Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8490
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8490, 859 aa
1>>>pF1KB8490 859 - 859 aa - 859 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.4054+/-0.00121; mu= -15.0488+/- 0.072
mean_var=493.8800+/-102.905, 0's: 0 Z-trim(115.1): 75 B-trim: 423 in 1/51
Lambda= 0.057712
statistics sampled from 15572 (15638) to 15572 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.763), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16
Scan time: 5.460
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS378.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 ( 858) 5714 490.8 4.2e-138
CCDS81298.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 ( 830) 4441 384.8 3.3e-106
CCDS379.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 ( 323) 2146 193.5 5.3e-49
CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 ( 983) 799 81.7 7.2e-15
CCDS46952.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 ( 995) 799 81.7 7.2e-15
>>CCDS378.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 (858 aa)
initn: 3071 init1: 3071 opt: 5714 Z-score: 2592.9 bits: 490.8 E(32554): 4.2e-138
Smith-Waterman score: 5714; 99.9% identity (99.9% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-858)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MENELPVPHTSSSACATSSTSGASSSSGCNNSSSGGSGRPTGPQISVYSGIPDRQTVQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 MENELPVPHTSSSACATSSTSGASSSSGCNNSSSGGSGRPTGPQISVYSGIPDRQTVQVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 QQALHRQPSTAAQYLQQMYAAQQQHLMLQTAALQQQHLSSAQLQSLAAVQQASLVSNRQG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 STSGSNVSAQAPAQSSSINLAASPAAAQLLNRAQSVNSAAASGIAQQAVLLGNTSSPALT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 ASQAQMYLRAQMLIFTPTATVATVQPELGTGSPARPPTPAQVQNLTLRTQQTPAAAASGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 TPTQPVLPSLALKPTPGGSQPLPTPAQSRNTAQASPAGAKPGIADSVMEPHKKGDGNSSV
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PGSMEGRAGLSRTVPAVAAHPLIAPAYAQLQPHQLLPQPSSKHLQPQFVIQQQPQPQQQQ
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PPPQQSRPVLQAEPHPQLASVSPSVALQPSSEAHAMPLGPVTPALPLQCPTANLHKPGGS
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::
CCDS37 QQCHPPTPDTGPQNGHPEGVPHTPQRRFQHTSAVILQLQPASP-PQQCVPDDWKEVAPGE
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490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KSVPETRSGPSPHQQAIVTAMPGGLPVPTSPNIQPSPAHETGQGIVHALTDLSSPGMTSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KSVPETRSGPSPHQQAIVTAMPGGLPVPTSPNIQPSPAHETGQGIVHALTDLSSPGMTSG
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 NGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGAEPFPVGRSSLLVGNLKK
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 KYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEEPYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEEPYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKR
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 FCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRSKLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 FCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRSKLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGT
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 VPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSSYEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 VPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSSYEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDL
720 730 740 750 760 770
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 VGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRSLPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 VGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRSLPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMN
780 790 800 810 820 830
850
pF1KB8 IKLGPALKIYARISMLKDS
:::::::::::::::::::
CCDS37 IKLGPALKIYARISMLKDS
840 850
>>CCDS81298.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 (830 aa)
initn: 4349 init1: 4349 opt: 4441 Z-score: 2020.3 bits: 384.8 E(32554): 3.3e-106
Smith-Waterman score: 5472; 96.6% identity (96.6% similar) in 859 aa overlap (1-859:1-830)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MENELPVPHTSSSACATSSTSGASSSSGCNNSSSGGSGRPTGPQISVYSGIPDRQTVQVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 MENELPVPHTSSSACATSSTSGASSSSGCNNSSSGGSGRPTGPQISVYSGIPDRQTVQVI
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 QQALHRQPSTAAQYLQQMYAAQQQHLMLQTAALQQQHLSSAQLQSLAAVQQASLVSNRQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QQALHRQPSTAAQYLQQMYAAQQQHLMLQTAALQQQHLSSAQLQSLAAVQQASLVSNRQG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 STSGSNVSAQAPAQSSSINLAASPAAAQLLNRAQSVNSAAASGIAQQAVLLGNTSSPALT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 STSGSNVSAQAPAQSSSINLAASPAAAQLLNRAQSVNSAAASGIAQQAVLLGNTSSPALT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ASQAQMYLRAQMLIFTPTATVATVQPELGTGSPARPPTPAQVQNLTLRTQQTPAAAASGP
