Result of FASTA (omim) for
pFN21AA0325
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA0325, 4646 aa
1>>>pF1KA0325 4646 - 4646 aa - 4646 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6711+/-0.000672; mu= 17.3303+/- 0.041
mean_var=156.2278+/-31.990, 0's: 0 Z-trim(107.7): 187 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.102611
statistics sampled from 15542 (15723) to 15542 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.484), E-opt: 0.2 (0.184), width: 16
Scan time: 31.180
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001367 (OMIM: 158600,600112,614228,614563) cyto (4646) 30492 4529.4 0
XP_016861618 (OMIM: 603332) PREDICTED: dynein heav (4288) 1973 307.5 4.5e-81
XP_016873781 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4101) 1946 303.5 6.9e-80
XP_016873780 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4237) 1946 303.5 7.1e-80
NP_001368 (OMIM: 603297) cytoplasmic dynein 2 heav (4307) 1946 303.5 7.2e-80
XP_006718966 (OMIM: 603297) PREDICTED: cytoplasmic (4300) 1768 277.2 6.2e-72
XP_016861621 (OMIM: 603332) PREDICTED: dynein heav (3376) 1723 270.5 5.2e-70
XP_016864677 (OMIM: 603335,608644) PREDICTED: dyne (2653) 1633 257.1 4.4e-66
XP_016878919 (OMIM: 603334) PREDICTED: dynein heav (2095) 1529 241.6 1.6e-61
XP_011509799 (OMIM: 610061) PREDICTED: dynein heav (2148) 1522 240.6 3.3e-61
XP_016861622 (OMIM: 603332) PREDICTED: dynein heav (3233) 1414 224.7 2.9e-56
XP_016861620 (OMIM: 603332) PREDICTED: dynein heav (4246) 1357 216.3 1.3e-53
XP_011542369 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4541) 1172 189.0 2.3e-45
XP_011542383 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (2803) 1156 186.5 8.3e-45
XP_011542381 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (3066) 1156 186.5 8.9e-45
XP_016855788 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (3086) 1156 186.5 8.9e-45
XP_011542378 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (3566) 1156 186.5 1e-44
XP_011542376 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (3823) 1156 186.6 1.1e-44
XP_016855787 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (3888) 1156 186.6 1.1e-44
XP_011542375 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4033) 1156 186.6 1.1e-44
XP_011542374 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4178) 1156 186.6 1.1e-44
XP_011542373 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4441) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542372 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4491) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542371 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4499) 1156 186.6 1.2e-44
NP_001364 (OMIM: 603341) dynein heavy chain 14, ax (4515) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542368 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4545) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542367 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4553) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542366 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4561) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542365 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4564) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542364 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4565) 1156 186.6 1.2e-44
XP_016855786 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4578) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542363 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4582) 1156 186.6 1.2e-44
XP_016855785 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4584) 1156 186.6 1.2e-44
XP_006711798 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4586) 1156 186.6 1.2e-44
