FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KA0002, 548 aa 1>>>pF1KA0002 548 - 548 aa - 548 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2581+/-0.000444; mu= 18.4355+/- 0.027 mean_var=60.8069+/-12.267, 0's: 0 Z-trim(109.0): 54 B-trim: 175 in 2/50 Lambda= 0.164474 statistics sampled from 17118 (17168) to 17118 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.568), E-opt: 0.2 (0.201), width: 16 Scan time: 8.110 The best scores are: opt bits E(85289) NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein ( 541) 835 207.2 1e-52 NP_001293082 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 520) 828 205.6 3.2e-52 NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 503) 819 203.4 1.4e-51 NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subun ( 539) 815 202.5 2.8e-51 NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subun ( 545) 761 189.7 2e-47 NP_006420 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subun ( 543) 738 184.2 8.9e-46 NP_006422 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subun ( 535) 682 170.9 8.8e-42 NP_001185771 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 su ( 488) 648 162.8 2.2e-39 NP_001008800 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 su ( 507) 640 160.9 8.4e-39 XP_011530781 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex p ( 499) 639 160.7 9.8e-39 XP_011530780 (OMIM: 605140) PREDICTED: T-complex p ( 499) 639 160.7 9.8e-39 NP_001159757 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 499) 639 160.7 9.8e-39 NP_001243650 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 su ( 509) 628 158.1 6.1e-38 NP_001293084 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 448) 609 153.6 1.2e-36 NP_001293083 (OMIM: 256840,610150) T-complex prote ( 486) 609 153.6 1.3e-36 NP_001753 (OMIM: 104613) T-complex protein 1 subun ( 531) 522 133.0 2.3e-30 NP_001159756 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 456) 517 131.7 4.7e-30 NP_006575 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 subun ( 530) 516 131.5 6.3e-30 NP_001008897 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 su ( 401) 509 129.8 1.6e-29 NP_110379 (OMIM: 186980) T-complex protein 1 subun ( 556) 499 127.5 1.1e-28 XP_016879512 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 464) 498 127.2 1.1e-28 NP_001009570 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 su ( 339) 428 110.6 8.3e-24 NP_001180459 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 su ( 485) 410 106.4 2.2e-22 NP_001009186 (OMIM: 104613) T-complex protein 1 su ( 486) 397 103.3 1.8e-21 XP_011522505 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 388) 393 102.3 2.9e-21 XP_016879513 (OMIM: 610730) PREDICTED: T-complex p ( 351) 375 98.0 5.2e-20 NP_001180458 (OMIM: 610730) T-complex protein 1 su ( 493) 237 65.3 5e-10 NP_061336 (OMIM: 209900,236700,604896,605231) McKu ( 570) 166 48.5 6.7e-05 NP_740754 (OMIM: 209900,236700,604896,605231) McKu ( 570) 166 48.5 6.7e-05 >>NP_036205 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1 su (541 aa) initn: 745 init1: 339 opt: 835 