Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7729
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7729, 431 aa
1>>>pF1KB7729 431 - 431 aa - 431 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1589+/-0.000857; mu= 13.5269+/- 0.052
mean_var=81.2861+/-16.070, 0's: 0 Z-trim(108.1): 68 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.142255
statistics sampled from 9942 (10011) to 9942 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.678), E-opt: 0.2 (0.308), width: 16
Scan time: 3.070
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1838.1 FOXN2 gene_id:3344|Hs108|chr2 ( 431) 2865 597.6 7.8e-171
CCDS32138.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14 ( 468) 740 161.5 1.6e-39
CCDS41977.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14 ( 490) 740 161.5 1.7e-39
CCDS11232.1 FOXN1 gene_id:8456|Hs108|chr17 ( 648) 373 86.2 1e-16
CCDS9126.2 FOXN4 gene_id:121643|Hs108|chr12 ( 517) 356 82.7 9.3e-16
CCDS55594.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1 ( 588) 353 82.1 1.6e-15
CCDS30689.1 FOXJ3 gene_id:22887|Hs108|chr1 ( 622) 352 81.9 1.9e-15
CCDS8587.1 FOXJ2 gene_id:55810|Hs108|chr12 ( 574) 332 77.8 3.1e-14
CCDS4372.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 ( 378) 323 75.9 7.7e-14
CCDS13147.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 457) 321 75.5 1.2e-13
CCDS46585.1 FOXA2 gene_id:3170|Hs108|chr20 ( 463) 321 75.5 1.2e-13
CCDS10958.1 FOXC2 gene_id:2303|Hs108|chr16 ( 501) 321 75.5 1.3e-13
CCDS10959.1 FOXL1 gene_id:2300|Hs108|chr16 ( 345) 318 74.8 1.5e-13
CCDS4473.1 FOXC1 gene_id:2296|Hs108|chr6 ( 553) 320 75.3 1.7e-13
CCDS12677.1 FOXA3 gene_id:3171|Hs108|chr19 ( 350) 309 73.0 5.3e-13
CCDS9636.1 FOXG1 gene_id:2290|Hs108|chr14 ( 489) 309 73.0 7.1e-13
CCDS9665.1 FOXA1 gene_id:3169|Hs108|chr14 ( 472) 308 72.8 7.9e-13
CCDS11813.1 FOXK2 gene_id:3607|Hs108|chr17 ( 660) 308 72.9 1.1e-12
CCDS32739.1 FOXJ1 gene_id:2302|Hs108|chr17 ( 421) 304 72.0 1.3e-12
CCDS4472.1 FOXF2 gene_id:2295|Hs108|chr6 ( 444) 304 72.0 1.3e-12
CCDS10957.2 FOXF1 gene_id:2294|Hs108|chr16 ( 379) 302 71.5 1.5e-12
CCDS8517.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12 ( 748) 303 71.9 2.4e-12
CCDS8515.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12 ( 763) 303 71.9 2.5e-12
CCDS8516.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12 ( 801) 303 71.9 2.6e-12
CCDS7655.2 FOXI2 gene_id:399823|Hs108|chr10 ( 318) 297 70.5 2.7e-12
CCDS77433.1 FOXI3 gene_id:344167|Hs108|chr2 ( 420) 298 70.7 3e-12
CCDS34591.1 FOXK1 gene_id:221937|Hs108|chr7 ( 733) 297 70.6 5.6e-12
CCDS76506.1 FOXM1 gene_id:2305|Hs108|chr12 ( 748) 296 70.4 6.6e-12
CCDS550.1 FOXE3 gene_id:2301|Hs108|chr1 ( 319) 290 69.1 7.3e-12
CCDS3105.1 FOXL2 gene_id:668|Hs108|chr3 ( 376) 291 69.3 7.3e-12
CCDS32255.1 FOXB1 gene_id:27023|Hs108|chr15 ( 325) 290 69.1 7.4e-12
CCDS35078.1 FOXE1 gene_id:2304|Hs108|chr9 ( 373) 290 69.1 8.4e-12
CCDS47337.1 FOXI1 gene_id:2299|Hs108|chr5 ( 283) 286 68.2 1.2e-11
CCDS75259.1 FOXD1 gene_id:2297|Hs108|chr5 ( 465) 289 68.9 1.2e-11
CCDS35045.1 FOXB2 gene_id:442425|Hs108|chr9 ( 432) 287 68.5 1.5e-11
CCDS74963.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3 ( 577) 287 68.5 1.9e-11
CCDS30708.1 FOXD2 gene_id:2306|Hs108|chr1 ( 495) 286 68.3 1.9e-11
CCDS58838.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3 ( 601) 287 68.6 1.9e-11