XP_016855784 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4592) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542361 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4601) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542360 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4616) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011542359 (OMIM: 603341) PREDICTED: dynein heav (4617) 1156 186.6 1.2e-44
XP_011521972 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (3551) 1087 176.3 1.2e-41
XP_016879708 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (3799) 1087 176.3 1.2e-41
XP_011521970 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (3973) 1087 176.3 1.3e-41
XP_011521969 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (4427) 1087 176.4 1.4e-41
NP_065928 (OMIM: 603333) dynein heavy chain 2, axo (4427) 1087 176.4 1.4e-41
XP_011521968 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (4446) 1087 176.4 1.4e-41
XP_011521966 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (4509) 1087 176.4 1.4e-41
XP_011521965 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (4509) 1087 176.4 1.4e-41
XP_011521971 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (3841) 1068 173.5 8.8e-41
XP_016859013 (OMIM: 603336) PREDICTED: dynein heav (2213) 1052 171.0 3e-40
XP_011530962 (OMIM: 603336) PREDICTED: dynein heav (2275) 1052 171.0 3e-40
XP_016879707 (OMIM: 603333) PREDICTED: dynein heav (3844) 1050 170.9 5.6e-40
>>NP_001367 (OMIM: 158600,600112,614228,614563) cytoplas (4646 aa)
initn: 30492 init1: 30492 opt: 30492 Z-score: 24392.8 bits: 4529.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 30492; 100.0% identity (100.0% similar) in 4646 aa overlap (1-4646:1-4646)
10 20 30 40 50 60
pF1KA0 MSEPGGGGGEDGSAGLEVSAVQNVADVSVLQKHLRKLVPLLLEDGGEAPAALEAALEEKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MSEPGGGGGEDGSAGLEVSAVQNVADVSVLQKHLRKLVPLLLEDGGEAPAALEAALEEKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA0 ALEQMRKFLSDPQVHTVLVERSTLKEDVGDEGEEEKEFISYNINIDIHYGVKSNSLAFIK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ALEQMRKFLSDPQVHTVLVERSTLKEDVGDEGEEEKEFISYNINIDIHYGVKSNSLAFIK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA0 RTPVIDADKPVSSQLRVLTLSEDSPYETLHSFISNAVAPFFKSYIRESGKADRDGDKMAP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RTPVIDADKPVSSQLRVLTLSEDSPYETLHSFISNAVAPFFKSYIRESGKADRDGDKMAP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA0 SVEKKIAELEMGLLHLQQNIEIPEISLPIHPMITNVAKQCYERGEKPKVTDFGDKVEDPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SVEKKIAELEMGLLHLQQNIEIPEISLPIHPMITNVAKQCYERGEKPKVTDFGDKVEDPT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA0 FLNQLQSGVNRWIREIQKVTKLDRDPASGTALQEISFWLNLERALYRIQEKRESPEVLLT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FLNQLQSGVNRWIREIQKVTKLDRDPASGTALQEISFWLNLERALYRIQEKRESPEVLLT
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA0 LDILKHGKRFHATVSFDTDTGLKQALETVNDYNPLMKDFPLNDLLSATELDKIRQALVAI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LDILKHGKRFHATVSFDTDTGLKQALETVNDYNPLMKDFPLNDLLSATELDKIRQALVAI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA0 FTHLRKIRNTKYPIQRALRLVEAISRDLSSQLLKVLGTRKLMHVAYEEFEKVMVACFEVF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FTHLRKIRNTKYPIQRALRLVEAISRDLSSQLLKVLGTRKLMHVAYEEFEKVMVACFEVF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA0 QTWDDEYEKLQVLLRDIVKRKREENLKMVWRINPAHRKLQARLDQMRKFRRQHEQLRAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QTWDDEYEKLQVLLRDIVKRKREENLKMVWRINPAHRKLQARLDQMRKFRRQHEQLRAVI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA0 VRVLRPQVTAVAQQNQGEVPEPQDMKVAEVLFDAADANAIEEVNLAYENVKEVDGLDVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VRVLRPQVTAVAQQNQGEVPEPQDMKVAEVLFDAADANAIEEVNLAYENVKEVDGLDVSK
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA0 EGTEAWEAAMKRYDERIDRVETRITARLRDQLGTAKNANEMFRIFSRFNALFVRPHIRGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EGTEAWEAAMKRYDERIDRVETRITARLRDQLGTAKNANEMFRIFSRFNALFVRPHIRGA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA0 IREYQTQLIQRVKDDIESLHDKFKVQYPQSQACKMSHVRDLPPVSGSIIWAKQIDRQLTA
