Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6440
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6440, 345 aa
1>>>pF1KB6440 345 - 345 aa - 345 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2207+/-0.00078; mu= 18.1613+/- 0.047
mean_var=90.5841+/-18.064, 0's: 0 Z-trim(110.2): 81 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.134756
statistics sampled from 11348 (11431) to 11348 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.715), E-opt: 0.2 (0.351), width: 16
Scan time: 2.480
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS11663.1 APOH gene_id:350|Hs108|chr17 ( 345) 2474 490.7 7.4e-139
CCDS1282.1 SELP gene_id:6403|Hs108|chr1 ( 830) 456 98.8 1.7e-20
CCDS1477.1 C4BPA gene_id:722|Hs108|chr1 ( 597) 431 93.8 4e-19
CCDS1283.1 SELE gene_id:6401|Hs108|chr1 ( 610) 427 93.0 6.9e-19
CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9 (3571) 433 94.9 1.1e-18
CCDS55189.1 CSMD1 gene_id:64478|Hs108|chr8 (3564) 414 91.2 1.4e-17
CCDS1386.1 CFHR1 gene_id:3078|Hs108|chr1 ( 330) 388 85.2 8.6e-17
CCDS6317.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8 (3667) 391 86.8 3.1e-16
CCDS6315.1 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8 (3707) 391 86.8 3.2e-16
CCDS6316.2 CSMD3 gene_id:114788|Hs108|chr8 (3538) 387 86.0 5.2e-16
CCDS31006.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1 ( 381) 370 81.7 1.1e-15
CCDS44307.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1 ( 440) 370 81.8 1.2e-15
CCDS73022.1 CD55 gene_id:1604|Hs108|chr1 ( 444) 370 81.8 1.2e-15
CCDS1388.1 F13B gene_id:2165|Hs108|chr1 ( 661) 369 81.8 1.8e-15
CCDS1484.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 355) 363 80.3 2.6e-15
CCDS1485.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 392) 363 80.4 2.8e-15
CCDS1482.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 399) 363 80.4 2.9e-15
CCDS1385.1 CFH gene_id:3075|Hs108|chr1 (1231) 361 80.5 8.3e-15
CCDS1478.1 CR2 gene_id:1380|Hs108|chr1 (1033) 357 79.6 1.3e-14
CCDS31007.1 CR2 gene_id:1380|Hs108|chr1 (1092) 351 78.5 2.9e-14
CCDS380.1 CSMD2 gene_id:114784|Hs108|chr1 (3487) 356 79.9 3.4e-14
CCDS44310.1 CR1L gene_id:1379|Hs108|chr1 ( 569) 327 73.5 4.7e-13
CCDS60082.1 CSMD2 gene_id:114784|Hs108|chr1 (3631) 323 73.5 3e-12
CCDS1479.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 349) 285 65.2 9.5e-11
CCDS31009.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 362) 285 65.2 9.8e-11
CCDS1481.1 CD46 gene_id:4179|Hs108|chr1 ( 369) 285 65.2 9.9e-11
>>CCDS11663.1 APOH gene_id:350|Hs108|chr17 (345 aa)
initn: 2474 init1: 2474 opt: 2474 Z-score: 2606.4 bits: 490.7 E(32554): 7.4e-139
Smith-Waterman score: 2474; 99.7% identity (100.0% similar) in 345 aa overlap (1-345:1-345)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCKPGYVSRGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 MRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 MRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGAD
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 SAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 SAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 FGNDTITCTTHGNWTKLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 FGNDTITCTTHGNWTKLPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 DGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFC
:::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 DGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKVPVKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFC
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB6 KNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS11 KNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
310 320 330 340
>>CCDS1282.1 SELP gene_id:6403|Hs108|chr1 (830 aa)
initn: 391 init1: 196 opt: 456 Z-score: 481.3 bits: 98.8 E(32554): 1.7e-20
Smith-Waterman score: 456; 30.8% identity (56.7% similar) in 263 aa overlap (13-264:318-572)
10 20 30 40
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYE
.:. :. . :.. .. : :: .:
CCDS12 CSFSCEEGFALVGPEVVQCTASGVWTAPAPVCK-AVQCQHLEAPSEGTMDCVHPLTAF-A
290 300 310 320 330 340
50 60 70 80 90
pF1KB6 PGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLW--PINT---LKCTPRVCPFAGILENGAVRY
: . :.::: :: . . : .: : :. : ..: : : : .. .
CCDS12 YGSSCKFECQPGYRVRG-LDMLRCIDSGHWSAPLPTCEAISCEPLESPVHGSMDCSP-SL
350 360 370 380 390 400
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 TTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYK
.:.: .. :: : ::.: ::: ..: . :.:. ::: . : .:. : . .