:::::::::::: :::::::::::::::::::
CCDS81 ASQAQMYLRAQM-----------------------------VQNLTLRTQQTPAAAASGP
190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 TPTQPVLPSLALKPTPGGSQPLPTPAQSRNTAQASPAGAKPGIADSVMEPHKKGDGNSSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 TPTQPVLPSLALKPTPGGSQPLPTPAQSRNTAQASPAGAKPGIADSVMEPHKKGDGNSSV
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 PGSMEGRAGLSRTVPAVAAHPLIAPAYAQLQPHQLLPQPSSKHLQPQFVIQQQPQPQQQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PGSMEGRAGLSRTVPAVAAHPLIAPAYAQLQPHQLLPQPSSKHLQPQFVIQQQPQPQQQQ
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 PPPQQSRPVLQAEPHPQLASVSPSVALQPSSEAHAMPLGPVTPALPLQCPTANLHKPGGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 PPPQQSRPVLQAEPHPQLASVSPSVALQPSSEAHAMPLGPVTPALPLQCPTANLHKPGGS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 QQCHPPTPDTGPQNGHPEGVPHTPQRRFQHTSAVILQLQPASPVPQQCVPDDWKEVAPGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 QQCHPPTPDTGPQNGHPEGVPHTPQRRFQHTSAVILQLQPASPVPQQCVPDDWKEVAPGE
400 410 420 430 440 450
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 KSVPETRSGPSPHQQAIVTAMPGGLPVPTSPNIQPSPAHETGQGIVHALTDLSSPGMTSG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KSVPETRSGPSPHQQAIVTAMPGGLPVPTSPNIQPSPAHETGQGIVHALTDLSSPGMTSG
460 470 480 490 500 510
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 NGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGAEPFPVGRSSLLVGNLKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 NGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGAEPFPVGRSSLLVGNLKK
520 530 540 550 560 570
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 KYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEEPYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 KYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEEPYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKR
580 590 600 610 620 630
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 FCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRSKLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 FCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRSKLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGT
640 650 660 670 680 690
730 740 750 760 770 780
pF1KB8 VPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSSYEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSSYEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDL
700 710 720 730 740 750
790 800 810 820 830 840
pF1KB8 VGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRSLPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS81 VGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRSLPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMN
760 770 780 790 800 810
850
pF1KB8 IKLGPALKIYARISMLKDS
:::::::::::::::::::
CCDS81 IKLGPALKIYARISMLKDS
820 830
>>CCDS379.1 PHC2 gene_id:1912|Hs108|chr1 (323 aa)
initn: 2146 init1: 2146 opt: 2146 Z-score: 993.3 bits: 193.5 E(32554): 5.3e-49
Smith-Waterman score: 2146; 100.0% identity (100.0% similar) in 323 aa overlap (537-859:1-323)
510 520 530 540 550 560
pF1KB8 VPTSPNIQPSPAHETGQGIVHALTDLSSPGMTSGNGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 MTSGNGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVK
10 20 30
570 580 590 600 610 620
pF1KB8 PQILTHVIEGFVIQEGAEPFPVGRSSLLVGNLKKKYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PQILTHVIEGFVIQEGAEPFPVGRSSLLVGNLKKKYAQGFLPEKLPQQDHTTTTDSEMEE
40 50 60 70 80 90
630 640 650 660 670 680
pF1KB8 PYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKRFCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 PYLQESKEEGAPLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKRFCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRS
100 110 120 130 140 150
690 700 710 720 730 740
pF1KB8 KLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGTVPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 KLQKAGAATHNRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGTVPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSS
160 170 180 190 200 210
750 760 770 780 790 800
pF1KB8 YEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDLVGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 YEEPLSPISASSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDLVGMGHHFLPSEPTKWNVEDVYEFIRS
220 230 240 250 260 270
810 820 830 840 850
pF1KB8 LPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMNIKLGPALKIYARISMLKDS
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS37 LPGCQEIAEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMNIKLGPALKIYARISMLKDS
280 290 300 310 320
>>CCDS77858.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 (983 aa)
initn: 1397 init1: 370 opt: 799 Z-score: 380.5 bits: 81.7 E(32554): 7.2e-15
Smith-Waterman score: 1252; 35.7% identity (56.4% similar) in 916 aa overlap (103-859:93-983)
80 90 100 110 120 130
pF1KB8 QYLQQMYAAQQQHLMLQTAALQQQHLSSAQLQSLAAVQQASLVSNRQGSTSGSNVSAQAP
:::::::: ::: :.: ... ..:. :.
