Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3770
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3770, 994 aa
  1>>>pF1KE3770 994 - 994 aa - 994 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4922+/-0.00104; mu= 8.0809+/- 0.063
 mean_var=200.0373+/-42.462, 0's: 0 Z-trim(110.4): 8  B-trim: 0 in 0/53
 Lambda= 0.090682
 statistics sampled from 11582 (11586) to 11582 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.701), E-opt: 0.2 (0.356), width:  16
 Scan time:  4.470

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10324.1 BNC1 gene_id:646|Hs108|chr15           ( 994) 6722 892.9       0
CCDS73771.1 BNC1 gene_id:646|Hs108|chr15           ( 987) 6491 862.7       0
CCDS6482.2 BNC2 gene_id:54796|Hs108|chr9           (1099) 1762 244.1 1.2e-63


>>CCDS10324.1 BNC1 gene_id:646|Hs108|chr15                (994 aa)
 initn: 6722 init1: 6722 opt: 6722  Z-score: 4763.6  bits: 892.9 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6722; 100.0% identity (100.0% similar) in 994 aa overlap (1-994:1-994)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MRRRPPSRGGRGAARARETRRQPRHRSGRRMAEAISCTLNCSCQSFKPGKINHRQCDQCK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MRRRPPSRGGRGAARARETRRQPRHRSGRRMAEAISCTLNCSCQSFKPGKINHRQCDQCK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 HGWVAHALSKLRIPPMYPTSQVEIVQSNVVFDISSLMLYGTQAIPVRLKILLDRLFSVLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HGWVAHALSKLRIPPMYPTSQVEIVQSNVVFDISSLMLYGTQAIPVRLKILLDRLFSVLK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 QDEVLQILHALDWTLQDYIRGYVLQDASGKVLDHWSIMTSEEEVATLQQFLRFGETKSIV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QDEVLQILHALDWTLQDYIRGYVLQDASGKVLDHWSIMTSEEEVATLQQFLRFGETKSIV
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 ELMAIQEKEEQSIIIPPSTANVDIRAFIESCSHRSSSLPTPVDKGNPSSIHPFENLISNM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ELMAIQEKEEQSIIIPPSTANVDIRAFIESCSHRSSSLPTPVDKGNPSSIHPFENLISNM
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 TFMLPFQFFNPLPPALIGSLPEQYMLEQGHDQSQDPKQEVHGPFPDSSFLTSSSTPFQVE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 TFMLPFQFFNPLPPALIGSLPEQYMLEQGHDQSQDPKQEVHGPFPDSSFLTSSSTPFQVE
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 KDQCLNCPDAITKKEDSTHLSDSSSYNIVTKFERTQLSPEAKVKPERNSLGTKKGRVFCT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KDQCLNCPDAITKKEDSTHLSDSSSYNIVTKFERTQLSPEAKVKPERNSLGTKKGRVFCT
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 ACEKTFYDKGTLKIHYNAVHLKIKHKCTIEGCNMVFSSLRSRNRHSANPNPRLHMPMNRN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ACEKTFYDKGTLKIHYNAVHLKIKHKCTIEGCNMVFSSLRSRNRHSANPNPRLHMPMNRN
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 NRDKDLRNSLNLASSENYKCPGFTVTSPDCRPPPSYPGSGEDSKGQPAFPNIGQNGVLFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NRDKDLRNSLNLASSENYKCPGFTVTSPDCRPPPSYPGSGEDSKGQPAFPNIGQNGVLFP
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 NLKTVQPVLPFYRSPATPAEVANTPGILPSLPLLSSSIPEQLISNEMPFDALPKKKSRKS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 NLKTVQPVLPFYRSPATPAEVANTPGILPSLPLLSSSIPEQLISNEMPFDALPKKKSRKS
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 SMPIKIEKEAVEIANEKRHNLSSDEDMPLQVVSEDEQEACSPQSHRVSEEQHVQSGGLGK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SMPIKIEKEAVEIANEKRHNLSSDEDMPLQVVSEDEQEACSPQSHRVSEEQHVQSGGLGK
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 PFPEGERPCHRESVIESSGAISQTPEQATHNSERETEQTPALIMVPREVEDGGHEHYFTP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PFPEGERPCHRESVIESSGAISQTPEQATHNSERETEQTPALIMVPREVEDGGHEHYFTP
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 GMEPQVPFSDYMELQQRLLAGGLFSALSNRGMAFPCLEDSKELEHVGQHALARQIEENRF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GMEPQVPFSDYMELQQRLLAGGLFSALSNRGMAFPCLEDSKELEHVGQHALARQIEENRF
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 QCDICKKTFKNACSVKIHHKNMHVKEMHTCTVEGCNATFPSRRSRDRHSSNLNLHQKALS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QCDICKKTFKNACSVKIHHKNMHVKEMHTCTVEGCNATFPSRRSRDRHSSNLNLHQKALS
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE3 QEALESSEDHFRAAYLLKDVAKEAYQDVAFTQQASQTSVIFKGTSRMGSLVYPITQVHSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 QEALESSEDHFRAAYLLKDVAKEAYQDVAFTQQASQTSVIFKGTSRMGSLVYPITQVHSA
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE3 SLESYNSGPLSEGTILDLSTTSSMKSESSSHSSWDSDGVSEEGTVLMEDSDGNCEGSSLV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SLESYNSGPLSEGTILDLSTTSSMKSESSSHSSWDSDGVSEEGTVLMEDSDGNCEGSSLV
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE3 PGEDEYPICVLMEKADQSLASLPSGLPITCHLCQKTYSNKGTFRAHYKTVHLRQLHKCKV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PGEDEYPICVLMEKADQSLASLPSGLPITCHLCQKTYSNKGTFRAHYKTVHLRQLHKCKV
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990    
pF1KE3 PGCNTMFSSVRSRNRHSQNPNLHKSLASSPSHLQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 PGCNTMFSSVRSRNRHSQNPNLHKSLASSPSHLQ
              970       980       990    