CCDS12 RAFQYDTNCSFRCAEGFMLRGADIVRCDNLGQWTAPAPVCQALQCQDLPVPNEARVNCSH
410 420 430 440 450 460
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 PSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTKLP-ECREVKC-PFPSRPDNGF
: .. :... : : . : ... : . :::...: ::. . : :. : :.::
CCDS12 PFGAFR--YQSVCSFTCNEGLLLVGASVLQCLATGNWNSVPPECQAIPCTPLLS-PQNGT
470 480 490 500 510 520
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 VNYPAKP--TLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA-SCKLPVKKA
.. ..: . ::. : : .::::.:::...::. : :. . : :.: .:
CCDS12 MTC-VQPLGSSSYKSTCQFICDEGYSLSGPERLDCTRSGRWTDSPPMCEAIKCPELFAPE
530 540 550 560 570
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 TVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSS
CCDS12 QGSLDCSDTRGEFNVGSTCHFSCDNGFKLEGPNNVECTTSGRWSATPPTCKGIASLPTPG
580 590 600 610 620 630
>>CCDS1477.1 C4BPA gene_id:722|Hs108|chr1 (597 aa)
initn: 285 init1: 120 opt: 431 Z-score: 456.9 bits: 93.8 E(32554): 4e-19
Smith-Waterman score: 431; 30.7% identity (53.7% similar) in 270 aa overlap (17-267:45-303)
10 20 30 40
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPL---KTFYEP
:. : .: : : :.. . . .: ..
CCDS14 RKMAAWPFSRLWKVSDPILFQMTLIAALLPAVLG-NCGPPPTLSFAAPMDITLTETRFKT
20 30 40 50 60 70
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 GEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTT-FEY
: . :.: :::: . . . : : : ::. : . : : :.:: :. : . .
CCDS14 GTTLKYTCLPGYVRSHSTQTLTCNSDGEWVYNTF-CIYKRCRHPGELRNGQVEIKTDLSF
80 90 100 110 120 130
110 120 130 140 150
pF1KB6 PNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGK---WSPELPVCAPIIC-PPPSIPTFATLRVYKP
. : :::. ::.: :. ...: . . :: :: : . : :::.: : .
CCDS14 GSQIEFSCSEGFFLIGSTTSRCEVQDRGVGWSHPLPQCEIVKCKPPPDI------RNGRH
140 150 160 170 180
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 SAGNNSL-YRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCT----THGNWTKLPE-CREVKCPFPSRPD
:. .: : .... : :. ...:. .:.:: : : : : :... : .::
CCDS14 SGEENFYAYGFSVTYSCDPRFSLLGHASISCTVENETIGVWRPSPPTCEKITC---RKPD
190 200 210 220 230 240
220 230 240 250 260
pF1KB6 --NGFVNYPAKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWS-AMPSCKA-SC-KLP
.: . : ::: .: :. :. : : :.: ..:. . :.:. :: .::
CCDS14 VSHGEMVSGFGPIYNYKDTIVFKCQKGFVLRGSSVIHCDADSKWNPSPPACEPNSCINLP
250 260 270 280 290 300
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 VKKATVVYQGERVKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFK
CCDS14 DIPHASWETYPRPTKEDVYVVGTVLRYRCHPGYKPTTDEPTTVICQKNLRWTPYQGCEAL
310 320 330 340 350 360
>>CCDS1283.1 SELE gene_id:6401|Hs108|chr1 (610 aa)
initn: 454 init1: 158 opt: 427 Z-score: 452.5 bits: 93.0 E(32554): 6.9e-19
Smith-Waterman score: 427; 27.0% identity (54.8% similar) in 341 aa overlap (9-333:169-497)
10 20 30
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLK
::.. :. . . .:. . ::
CCDS12 YTAACTNTSCSGHGECVETINNYTCKCDPGFSGLKCEQIVNCTALESPEHGSLVCSHPLG
140 150 160 170 180 190
40 50 60 70 80 90
pF1KB6 TF-YEPGEEITYSCKPGYVSRGGMRKFICPLTGLW--PI---NTLKCTPRVCPFAGILEN
.: :. . : :: ::. ..:. . : .: : :: :...: . : :..:
CCDS12 NFSYNSSCSI--SCDRGYLP-SSMETMQCMSSGEWSAPIPACNVVECDAVTNPANGFVEC
200 210 220 230 240 250
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 GAVRYTTFEYPNTISFSCNTGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFAT
.: . .: .:.:. :: : ::.: .:: :.:. : :.: . : : ..