Z-score: 1067.2 bits: 207.2 E(85289): 1e-52 Smith-Waterman score: 835; 31.8% identity (66.8% similar) in 509 aa overlap (24-524:30-533) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MALHVPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNK ::: :. .:.: : .:.: ::. ::::..: NP_036 MASMGTLAFDEYGRPFLIIKDQDRKSRLMGLE-ALKSHIMAAKAVANTMRTSLGPNGLDK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KA0 MVINHLEKLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLEL :.... . ::::.:::: ..:.: ::..: :. :..:.::::. :.:.:::::: NP_036 MMVDKDGDVTVTNDGATILSMMDVDHQIAKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEE 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KA0 AEELLRIGLSVSEVIEGYEIACRKAHEILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSLLRTSIMSKQYG ::.:: :. .. .::: : : : : : .. ...: . . . .:.. :: . 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NP_001 DAKIAILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQQIKETGANLAICQW 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 KVADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCDSVYLSEV : : : . :. :: . ... . ..:. .::.. . :..: : NP_001 GFDDEANHLLLQNNLPAVRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELTAEKLGFAGLVQEISF 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 GDTQ--VVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRLVPGGG : :. ..:... :.. :. :: .::.. .... .:.. :.. ... : ::.:.: ::: NP_001 GTTKDKMLVIEQCKNSRAV-TIFIRGGNKMIIEEAKRSLHDALCVIRNLIRDNRVVYGGG 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 ATEIELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLYAVH-Q :.:: : ... .. :: :::::.. ::.:.:.:: ::.::::.. ...... : . . NP_001 AAEISCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENSGMNPIQTMTEVRARQVK 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KA0 EGNKNVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMAKPAGG : : .:.: . ...:: . ...: .:: :.:::. . .:..:.: NP_001 EMNPALGIDCLHK--GTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRMILKIDDIRKPGESEE 470 480 490 500 510 520 540 pF1KA0 PKPPSGKKDWDDDQND >>NP_001293085 (OMIM: 256840,610150) T-complex protein 1 (503 aa) initn: 730 init1: 324 opt: 819 Z-score: 1047.2 bits: 203.4 E(85289): 1.4e-51 Smith-Waterman score: 819; 31.5% identity (65.9% similar) in 498 aa overlap (35-524:2-495) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 VPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINHLEKLF : : .:.: ::. ::::..::.... . NP_001 MAAKAVANTMRTSLGPNGLDKMMVDKDGDVT 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 VTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEELLRIGLS ::::.:::: ..:.: ::..: :. :..:.::::. :.:.:::::: ::.:: :. NP_001 VTNDGATILSMMDVDHQIAKLMVELSKSQDDEIGDGTTGVVVLAGALLEEAEQLLDRGIH 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 pF1KA0 VSEVIEGYEIACRKAHEILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSLLRTSIMSKQYGN-EVFLAKLI .. .::: : : : : : .. ...: . . . .:.. :: .. . .:.. NP_001 PIRIADGYEQAARVAIEHLDKISDSVLVDIKDTEPLIQTAKTTLGSKVVNSCHRQMAEIA 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 pF1KA0 AQACVSIFPDSGHFNVDN--IRVCKILGSGISSSSVLHGMVFKKETEGDVT--SVKDAKI ..: ... : . .:: :.: .:. . ......:.. :. .:.:::: NP_001 VNAVLTV-ADMERRDVDFELIKVEGKVGGRLEDTKLIKGVIVDKDFSHPQMPKKVEDAKI 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 AVYSCPFDGMITETKGTVLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGANVVVTGGKVAD :. .:::. .:: . . ..:. ..: :.. .. ... : .::::... : NP_001 AILTCPFEPPKPKTKHKLDVTSVEDYKALQKYEKEKFEEMIQQIKETGANLAICQWGFDD 220 230 240 250 260 270 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 MALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCDSVYLSEVGDTQ : : . :. :: . ... . ..:. .::.. . :..: : : :. NP_001 EANHLLLQNNLPAVRWVGGPEIELIAIATGGRIVPRFSELTAEKLGFAGLVQEISFGTTK 280 290 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 --VVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRLVPGGGATEI ..:... :.. :. :: .::.. .... .:.. :.. ... : ::.:.: ::::.:: NP_001 DKMLVIEQCKNSRAV-TIFIRGGNKMIIEEAKRSLHDALCVIRNLIRDNRVVYGGGAAEI 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 ELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLYAVH-QEGNK : ... .. :: :::::.. ::.:.:.:: ::.::::.. ...... : . .: : NP_001 SCALAVSQEADKCPTLEQYAMRAFADALEVIPMALSENSGMNPIQTMTEVRARQVKEMNP 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KA0 NVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMAKPAGGPKPP .:.: . ...:: . ...: .:: :.:::. . .:..:.: NP_001 ALGIDCLHK--GTNDMKQQHVIETLIGKKQQISLATQMVRMILKIDDIRKPGESEE 450 460 470 480 490 500 540 pF1KA0 SGKKDWDDDQND >>NP_006421 (OMIM: 605142) T-complex protein 1 subunit d (539 aa) initn: 634 init1: 303 opt: 815 Z-score: 1041.6 bits: 202.5 E(85289): 2.8e-51 Smith-Waterman score: 815; 29.2% identity (66.5% similar) in 511 aa overlap (30-528:35-539) 10 20 30 40 50 pF1KA0 MALHVPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINH . ::.: : .:.. ::. ::.::.::. . NP_006 VAPRSGATAGAAGGRGKGAYQDRDKPAQIRFSNISAAKAVADAIRTSLGPKGMDKMIQDG 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KA0 LEKLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEELL . .:::.::::....: ::::.:.: :. :. :.::::. :...::.::. .:: NP_006 KGDVTITNDGATILKQMQVLHPAARMLVELSKAQDIEAGDGTTSVVIIAGSLLDSCTKLL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KA0 RIGLSVSEVIEGYEIACRKAHEILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSLLRTSIMSK---QYGNE . :. . . :... : .:. ::: .. .: : . . . ::. :: ::.. NP_006 QKGIHPTIISESFQKALEKGIEILTDM--SRPVELSDRETLLNSATTSLNSKVVSQYSS- 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KA0 VFLAKLIAQACVSIFPDSGHFNVD--NIRVCKILGSGISSSSVLHGMVF-KKETEGDVTS .:. . ..: .... . .:: .:.. : ::. :.. ...:.:. .: ... .: NP_006 -LLSPMSVNAVMKVIDPATATSVDLRDIKIVKKLGGTIDDCELVEGLVLTQKVSNSGITR 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 VKDAKIAVYSCPFDGMITETKGTVLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGANVVVT :. :::.. . ... :. . .... .. . :. . :: : :: ::.. NP_006 VEKAKIGLIQFCLSAPKTDMDNQIVVSDYAQMDRVLREERAYILNLVKQIKKTGCNVLLI 250 260 270 280 290 300 300 310 320 330 340 pF1KA0 GGKV-----ADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCD .. .:.:::. ::..::... . :.. .:::.:. . .. . . .: . NP_006 QKSILRDALSDLALHFLNKMKIMVIKDIEREDIEFICKTIGTKPVAHIDQFTADMLGSAE 