Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7994
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7994, 447 aa
1>>>pF1KB7994 447 - 447 aa - 447 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.8519+/-0.000906; mu= 5.6746+/- 0.055
mean_var=123.9510+/-26.157, 0's: 0 Z-trim(109.6): 29 B-trim: 3 in 1/51
Lambda= 0.115199
statistics sampled from 10966 (10994) to 10966 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.338), width: 16
Scan time: 3.340
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS43568.1 TBX20 gene_id:57057|Hs108|chr7 ( 447) 2952 501.7 6.1e-142
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CCDS31621.1 TBX10 gene_id:347853|Hs108|chr11 ( 385) 839 150.5 2.7e-36
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CCDS9174.1 TBX5 gene_id:6910|Hs108|chr12 ( 468) 819 147.2 3.3e-35
CCDS11627.2 TBX2 gene_id:6909|Hs108|chr17 ( 712) 821 147.6 3.8e-35
CCDS10670.1 TBX6 gene_id:6911|Hs108|chr16 ( 436) 808 145.4 1.1e-34
CCDS11629.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 ( 545) 804 144.8 2.1e-34
CCDS82180.1 TBX4 gene_id:9496|Hs108|chr17 ( 546) 804 144.8 2.1e-34
CCDS55960.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (2856) 651 119.6 4.3e-26
CCDS55959.1 MGA gene_id:23269|Hs108|chr15 (3065) 651 119.6 4.6e-26
CCDS2646.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 686) 605 111.7 2.4e-24
CCDS33310.1 TBR1 gene_id:10716|Hs108|chr2 ( 682) 583 108.1 3e-23
CCDS11514.1 TBX21 gene_id:30009|Hs108|chr17 ( 535) 573 106.4 7.5e-23
CCDS63585.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 705) 567 105.4 1.9e-22
CCDS9176.1 TBX3 gene_id:6926|Hs108|chr12 ( 743) 529 99.1 1.6e-20
CCDS59045.1 T gene_id:6862|Hs108|chr6 ( 377) 498 93.8 3.1e-19
CCDS5290.1 T gene_id:6862|Hs108|chr6 ( 435) 479 90.7 3.1e-18
CCDS63584.1 EOMES gene_id:8320|Hs108|chr3 ( 410) 463 88.0 1.9e-17
CCDS1272.1 TBX19 gene_id:9095|Hs108|chr1 ( 448) 453 86.4 6.4e-17
>>CCDS43568.1 TBX20 gene_id:57057|Hs108|chr7 (447 aa)
initn: 2952 init1: 2952 opt: 2952 Z-score: 2661.8 bits: 501.7 E(32554): 6.1e-142
Smith-Waterman score: 2952; 100.0% identity (100.0% similar) in 447 aa overlap (1-447:1-447)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 LDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEM
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 IITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 ESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 HPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGSGPTFPSFHMPR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 HPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQGSGPTFPSFHMPR
370 380 390 400 410 420
430 440
pF1KB7 YHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
:::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 YHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
430 440
>>CCDS34495.1 TBX18 gene_id:9096|Hs108|chr6 (607 aa)
initn: 927 init1: 680 opt: 947 Z-score: 858.8 bits: 168.5 E(32554): 1.6e-41
Smith-Waterman score: 961; 46.9% identity (70.5% similar) in 369 aa overlap (69-421:115-457)
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 IKPLEQFVEKSSCAQPLGELTSLDAHGEFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMA
::: .. . :: : ::. :: .
