FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB8316, 423 aa 1>>>pF1KB8316 423 - 423 aa - 423 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.1275+/-0.000362; mu= 0.4030+/- 0.022 mean_var=220.9695+/-46.067, 0's: 0 Z-trim(121.2): 15 B-trim: 2152 in 1/56 Lambda= 0.086280 statistics sampled from 37428 (37443) to 37428 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.439), width: 16 Scan time: 10.000 The best scores are: opt bits E(85289) NP_149099 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcr ( 401) 513 76.4 1.5e-13 XP_005262622 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat ( 323) 424 65.2 2.7e-10 XP_016885574 (OMIM: 400029,415000) PREDICTED: heat ( 328) 424 65.2 2.7e-10 NP_689797 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcr ( 203) 381 59.7 7.6e-09 >>NP_149099 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcripti (401 aa) initn: 496 init1: 300 opt: 513 Z-score: 364.4 bits: 76.4 E(85289): 1.5e-13 Smith-Waterman score: 563; 35.2% identity (59.6% similar) in 369 aa overlap (55-395:35-397) 30 40 50 60 70 80 pF1KB8 ERVPFPPQLQSETYLHPADPSPAWDDPGSTGSPNLRLLTEEIAFQPLAEEASFRRPHPDG :. .:: . :: ::: :.. . .. : NP_149 SSETQDVSPKDELTASEASTRSPLCEHTFPGDSDLRSMIEEHAFQVLSQGSLLESPSYTV 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KB8 DVP-PQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKLFEKEILKRDVAHK : :. .:..::: ::.:::..: :.::.:: ::..:.: :::..::.::::. . .. 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XP_016 EASEESLFSASKNLNM-PLTRESSVRQIIANSSVPIRSGFPPPSPSTSVGPSEQIATDQH 160 170 180 190 200 210 290 300 310 320 330 340 pF1KB8 PVTQPAGEWSEGSQAHVTPVAA----VPGPAALPFLYVPGSPTQMNSYGPVVALPTASRS . . : : : . : : .. : :: : . .: .: :.: . XP_016 AILNQLTTIHMHS--HSTYMQARGHIVNFITTTTSQYHIISPLQNGYFGLTVE-PSAVPT 220 230 240 250 260 270 350 360 370 380 390 400 pF1KB8 TLAMDTTG-LPAPGMLPFCHLWVPVTLVAAGAAQPAASMVMFPHLPALHHHCPHSHCTSQ . ... : .::: . :. . .: .: : . ... : : ..: XP_016 RYPLVSVNEAPYRNMLPAGNPWLQMPTIADRSAAPHSRLALQPS-PLDKYHPNYN 280 290 300 310 320 410 420 pF1KB8 YMPASDGPQAYPDYADQST >>NP_689797 (OMIM: 400029,415000) heat shock transcripti (203 aa) initn: 333 init1: 300 opt: 381 Z-score: 279.8 bits: 59.7 E(85289): 7.6e-09 Smith-Waterman score: 381; 45.7% identity (72.1% similar) in 140 aa overlap (55-191:35-174) 30 40 50 60 70 80 pF1KB8 ERVPFPPQLQSETYLHPADPSPAWDDPGSTGSPNLRLLTEEIAFQPLAEEASFRRPHPDG :. .:: . :: ::: :.. . .. : NP_689 SSETQDVSPKDELTASEASTRSPLCEHTFPGDSDLRSMIEEHAFQVLSQGSLLESPSYTV 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 pF1KB8 DVP-PQGEDNLLSLPFPQKLWRLVSSNQFSSIWWDDSGACRVINQKLFEKEILKRDVAHK : :. .:..::: ::.:::..: :.::.:: ::..:.: :::..::.::::. . .. NP_689 CVSEPDKDDDFLSLNFPRKLWKIVESDQFKSISWDENGTCIVINEELFKKEILETKAPYR 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 200 pF1KB8 VFATTSIKSFFRQLNLYGFRKRRQCTFRT-FTRIF-SAKRLVSILNKLEFYCHPYFQRDS .: : .:::: :::::::: : .: :. : : : .. :.:.:..: NP_689 IFQTDAIKSFVRQLNLYGFSKIQQNFQRSAFLATFLSEEKESSVLSKIRFTKMKLSRSST 130 140 150 160 170 180 210 220 230 240 250 260 pF1KB8 PHLLVRMKRRVGVKSAPRHQEEDKPEAAGSCLAPADTEQQDHTSPNENDQVTPQHREPAG NP_689 YENRYLCCNLHLKDESNYS 190 200 423 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 04:41:26 2016 done: Mon Nov 7 04:41:28 2016 Total Scan time: 10.000 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]