Result of FASTA (omim) for
pFN21AB0948
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0948, 402 aa
1>>>pF1KB0948 402 - 402 aa - 402 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9303+/-0.000808; mu= 16.7726+/- 0.050
mean_var=333.5352+/-63.494, 0's: 0 Z-trim(111.3): 2015 B-trim: 71 in 1/53
Lambda= 0.070227
statistics sampled from 17576 (19859) to 17576 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.546), E-opt: 0.2 (0.233), width: 16
Scan time: 8.190
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 616) 1407 157.8 6.4e-38
XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 621) 1407 157.9 6.5e-38
XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 628) 1407 157.9 6.5e-38
NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 13 ( 658) 1407 157.9 6.6e-38
XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 658) 1407 157.9 6.6e-38
XP_006723425 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
XP_005259268 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
NP_003427 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
XP_006723426 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger ( 670) 1407 157.9 6.7e-38
NP_009065 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 i ( 682) 1407 157.9 6.7e-38
XP_005272399 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 542) 1365 153.5 1.2e-36
XP_011515600 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
NP_001025147 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
NP_008889 (OMIM: 601262) zinc finger protein 16 [H ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
XP_005272398 (OMIM: 601262) PREDICTED: zinc finger ( 682) 1365 153.7 1.3e-36
XP_011540503 (OMIM: 611703) PREDICTED: zinc finger ( 452) 1357 152.5 1.9e-36
NP_001070663 (OMIM: 611703) zinc finger protein 43 ( 470) 1357 152.6 1.9e-36
NP_085137 (OMIM: 611703) zinc finger protein 436 [ ( 470) 1357 152.6 1.9e-36
NP_001316385 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 567) 1357 152.7 2.1e-36
NP_001277248 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 617) 1357 152.8 2.2e-36
NP_065708 (OMIM: 613840) zinc finger protein 304 i ( 659) 1357 152.8 2.2e-36
XP_011525447 (OMIM: 613840) PREDICTED: zinc finger ( 664) 1357 152.8 2.2e-36
NP_001277247 (OMIM: 613840) zinc finger protein 30 ( 706) 1357 152.9 2.3e-36
NP_694563 (OMIM: 194480) zinc finger protein 3 hom ( 502) 1343 151.2 5.3e-36
NP_003424 (OMIM: 604074) zinc finger protein 132 [ ( 706) 1342 151.4 6.5e-36
XP_016882740 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
NP_001275689 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882745 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882739 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882742 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
NP_001275691 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1 8e-36
NP_001275690 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882741 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882743 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
XP_016882744 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 349) 1335 150.1 8e-36
NP_001166303 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 568) 1336 150.6 9.1e-36
NP_443092 (OMIM: 612429) zinc finger protein 300 i ( 604) 1336 150.6 9.3e-36
XP_011536004 (OMIM: 612429) PREDICTED: zinc finger ( 609) 1336 150.6 9.4e-36
NP_001166302 (OMIM: 612429) zinc finger protein 30 ( 620) 1336 150.7 9.4e-36
NP_001278562 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001265438 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 665) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001265437 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 667) 1336 150.7 9.7e-36
NP_001275688 (OMIM: 606740) zinc finger protein 18 ( 691) 1336 150.7 9.9e-36
NP_037388 (OMIM: 606740) zinc finger protein 180 i ( 692) 1336 150.8 9.9e-36
XP_011525582 (OMIM: 606740) PREDICTED: zinc finger ( 734) 1336 150.8 1e-35
NP_001269131 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 533) 1333 150.2 1.1e-35
NP_001177184 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 643) 1333 150.4 1.2e-35
NP_001032824 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1333 150.4 1.2e-35
NP_001269130 (OMIM: 300819) zinc finger protein 63 ( 657) 1333 150.4 1.2e-35
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 1316 148.7 4e-35
>>NP_001276331 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (616 aa)
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pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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>>XP_016882731 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (621 aa)
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pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
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>>XP_016882730 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (628 aa)
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pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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>>NP_001276330 (OMIM: 604077) zinc finger protein 135 is (658 aa)
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pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
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NP_001 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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>>XP_016882729 (OMIM: 604077) PREDICTED: zinc finger pro (658 aa)
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Smith-Waterman score: 1407; 53.3% identity (78.5% similar) in 353 aa overlap (58-402:264-607)
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pF1KB0 EWSLLNEAQRCLYRDVMLETLTLISSLGCWHGGEDEAAPSKQSTCIHIY-------KDQG
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XP_016 RTHTGERPYECHECLKGFRNSSALTKHQRIHTGEK---PYKCTQCGRTFNQIAPLIQHQR
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
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XP_006 KSFSHSSSLSQHERTHTGEKPYECHDCGKSFRQSTHLTQHRRIHTGEKPYACRDCGKAFT
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pF1KB0 ERFHTGQKTYECSECGKSFHQSSSLLQRQTLHTRERPYECIECGKAFAEKSSLINHRKVH
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NP_009 LRIHTGEKPYQCGECGKAFSHSSSLTKHQRIHTGEKPYECHECGKAFTQITPLIQHQRTH
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pF1KB0 SGAKRYECNECGKSFAYTSSLIKHRRIHTGERPYECSECGRSFAENSSLIKHLRVHTGER
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NP_009 TGEKPYECGECGKAFSQSTLLTEHRRIHTGEKPYGCNECGKTFSHSSSLSQHERTHTGEK
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pF1KB0 PYECVECGKSFRRSSSLLQHQRVHTRERPYECSECGKSFSLRSNLIHHQRVHTGER-HEC
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]