CCDS77 QYLQQMYAAQQQHLMLHTAALQQQHLSSSQLQSLAAVQ-ASLSSGRPSTSPTGSVTQQSS
70 80 90 100 110 120
140 150 160 170 180 190
pF1KB8 AQSSSINLAASPAAAQLLNRAQSVNSAAASGIAQQAVLLGNTSSPALTASQAQMYLRAQM
...::::..::. :::..:.:. .:...: :.::..:::.:: :.::::::::::::::
CCDS77 MSQTSINLSTSPTPAQLISRSQASSSTSGS-ITQQTMLLGSTS-PTLTASQAQMYLRAQM
130 140 150 160 170
200 210 220 230 240
pF1KB8 LIFTPTATVATVQ---PELGTGSPARPPTPA-QVQNLTLRTQQTPAAAAS--GPTPTQPV
:::::..:::.:: : ....: . . : ::::::::.:. . ..: :: .
CCDS77 LIFTPATTVAAVQSDIPVVSSSSSSSCQSAATQVQNLTLRSQKLGVLSSSQNGPPKSTSQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280
pF1KB8 LPSLAL---------------KPTPGGSQPLPTPA-QSRNTAQASPAGAKPGIAD---SV
::.. :.: ... .:. .::.:: . .. . :: :
CCDS77 TQSLTICHNKTTVTSSKISQRDPSPESNKKGESPSLESRSTAVTRTSSIHQLIAPASYSP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330
pF1KB8 MEPH---KKGDGNSSVPGSMEGRAGL------SRTVPAVAAHPLIAPAYAQ----LQPHQ
..:: :. . : : .. : .. : . . : .: :: :
CCDS77 IQPHSLIKHQQIPLHSPPSKVSHHQLILQQQQQQIQPITLQNSTQDPPPSQHCIPLQNHG
300 310 320 330 340 350
340 350 360 370
pF1KB8 LLPQPSSKHLQPQFVIQQQPQP-----QQQQ---------PPPQQS---RPVL----QA-
: : ::. . : ::..:.: .:.: ::: .: :.. ::
CCDS77 LPPAPSNAQSQHCSPIQSHPSPLTVSPNQSQSAQQSVVVSPPPPHSPSQSPTIIIHPQAL
360 370 380 390 400 410
380 390 400 410
pF1KB8 -EPHPQLAS-VSPSVALQPSS----EAHA---------MPLGPVTPALPLQ-----CPTA
.::: ..: ..:. :: :. .: : .: .::. :.: :
CCDS77 IQPHPLVSSALQPGPNLQQSTANQVQATAQLNLPSHLPLPASPVVHIGPVQQSALVSPGQ
420 430 440 450 460 470
420 430 440
pF1KB8 NLHKPGGSQ----QCHPPTPDTGPQ--NGHPEGVPHTP----------------------
.. .:. .: : : . :: .. : .: :
CCDS77 QIVSPSHQQYSSLQSSPIPIASPPQMSTSPPAQIPPLPLQSMQSLQVQPEILSQGQVLVQ
480 490 500 510 520 530
450 460 470 480
pF1KB8 ----------------QRRFQ-----HTSAVILQLQPASPVPQQCV---PDDWKEVAPGE
: :: .: :: ::.:: .:: : : .: : :
CCDS77 NALVSEEELPAAEALVQLPFQTLPPPQTVAVNLQVQPPAPVDPPVVYQVEDVCEEEMPEE
540 550 560 570 580 590
490 500 510 520 530
