420
pF1KB7 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
:.. :::..::::::::::::::::::
CCDS15 KAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
410 420 430
>>CCDS41468.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (458 aa)
initn: 1632 init1: 736 opt: 981 Z-score: 883.5 bits: 172.6 E(32554): 6.9e-43
Smith-Waterman score: 1600; 57.7% identity (77.8% similar) in 433 aa overlap (12-420:38-456)
10 20 30 40
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGP
.::.::.:: : : . .. . : :
CCDS41 LPESFSLHYEEELLCRMSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-
10 20 30 40 50 60
50 60 70
pF1KB7 APTRCLPGHKEEEDGE----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKR
. . . ::.. :. :.:: : . .:.:.:::
CCDS41 SYSSTMNGHQNGLDSPPLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKR
70 80 90 100 110 120
80 90 100 110 120 130
pF1KB7 LCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFT
:::::::.::::::::::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.::::::
CCDS41 LCLVCGDIASGYHYGVASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFM
130 140 150 160 170 180
140 150 160 170 180 190
pF1KB7 KCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNAL
:::.::::::::::::::::::::::: ... :. .: . : .: : : .
CCDS41 KCLKVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKI
190 200 210 220 230
200 210 220 230 240 250
pF1KB7 VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQ
::::::.::::.::::::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::
CCDS41 VSHLLVAEPEKIYAMPDPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQ
240 250 260 270 280 290
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 MSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQ
::.:::.:::.:.:::. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. .
CCDS41 MSLLQSAWMEILILGVVYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYK
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 ALRLEREEYVLLKALALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRR
...::.::.: :::.:::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . ::
CCDS41 SMKLEKEEFVTLKAIALANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRR
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410 420
pF1KB7 AGRLLLTLPLLRQTAGKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
::..:.::::::::. :.. :::..::::::::::::::::::
CCDS41 AGKMLMTLPLLRQTSTKAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
420 430 440 450
>>CCDS58060.1 ESRRG gene_id:2104|Hs108|chr1 (396 aa)
initn: 1356 init1: 736 opt: 969 Z-score: 873.6 bits: 170.6 E(32554): 2.4e-42
Smith-Waterman score: 1257; 49.9% identity (69.1% similar) in 433 aa overlap (12-420:15-394)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDSPKGSSETETEPPVALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGE
.::.::.:: : : . .. . : : . . . ::.. :.
CCDS58 MSNKDRHIDSSCSSFIKTEPSSPASLTDSVNHHSPGGSSDASG-SYSSTMNGHQNGLDSP
10 20 30 40 50
60 70 80 90
pF1KB7 ----------GAGP--------------GEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGV
:.:: : . .:.:.::::::::::.::::::::
CCDS58 PLYPSAPILGGSGPVRKLYDDCSSTIVEDPQTKCEYMLNSMPKRLCLVCGDIASGYHYGV
60 70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 ASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDR
:::::::::::::::: :::::
CCDS58 ASCEACKAFFKRTIQG---------------------------------------VRLDR
120 130 140
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 VRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAMP
::::::::::: ... :. .: . : .: : : .::::::.::::.::::
CCDS58 VRGGRQKYKRRIDAENSPYLNPQLVQP------AKK---PYNKIVSHLLVAEPEKIYAMP
150 160 170 180 190
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGV
::. ::. . :..::::: :::.:: :.::: :::::.:::.::::.:::.:::.:.:::
CCDS58 DPTVPDSDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSTLSLADQMSLLQSAWMEILILGV
200 210 220 230 240 250
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 AQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALA
. ::: ..:::..:.: ..::. .. ::: .:. :.::::.. ....::.::.: :::.:
CCDS58 VYRSLSFEDELVYADDYIMDEDQSKLAGLLDLNNAILQLVKKYKSMKLEKEEFVTLKAIA
260 270 280 290 300 310
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 LANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
::::::.::::.:::..:...::::: .::::. . ::::..:.::::::::.