CCDS34 PARSGADLERGAAGGCEDGFQQGASPLASPGGSPKGSPARSLAR----PGTPL-PSPQAP
90 100 110 120 130
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 KIACSLETKELWDKFHELGTEMIITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNK
.. .:. ::: .:::.::::::::.::::::..::..::.::. .: . :::::::::
CCDS34 RV--DLQGAELWKRFHEIGTEMIITKAGRRMFPAMRVKISGLDPHQQYYIAMDIVPVDNK
140 150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 RYRYAYHRSSWLVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGH
::::.:: :.:.:::.:: :.: :.:.::::: .:: ..:..::.:.::::::::..::
CCDS34 RYRYVYHSSKWMVAGNADSPVPPRVYIHPDSPASGETWMRQVISFDKLKLTNNELDDQGH
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 IILNSMHKYQPRVHIIKKK--DHTASLLNLKSEE-FRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKL
:::.::::::::::.:.: : . . . : : ..: :::::::.::::::: ::.:
CCDS34 IILHSMHKYQPRVHVIRKDCGDDLSPIKPVPSGEGVKAFSFPETVFTTVTAYQNQQITRL
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 KIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVLGDESQTTPNRG
::: ::::::::::.: .: ..:.:...... : .:: ::. : :..:
CCDS34 KIDRNPFAKGFRDSGR----NRMGLEALVESYAFWRPSLRTLT-FEDIPG-----IPKQG
320 330 340 350 360
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 SAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPI-PHPIQ-GSLPP--YS
.: ..: :. ..... :. ::. :. :.: .: : . :. : :: : ::
CCDS34 NA-SSSTLLQ-----GTGNGVPA-THPHLLS--GSSCSSPAFHLGPNTSQLCSLAPADYS
370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KB7 ---RLGMPLT--PSAIASSMQ----GSGPTFPSFHMPRYHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAV
: :. :. ...: ... .: :: . : :
CCDS34 ACARSGLTLNRYSTSLAETYNRLTNQAGETFAPPRTPSYVGVSSSTSVNMSMGGTDGDTF
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 MTPFV
CCDS34 SCPQTSLSMQISGMSPQLQYIMPSPSSNAFATNQTHQGSYNTFRLHSPCALYGYNFSTSP
480 490 500 510 520 530
>>CCDS30816.1 TBX15 gene_id:6913|Hs108|chr1 (496 aa)
initn: 846 init1: 646 opt: 930 Z-score: 844.9 bits: 165.7 E(32554): 9.6e-41
Smith-Waterman score: 930; 45.5% identity (68.9% similar) in 354 aa overlap (97-436:4-344)
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 FGGGSGSSPSSSSLCTEPLIPTTPIIPSEEMAKIACSLETKELWDKFHELGTEMIITKSG
: .: :. .:: .::..::::::::.:
CCDS30 MSSMEEIQVELQCADLWKRFHDIGTEMIITKAG
10 20 30
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 RRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYHRSSWLVAGKADPPLPARLYVH
:::::..::...:.::. .: . :::::::::::::.:: :.:.:::.:: :.: :.:.:
CCDS30 RRMFPAMRVKITGLDPHQQYYIAMDIVPVDNKRYRYVYHSSKWMVAGNADSPVPPRVYIH
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 PDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMHKYQPRVHIIKKKDHTASLLNL
::: .:. ..:.:::.:.::::::::..:::::.::::::::::.:.: : ...:
CCDS30 PDSLASGDTWMRQVVSFDKLKLTNNELDDQGHIILHSMHKYQPRVHVIRK-DFSSDLSPT
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 K----SEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNPFAKGFRDSSRLTDIERESVES
: .. .:: :::::::.::::::: ::.:::: ::::::::::.: .: ..:.
CCDS30 KPVPVGDGVKTFNFPETVFTTVTAYQNQQITRLKIDRNPFAKGFRDSGR----NRTGLEA
160 170 180 190 200
310 320 330 340 350
pF1KB7 LIQKHSYARSPIRTYGGEEDVL-----GDESQTTPNRGSAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFP
... ... : :.:: :. . : . :.:. .:. : : . : : .: : : :
CCDS30 IMETYAFWRPPVRTLTFEDFTTMQKQQGGSTGTSPTTSSTGTPSPSAS-SHLLSPSCSPP
210 220 230 240 250 260
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pF1KB7 GFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPSAIASSMQG-----SGPT
:. . .: ... . .. :: .: .: : . : .: :: :
CCDS30 TFHLAPNTFNVGCRESQLC----NLNLSDYPPCARSNMAALQSYPGLSDSGYNRLQSGTT
270 280 290 300 310 320
420 430 440
pF1KB7 FPSFHMPRYHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
: .: . :. : . :.:.
CCDS30 --SATQPSETFMPQRTP-SLISGIPTPPSLPGNSKMEAYGGQLGSFPTSQFQYVMQAGNA
330 340 350 360 370 380
>>CCDS81360.1 TBX15 gene_id:6913|Hs108|chr1 (602 aa)
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Smith-Waterman score: 1008; 42.2% identity (65.1% similar) in 455 aa overlap (11-436:11-450)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MEFTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSSCAQPLGELTS
:::::.:::. ::. :..:... . : :. .: : : :::. .