pF1KB8 KS--VPETRSGPSPH-QQAIVTAMPGGLPVPTSPNIQPS--PAHET-GQGIVHALTD---
.. : :. : : . : .:. : . : .. :: . . ..... .:
CCDS77 SDECVRMDRTPPPPTLSPAAITVGRGEDLTSEHPLLEQVELPAVASVSASVIKSPSDPSH
600 610 620 630 640 650
540 550 560 570 580
pF1KB8 LSSPG----MTSGNGNSASSIAGTAPQNGENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGAEPFP
.: : . ... : :. .. . :::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS77 VSVPPPPLLLPAATTRSNSTSMHSSIPSIENKPPQAIVKPQILTHVIEGFVIQEGLEPFP
660 670 680 690 700 710
590 600 610 620 630
pF1KB8 VGRSSLLVGNLKKKY---------AQGFLPEKLPQQDHT-TTTDSEMEEPYLQESKEEGA
:.:::::. . :: . :: . :. ...:.:::. .:. ::
CCDS77 VSRSSLLIEQPVKKRPLLDNQVINSVCVQPELQNNTKHADNSSDTEMEDMIAEETLEEMD
720 730 740 750 760 770
640 650 660 670 680 690
pF1KB8 PLKLKCELCGRVDFAYKFKRSKRFCSMACAKRYNVGCTKRVGLFHSDRSKL-QKAGAATH
::::.::.. .: .: ::::::.:.:::::::.:.:. .: . .:. :. : :
CCDS77 SELLKCEFCGKMGYANEFLRSKRFCTMSCAKRYNVSCSKKFALSRWNRKPDNQSLG---H
780 790 800 810 820 830
700 710 720 730 740 750
pF1KB8 NRRRASKASLPPLTKDTKKQPTGTVPLSVTAALQLTHSQEDSSRCSDNSSYEEPLSPISA
:: : : :.. . : .:. . . : .:.:. . : .
CCDS77 RGRRPSG-------------PDGAAREHILRQLPITYPSAEE----DLASHEDSV-PSAM
840 850 860 870
760 770 780 790 800 810
pF1KB8 SSSTSRRRQGQRDLELPDMHMRDLVGMGHHFLP---SEPTKWNVEDVYEFIRSLPGCQEI
.. :. . .:. :: :...: . . .:: .::. :.:.::. ::.::::::.:
CCDS77 TTRLRRQSERERERELRDVRIRKM-PENSDLLPVAQTEPSIWTVDDVWAFIHSLPGCQDI
880 890 900 910 920 930
820 830 840 850
pF1KB8 AEEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMNIKLGPALKIYARISMLKDS
:.:::::::::::::::::::::::::::::::::: :::. ::.:
CCDS77 ADEFRAQEIDGQALLLLKEDHLMSAMNIKLGPALKICARINSLKES
940 950 960 970 980
>>CCDS46952.1 PHC3 gene_id:80012|Hs108|chr3 (995 aa)
initn: 1397 init1: 370 opt: 799 Z-score: 380.4 bits: 81.7 E(32554): 7.2e-15
Smith-Waterman score: 1252; 35.7% identity (56.4% similar) in 916 aa overlap (103-859:105-995)
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