>>CCDS73771.1 BNC1 gene_id:646|Hs108|chr15                (987 aa)
 initn: 6491 init1: 6491 opt: 6491  Z-score: 4600.3  bits: 862.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6491; 100.0% identity (100.0% similar) in 961 aa overlap (34-994:27-987)

            10        20        30        40        50        60   
pF1KE3 RPPSRGGRGAARARETRRQPRHRSGRRMAEAISCTLNCSCQSFKPGKINHRQCDQCKHGW
                                     ::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73     MRCRNMFFSFKASLCGCGAATAPSLTAISCTLNCSCQSFKPGKINHRQCDQCKHGW
                   10        20        30        40        50      

            70        80        90       100       110       120   
pF1KE3 VAHALSKLRIPPMYPTSQVEIVQSNVVFDISSLMLYGTQAIPVRLKILLDRLFSVLKQDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VAHALSKLRIPPMYPTSQVEIVQSNVVFDISSLMLYGTQAIPVRLKILLDRLFSVLKQDE
         60        70        80        90       100       110      

           130       140       150       160       170       180   
pF1KE3 VLQILHALDWTLQDYIRGYVLQDASGKVLDHWSIMTSEEEVATLQQFLRFGETKSIVELM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 VLQILHALDWTLQDYIRGYVLQDASGKVLDHWSIMTSEEEVATLQQFLRFGETKSIVELM
        120       130       140       150       160       170      

           190       200       210       220       230       240   
pF1KE3 AIQEKEEQSIIIPPSTANVDIRAFIESCSHRSSSLPTPVDKGNPSSIHPFENLISNMTFM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 AIQEKEEQSIIIPPSTANVDIRAFIESCSHRSSSLPTPVDKGNPSSIHPFENLISNMTFM
        180       190       200       210       220       230      

           250       260       270       280       290       300   
pF1KE3 LPFQFFNPLPPALIGSLPEQYMLEQGHDQSQDPKQEVHGPFPDSSFLTSSSTPFQVEKDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LPFQFFNPLPPALIGSLPEQYMLEQGHDQSQDPKQEVHGPFPDSSFLTSSSTPFQVEKDQ
        240       250       260       270       280       290      

           310       320       330       340       350       360   
pF1KE3 CLNCPDAITKKEDSTHLSDSSSYNIVTKFERTQLSPEAKVKPERNSLGTKKGRVFCTACE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 CLNCPDAITKKEDSTHLSDSSSYNIVTKFERTQLSPEAKVKPERNSLGTKKGRVFCTACE
        300       310       320       330       340       350      