CCDS81 MSERRRSAVALSSRAHAFSVEALI--GSNKKRKLRDWEEKGLDLSMEALSPAGPLGDTED
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70 80 90 100
pF1KB7 LDAHG-------EFGGGSGSSP----SSSSLCTEPLIPTTPI--IPSE--EMAKIACSLE
::: : . :: : .: :. :. . . .:. : .: :.
CCDS81 AAAHGLEPHPDSEQSTGSDSEVLTERTSCSFSTHTDLASGAAGPVPAAMSSMEEIQVELQ
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110 120 130 140 150 160
pF1KB7 TKELWDKFHELGTEMIITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYRYAYH
.:: .::..::::::::.::::::..::...:.::. .: . :::::::::::::.::
CCDS81 CADLWKRFHDIGTEMIITKAGRRMFPAMRVKITGLDPHQQYYIAMDIVPVDNKRYRYVYH
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pF1KB7 RSSWLVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIILNSMH
:.:.:::.:: :.: :.:.:::: .:. ..:.:::.:.::::::::..:::::.:::
CCDS81 SSKWMVAGNADSPVPPRVYIHPDSLASGDTWMRQVVSFDKLKLTNNELDDQGHIILHSMH
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pF1KB7 KYQPRVHIIKKKDHTASLLNLK----SEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNP
:::::::.:.: : ...: : .. .:: :::::::.::::::: ::.:::: ::
CCDS81 KYQPRVHVIRK-DFSSDLSPTKPVPVGDGVKTFNFPETVFTTVTAYQNQQITRLKIDRNP
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pF1KB7 FAKGFRDSSRLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRTYGGEEDVL-----GDESQTTPNRGS
::::::::.: .: ..:.... ... : :.:: :. . : . :.:. .:
CCDS81 FAKGFRDSGR----NRTGLEAIMETYAFWRPPVRTLTFEDFTTMQKQQGGSTGTSPTTSS
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pF1KB7 AFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMP
. : : . : : .: : : : :. . .: ... . .. :: .: .:
CCDS81 TGTPSPSAS-SHLLSPSCSPPTFHLAPNTFNVGCRESQLC----NLNLSDYPPCARSNMA
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pF1KB7 LTPSAIASSMQG-----SGPTFPSFHMPRYHHYFQQGPYAAIQGLRHSSAVMTPFV
: . : .: :: : : .: . :. : . :.:.
CCDS81 ALQSYPGLSDSGYNRLQSGTT--SATQPSETFMPQRTP-SLISGIPTPPSLPGNSKMEAY
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CCDS81 GGQLGSFPTSQFQYVMQAGNAASSSSSPHMFGGSHMQQSSYNAFSLHNPYNLYGYNFPTS
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>>CCDS13767.1 TBX1 gene_id:6899|Hs108|chr22 (495 aa)
initn: 838 init1: 652 opt: 870 Z-score: 791.0 bits: 155.7 E(32554): 9.7e-38
Smith-Waterman score: 880; 39.0% identity (59.5% similar) in 464 aa overlap (1-437:10-442)
10 20 30 40 50
pF1KB7 ME-FTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSS
:: :::: .:.. :..: :: : :. : : . . .
CCDS13 MHFSTVTRDMEAFTASSLSSLGA-AGGFPGAA---SPGADPYGPREPPPPPPR--YDPCA
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100
pF1KB7 CAQPLGELTSLDAHG-EFGGGSGSSPSSSSLCTEPLIP--------TTPIIPSEEMAKIA
: : . :. :. ..:.. :... :: : .:. . ..: ..
