Result of FASTA (omim) for
pFN21AE0741
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0741, 315 aa
1>>>pF1KE0741 315 - 315 aa - 315 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8233+/-0.000459; mu= 13.8146+/- 0.028
mean_var=122.3263+/-25.052, 0's: 0 Z-trim(112.8): 112 B-trim: 482 in 1/50
Lambda= 0.115962
statistics sampled from 21717 (21834) to 21717 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.629), E-opt: 0.2 (0.256), width: 16
Scan time: 7.580
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_974197 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
XP_016881636 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain- ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_005707 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_974199 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 333) 1263 222.8 7.6e-58
NP_573568 (OMIM: 601869,608792) PDZ domain-contain ( 312) 1111 197.3 3.3e-50
NP_974198 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 236) 1062 189.0 8e-48
NP_974223 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing pro ( 236) 1062 189.0 8e-48
XP_016881637 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain- ( 236) 1062 189.0 8e-48
XP_005259549 (OMIM: 601869,608792) PREDICTED: PDZ (1349) 939 169.3 4.1e-41
>>NP_974197 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein (333 aa)
initn: 856 init1: 764 opt: 1263 Z-score: 1159.5 bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)
10 20 30 40
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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NP_974 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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NP_974 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_974 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
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NP_974 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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NP_974 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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NP_974 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
310 320 330
>>XP_016881636 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain-cont (333 aa)
initn: 856 init1: 764 opt: 1263 Z-score: 1159.5 bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)
10 20 30 40
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
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XP_016 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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XP_016 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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XP_016 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
:::....: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::
XP_016 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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XP_016 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
: :::: ::::::::::::::::.:::::
XP_016 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
310 320 330
>>NP_005707 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein (333 aa)
initn: 856 init1: 764 opt: 1263 Z-score: 1159.5 bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)
10 20 30 40
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
::: : .::: ...:. .:: ::: :::. .. . :: : :::
NP_005 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
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NP_005 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_005 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
:::....: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::
NP_005 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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NP_005 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
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NP_005 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
310 320 330
>>NP_974199 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein (333 aa)
initn: 856 init1: 764 opt: 1263 Z-score: 1159.5 bits: 222.8 E(85289): 7.6e-58
Smith-Waterman score: 1275; 61.7% identity (81.5% similar) in 329 aa overlap (1-311:1-329)
10 20 30 40
pF1KE0 MPLKLRGKKKA----KSKET----AGLVEGEPTGAGGGSLSASRA------PARR--LVF
::: : .::: ...:. .:: ::: :::. .. . :: : :::
NP_974 MPLGLGRRKKAPPLVENEEAEPGRGGLGVGEPGPLGGGGSGGPQMGLPPPPPALRPRLVF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KE0 HAQLAHGSATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLE
:.:::::: :::.:::....:::..:: ::.. .:...::::: :.::..:::::.:::
NP_974 HTQLAHGSPTGRIEGFTNVKELYGKIAEAFRLPTAEVMFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLE
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KE0 DFIFAHVKGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIES
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NP_974 DFIFAHVKGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEA
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KE0 INGENIVGWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGR
:::....: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::
NP_974 INGQSLLGCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 ATLRLRSKGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEF
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NP_974 GTLRLRSRGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDEL
250 260 270 280 290 300
290 300 310
pF1KE0 AVALDETLGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
: :::: ::::::::::::::::.:::::
NP_974 AEALDERLGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
310 320 330
>>NP_573568 (OMIM: 601869,608792) PDZ domain-containing (312 aa)
initn: 1112 init1: 748 opt: 1111 Z-score: 1022.4 bits: 197.3 E(85289): 3.3e-50
Smith-Waterman score: 1111; 57.4% identity (81.0% similar) in 305 aa overlap (9-311:7-308)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MPLKLRGKKKAKSKETAGLVEGEPTGAGGGSLSASRAPARRLVFHAQLAHGSATGRVEGF
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NP_573 MEGAAAREARGTETP--RASAPPPAPSEPPAAPRARPR-LVFRTQLAHGSPTGKIEGF
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 SSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHVKGIEKEVNV
....::::.:: :: :.:.:::.::::. :.::..:::::.::::::::::.: :::.:
NP_573 TNVRELYAKIAEAFGIAPTEILFCTLNSHKVDMQKLLGGQIGLEDFIFAHVRGETKEVEV
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 YKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIVGWRHYDVAK
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NP_573 TKTEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSIINRIEAVCVGDSIEAINDHSIVGCRHYEVAK
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230
pF1KE0 KLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGKSSGE-KIGCGRATLRLRSKGPATVEEM
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NP_573 MLRELPKSQPFTLRLVQPKRAFDMIGQRSRSSKCPVEAKVTSGRETLRLRSGGAATVEEA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KE0 PSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDETLGDFAFPDE
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NP_573 PSEFEEEASRKVDDLLESYMGIRDPELASTMVETSKKTASAQEFARCLDSVLGEFAFPDE
240 250 260 270 280 290
300 310
pF1KE0 FVFDVWGVIGDAKRRGL
:: .::..::.:.