CCDS58 LANSDSMHIEDVEAVQKLQDVLHEALQDYEAGQHME----DPRRAGKMLMTLPLLRQTST
320 330 340 350 360
400 410 420
pF1KB7 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
:.. :::..::::::::::::::::::
CCDS58 KAVQHFYNIKLEGKVPMHKLFLEMLEAKV
370 380 390
>>CCDS9850.2 ESRRB gene_id:2103|Hs108|chr14 (508 aa)
initn: 1609 init1: 729 opt: 956 Z-score: 860.5 bits: 168.5 E(32554): 1.3e-41
Smith-Waterman score: 1573; 59.0% identity (77.6% similar) in 434 aa overlap (12-420:15-431)
10 20 30
pF1KB7 MSSQVVGIEPLYIKAEPASPDS---------PKGSSETE--------------TEPP
.::.::.::.: :.:::.. ::
CCDS98 MSSDDRHLGSSCGSFIKTEPSSPSSGIDALSHHSPSGSSDASGGFGLALGTHANGLDSPP
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 VALAPGPAPTRCLPGHKEEEDGEGAGPGEQGGGK--LVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYG
. . : . : : .: :: ..: :... : .:...::::::::::.:::::::
CCDS98 MFAGAGLGGTPC---RKSYEDC-ASGIMEDSAIKCEYMLNAIPKRLCLVCGDIASGYHYG
70 80 90 100 110
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 VASCEACKAFFKRTIQGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLD
:::::::::::::::::.:::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::::::::::
CCDS98 VASCEACKAFFKRTIQGNIEYSCPATNECEITKRRRKSCQACRFMKCLKVGMLKEGVRLD
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RVRGGRQKYKRRPEVDPLPFPGPFPAGPLAVAGGPRKTAAPVNALVSHLLVVEPEKLYAM
:::::::::::: . . :. . : .. .: :.. .::.:::.::.:::::
CCDS98 RVRGGRQKYKRRLDSESSPYLS------LQISPPAKK---PLTKIVSYLLVAEPDKLYAM
180 190 200 210 220
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 PDPAGPDGHLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLG
: :. :.: . :..::::: :::.:: :.::: :::::::::.::::.:::.:::.:.::
CCDS98 PPPGMPEGDIKALTTLCDLADRELVVIIGWAKHIPGFSSLSLGDQMSLLQSAWMEILILG
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 VAQRSLPLQDELAFAEDLVLDEEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKAL
.. :::: .:.:..::: ..::: .: ::: :: :.:::::: . :..:.::.: ::::
CCDS98 IVYRSLPYDDKLVYAEDYIMDEEHSRLAGLLELYRAILQLVRRYKKLKVEKEEFVTLKAL
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 ALANSDSVHIEDAEAVEQLREALHEALLEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTA
:::::::..::: :::..:.. ::::: .:: .. : :.:.::::::::::::
CCDS98 ALANSDSMYIEDLEAVQKLQDLLHEALQDYELSQRHE----EPWRTGKLLLTLPLLRQTA
350 360 370 380 390 400
400 410 420
pF1KB7 GKVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
.:.. :::.:::.:::::::::::::::
CCDS98 AKAVQHFYSVKLQGKVPMHKLFLEMLEAKVGQEQLRGSPKDERMSSHDGKCPFQSAAFTS
410 420 430 440 450 460
>>CCDS9762.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 (530 aa)
initn: 597 init1: 560 opt: 787 Z-score: 709.4 bits: 140.6 E(32554): 3.4e-33
Smith-Waterman score: 787; 40.3% identity (64.4% similar) in 357 aa overlap (78-420:148-497)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PGHKEEEDGEGAGPGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTI
.: ::.: :::::::: :::.:::::::.:
CCDS97 PVNRETLKRKVSGNRCASPVTGPGSKRDAHFCAVCSDYASGYHYGVWSCEGCKAFFKRSI
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 QGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEV
:: .: :::.:.: : : :::.:::::. :: .:::.: : : .: : : ..:
CCDS97 QGHNDYICPATNQCTIDKNRRKSCQACRLRKCYEVGMVKCGSRRERC-GYRLVRRQRSAD
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 DPLPFPGPFPAGPLAVAGG--PRKTAAPVNAL-----VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDG
. : :: .:: :: ..:: : :: .:: .. . :..:
CCDS97 EQLHC-----AGKAKRSGGHAPRVRELLLDALSPEQLVLTLLEAEPPHVL-ISRPSAPFT
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 HLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPL
. . .: : :.:.: :::::.:::: ::: ::. .:.: :::::..:. ::.
CCDS97 EASMMMSLTKLADKELVHMISWAKKIPGFVELSLFDQVRLLESCWMEVLMMGLMWRSIDH
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330
pF1KB7 QDELAFAEDLVLD-EEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDS
.: :: ::::: .:: . :. :. :: . :.. :.:...::. .::. : ::.
CCDS97 PGKLIFAPDLVLDRDEGKCVEGILEIFDMLLATTSRFRELKLQHKEYLCVKAMILLNSSM
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 VHI----EDAEAVEQLREALHEAL--LEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
. .::.. ..: . :. . : . ...: .. . : . ::. : .:....