310 320 330 340 350 360 350 360 370 380 390 400 pF1KA0 -SVYLSEVGDTQVVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKR . .. :. ... . : :::.:::. .... ::.. :.. ... :.. . NP_006 LAEEVNLNGSGKLLKITGCASPGKTVTIVVRGSNKLVIEEAERSIHDALCVIRCLVKKRA 370 380 390 400 410 420 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 LVPGGGATEIELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKL :. :::: ::::: ..: :..: :.:.: .. ::.:.:.:: .::::.:.. ....: NP_006 LIAGGGAPEIELALRLTEYSRTLSGMESYCVRAFADAMEVIPSTLAENAGLNPISTVTEL 430 440 450 460 470 480 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 YAVHQEGNKNVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMA : .:.:..:.... .....:: ... : . :. :::... ..:..:... . NP_006 RNRHAQGEKTAGINVRK--GGISNILEELVVQPLLVSVSALTLATETVRSILKIDDVVNT 490 500 510 520 530 530 540 pF1KA0 KPAGGPKPPSGKKDWDDDQND . NP_006 R >>NP_005989 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subunit g (545 aa) initn: 750 init1: 326 opt: 761 Z-score: 972.3 bits: 189.7 E(85289): 2e-47 Smith-Waterman score: 769; 30.5% identity (62.5% similar) in 547 aa overlap (14-547:9-534) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MALHVPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINHL .:....:. :: ... ::.: : .:. :: ::..: ::... . NP_005 MMGHRPVLVLSQNTKRESG-RKVQSGNINAAKTIADIIRTCLGPKSMMKMLLDPM 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 EKLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEELLR . .:::. .::::..::::::: .. :. :..::::::. :...:: .: .::..:. NP_005 GGIVMTNDGNAILREIQVQHPAAKSMIEISRTQDEEVGDGTTSVIILAGEMLSVAEHFLE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KA0 IGLSVSEVIEGYEIACRKA-HEILPNLVCCSAK-NLRDIDEVSSLLRTSIMSKQYGNEVF . . :: .: ::: ... .: : .. : : . ... .:: .: . NP_005 QQMHPTVVISAY----RKALDDMISTLKKISIPVDISDSDMMLNIINSSITTKAISRWSS 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KA0 LAKLIAQACVSI--FPDSGHFNVD---NIRVCKILGSGISSSSVLHGMVFKKETEGDVTS :: :: :.. : ..:. ..: :: :: :. : .: ::.:....:.. NP_005 LACNIALDAVKMVQFEENGRKEIDIKKYARVEKIPGGIIEDSCVLRGVMINKDVTHPRMR 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 --VKDAKIAVYSCPFDGMITETKGTVLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGANVV .:. .:.. . .. :.. . : :.. . . ::. .. . : . .:: NP_005 RYIKNPRIVLLDSSLEYKKGESQTDIEITREEDFTRILQMEEEYIQQLCEDIIQLKPDVV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KA0 VTGGKVADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEE--MGHCDS .: ..:.: :: . :: .: : : :. .. :: . : : :.: .: . NP_005 ITEKGISDLAQHYLMRANITAIRRVRKTDNNRIARACGARIVSR--PEELREDDVGTGAG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KA0 VY-LSEVGDTQVVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRL . ....:: . .: . .: ::.:::.. ......:: ..:.... . . : .: NP_005 LLEIKKIGD-EYFTFITDCKDPKACTILLRGASKEILSEVERNLQDAMQVCRNVLLDPQL 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 VPGGGATEIELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLY ::::::.:. .:. .: ... :.::. . :.:.:.:::.: .: :... .....: NP_005 VPGGGASEMAVAHALTEKSKAMTGVEQWPYRAVAQALEVIPRTLIQNCGASTIRLLTSLR 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 