Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6189
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6189, 660 aa
1>>>pF1KB6189 660 - 660 aa - 660 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6229+/-0.000458; mu= 18.2666+/- 0.028
mean_var=80.7310+/-15.823, 0's: 0 Z-trim(109.8): 31 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.142743
statistics sampled from 18004 (18029) to 18004 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.577), E-opt: 0.2 (0.211), width: 16
Scan time: 10.640
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_002878 (OMIM: 107820,616140) arginine--tRNA lig ( 660) 4331 902.4 0
NP_064716 (OMIM: 611523,611524) probable arginine- ( 578) 666 147.6 1.2e-34
XP_011534250 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 588) 666 147.6 1.2e-34
XP_011534251 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 502) 659 146.2 2.8e-34
XP_016866570 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403) 335 79.4 2.9e-14
NP_001305714 (OMIM: 611523,611524) probable argini ( 403) 335 79.4 2.9e-14
XP_016866569 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403) 335 79.4 2.9e-14
XP_016866568 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 403) 335 79.4 2.9e-14
XP_016866564 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866565 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866566 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866567 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866563 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866562 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
XP_016866561 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: prob ( 413) 335 79.4 3e-14
>>NP_002878 (OMIM: 107820,616140) arginine--tRNA ligase, (660 aa)
initn: 4331 init1: 4331 opt: 4331 Z-score: 4821.4 bits: 902.4 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 4331; 99.8% identity (99.8% similar) in 660 aa overlap (1-660:1-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MDVLVSECSARLLQQEEEIKSLTAEIDRLKNCGCLGASPNLEQLQEENLKLKYRLNILRK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 MDVLVSECSARLLQQEEEIKSLTAEIDRLKNCGCLGASPNLEQLQEENLKLKYRLNILRK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SLQAERNKPTKNMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 SLQAERNKPTKNMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 ISQMLKTKEQKVNPREIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQLTSLLV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ISQMLKTKEQKVNPREIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQLTSLLV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NGVQLPALGENKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NGVQLPALGENKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 WGTQFGMLIAHLQDKFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 WGTQFGMLIAHLQDKFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGK
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 NPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIERGESFYQDRMNDIVKEFEDRGFVQVDDG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 NPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIERGESFYQDRMNDIVKEFEDRGFVQVDDG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 RKIVFVPGCSIPLTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHFQTIF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 RKIVFVPGCSIPLTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHFQTIF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 AAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 AAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDKLKEK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 ERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLYAFTR
::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 ERDKVLTAEELNAAQTSVAYGCIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLYAFTR
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 IRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHTLCDY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 IYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFDILGIKPVQRM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_002 IYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFDILGIKPVQRM
610 620 630 640 650 660
>>NP_064716 (OMIM: 611523,611524) probable arginine--tRN (578 aa)
initn: 628 init1: 297 opt: 666 Z-score: 743.2 bits: 147.6 E(85289): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 729; 29.3% identity (60.3% similar) in 580 aa overlap (102-660:31-578)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 NMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMGISQMLKTKEQK
: ::. . .:.: ......:. ...
NP_064 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180
pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
: . :. ....: . . .. .: .: .. ...... : ... .: .
NP_064 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GE------NKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWG
.: .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : : :..:.:.:..::::
NP_064 SELFSGLPQKKIVVEFSSPNVAKKFHVGHLRSTIIGNFIANLKEALGHQVIRINYLGDWG
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKN
:::.: . .: . . : .: ..:. . .:. : .. : : . :. .
NP_064 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVYVQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGD
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KB6 PDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIER-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDD
. . :. . :.: .: ..: : : . : :::::... ....: .:..:.. ..
NP_064 VQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDEYSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIK
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
: .: . : . : :...::: : : :::: .:. . . : .:::.:.::. ::
NP_064 GTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATRDLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHF
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDK
: .: ...: :: . : :. :::: : .::: :... : :.:.: : ...
