FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE0293, 329 aa 1>>>pF1KE0293 329 - 329 aa - 329 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5217+/-0.000901; mu= 16.0386+/- 0.054 mean_var=84.9996+/-18.131, 0's: 0 Z-trim(107.3): 27 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.139112 statistics sampled from 9446 (9466) to 9446 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.291), width: 16 Scan time: 2.750 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS73691.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 ( 329) 2092 429.6 1.7e-120 CCDS73692.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 ( 254) 1633 337.3 7.6e-93 CCDS73693.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 ( 360) 881 186.5 2.7e-47 CCDS3479.1 NIPAL1 gene_id:152519|Hs108|chr4 ( 410) 870 184.4 1.4e-46 CCDS47328.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 ( 466) 813 173.0 4.2e-43 CCDS73694.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 ( 341) 736 157.4 1.5e-38 CCDS54944.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 ( 447) 689 148.1 1.3e-35 CCDS6278.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 ( 368) 359 81.8 9.5e-16 CCDS83310.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 ( 383) 359 81.8 9.8e-16 CCDS81281.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 368) 354 80.8 1.9e-15 CCDS30631.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 406) 354 80.8 2e-15 CCDS81282.1 NIPAL3 gene_id:57185|Hs108|chr1 ( 324) 298 69.5 4.2e-12 >>CCDS73691.1 NIPA1 gene_id:123606|Hs108|chr15 (329 aa) initn: 2092 init1: 2092 opt: 2092 Z-score: 2276.6 bits: 429.6 E(32554): 1.7e-120 Smith-Waterman score: 2092; 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CCDS73 FLNERLNLHGKIGCLLSILGSTVMVIHAPKEEEIETLNEMSHKLGDPGFVVFATLVVIVA 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 LLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLV :.::: ..: :: :::.:::.:::..:.:.: .::.:.: .... ..: .. : .. CCDS73 LILIFVVGPRHGQTNILVYITICSVIGAFSVSCVKGLGIAIKELFAGKPVLRHPLAW-IL 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 LLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFL ::... : . .:. :.:.::. :..:. :::: ::: :: :::::.::... . : . CCDS73 LLSLIVC-VSTQINYLNRALDIFNTSIVTPIYYVFFTTSVLTCSAILFKEWQDMPVDDVI 230 240 250 260 270 280 300 310 320 pF1KE0 GMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD : :: :. ::: :...::. .:.:. . : : . CCDS73 GTLSGFFTIIVGIFLLHAFKDVSFSLASLPVSFRKDEKAMNGNLSNMYEVLNNNEESLTC 290 300 310 320 330 340 CCDS73 GIEQHTGENVSRRNGNLTAF 350 360 >>CCDS3479.1 NIPAL1 gene_id:152519|Hs108|chr4 (410 aa) initn: 930 init1: 604 opt: 870 Z-score: 949.9 bits: 184.4 E(32554): 1.4e-46 Smith-Waterman score: 870; 44.8% identity (76.1% similar) in 306 aa overlap (30-327:70-373) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIV----- .:: .:: ::. ::.:.:.:::.. CCDS34 LASPVLYTDLNYSINNLSISANVENKYSLYVGLVLAVSSSIFIGSSFILKKKGLLQLASK 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 ---RAKRRGTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILAS :: . : ::: . .::.: ..:..:. .:: ::. .:..::::::::.: ...::.: CCDS34 GFTRAGQGGHSYLKEWLWWVGLLSMGAGEAANFAAYAFAPATLVTPLGALSVLISAILSS 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 YLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLM :.:.:.::: ::.::.:: ::.:..::.:. : ::. :.: :: .: :... :. .. CCDS34 YFLNEHLNIHGKIGCILSILGSTVMVIHAPQEEEVTSLHEMEMKLRDPGFISFAVIITVI 160 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 LLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCL :.::. .:: .: :::.::::::::.:.:.: :.::.:.: ..... .: .. : . CCDS34 SLVLILIVAPKKGQTNILVYISICSLIGAFSVSSVKGLGIAIKELIEWKPVYKHPLV--F 220 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDF :::::: :. .:. :.::::. :..:. :::: ::..:. :::::.:: .. :. CCDS34 VLLAVLVLSVTTQINYLNKALDTFNTSLVTPIYYVFFTSMVVTCSAILFQEWYGMTAGDI 280 290 300 310 320 330 300 310 320 pF1KE0 LGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD .: :: :. .:: :...::. ... .:.... : CCDS34 IGTLSGFFTIIIGIFLLHAFKNTDITWSELTSTAKKEAVSLNVNENNYVLLENLECSAPG 340 350 360 370 380 390 CCDS34 YNDDVTLFSRTDD 400 410 >>CCDS47328.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 (466 aa) initn: 838 init1: 539 opt: 813 Z-score: 887.3 bits: 173.0 E(32554): 4.2e-43 Smith-Waterman score: 813; 41.5% identity (75.5% similar) in 306 aa overlap (30-324:120-423) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVR---- .:::.: .::.. ::. .:.:::..: CCDS47 QIVNDLSPEVPSNATFHSWQERIRQNYGFYIGLGLAFLSSFLIGSSVILKKKGLLRLVAT 90 100 110 120 130 140 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 -AKRR---GTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILAS : : : .:: : .:::: ..::.:...:: ::. .:...:::::::.: ...::.: CCDS47 GATRAVDGGFGYLKDAMWWAGFLTMAAGEVANFGAYAFAPATVVTPLGALSVLISAILSS 150 160 170 180 190 200 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 YLLKEKLNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLM :.:.:.::.::::::.. :::.:..::.:. :.::: :. :. . :. . ..:. CCDS47 YFLRESLNLLGKLGCVICVAGSTVMVIHAPEEEKVTTIMEMASKMKDTGFIVFAVLLLVS 210 220 230 240 250 260 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 LLLLIFWIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCL :.::: ::: .: ::..:: :::..:.:.: ..::.:.. ...... : .. : : CCDS47 CLILIFVIAPRYGQRNILIYIIICSVIGAFSVAAVKGLGITIKNFFQGLPVVRHPLPYIL 270 280 290 300 310 320 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 VLLAVLGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDF : .:. :. .: ..:.::. :..:. :::: :::.:. .: :::.:: ... ::. CCDS47 SL--ILALSLSTQVNFLNRALDIFNTSLVFPIYYVFFTTVVVTSSIILFKEWYSMSAVDI 330 340 350 360 370 380 300 310 320 pF1KE0 LGMACGFTTVSVGIVLIQVFKEFNFN---LGEMNKSNMKTD : ::.:. .:. ....::..... : .:.:. CCDS47 AGTLSGFVTIILGVFMLHAFKDLDISCASLPHMHKNPPPSPAPEPTVIRLEDKNVLVDNI 390 400 410 420 430 440 CCDS47 ELASTSSPEEKPKVFIIHS 450 460 >>CCDS73694.1 NIPA2 gene_id:81614|Hs108|chr15 (341 aa) initn: 809 init1: 474 opt: 736 Z-score: 805.6 bits: 157.4 E(32554): 1.5e-38 Smith-Waterman score: 813; 42.7% identity (74.0% similar) in 300 aa overlap (30-329:12-298) 10 20 30 40 50 60 pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRRG .:::.:. ::. :..:.:.:::..: :.: CCDS73 MSQGRGKYDFYIGLGLAMSSSIFIGGSFILKKKGLLRLARKG 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE0 TSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLNI . :...:...:: ::. .:..::::::::.: ..::.::.:.:.::. CCDS73 SMR-----------AVGAGEVANFAAYAFAPATLVTPLGALSVLVSAILSSYFLNERLNL 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KE0 LGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWIA ::.::::: ::.:..::.:: : . : :. .:: .: :: . .:... :.::: .. CCDS73 HGKIGCLLSILGSTVMVIHAPKEEEIETLNEMSHKLGDPGFVVFATLVVIVALILIFVVG 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 pF1KE0 PAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGCS : :: :::.:::.:::..:.:.: .::.:.: .... ..: .. : ..::... : CCDS73 PRHGQTNILVYITICSVIGAFSVSCVKGLGIAIKELFAGKPVLRHPLAW-ILLLSLIVC- 