NP_573 FVVEVWAAIGEAREACG
300 310
>>NP_974198 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein (236 aa)
initn: 616 init1: 583 opt: 1062 Z-score: 979.6 bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
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NP_974 MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
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NP_974 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::.::::::
NP_974 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
.::::::..:: . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: ::::
NP_974 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
160 170 180 190 200 210
290 300 310
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
::::::::::::::::.:::::
NP_974 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
220 230
>>NP_974223 (OMIM: 605072) PDZ domain-containing protein (236 aa)
initn: 616 init1: 583 opt: 1062 Z-score: 979.6 bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
..::::: :.::..:::::.::::::::::
NP_974 MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
:: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
NP_974 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::.::::::
NP_974 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
.::::::..:: . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: ::::
NP_974 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
160 170 180 190 200 210
290 300 310
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
::::::::::::::::.:::::
NP_974 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
220 230
>>XP_016881637 (OMIM: 605072) PREDICTED: PDZ domain-cont (236 aa)
initn: 616 init1: 583 opt: 1062 Z-score: 979.6 bits: 189.0 E(85289): 8e-48
Smith-Waterman score: 1062; 69.0% identity (87.5% similar) in 232 aa overlap (82-311:1-232)
60 70 80 90 100 110
pF1KE0 SATGRVEGFSSIQELYAQIAGAFEISPSEILYCTLNTPKIDMERLLGGQLGLEDFIFAHV
..::::: :.::..:::::.::::::::::
XP_016 MFCTLNTHKVDMDKLLGGQIGLEDFIFAHV
10 20 30
120 130 140 150 160 170
pF1KE0 KGIEKEVNVYKSEDSLGLTITDNGVGYAFIKRIKDGGVIDSVKTICVGDHIESINGENIV
:: .:::.:.::::.:::::::::.:::::::::.:.::: .. : ::: ::.:::....
XP_016 KGQRKEVEVFKSEDALGLTITDNGAGYAFIKRIKEGSVIDHIHLISVGDMIEAINGQSLL
40 50 60 70 80 90
180 190 200 210 220
pF1KE0 GWRHYDVAKKLKELKKEELFTMKLIEPKKAFE-IELRSKAGK-SSGEKIGCGRATLRLRS
: :::.::. :::: . . ::.:: ::.:::. : :: .:. .:: ..: ::.::::::
XP_016 GCRHYEVARLLKELPRGRTFTLKLTEPRKAFDMISQRSAGGRPGSGPQLGTGRGTLRLRS
100 110 120 130 140 150
230 240 250 260 270 280
pF1KE0 KGPATVEEMPSETKAKAIEKIDDVLELYMGIRDIDLATTMFEAGKDKVNPDEFAVALDET
.::::::..:: . :::::.::.:: :::::: .::.:: : :::: ::::.: ::::
XP_016 RGPATVEDLPSAFEEKAIEKVDDLLESYMGIRDTELAATMVELGKDKRNPDELAEALDER
160 170 180 190 200 210
290 300 310
pF1KE0 LGDFAFPDEFVFDVWGVIGDAKRRGL
::::::::::::::::.:::::
XP_016 LGDFAFPDEFVFDVWGAIGDAKVGRY
220 230
>>XP_005259549 (OMIM: 601869,608792) PREDICTED: PDZ doma (1349 aa)
initn: 924 init1: 748 opt: 939 Z-score: 859.2 bits: 169.3 E(85289): 4.1e-41
Smith-Waterman score: 939; 57.9% identity (80.7% similar) in 259 aa overlap (9-265:7-262)
10 20 30 40 50 60
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