AVH-QEGNKNVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMA : : ::. .. : ...:. .. :: : :: . : . : :...:: .::.:.:. NP_005 AKHTQENCETWG--VNGETGTLVDMKELGIWEPLAVKLQTYKTAVETAVLLLRIDDIV-- 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 KPAGGPKPPSGKKDWDDDQND ::.: :::. NP_005 ---------SGHKKKGDDQSRQGGAPDAGQE 530 540 >>NP_006420 (OMIM: 605140) T-complex protein 1 subunit e (543 aa) initn: 522 init1: 274 opt: 738 Z-score: 942.8 bits: 184.2 E(85289): 8.9e-46 Smith-Waterman score: 738; 27.7% identity (62.7% similar) in 528 aa overlap (9-525:3-520) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MALHVPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINHL : . .::::. .:. . : ::.::. .:...::. :: ::.:.... NP_006 MMPTPVILLKEGTDSSQGIPQLV-SNISACQVIAEAVRTTLGPRGMDKLIVDGR 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KA0 EKLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEELLR : ..::.::::. :.: ::::: .: .. :. ::::::. : ..:. .:. .. .. NP_006 GKATISNDGATILKLLDVVHPAAKTLVDIAKSQDAEVGDGTTSVTLLAAEFLKQVKPYVE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 pF1KA0 IGLSVSEVIEGY----EIACRKAHEILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSL--LRTSIMSKQYG :: . .:... ..: : .:: .. . . : . : .. : ....:.: NP_006 EGLHPQIIIRAFRTATQLAVNKIKEIAVTVKKADKVEQRKLLEKCAMTALSSKLISQQ-- 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KA0 NEVFLAKLIAQACVSIFPDSGHFNVDNIRVCKILGSGISSSSVLHGMVFKKET-----EG ..:.::....: : .. : .... .:. :. :... .:... :..::: : NP_006 -KAFFAKMVVDA-VMMLDDLLQLKMIGIK--KVQGGALEDSQLVAGVAFKKTFSYAGFEM 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KA0 DVTSVKDAKIAVYSCPFDGMITETKGTVLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGAN . . .. :::. . .. . .. . ..:.:. . . .: :.. ... : .::. NP_006 QPKKYHNPKIALLNVELELKAEKDNAEIRVHTVEDYQAIVDAEWNILYDKLEKIHHSGAK 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KA0 VVVTGGKVADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCDS ::.. ..:.: .: ... . . ::.: . :.. .. . .:.:. NP_006 VVLSKLPIGDVATQYFADRDMFCAGRVPEEDLKRTMMACGGSIQTSVNALSADVLGRCQV 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KA0 VYLSEVGDTQVVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRLV ...: . : . . :..:::.....:.. ::.. :.. . .. .: NP_006 FEETQIGGERYNFFTGCPK-AKTCTFILRGGAEQFMEETERSLHDAIMIVRRAIKNDSVV 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KA0 PGGGATEIELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLYA :::: :.::.: . .:..: :: .: : .:.:.: ::: : .:.: :.....:: : NP_006 AGGGAIEMELSKYLRDYSRTIPGKQQLLIGAYAKALEIIPRQLCDNAGFDATNILNKLRA 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KA0 VHQEGNKNVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMAKP : .:. :.::. : . : .:: . . . . :. :..:: .. ::. : NP_006 RHAQGGTWYGVDINNE--DIADNFEAFVWEPAMVRINALTAASEAACLIVSVDETIKNPR 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 AGGPKPPSGKKDWDDDQND NP_006 STVDAPTAAGRGRGRGRPH 530 540 >>NP_006422 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subunit b (535 aa) initn: 389 init1: 286 opt: 682 Z-score: 871.1 bits: 170.9 E(85289): 8.8e-42 Smith-Waterman score: 682; 27.3% identity (64.0% similar) in 528 aa overlap (8-529:7-525) 10 20 30 40 50 60 pF1KA0 MALHVPKAPGFAQMLKEGAKHFSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINHL :: ....: :: . . : : .. . ... .... ::.::.:.... NP_006 MASLSLAP--VNIFKAGADEERA-ETARLTSFIGAIAIGDLVKSTLGPKGMDKILLSSG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KA0 E--KLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEEL . .:.::::.::::... :..::::..: :..:..::::::. : :.:. ::. :: : NP_006 RDASLMVTNDGATILKNIGVDNPAAKVLVDMSRVQDDEVGDGTTSVTVLAAELLREAESL 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KA0 LRIGLSVSEVIEGYEIACRKAHE-ILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSLLRTSIMSKQYGNEV . . . .: :.. : . :.: .: . : .. ... ... .. :.. :: .. NP_006 IAKKIHPQTIIAGWREATKAAREALLSSAVDHGSDEVKFRQDLMNIAGTTLSSKLLTHHK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KA0 -FLAKLIAQACVSIFPDSGHFNVDNIRVCKILGSGISSSSVLHGMVF-KKETEGDVTSVK ..:: ..: . . .: :.. :.. : ::.....: . .:... :: .. .. NP_006 DHFTKLAVEAVLRL---KGSGNLEAIHIIKKLGGSLADSYLDEGFLLDKKIGVNQPKRIE 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KA0 DAKIAVYSCPFDGMITETKGT-VLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGANVVVTG .::: . . .: . :. : . .. .. .. ..:.. : .:. : : : .. NP_006 NAKILIANTGMDTDKIKIFGSRVRVDSTAKVAEIEHAEKEKMKEKVERILKHGINCFINR 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KA0 GKVADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCDSVYLSE . .. . . ..: .. . ..:: ..:. . : : ..: : . NP_006 QLIYNYPEQLFGAAGVMAIEHADFAGVERLALVTGGEIASTFDHPELVKLGSCKLIEEVM 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KA0 VGDTQVVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRLVPGGGA .:. ... :. : ::::::.:....:. ::.. :.. .. ..:.: : ::: NP_006 IGEDKLIHFSGVAL-GEACTIVLRGATQQILDEAERSLHDALCVLAQTVKDSRTVYGGGC 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KA0 TEIELAKQITSYGETCPGLEQYAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLYAVHQEG .:. .:. .:. .. :: : :....:.:.. .: .:.:.: . .....: :.:.:: NP_006 SEMLMAHAVTQLANRTPGKEAVAMESYAKALRMLPTIIADNAGYDSADLVAQLRAAHSEG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KA0 NKNVGLDIEAEVPAVKDMLEAGILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMAKPAGGPK : ..:::.. .. :: :: ... : .. :..:: ..::::.:: : : NP_006 NTTAGLDMRE--GTIGDMAILGITESFQVKRQVLLSAAEAAEVILRVDNIIKAAPRKRVP 480 490 500 510 520 530 540 pF1KA0 PPSGKKDWDDDQND NP_006 DHHPC >>NP_001185771 (OMIM: 605139) T-complex protein 1 subuni (488 aa) initn: 356 init1: 286 opt: 648 Z-score: 828.1 bits: 162.8 E(85289): 2.2e-39 Smith-Waterman score: 648; 27.7% identity (64.3% similar) in 484 aa overlap (52-529:1-478) 30 40 50 60 70 pF1KA0 FSGLEEAVYRNIQACKELAQTTRTAYGPNGMNKMVINHLE--KLFVTNDAATILRELEVQ :.:.... . .:.::::.::::... :. NP_001 MDKILLSSGRDASLMVTNDGATILKNIGVD 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KA0 HPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFVLVFAGALLELAEELLRIGLSVSEVIEGYEIACRKA .::::..: :..:..::::::. : :.:. ::. :: :. . . .: :.. : . : NP_001 NPAAKVLVDMSRVQDDEVGDGTTSVTVLAAELLREAESLIAKKIHPQTIIAGWREATKAA 40 50 60 70 80 90 140 150 160 170 180 190 pF1KA0 HE-ILPNLVCCSAKNLRDIDEVSSLLRTSIMSKQYGNEV-FLAKLIAQACVSIFPDSGHF .: .: . : .. ... ... .. :.. :: .. ..:: ..: . . .: NP_001 REALLSSAVDHGSDEVKFRQDLMNIAGTTLSSKLLTHHKDHFTKLAVEAVLRL---KGSG 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KA0 NVDNIRVCKILGSGISSSSVLHGMVF-KKETEGDVTSVKDAKIAVYSCPFDGMITETKGT :.. :.. : ::.....: . .:... :: .. ...::: . . .: . :. NP_001 NLEAIHIIKKLGGSLADSYLDEGFLLDKKIGVNQPKRIENAKILIANTGMDTDKIKIFGS 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KA0 -VLIKTAEELMNFSKGEENLMDAQVKAIADTGANVVVTGGKVADMALHYANKYNIMLVRL : . .. .. .. ..:.. : .:. : : : .. . .. . . ..: .. NP_001 RVRVDSTAKVAEIEHAEKEKMKEKVERILKHGINCFINRQLIYNYPEQLFGAAGVMAIEH 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KA0 NSKWDLRRLCKTVGATALPRLTPPVLEEMGHCDSVYLSEVGDTQVVVFKHEKEDGAISTI . ..:: ..:. . : : ..: : . .:. ... :. : :: NP_001 ADFAGVERLALVTGGEIASTFDHPELVKLGSCKLIEEVMIGEDKLIHFSGVAL-GEACTI 270 280 290 300 310 320 380 390 400 410 420 430 pF1KA0 VLRGSTDNLMDDIERAVDDGVNTFKVLTRDKRLVPGGGATEIELAKQITSYGETCPGLEQ ::::.:....:. ::.. :.. .. ..:.: : ::: .:. .:. .:. .. :: : NP_001 VLRGATQQILDEAERSLHDALCVLAQTVKDSRTVYGGGCSEMLMAHAVTQLANRTPGKEA 330 340 350 360 370 380 440 450 460 470 480 490 pF1KA0 YAIKKFAEAFEAIPRALAENSGVKANEVISKLYAVHQEGNKNVGLDIEAEVPAVKDMLEA :....:.:.. .: .:.:.: . .....: :.:.::: ..:::.. .. :: NP_001 VAMESYAKALRMLPTIIADNAGYDSADLVAQLRAAHSEGNTTAGLDMRE--GTIGDMAIL 390 400 410 420 430 440 500 510 520 530 540 pF1KA0 GILDTYLGKYWAIKLATNAAVTVLRVDQIIMAKPAGGPKPPSGKKDWDDDQND :: ... : .. :..:: ..::::.:: : : NP_001 GITESFQVKRQVLLSAAEAAEVILRVDNIIKAAPRKRVPDHHPC 450 460 470 480 >>NP_001008800 (OMIM: 600114) T-complex protein 1 subuni (507 aa) initn: 629 init1: 326 opt: 640 Z-score: 817.6 bits: 160.9 E(85289): 8.4e-39 Smith-Waterman score: 648; 29.6% identity (61.3% similar) in 486 aa overlap (75-547:31-496) 50 60 70 80 90 100 pF1KA0 TAYGPNGMNKMVINHLEKLFVTNDAATILRELEVQHPAAKMIVMASHMQEQEVGDGTNFV ...::::::: .. :. :..::::::. : NP_001 MMGHRPVLVLSQNTKRESGRKVQSGNINAAKIQVQHPAAKSMIEISRTQDEEVGDGTTSV 10 20 30 40 50 60 110 120 130 140 150 160 pF1KA0 LVFAGALLELAEELLRIGLSVSEVIEGYEIACRKA-HEILPNLVCCSAK-NLRDIDEVSS ...:: .: .::..:. . . :: .: ::: ... .: : .. : : . . NP_001 IILAGEMLSVAEHFLEQQMHPTVVISAY----RKALDDMISTLKKISIPVDISDSDMMLN 70 80 90 100 110 170 180 190 200 210 pF1KA0 LLRTSIMSKQYGNEVFLAKLIAQACVSI--FPDSGHFNVD---NIRVCKILGSGISSSSV .. .:: .: . :: :: :.. : ..:. ..: :: :: :. : .: : NP_001 IINSSITTKAISRWSSLACNIALDAVKMVQFEENGRKEIDIKKYARVEKIPGGIIEDSCV 120 130 140 150 160 170 220 230 240 250 260 270 pF1KA0 LHGMVFKKETEGDVTS--VKDAKIAVYSCPFDGMITETKGTVLIKTAEELMNFSKGEENL :.:....:.. .:. .:.. . .. :.. . : :.. . . ::. NP_001 LRGVMINKDVTHPRMRRYIKNPRIVLLDSSLEYKKGESQTDIEITREEDFTRILQMEEEY 180 190 200 210 220 230 280 290 300 310 320 330 pF1KA0 MDAQVKAIADTGANVVVTGGKVADMALHYANKYNIMLVRLNSKWDLRRLCKTVGATALPR .. . : . .::.: ..:.: :: . :: .: : : :. .. :: . : NP_001 IQQLCEDIIQLKPDVVITEKGISDLAQHYLMRANITAIRRVRKTDNNRIARACGARIVSR 240 250 260 270 280 290 340 350 360 370 380 390 pF1KA0 LTPPVLEE--MGHCDSVY-LSEVGDTQVVVFKHEKEDGAISTIVLRGSTDNLMDDIERAV : :.: .: .. ....:: . .: . .: ::.:::.. ......:: . 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