CCDS12 FQ-NPGSFPWNTTCTFDCEEGFELMGAQSLQCTSSGNWDNEKPTCKAVTCRAVRQPQNGS
260 270 280 290 300 310
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 LRVYKPSAGNNSLYRDTAVFECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRP
.: . ::. . .... : : . : . :::.:.::. .: :. .: : :
CCDS12 VRCSHSPAGEFT-FKSSCNFTCEEGFMLQGPAQVECTTQGQWTQQIPVCEAFQCTALSNP
320 330 340 350 360 370
220 230 240 250 260
pF1KB6 DNGFVN-YP-AKPTLYYKDKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNW-SAMPSCKASCKLPV
. :..: : :. .. : .. :.:..:. : : ....: :.: . :.:.:
CCDS12 ERGYMNCLPSASGSFRYGSSCEFSCEQGFVLKGSKRLQCGPTGEWDNEKPTCEAV-----
380 390 400 410 420
270 280 290 300 310 320
pF1KB6 KKATVVYQGER--VKIQEKFKNGMLHGDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCIDG---TIEVP
. .:.: . :. .. . . . .. .: :.. . . :. .: . : :::
CCDS12 -RCDAVHQPPKGLVRCAHSPIGEFTYKSSCAFSCEEGFELHGSTQ-LECTSQGQWTEEVP
430 440 450 460 470 480
330 340
pF1KB6 KC-FKEHSSLAFWKTDASDVKPC
.: . ::::
CCDS12 SCQVVKCSSLAVPGKINMSCSGEPVFGTVCKFACPEGWTLNGSAARTCGATGHWSGLLPT
490 500 510 520 530 540
>>CCDS48004.1 SVEP1 gene_id:79987|Hs108|chr9 (3571 aa)
initn: 591 init1: 192 opt: 433 Z-score: 449.2 bits: 94.9 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 451; 28.3% identity (50.8% similar) in 315 aa overlap (23-329:2264-2555)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSCK
: :: :... .: : .. . :.
CCDS48 GYKSVGSPVFVCQANRHWHSESPLMCVPLDCGKPP--PIQNGFMKGENFEVGSKVQFFCN
2240 2250 2260 2270 2280 2290
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 PGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTL-KCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
:: : .. : .: : .. :: : :: .::: : ....:::.
CCDS48 EGYELVGD-SSWTCQKSGKWNKKSNPKCMPAKCPEPPLLENQLVLKELTTEVGVVTFSCK
2300 2310 2320 2330 2340 2350
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPPSIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTAV
: :.: . :: .:. .::: ..: :: . .:. : ::.. . . .:.
CCDS48 EGHVLQGPSVLKCLPSQQWNDSFPVCKIVLCTPPPLISFG---VPIPSSALH--FGSTVK
2360 2370 2380 2390 2400
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTK-LPECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLYYKDKA
. :. . ::.: : :.:.. :::: :.:: : . ::... . : : . :
CCDS48 YSCVGGFFLRGNSTTLCQPDGTWSSPLPECVPVECPQPEEIPNGIIDVQG---LAYLSTA
2410 2420 2430 2440 2450 2460
240 250 260 270 280
pF1KB6 TFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNW-SAMPSCKA-SCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFKN
. :. :. : : : . :.: .. :.::: : : . . .: ::.