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NP_001 IREYQTQLIQRVKDDIESLHDKFKVQYPQSQACKMSHVRDLPPVSGSIIWAKQIDRQLTA
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA0 YMKRVEDVLGKGWENHVEGQKLKQDGDSFRMKLNTQEIFDDWARKVQQRNLGVSGRIFTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 YMKRVEDVLGKGWENHVEGQKLKQDGDSFRMKLNTQEIFDDWARKVQQRNLGVSGRIFTI
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA0 ESTRVRGRTGNVLKLKVNFLPEIITLSKEVRNLKWLGFRVPLAIVNKAHQANQLYPFAIS
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NP_001 ESTRVRGRTGNVLKLKVNFLPEIITLSKEVRNLKWLGFRVPLAIVNKAHQANQLYPFAIS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA0 LIESVRTYERTCEKVEERNTISLLVAGLKKEVQALIAEGIALVWESYKLDPYVQRLAETV
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NP_001 LIESVRTYERTCEKVEERNTISLLVAGLKKEVQALIAEGIALVWESYKLDPYVQRLAETV
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA0 FNFQEKVDDLLIIEEKIDLEVRSLETCMYDHKTFSEILNRVQKAVDDLNLHSYSNLPIWV
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NP_001 FNFQEKVDDLLIIEEKIDLEVRSLETCMYDHKTFSEILNRVQKAVDDLNLHSYSNLPIWV
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA0 NKLDMEIERILGVRLQAGLRAWTQVLLGQAEDKAEVDMDTDAPQVSHKPGGEPKIKNVVH
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NP_001 NKLDMEIERILGVRLQAGLRAWTQVLLGQAEDKAEVDMDTDAPQVSHKPGGEPKIKNVVH
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA0 ELRITNQVIYLNPPIEECRYKLYQEMFAWKMVVLSLPRIQSQRYQVGVHYELTEEEKFYR
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NP_001 ELRITNQVIYLNPPIEECRYKLYQEMFAWKMVVLSLPRIQSQRYQVGVHYELTEEEKFYR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA0 NALTRMPDGPVALEESYSAVMGIVSEVEQYVKVWLQYQCLWDMQAENIYNRLGEDLNKWQ
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NP_001 NALTRMPDGPVALEESYSAVMGIVSEVEQYVKVWLQYQCLWDMQAENIYNRLGEDLNKWQ
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KA0 ALLVQIRKARGTFDNAETKKEFGPVVIDYGKVQSKVNLKYDSWHKEVLSKFGQMLGSNMT
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NP_001 ALLVQIRKARGTFDNAETKKEFGPVVIDYGKVQSKVNLKYDSWHKEVLSKFGQMLGSNMT
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KA0 EFHSQISKSRQELEQHSVDTASTSDAVTFITYVQSLKRKIKQFEKQVELYRNGQRLLEKQ
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NP_001 EFHSQISKSRQELEQHSVDTASTSDAVTFITYVQSLKRKIKQFEKQVELYRNGQRLLEKQ
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KA0 RFQFPPSWLYIDNIEGEWGAFNDIMRRKDSAIQQQVANLQMKIVQEDRAVESRTTDLLTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RFQFPPSWLYIDNIEGEWGAFNDIMRRKDSAIQQQVANLQMKIVQEDRAVESRTTDLLTD
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KA0 WEKTKPVTGNLRPEEALQALTIYEGKFGRLKDDREKCAKAKEALELTDTGLLSGSEERVQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WEKTKPVTGNLRPEEALQALTIYEGKFGRLKDDREKCAKAKEALELTDTGLLSGSEERVQ
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KA0 VALEELQDLKGVWSELSKVWEQIDQMKEQPWVSVQPRKLRQNLDALLNQLKSFPARLRQY
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NP_001 VALEELQDLKGVWSELSKVWEQIDQMKEQPWVSVQPRKLRQNLDALLNQLKSFPARLRQY
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KA0 ASYEFVQRLLKGYMKINMLVIELKSEALKDRHWKQLMKRLHVNWVVSELTLGQIWDVDLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ASYEFVQRLLKGYMKINMLVIELKSEALKDRHWKQLMKRLHVNWVVSELTLGQIWDVDLQ
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KA0 KNEAIVKDVLLVAQGEMALEEFLKQIREVWNTYELDLVNYQNKCRLIRGWDDLFNKVKEH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KNEAIVKDVLLVAQGEMALEEFLKQIREVWNTYELDLVNYQNKCRLIRGWDDLFNKVKEH
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KA0 INSVSAMKLSPYYKVFEEDALSWEDKLNRIMALFDVWIDVQRRWVYLEGIFTGSADIKHL
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NP_001 INSVSAMKLSPYYKVFEEDALSWEDKLNRIMALFDVWIDVQRRWVYLEGIFTGSADIKHL
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KA0 LPVETQRFQSISTEFLALMKKVSKSPLVMDVLNIQGVQRSLERLADLLGKIQKALGEYLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPVETQRFQSISTEFLALMKKVSKSPLVMDVLNIQGVQRSLERLADLLGKIQKALGEYLE