           370       380       390       400       410       420   
pF1KE3 KTFYDKGTLKIHYNAVHLKIKHKCTIEGCNMVFSSLRSRNRHSANPNPRLHMPMNRNNRD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KTFYDKGTLKIHYNAVHLKIKHKCTIEGCNMVFSSLRSRNRHSANPNPRLHMPMNRNNRD
        360       370       380       390       400       410      

           430       440       450       460       470       480   
pF1KE3 KDLRNSLNLASSENYKCPGFTVTSPDCRPPPSYPGSGEDSKGQPAFPNIGQNGVLFPNLK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 KDLRNSLNLASSENYKCPGFTVTSPDCRPPPSYPGSGEDSKGQPAFPNIGQNGVLFPNLK
        420       430       440       450       460       470      

           490       500       510       520       530       540   
pF1KE3 TVQPVLPFYRSPATPAEVANTPGILPSLPLLSSSIPEQLISNEMPFDALPKKKSRKSSMP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 TVQPVLPFYRSPATPAEVANTPGILPSLPLLSSSIPEQLISNEMPFDALPKKKSRKSSMP
        480       490       500       510       520       530      

           550       560       570       580       590       600   
pF1KE3 IKIEKEAVEIANEKRHNLSSDEDMPLQVVSEDEQEACSPQSHRVSEEQHVQSGGLGKPFP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 IKIEKEAVEIANEKRHNLSSDEDMPLQVVSEDEQEACSPQSHRVSEEQHVQSGGLGKPFP
        540       550       560       570       580       590      

           610       620       630       640       650       660   
pF1KE3 EGERPCHRESVIESSGAISQTPEQATHNSERETEQTPALIMVPREVEDGGHEHYFTPGME
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 EGERPCHRESVIESSGAISQTPEQATHNSERETEQTPALIMVPREVEDGGHEHYFTPGME
        600       610       620       630       640       650      

           670       680       690       700       710       720   
pF1KE3 PQVPFSDYMELQQRLLAGGLFSALSNRGMAFPCLEDSKELEHVGQHALARQIEENRFQCD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 PQVPFSDYMELQQRLLAGGLFSALSNRGMAFPCLEDSKELEHVGQHALARQIEENRFQCD
        660       670       680       690       700       710      

           730       740       750       760       770       780   
pF1KE3 ICKKTFKNACSVKIHHKNMHVKEMHTCTVEGCNATFPSRRSRDRHSSNLNLHQKALSQEA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 ICKKTFKNACSVKIHHKNMHVKEMHTCTVEGCNATFPSRRSRDRHSSNLNLHQKALSQEA
        720       730       740       750       760       770      

           790       800       810       820       830       840   
pF1KE3 LESSEDHFRAAYLLKDVAKEAYQDVAFTQQASQTSVIFKGTSRMGSLVYPITQVHSASLE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 LESSEDHFRAAYLLKDVAKEAYQDVAFTQQASQTSVIFKGTSRMGSLVYPITQVHSASLE
        780       790       800       810       820       830      

           850       860       870       880       890       900   
pF1KE3 SYNSGPLSEGTILDLSTTSSMKSESSSHSSWDSDGVSEEGTVLMEDSDGNCEGSSLVPGE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS73 SYNSGPLSEGTILDLSTTSSMKSESSSHSSWDSDGVSEEGTVLMEDSDGNCEGSSLVPGE
        840       850       860       870       880       890      

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CCDS64 ASRKGRVFCNACGKTFYDKGTLKIHYNAVHLKIKHRCTIEGCNMVFSSLRSRNRHSANPN
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CCDS64 PTYDMFYMSQYGLYNGGGASMAALHESFTSSLNYGSPQKFSPEGDLCSSPDPK--ICYVC
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CCDS64 KKSFKSSYSVKLHYRNVHLKEMHVCTVAGCNAAFPSRRSRDRHSANINLHRKLLTKELDD
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CCDS64 GRGMAEDYMVLDLSTTSSLQSSSSIHSSRESDAGSDEG-ILLDDIDGASDSGESAHKAEA
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CCDS64 GCNMMFSSVRSRNRHSQNPNLHKNIPFTSVD  
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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