CCDS13 AAAPGAPGPPPPPHAYPFAPAAGAATSAAA---EPEGPGASCAAAAKAPVKKNAKVAGVS
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 CSLETKELWDKFHELGTEMIITKSGRRMFPTIRVSFSGVDPEAKYIVLMDIVPVDNKRYR
.:: : :::.:..::::::.::.:::::::..:.. :.:: : :..:::.::::.::::
CCDS13 VQLEMKALWDEFNQLGTEMIVTKAGRRMFPTFQVKLFGMDPMADYMLLMDFVPVDDKRYR
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 YAYHRSSWLVAGKADPPLPARLYVHPDSPFTGEQLLKQMVSFEKVKLTNNELDQHGHIIL
::.: ::::::::::: :.:.. ::::: : : .::.:::.:.::::: ::..:::::
CCDS13 YAFHSSSWLVAGKADPATPGRVHYHPDSPAKGAQWMKQIVSFDKLKLTNNLLDDNGHIIL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB7 NSMHKYQPRVHIIKKKDHTASLLNLKSEEFRTFIFPETVFTAVTAYQNQLITKLKIDSNP
::::.:::: :.. : . . :.:.::.: :: :::::::::. ::.::: :::
CCDS13 NSMHRYQPRFHVVYV-DPRKDSEKYAEENFKTFVFEETRFTAVTAYQNHRITQLKIASNP
240 250 260 270 280 290
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pF1KB7 FAKGFRDSS--RLTDIERESVESLIQKHSYARSPIRT----YGGEEDVLGDESQTTPNRG
::::::: . .: .. :.. . .:.:. . : :.:. . . . :
CCDS13 FAKGFRDCDPEDWPRNHRPGALPLMSAFARSRNPVASPTQPSGTEKDAAEARREFQRDAG
300 310 320 330 340 350
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pF1KB7 SAFTTSDNLSLSSWVSSSSSFPGFQHPQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLP-PYSRLG
. . .: :. :: .: : . : . : : .: : . :
CCDS13 GPAVLGD--------------PA--HPPQLLA---RVLSPSLPGAGGAGGLVPLPGAPGG
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pF1KB7 MPLTPSAIASSMQGSGPTFPSFHMPR------YHHYF----QQGPYAAIQGLRHSSAVMT
: .: ... : . : : : : ::. . .:: . :::
CCDS13 RP-SPPNPELRLEAPGASEPLHHHPYKYPAAAYDHYLGAKSRPAPYP-LPGLRGHGYHPH
400 410 420 430 440
pF1KB7 PFV
CCDS13 AHPHHHHHPVSPAAAAAAAAAAAAAAANMYSSAGAAPPGSYDYCPR
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>>CCDS13765.1 TBX1 gene_id:6899|Hs108|chr22 (372 aa)
initn: 838 init1: 652 opt: 858 Z-score: 782.3 bits: 153.7 E(32554): 3e-37
Smith-Waterman score: 858; 44.5% identity (66.4% similar) in 348 aa overlap (1-332:10-347)
10 20 30 40 50
pF1KB7 ME-FTASPKPQLSSRANAFSIAALMSSGGSKEKEATENTIKPLEQFVEKSS
:: :::: .:.. :..: :: : :. : : . . .
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CCDS13 SRNTPEREVELLRDAGGCVNLGLPCPAECQPFNTQGLVAGRTAGDRLC
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CCDS14 VIEQGSSVDLSQIQSLPTEGVKTFSFKETEFTTVTAYQNQQITKLKIERNPFAKGFRDTG
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CCDS14 SPLCFSPMFHLPTS--SLGMPCPEAYLPNVNLPLCYKICPTNFWQQQPLVLPAPERLASS
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CCDS14 NSSQSLAPLMMEVPMLSSLGVTNSKSGSSEDSSDQYLQAPNSTNQMLYGLQSPGNIFLPN
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CCDS31 FTETQFTAVTAYQNHRITQLKIASNPFAKGFRESDLDSWPVAPRPLLSVPARSHSSLSPC
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CCDS31 VLKG------ATDREKDPNKASASTSKTPAWLHHQLLPPPEVLLAPATYRPVTYQSLYSG
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CCDS91 GALAKPI--MDQLVGAAETGIPFSSLGPQAHL--RPLKTMEPEEEVEDDPKV--HLEAKE
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CCDS91 LWDQFHKRGTEMVITKSGRRMFPPFKVRCSGLDKKAKYILLMDIIAADDCRYK--FHNSR
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pF1KB7 -NLSLSSWVSSSSSFPGFQH-PQSLTALGTSTASIATPIPHPIQGSLPPYSRLGMPLTPS
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]