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KA0 RERSSFPRFYFVGDEDLLEIIGNSKNVAKLQKHFKKMFAGVSSIILNEDNSVVLGISSRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RERSSFPRFYFVGDEDLLEIIGNSKNVAKLQKHFKKMFAGVSSIILNEDNSVVLGISSRE
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KA0 GEEVMFKTPVSITEHPKINEWLTLVEKEMRVTLAKLLAESVTEVEIFGKATSIDPNTYIT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GEEVMFKTPVSITEHPKINEWLTLVEKEMRVTLAKLLAESVTEVEIFGKATSIDPNTYIT
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KA0 WIDKYQAQLVVLSAQIAWSENVETALSSMGGGGDAAPLHSVLSNVEVTLNVLADSVLMEQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WIDKYQAQLVVLSAQIAWSENVETALSSMGGGGDAAPLHSVLSNVEVTLNVLADSVLMEQ
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KA0 PPLRRRKLEHLITELVHQRDVTRSLIKSKIDNAKSFEWLSQMRFYFDPKQTDVLQQLSIQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 PPLRRRKLEHLITELVHQRDVTRSLIKSKIDNAKSFEWLSQMRFYFDPKQTDVLQQLSIQ
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KA0 MANAKFNYGFEYLGVQDKLVQTPLTDRCYLTMTQALEARLGGSPFGPAGTGKTESVKALG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MANAKFNYGFEYLGVQDKLVQTPLTDRCYLTMTQALEARLGGSPFGPAGTGKTESVKALG
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KA0 HQLGRFVLVFNCDETFDFQAMGRIFVGLCQVGAWGCFDEFNRLEERMLSAVSQQVQCIQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HQLGRFVLVFNCDETFDFQAMGRIFVGLCQVGAWGCFDEFNRLEERMLSAVSQQVQCIQE
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KA0 ALREHSNPNYDKTSAPITCELLNKQVKVSPDMAIFITMNPGYAGRSNLPDNLKKLFRSLA
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NP_001 ALREHSNPNYDKTSAPITCELLNKQVKVSPDMAIFITMNPGYAGRSNLPDNLKKLFRSLA
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.. .:: . .: : .: . ...: . .::: : . :.:..
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NP_001 TNIDTSS---EDPGNTESGILELKLKALILDIIHNIDVVKQLNQIQVHTTEDWAWKKQLR
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NP_001 FYMKSDHT-----CCVQMVDSEFQYTYEYQGNASKLVYTPLTDKCYLTLTQAMKMGLGGN
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NP_001 PYGPAGTGKTESVKALGGLLGRQVLVFNCDEGIDVKSMGRIFVGLVKCGAWGCFDEFNRL
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..:.:.::. :...:::::.::: ::.: :: . : . ..:::.
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.. : ..... . . . . .: :: .:: .: .: .. :. ..
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.:. :::.. :. .. :. : . :. : : :. . . : :. . .
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. . . :. : : : . ::. ..:..: :: : :: : : :. : .
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::...: .:.:: :.:. :: . :.. ...: :.:: :::.:..: .:
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NP_001 HLFDIILTSVFQGDWGS-DILDNMSDS-FYVTWGARHNSGARAAPGQPLPPHGKPLGKLN
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:: . ...... . :... : : ... .... :: .:. :.. :.
NP_001 ------DKKRKEEKKKNSVDPD--FLKSFL------LIHESCKAYGATPSRYMTFLHVYS
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NP_001 AISSSKKKELLKRQSHLQAGVSKLNEAKALVDELNRKAGEQSVLLKTKQDEADAALQMIT
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NP_001 VSMQDASEQKTELERLKHRIAEEVVKIEERKNKIDDELKEVQPLVNEAKLAVGNIKPESL
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NP_001 SEIRSLRMPPDVIRDILEGVLRLMGIFDTSWVSMKSFLAKRGVREDIATFDARNISKEIR
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NP_001 ESVEELLFKNKGSFDPKNAKRASTAAAPLAAWVKANIQYSHVLERIHPLETEQAGLESNL
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: .... ..:... .. .... ::.. ::: ..:... .. .. . .:...:.
NP_001 KKTEDRKRKLEELLNSVGQKVSELKEKFQSRTSEAAKLEAEVSKAQETIKAAEVLINQLD
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NP_001 KFDLRR--FLCTESEQLIWKSEGLPSDDLSIENALVILQSRVCPFLIDPSSQATEWLKTH
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NP_001 LKDSRLEVINQQDSNFITALELAVRFGKTLIIQEMDGVEPVLYPLLRRDLVAQGPRYVVQ
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