NP_064 QQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQN
360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 LKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLY
. . : : . .: ....: :. :.. :.:: ::.:.....::.:...: :
NP_064 MASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--DFKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQY
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 AFTRIRSIAR------LANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILD
. .:..:. . : ... ::. .. .:.: .::: :.: : .
NP_064 THARLHSLEETFGCGYLNDFNTACLQEP--QSVSILQH---------LLRFDEVLYKSSQ
470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 DLFLHTLCDYIYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFD
:. . . .:. :. . . . :: .: :. : .:: .:.:.:.
NP_064 DFQPRHIVSYLLTLSHLAAVAHKTLQI--KDSPP----EVAGARLHLFKAVRSVLANGMK
520 530 540 550 560
660
pF1KB6 ILGIKPVQRM
.::: :: ::
NP_064 LLGITPVCRM
570
>>XP_011534250 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable (588 aa)
initn: 557 init1: 297 opt: 666 Z-score: 743.1 bits: 147.6 E(85289): 1.2e-34
Smith-Waterman score: 716; 28.9% identity (60.4% similar) in 578 aa overlap (102-658:31-576)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 NMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMGISQMLKTKEQK
: ::. . .:.: ......:. ...
XP_011 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180
pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
: . :. ....: . . .. .: .: .. ...... : ... .: .
XP_011 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GE------NKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWG
.: .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : : :..:.:.:..::::
XP_011 SELFSGLPQKKIVVEFSSPNVAKKFHVGHLRSTIIGNFIANLKEALGHQVIRINYLGDWG
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKN
:::.: . .: . . : .: ..:. . .:. : .. : : . :. .
XP_011 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVYVQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGD
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KB6 PDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIER-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDD
. . :. . :.: .: ..: : : . : :::::... ....: .:..:.. ..
XP_011 VQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDEYSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIK
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
: .: . : . : :...::: : : :::: .:. . . : .:::.:.::. ::
XP_011 GTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATRDLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHF
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDK
: .: ...: :: . : :. :::: : .::: :... : :.:.: : ...
XP_011 QQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQN
360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 LKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLY
. . : : . .: ....: :. :.. :.:: ::.:.....::.:...: :
XP_011 MASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--DFKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQY
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 AFTRIRSIAR------LANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILD
. .:..:. . : ... ::. .. .:.: .::: :.: : .
XP_011 THARLHSLEETFGCGYLNDFNTACLQEP--QSVSILQH---------LLRFDEVLYKSSQ
470 480 490 500 510
600 610 620 630 640 650
pF1KB6 DLFLHTLCDYIYELATAFTEFYDSCYCVEKDRQTGKILKVNMWRMLLCEAVAAVMAKGFD
:. . . .:. :. . . . :: .: :. : .:: .:.:.:.
XP_011 DFQPRHIVSYLLTLSHLAAVAHKTLQI--KDSPP----EVAGARLHLFKAVRSVLANGMK
520 530 540 550 560
660
pF1KB6 ILGIKPVQRM
.::: :..
XP_011 LLGITPMEFRSCCPGWSAMV
570 580
>>XP_011534251 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable (502 aa)
initn: 563 init1: 297 opt: 659 Z-score: 736.3 bits: 146.2 E(85289): 2.8e-34
Smith-Waterman score: 659; 30.3% identity (63.1% similar) in 455 aa overlap (102-541:31-470)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 NMINIISRLQEVFGHAIKAAYPDLENPPLLVTPSQQAKFGDYQCNSAMGISQMLKTKEQK
: ::. . .:.: ......:. ...
XP_011 MACGFRRAIACQLSRVLNLPPENLITSISAVPISQKEEVADFQ----LSVDSLLEKDNDH
10 20 30 40 50
140 150 160 170 180
pF1KB6 VNP--REIAENITKHLPDNECIEKVEIAGPGFINVHLRKDFVSEQ-LTSLLVNGVQLPAL
: . :. ....: . . .. .: .: .. ...... : ... .: .
