FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB6456, 351 aa 1>>>pF1KB6456 351 - 351 aa - 351 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.3234+/-0.00104; mu= 15.9704+/- 0.062 mean_var=62.3378+/-12.395, 0's: 0 Z-trim(102.6): 15 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.162442 statistics sampled from 7027 (7035) to 7027 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.216), width: 16 Scan time: 2.130 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS34932.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8 ( 351) 2328 554.5 4.9e-158 CCDS55267.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8 ( 299) 1877 448.8 2.8e-126 CCDS1669.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2 ( 389) 1861 445.1 4.7e-125 CCDS54334.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2 ( 449) 1861 445.1 5.3e-125 >>CCDS34932.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8 (351 aa) initn: 2328 init1: 2328 opt: 2328 Z-score: 2950.7 bits: 554.5 E(32554): 4.9e-158 Smith-Waterman score: 2328; 100.0% identity (100.0% similar) in 351 aa overlap (1-351:1-351) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KB6 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 ASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEKYFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KB6 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 RCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYIRDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KB6 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 STFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQ 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KB6 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 YLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFLTEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KB6 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS34 KVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEKRVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF 310 320 330 340 350 >>CCDS55267.1 RRM2B gene_id:50484|Hs108|chr8 (299 aa) initn: 1876 init1: 1876 opt: 1877 Z-score: 2380.6 bits: 448.8 E(32554): 2.8e-126 Smith-Waterman score: 1877; 96.6% identity (98.3% similar) in 295 aa overlap (57-351:5-299) 30 40 50 60 70 80 pF1KB6 IKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQASFWTAEEVDLSKDLPHWNKLKADEK .. .:. .::::::::::::::::::: CCDS55 MGDPERPEAAGLDQDEVDLSKDLPHWNKLKADEK 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KB6 YFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEARCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 YFISHILAFFAASDGIVNENLVERFSQEVQVPEARCFYGFQILIENVHSEMYSLLIDTYI 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KB6 RDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRKSTFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 RDPKKREFLFNAIETMPYVKKKADWALRWIADRKSTFGERVVAFAAVEGVFFSGSFAAIF 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KB6 WLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQYLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 WLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLMFQYLVNKPSEERVREIIVDAVKIEQEFL 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KB6 TEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFSKVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS55 TEALPVGLIGMNCILMKQYIEFVADRLLVELGFSKVFQAENPFDFMENISLEGKTNFFEK 220 230 240 250 260 270 330 340 350 pF1KB6 RVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF ::::::::::::::::::::::::: CCDS55 RVSEYQRFAVMAETTDNVFTLDADF 280 290 >>CCDS1669.1 RRM2 gene_id:6241|Hs108|chr2 (389 aa) initn: 1861 init1: 1861 opt: 1861 Z-score: 2358.6 bits: 445.1 E(32554): 4.7e-125 Smith-Waterman score: 1861; 83.8% identity (96.3% similar) in 321 aa overlap (31-351:69-389) 10 20 30 40 50 60 pF1KB6 MGDPERPEAAGLDQDERSSSDTNESEIKSNEEPLLRKSSRRFVIFPIQYPDIWKMYKQAQ .:::::.. ::::::::.: :::.:::.:. 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