CCDS48 LYTCKPGFELVGNTTTLCGENGHWLGGKPTCKAIECLKPKE----ILNG-------KFSY
2470 2480 2490 2500 2510
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 GMLH-GDKVSFFCKNKEKKCSYTEDAQCI---DGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKP
:: :. :.. : :. . :. : ...:.: :
CCDS48 TDLHYGQTVTYSC-NRGFRLEGPSALTCLETGDWDVDAPSCNAIHCDSPQPIENGFVEGA
2520 2530 2540 2550 2560 2570
pF1KB6 C
CCDS48 DYSYGAIIIYSCFPGFQVAGHAMQTCEESGWSSSIPTCMPIDCGLPPHIDFGDCTKLKDD
2580 2590 2600 2610 2620 2630
>--
initn: 506 init1: 163 opt: 443 Z-score: 459.7 bits: 96.9 E(32554): 2.8e-19
Smith-Waterman score: 443; 27.8% identity (53.6% similar) in 302 aa overlap (22-318:3240-3525)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSC
.: ::.. . :: : .: : :.:
CCDS48 GYTFEGVNISVCQLDGTWEPPFSDESCSPVSCGKPESPEHGFVVGSKYTFES--TIIYQC
3210 3220 3230 3240 3250 3260
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
.::: .:. :. .: . : .. : : . :: . . .. .:::
CCDS48 EPGYELEGN-RERVCQENRQWSGGVAICKETRCETPLEFLNGKADIENRTTGPNVVYSCN
3270 3280 3290 3300 3310 3320
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 TGFYLNGADSAKCTEEGKWSPELPVCAPIICPPP-SIPTFATLRVYKPSAGNNSLYRDTA
:. :.: . :.:::.: :: .:.: : :: : :: : : ... .: :
CCDS48 RGYSLEGPSEAHCTENGTWSHPVPLCKPNPCPVPFVIPENALL-------SEKEFYVDQN
3330 3340 3350 3360 3370
180 190 200 210 220
pF1KB6 V-FECLPQHAMFGNDTITCTTHGNWTKLP-ECREVKCPFPSRPDNGFVNYPAKPTLY-YK
: ..: . :. :::. .::. .:....: :.. .:.. :. . : :
CCDS48 VSIKCREGFLLQGHGIITCNPDETWTQTSAKCEKISCGPPAHVENAI----ARGVHYQYG
3380 3390 3400 3410 3420 3430
230 240 250 260 270 280
pF1KB6 DKATFGCHDGYSLDGPEEIECTKLGNWSAMPSCKASCKLPVKKATVVYQGERVKIQEKFK
: :..:..:: :.: . : . :.:.. : :.: :..: ... . . . . : .
CCDS48 DMITYSCYSGYMLEGFLRSVCLENGTWTSPPICRAVCRFPCQNGGICQRPNACSCPEGWM
3440 3450 3460 3470 3480 3490
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 NGMLHGDKVSFF-CKNKEKKCSYTEDAQCIDGTIEVPKCFKEHSSLAFWKTDASDVKPC
: : . . .. : : .: . .: :
CCDS48 -GRLCEEPICILPCLNG-GRCVAPYQCDCPPGWTGSRCHTAVCQSPCLNGGKCVRPNRCH
3500 3510 3520 3530 3540 3550
CCDS48 CLSSWTGHNCSRKRRTGF
3560 3570
>--
initn: 667 init1: 171 opt: 440 Z-score: 456.5 bits: 96.3 E(32554): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 440; 27.7% identity (48.9% similar) in 329 aa overlap (22-338:2774-3084)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEITYSC
.: ::. . ... . : . : :
CCDS48 KPGHILAGSDLRLCLENRKWSGASPRCEAISCKKPNPVMNGSIK--GSNYTYLSTLYYEC
2750 2760 2770 2780 2790 2800
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 KPGYVSRGGMRKFICPLTGLWPINTLKCTPRVCPFAGILENGAVRYTTFEYPNTISFSCN
:::: : :. : : . : : : . :: :: . . . : ..::
CCDS48 DPGYVLNGTERR-TCQDDKNWDEDEPICIPVDCSSPPVSANGQVRGDEYTFQKEIEYTCN
2810 2820 2830 2840 2850 2860
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340
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CCDS48 ITYSCRSGYVIQGSSDLICTEKGVWSQPYPVCEPLSCGSPPSVANAVATGEAHTYESEVK
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CCDS55 WSGI---QPTCIDPAHNTCPDPGTPHFGIQNSSR-GYEVGSTVFFRCRKGYHIQGSTTRT
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CCDS55 CLANLTWSGIQTECIPHACRQPETPAHADVRAIDLPTFGYTLVYTCHPGFFLAGGSEHRT
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CCDS13 KSFWTRITCTEEGWSP--TPKCL-RLC-FFPFVENGHSESSGQTHLEGDTVQIICNTGYR
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CCDS13 LYLRTGESAEFVCKRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAKR
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CCDS63 TTRTCLPDLTWSGIQPECIPHSCKQPETPAHANVVGMDLPSHGYTLIYTCQPGFFLAGGT
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pF1KB6 MISPVLILFSSFLCHVAIAGRTCPKPDDLPFSTVVPLKTFYEPGEEI
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CCDS63 FTCDLGFMLVGSAVRECLSSGLWSESETRCLAGH-CGIPELIVNGQVIGENYGYR--DTV
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CCDS63 VYQCNPGFRLIGSSVR-ICQQDHNWSGQLPSCVPVSCGHPGSPIYGRTSGNGFNFNDVVT
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CCDS63 FSCNIGYLMQGPTKAQCQANRQWSHPPPMCKVVNCSDPGIPA-NSKRESKIEHGNFT-YG
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CCDS63 TVVFYDCNPGYFLFGSSVLICQPNGQWDKPLPECIMIDCGHPGVPPNAVLS-GEKYT--F
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