XP_011 SRPDIQVQAKRLAEKLRCDTVVSEIS-TGQRTVNFKINRELLTKTVLQQVIEDGSKYGLK
60 70 80 90 100 110
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 GE------NKKVIVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWG
.: .::..:.:::::.::..:::::::::::. :. : : :..:.:.:..::::
XP_011 SELFSGLPQKKIVVEFSSPNVAKKFHVGHLRSTIIGNFIANLKEALGHQVIRINYLGDWG
120 130 140 150 160 170
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 TQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVFYKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKN
:::.: . .: . . : .: ..:. . .:. : .. : : . :. .
XP_011 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVYVQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGD
180 190 200 210 220 230
310 320 330 340 350
pF1KB6 PDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIER-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDD
. . :. . :.: .: ..: : : . : :::::... ....: .:..:.. ..
XP_011 VQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDEYSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIK
240 250 260 270 280 290
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 GRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTSDLAAIKQRLFEEKADMIIYVVDNGQSVHF
: .: . : . : :...::: : : :::: .:. . . : .:::.:.::. ::
XP_011 GTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATRDLAAAIDRMDKYNFDTMIYVTDKGQKKHF
300 310 320 330 340 350
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QTIFAAAQMIGWYDPKVTRVFHAGFGVVLGEDKKKFKTRSGETVRLMDLLGEGLKRSMDK
: .: ...: :: . : :. :::: : .::: :... : :.:.: : ...
XP_011 QQVFQMLKIMG-YD-WAERCQHVPFGVVQG-----MKTRRGDVTFLEDVLNEIQLRMLQN
360 370 380 390 400
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 LKEKERDKVLTAEELNAAQTSVAYGYIKYADLSHNRLNDYIFSFDKMLDDRGNTAAYLLY
. . : : . .: ....: :. :.. :.:: ::.:.....::.:...: :
XP_011 MASIKTTKELKNPQETAERVGLAALIIQ--DFKGLLLSDYKFSWDRVFQSRGDTGVFLQY
410 420 430 440 450 460
540 550 560 570 580 590
pF1KB6 AFTRIRSIARLANIDEEMLQKAARETKILLDHEKEWKLGRCILRFPEILQKILDDLFLHT
. .:.
XP_011 THARLHRDHQVCFCLSKWLLAFLLPSRVNSPVAAFCL
470 480 490 500
>>XP_016866570 (OMIM: 611523,611524) PREDICTED: probable (403 aa)
initn: 345 init1: 141 opt: 335 Z-score: 377.1 bits: 79.4 E(85289): 2.9e-14
Smith-Waterman score: 482; 28.9% identity (58.0% similar) in 429 aa overlap (244-660:2-403)
220 230 240 250 260 270
pF1KB6 STIIGESISRLFEFAGYDVLRLNHVGDWGTQFGMLIAHLQD-KFPDYLTVSPPIGDLQVF
:::.: . .: . . : .: ..:.
XP_016 MQFGLLGTGFQLFGYEEKLQSNPLQHLFEVY
10 20 30
280 290 300 310 320 330
pF1KB6 YKESKKRFDTEEEFKKRAYQCVVLLQGKNPDITKAWKLICDVSRQELNKIYDALDVSLIE
. .:. : .. : : . :. . . . :. . :.: .: ..: : : . :
XP_016 VQVNKEAAD-DKSVAKAAQEFFQRLELGDVQALSLWQKFRDLSIEEYIRVYKRLGVYFDE
40 50 60 70 80 90
340 350 360 370 380
pF1KB6 R-GESFYQDRMNDIVKEFEDRGFV-QVDDGRKIVFVPGCSIP---LTIVKSDGGYTYDTS
:::::... ....: .:..:.. .. : .: . : . : :...::: : :
XP_016 YSGESFYREKSQEVLKLLESKGLLLKTIKGTAVVDLSGNGDPSSICTVMRSDGTSLYATR
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