160 170 180 190 200 250 260 270 280 290 300 pF1KE0 IIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFTT . .:. :.:.::. :..:. :::: ::: :: :::::.::... . : .: :: : CCDS73 VSTQINYLNRALDIFNTSIVTPIYYVFFTTSVLTCSAILFKEWQDMPVDDVIGTLSGFFT 210 220 230 240 250 260 310 320 pF1KE0 VSVGIVLIQVFKEFNFNLGEMNKSNMKTD . ::: :...::. .:.:. . : : . CCDS73 IIVGIFLLHAFKDVSFSLASLPVSFRKDEKAMNGNLSNMYEVLNNNEESLTCGIEQHTGE 270 280 290 300 310 320 >>CCDS54944.1 NIPAL4 gene_id:348938|Hs108|chr5 (447 aa) initn: 730 init1: 440 opt: 689 Z-score: 753.0 bits: 148.1 E(32554): 1.3e-35 Smith-Waterman score: 740; 39.9% identity (74.8% similar) in 298 aa overlap (30-324:120-404) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVRAKRR .:::.: .::.. ::. .:.:::..: CCDS54 QIVNDLSPEVPSNATFHSWQERIRQNYGFYIGLGLAFLSSFLIGSSVILKKKGLLR---- 90 100 110 120 130 140 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 GTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEKLN .: ..: :.:.:...:: ::. .:...:::::::.: ...::.::.:.:.:: CCDS54 -------LVATGATRAVAAGEVANFGAYAFAPATVVTPLGALSVLISAILSSYFLRESLN 150 160 170 180 190 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 ILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIFWI .::::::.. :::.:..::.:. :.::: :. :. . :. . ..:. :.::: : CCDS54 LLGKLGCVICVAGSTVMVIHAPEEEKVTTIMEMASKMKDTGFIVFAVLLLVSCLILIFVI 200 210 220 230 240 250 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 APAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGIGLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAVLGC :: .: ::..:: :::..:.:.: ..::.:.. ...... : .. : : : .:. CCDS54 APRYGQRNILIYIIICSVIGAFSVAAVKGLGITIKNFFQGLPVVRHPLPYILSL--ILAL 260 270 280 290 300 310 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 SIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMACGFT :. .: ..:.::. :..:. :::: :::.:. .: :::.:: ... ::. : ::. CCDS54 SLSTQVNFLNRALDIFNTSLVFPIYYVFFTTVVVTSSIILFKEWYSMSAVDIAGTLSGFV 320 330 340 350 360 370 300 310 320 pF1KE0 TVSVGIVLIQVFKEFNFN---LGEMNKSNMKTD :. .:. ....::..... : .:.:. CCDS54 TIILGVFMLHAFKDLDISCASLPHMHKNPPPSPAPEPTVIRLEDKNVLVDNIELASTSSP 380 390 400 410 420 430 >>CCDS6278.1 NIPAL2 gene_id:79815|Hs108|chr8 (368 aa) initn: 243 init1: 195 opt: 359 Z-score: 396.2 bits: 81.8 E(32554): 9.5e-16 Smith-Waterman score: 359; 22.0% identity (64.1% similar) in 287 aa overlap (30-313:49-331) 10 20 30 40 50 pF1KE0 MGTAAAAAAAAAAAAAGEGARSPSPAAVSLGLGVAVVSSLVNGSTFVLQKKGIVR--AK .:. .:....:: . .. .:: . .. . CCDS62 ELSLNFTYGAPGAGNGSLSGDWYRRNQIHLFGVLLAILGNLVISISLNIQKYSHLQLAQQ 20 30 40 50 60 70 60 70 80 90 100 110 pF1KE0 RRGTSYLTDIVWWAGTIAMAVGQIGNFLAYTAVPTVLVTPLGALGVPFGSILASYLLKEK .. :. ...::.:.. ::::. ::: :: .: .:..::: ..: ..:.. .::.. CCDS62 EHPRPYFKSVLWWGGVLLMAVGETGNFAAYGFAPITLIAPLGCVSVTGSAIISVTFLKDN 80 90 100 110 120 130 120 130 140 150 160 170 pF1KE0 LNILGKLGCLLSCAGSVVLIIHSPKSESVTTQAELEEKLTNPVFVGYLCIVLLMLLLLIF : :: :. ::. .:. .:. .. . .. :.. :. :. . .:.. .:.. CCDS62 LRASDLLGTTLAFAGTYLLVNFAPNITQAISARTVQYYLVGWQFLIYVILEILIFCILLY 140 150 160 170 180 190 180 190 200 210 220 230 pF1KE0 WIAPAHGPTNIMVYISICSLLGSFTVPSTKGI-GLAAQDILHNNPSSQRALCLCLVLLAV . .: .... ... ..:.:.:: :.:.. :. . ... . : . . ... . CCDS62 FYK-RKGMKHMVILLTLVAILASLTVISVKAVSGMITFSVMDKM---QLTYPIFYIMFII 200 210 220 230 240 250 240 250 260 270 280 290 pF1KE0 LGCSIIVQFRYINKALECFDSSVFGAIYYVVFTTLVLLASAILFREWSNVGLVDFLGMAC . : . : ...:.: . ..... . .. :: ...:. :...:. .. .. . . 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