CCDS97 YPLVTATQDADSSRKLAHLLNAVTDALVWVIAKSGISSQQQSMRLANLLMLLSHVRHASN
420 430 440 450 460 470
400 410 420
pF1KB7 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
: . :. ..: .. ::.. :.::::.:
CCDS97 KGMEHLLNMKCKNVVPVYDLLLEMLNAHVLRGCKSSITGSECSPAEDSKSKEGSQNPQSQ
480 490 500 510 520 530
>>CCDS61470.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 (474 aa)
initn: 560 init1: 560 opt: 718 Z-score: 648.5 bits: 129.2 E(32554): 8.4e-30
Smith-Waterman score: 718; 40.7% identity (63.0% similar) in 327 aa overlap (78-390:148-467)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PGHKEEEDGEGAGPGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTI
.: ::.: :::::::: :::.:::::::.:
CCDS61 PVNRETLKRKVSGNRCASPVTGPGSKRDAHFCAVCSDYASGYHYGVWSCEGCKAFFKRSI
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 QGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEV
:: .: :::.:.: : : :::.:::::. :: .:::.: : : .: : : ..:
CCDS61 QGHNDYICPATNQCTIDKNRRKSCQACRLRKCYEVGMVKCGSRRERC-GYRLVRRQRSAD
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 DPLPFPGPFPAGPLAVAGG--PRKTAAPVNAL-----VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDG
. : :: .:: :: ..:: : :: .:: .. . :..:
CCDS61 EQLHC-----AGKAKRSGGHAPRVRELLLDALSPEQLVLTLLEAEPPHVL-ISRPSAPFT
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 HLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPL
. . .: : :.:.: :::::.:::: ::: ::. .:.: :::::..:. ::.
CCDS61 EASMMMSLTKLADKELVHMISWAKKIPGFVELSLFDQVRLLESCWMEVLMMGLMWRSIDH
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330
pF1KB7 QDELAFAEDLVLD-EEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDS
.: :: ::::: .:: . :. :. :: . :.. :.:...::. .::. : ::.
CCDS61 PGKLIFAPDLVLDRDEGKCVEGILEIFDMLLATTSRFRELKLQHKEYLCVKAMILLNSSM
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 VHI----EDAEAVEQLREALHEAL--LEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
. .::.. ..: . :. . : . ...: .. . : . ::. : .:.
CCDS61 YPLVTATQDADSSRKLAHLLNAVTDALVWVIAKSGISSQQQSMRLANLLMLLSHVRHARS
420 430 440 450 460 470
400 410 420
pF1KB7 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
CCDS61 CVYK
>>CCDS55920.1 ESR2 gene_id:2100|Hs108|chr14 (481 aa)
initn: 560 init1: 560 opt: 718 Z-score: 648.4 bits: 129.2 E(32554): 8.5e-30
Smith-Waterman score: 718; 40.7% identity (63.0% similar) in 327 aa overlap (78-390:148-467)
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 PGHKEEEDGEGAGPGEQGGGKLVLSSLPKRLCLVCGDVASGYHYGVASCEACKAFFKRTI
.: ::.: :::::::: :::.:::::::.:
CCDS55 PVNRETLKRKVSGNRCASPVTGPGSKRDAHFCAVCSDYASGYHYGVWSCEGCKAFFKRSI
120 130 140 150 160 170
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 QGSIEYSCPASNECEITKRRRKACQACRFTKCLRVGMLKEGVRLDRVRGGRQKYKRRPEV
:: .: :::.:.: : : :::.:::::. :: .:::.: : : .: : : ..:
CCDS55 QGHNDYICPATNQCTIDKNRRKSCQACRLRKCYEVGMVKCGSRRERC-GYRLVRRQRSAD
180 190 200 210 220 230
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 DPLPFPGPFPAGPLAVAGG--PRKTAAPVNAL-----VSHLLVVEPEKLYAMPDPAGPDG
. : :: .:: :: ..:: : :: .:: .. . :..:
CCDS55 EQLHC-----AGKAKRSGGHAPRVRELLLDALSPEQLVLTLLEAEPPHVL-ISRPSAPFT
240 250 260 270 280 290
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 HLPAVATLCDLFDREIVVTISWAKSIPGFSSLSLSDQMSVLQSVWMEVLVLGVAQRSLPL
. . .: : :.:.: :::::.:::: ::: ::. .:.: :::::..:. ::.
CCDS55 EASMMMSLTKLADKELVHMISWAKKIPGFVELSLFDQVRLLESCWMEVLMMGLMWRSIDH
300 310 320 330 340 350
290 300 310 320 330
pF1KB7 QDELAFAEDLVLD-EEGARAAGLGELGAALLQLVRRLQALRLEREEYVLLKALALANSDS
.: :: ::::: .:: . :. :. :: . :.. :.:...::. .::. : ::.
CCDS55 PGKLIFAPDLVLDRDEGKCVEGILEIFDMLLATTSRFRELKLQHKEYLCVKAMILLNSSM
360 370 380 390 400 410
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 VHI----EDAEAVEQLREALHEAL--LEYEAGRAGPGGGAERRRAGRLLLTLPLLRQTAG
. .::.. ..: . :. . : . ...: .. . : . ::. : .:.
CCDS55 YPLVTATQDADSSRKLAHLLNAVTDALVWVIAKSGISSQQQSMRLANLLMLLSHVRHARW
420 430 440 450 460 470
400 410 420
pF1KB7 KVLAHFYGVKLEGKVPMHKLFLEMLEAMMD
CCDS55 GEKQFIHLKLS
480
423 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 22:06:50 2016 done: Fri Nov 4 22:06:50 2016
Total Scan time: 2.900 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]