CCDS2914.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3 ( 677) 287 68.6 2.2e-11
CCDS58837.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3 ( 679) 287 68.6 2.2e-11
CCDS2117.1 FOXD4L1 gene_id:200350|Hs108|chr2 ( 408) 281 67.3 3.3e-11
CCDS34975.1 FOXD4 gene_id:2298|Hs108|chr9 ( 439) 281 67.3 3.5e-11
CCDS624.1 FOXD3 gene_id:27022|Hs108|chr1 ( 478) 279 66.9 5e-11
CCDS58839.1 FOXP1 gene_id:27086|Hs108|chr3 ( 676) 281 67.3 5.1e-11
CCDS13192.1 FOXS1 gene_id:2307|Hs108|chr20 ( 330) 276 66.2 5.5e-11
CCDS75845.1 FOXD4L4 gene_id:349334|Hs108|chr9 ( 416) 275 66.0 7.8e-11
>>CCDS1838.1 FOXN2 gene_id:3344|Hs108|chr2 (431 aa)
initn: 2865 init1: 2865 opt: 2865 Z-score: 3180.5 bits: 597.6 E(32554): 7.8e-171
Smith-Waterman score: 2865; 100.0% identity (100.0% similar) in 431 aa overlap (1-431:1-431)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAVDAARPKATLVDSESADDELTNLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAVDAARPKATLVDSESADDELTNLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 WLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 WLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 IYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 NGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLKESDIDA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 NGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLSPHYLSSVIKQNQVRNLKESDIDA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 AAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSLATSIDPKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 AAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSLATSIDPKE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 DHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 DHNYSASSMAAQRCASRSSVSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDD
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 PLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS18 PLGDSGYASQPCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIST
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB7 AKTQNQKQRKK
:::::::::::
CCDS18 AKTQNQKQRKK
430
>>CCDS32138.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14 (468 aa)
initn: 926 init1: 571 opt: 740 Z-score: 823.0 bits: 161.5 E(32554): 1.6e-39
Smith-Waterman score: 1026; 43.7% identity (63.6% similar) in 478 aa overlap (1-428:1-463)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAV------DAARPKATLVDSESADD
:::: : :.:. :. : .:::: : ... .:. : . : : .. :.
CCDS32 MGPV--MPPSKKPESSGISVSSGLSQCYGGSGFSKALQEDDDLDFSLPDIRLEEGAMEDE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ELTNLNWLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNP--EKKSATSK
::::::::::: ::: .: : : :::. :.. : :: :: . : ... . :
CCDS32 ELTNLNWLHESKNLLKSF--GESVLRSVSPVQDLDDDTPPS--PAHSDMPYDARQNPNCK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQK
:::::: ::.:::: ::.: ::::.::.:::.::::::.:::::::::::::::::::.:
CCDS32 PPYSFSCLIFMAIEDSPTKRLPVKDIYNWILEHFPYFANAPTGWKNSVRHNLSLNKCFKK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 VERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQP-------FSSASS-----QNGSLSPHY
:.. ... :::::::.::::. :::::::: : :.. . :. : : .
CCDS32 VDKERSQSIGKGSLWCIDPEYRQNLIQALKKTPYHPHPHVFNTPPTCPQAYQSTSGPPIW
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270
pF1KB7 L-SSVIKQNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFH
:. .:.: . . .: .: .:.. .:::. : . .. :..
CCDS32 PGSTFFKRNGALLQVPPGVIQNGARVL-----SRGLFPGVRPLPI-TPIGVTAAMRNGI-
240 250 260 270 280
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 HPSAVRLQ-ESD----SLATSIDPKEDHNYSASSMAAQRCASRSS---VSSLSSVDEVYE
.. :.. ::. : ..: :::::::::... . : .: .: :: ::.:. ::
CCDS32 --TSCRMRTESEPSCGSPVVSGDPKEDHNYSSAKSSNARSTSPTSDSISSSSSSADDHYE
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370
pF1KB7 FIPKNSHVGSDGSEG-FHSEED-TDVDYED---------DPLGDSGYASQ--------PC
: :.:. ::.:::: :.:.:. .:.. .: : :::::::::
CCDS32 FATKGSQEGSEGSEGSFRSHESPSDTEEDDRKHSQKEPKDSLGDSGYASQHKKRQHFAKA
350 360 370 380 390 400
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 AKISEKGQSGKKMRKQTCQEID-EELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLIS-TAKTQNQKQRK
:. :: : . : : ::.::::::::::::::.::... . ::: :....
CCDS32 RKVPSDTLPLKKRRTEKPPESDDEEMKEAAGSLLHLAGIRSCLNNITNRTAKGQKEQKET
410 420 430 440 450 460
pF1KB7 K
CCDS32 TKN
>>CCDS41977.1 FOXN3 gene_id:1112|Hs108|chr14 (490 aa)
initn: 995 init1: 571 opt: 740 Z-score: 822.6 bits: 161.5 E(32554): 1.7e-39
Smith-Waterman score: 1028; 44.4% identity (62.7% similar) in 475 aa overlap (1-409:1-465)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MGPVIGMTPDKRAETPGAEKIAGLSQIYKMGSLPEAV------DAARPKATLVDSESADD
:::: : :.:. :. : .:::: : ... .:. : . : : .. :.
CCDS41 MGPV--MPPSKKPESSGISVSSGLSQCYGGSGFSKALQEDDDLDFSLPDIRLEEGAMEDE
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 ELTNLNWLHESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNP--EKKSATSK
::::::::::: ::: .: : : :::. :.. : :: :: . : ... . :
CCDS41 ELTNLNWLHESKNLLKSF--GESVLRSVSPVQDLDDDTPPS--PAHSDMPYDARQNPNCK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQK
:::::: ::.:::: ::.: ::::.::.:::.::::::.:::::::::::::::::::.:
CCDS41 PPYSFSCLIFMAIEDSPTKRLPVKDIYNWILEHFPYFANAPTGWKNSVRHNLSLNKCFKK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220
pF1KB7 VERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQP-------FSSASS-----QNGSLSPHY
:.. ... :::::::.::::. :::::::: : :.. . :. : : .
CCDS41 VDKERSQSIGKGSLWCIDPEYRQNLIQALKKTPYHPHPHVFNTPPTCPQAYQSTSGPPIW
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB7 LSSVIKQNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIE------------------QGILECEKPL
.:.. . . :.. :::::.::::::: : .:.. .::
CCDS41 PGSTFFKRNGALLQDPDIDAASAMMLLNTPPEIQAGFPPGVIQNGARVLSRGLFPGVRPL
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310
pF1KB7 PLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQ-ESD----SLATSIDPKEDHNYSASSMAAQRCASR
:. : . .. :.. .. :.. ::. : ..: :::::::::... . : .:
CCDS41 PI-TPIGVTAAMRNGI---TSCRMRTESEPSCGSPVVSGDPKEDHNYSSAKSSNARSTSP
300 310 320 330 340 350
320 330 340 350 360
pF1KB7 SS---VSSLSSVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEG-FHSEED-TDVDYED---------DPLG
.: :: ::.:. ::: :.:. ::.:::: :.:.:. .:.. .: : ::
CCDS41 TSDSISSSSSSADDHYEFATKGSQEGSEGSEGSFRSHESPSDTEEDDRKHSQKEPKDSLG
360 370 380 390 400 410
370 380 390 400 410
pF1KB7 DSGYASQ--------PCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEID-EELKEAAGSLLHLAGIRTCL
::::::: :. :: : . : : ::.::::::::::::
CCDS41 DSGYASQHKKRQHFAKARKVPSDTLPLKKRRTEKPPESDDEEMKEAAGSLLHLAGIRSCL
420 430 440 450 460 470
420 430
pF1KB7 GSLISTAKTQNQKQRKK
CCDS41 NNITNRTAKGQKEQKETTKN
480 490
>>CCDS11232.1 FOXN1 gene_id:8456|Hs108|chr17 (648 aa)
initn: 366 init1: 366 opt: 373 Z-score: 413.7 bits: 86.2 E(32554): 1e-16
Smith-Waterman score: 375; 42.7% identity (67.1% similar) in 143 aa overlap (93-225:243-385)
70 80 90 100 110
pF1KB7 HESTNLLTNFSLGSEGLPIVSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATS---------KP
.: .: . :: . .: ::
CCDS11 MFCYQPPLQHMYCSSQPPFHQYSPGGGSYPIPYLGSSHYQYQRMAPQASTDGHQPLFPKP
220 230 240 250 260 270
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 PYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSWILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKV
::.:.::.::...: . :::.:::... .::::: ::: ::::::::::::::::.::
CCDS11 IYSYSILIFMALKNSKTGSLPVSEIYNFMTEHFPYFKTAPDGWKNSVRHNLSLNKCFEKV
280 290 300 310 320 330
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 ERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQALKKQPFSSASSQNGSLS-PHYLSSVIKQNQVRN
: . :. . :: :: ..: .. . :.: .. . :.. :. :.:.:
CCDS11 ENKSGSSSRKGCLWALNPAKIDKMQEELQKWKRKDPIAVRKSMAKPEELDSLIGDKREKL
340 350 360 370 380 390
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 LKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILECEKPLPLKTALQKKRSYGNAFHHPSAVRLQESDSL
CCDS11 GSPLLGCPPPGLSGSGPIRPLAPPAGLSPPLHSLHPAPGPIPGKNPLQDLLMGHTPSCYG
400 410 420 430 440 450
>>CCDS9126.2 FOXN4 gene_id:121643|Hs108|chr12 (517 aa)
initn: 354 init1: 331 opt: 356 Z-score: 396.4 bits: 82.7 E(32554): 9.3e-16
Smith-Waterman score: 356; 31.6% identity (57.4% similar) in 282 aa overlap (112-382:193-464)
90 100 110 120 130 140
pF1KB7 VSPLYDIEGDDVPSFGPACYQNPEKKSATSKPPYSFSLLIYMAIEHSPNKCLPVKEIYSW
:: ::.: :: ::...: . :::.::::.
CCDS91 YGPPFGVRPPYPQPHVAVHSSQELHPKHYPKPIYSYSCLIAMALKNSKTGSLPVSEIYSF
170 180 190 200 210 220
150 160 170 180 190 200
pF1KB7 ILDHFPYFATAPTGWKNSVRHNLSLNKCFQKVERSHGKVNGKGSLWCVDPEYKPNLIQAL
. .::::: ::: ::::::::::::::::.::: . . . :: :: .. .. . .
CCDS91 MKEHFPYFKTAPDGWKNSVRHNLSLNKCFEKVENKMSGSSRKGCLWALNLARIDKMEEEM
230 240 250 260 270 280
210 220 230 240 250
pF1KB7 KKQPFSSASSQNGSLS-PHYLSSVIK---QNQVRNLKESDIDAAAAMMLLNTSIEQGILE
.: .. .. . :.. :. :...:. .. : : .. .: . .... .: :
CCDS91 HKWKRKDLAAIHRSMANPEELDKLISDRPESCRRPGKPGEPEAPVLTHATTVAVAHGCLA
290 300 310 320 330 340
260 270 280 290 300 310
pF1KB7 CEK--PLPLKT-ALQKKRSYGNAFHH---PSAVRLQESDSLATSIDPKEDHNYSASSMAA
. : :: : .::. .:: :.: .: . : . . . : : .
CCDS91 VSQLPPQPLMTLSLQSV-----PLHHQVQPQAHLAPDSPAPAQTPPLHALPDLSPSPLP-
350 360 370 380 390
320 330 340 350 360 370
pF1KB7 QRCASRSSVSSLS-SVDEVYEFIPKNSHVGSDGSEGFHSEEDTDVDYEDDPLGDSGYASQ
. .:. :. .. :.: : . . . . .: :: : . : :: ..:..
CCDS91 HPAMGRAPVDFINISTDMNTEVDALDPSIMDFALQGNLWEEMKDEGFSLDTLG--AFADS
400 410 420 430 440 450
380 390 400 410 420 430
pF1KB7 PCAKISEKGQSGKKMRKQTCQEIDEELKEAAGSLLHLAGIRTCLGSLISTAKTQNQKQRK
: . . : ::
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10 20 30
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