Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6171
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6171, 649 aa
1>>>pF1KB6171 649 - 649 aa - 649 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1877+/-0.000892; mu= 15.8841+/- 0.054
mean_var=95.3388+/-18.927, 0's: 0 Z-trim(108.6): 17 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.131353
statistics sampled from 10303 (10319) to 10303 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.676), E-opt: 0.2 (0.317), width: 16
Scan time: 3.040
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10608.1 SCNN1G gene_id:6340|Hs108|chr16 ( 649) 4462 856.1 0
CCDS10609.1 SCNN1B gene_id:6338|Hs108|chr16 ( 640) 1306 258.1 2.8e-68
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CCDS53739.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 ( 692) 1163 231.0 4.3e-60
CCDS53738.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 ( 728) 1163 231.0 4.5e-60
CCDS44037.2 SCNN1D gene_id:6339|Hs108|chr1 ( 802) 928 186.5 1.2e-46
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CCDS5916.1 ASIC3 gene_id:9311|Hs108|chr7 ( 531) 312 69.6 1.2e-11
CCDS5914.1 ASIC3 gene_id:9311|Hs108|chr7 ( 543) 312 69.6 1.2e-11
>>CCDS10608.1 SCNN1G gene_id:6340|Hs108|chr16 (649 aa)
initn: 4462 init1: 4462 opt: 4462 Z-score: 4571.4 bits: 856.1 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4462; 100.0% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSRGRLRRLLWIGFT
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10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LTAVALILWQCALLVFSFYTVSVSIKVHFRKLDFPAVTICNINPYKYSTVRHLLADLEQE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS10 TREALKSLYGFPESRKRREAESWNSVSEGKQPRFSHRIPLLIFDQDEKGKARDFFTGRKR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KVGGSIIHKASNVMHIESKQVVGFQLCSNDTSDCATYTFSSGINAIQEWYKLHYMNIMAQ
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 VPLEKKINMSYSAEELLVTCFFDGVSCDARNFTLFHHPMHGNCYTFNNRENETILSTSMG
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 GSEYGLQVILYINEEEYNPFLVSSTGAKVIIHRQDEYPFVEDVGTEIETAMVTSIGMHLT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 ESFKLSEPYSQCTEDGSDVPIRNIYNAAYSLQICLHSCFQTKMVEKCGCAQYSQPLPPAA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
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CCDS10 NYCNYQQHPNWMYCYYQLHRAFVQEELGCQSVCKEACSFKEWTLTTSLAQWPSVVSEKWL
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490 500 510 520 530 540
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LPVLTWDQGRQVNKKLNKTDLAKLLIFYKDLNQRSIMESPANSIEMLLSNFGGQLGLWMS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 CSVVCVIEIIEVFFIDFFSIIARRQWQKAKEWWAWKQAPPCPEAPRSPQGQDNPALDIDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 CSVVCVIEIIEVFFIDFFSIIARRQWQKAKEWWAWKQAPPCPEAPRSPQGQDNPALDIDD
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KB6 DLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTDTQMLDEL
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CCDS10 DLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTDTQMLDEL
610 620 630 640
>>CCDS10609.1 SCNN1B gene_id:6338|Hs108|chr16 (640 aa)
initn: 1422 init1: 546 opt: 1306 Z-score: 1339.3 bits: 258.1 E(32554): 2.8e-68
Smith-Waterman score: 1472; 36.7% identity (69.2% similar) in 627 aa overlap (19-633:17-626)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSRGRLRRLLWIGFT
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CCDS10 MHVKKYLLKGLHRLQKGP-GYTYKELLVWYCDNTNTHGPKRIIC-EGPKKKAMWFLLT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB6 LTAVALILWQCALLVFSFYT--VSVSIKVHFRKLDFPAVTICNINPYKYSTVRHLLADLE
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CCDS10 LLFAALVCWQWGIFIRTYLSWEVSVSLSVGFKTMDFPAVTICNASPFKYSKIKHLLKDLD
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 QETREALKSLYGFPESRKRREAESWN-SVSEGKQPRFSHRIPLLIFDQDEKGKAR--DFF
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CCDS10 ELMEAVLERILA-PELSHANATRNLNFSI-------WNHT-PLVLIDERNPHHPMVLDLF
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 TGRKRKVGGSIIHKASNVMHIESKQVVGFQLCSNDTSDCATYTFSSGINAIQEWYKLHYM
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CCDS10 GDNHNGLTSS---SASEKICNAHGCKMAMRLCSLNRTQCTFRNFTSATQALTEWYILQAT
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 NIMAQVPLEKKINMSYSAEELLVTCFFDGVSCDARNFTLFHHPMHGNCYTFNNRENETIL
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CCDS10 NIFAQVPQQELVEMSYPGEQMILACLFGAEPCNYRNFTSIFYPHYGNCYIFNWGMTEKAL
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 STSMGGSEYGLQVILYINEEEYNPFLVSSTGAKVIIHRQDEYPFVEDVGTEIETAMVTSI
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CCDS10 PSANPGTEFGLKLILDIGQEDYVPFLASTAGVRLMLHEQRSYPFIRDEGIYAMSGTETSI
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 GMHLTESFKLSEPYSQCTEDGSDVPIRNIY---NAAYSLQICLHSCFQTKMVEKCGCAQY
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CCDS10 GVLVDKLQRMGEPYSPCTVNGSEVPVQNFYSDYNTTYSIQACLRSCFQDHMIRNCNCGHY
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 SQPLPPAANYCNYQQHPNWMYCYYQLHRAFVQEELGCQSVCKEACSFKEWTLTTSLAQWP
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CCDS10 LYPLPRGEKYCNNRDFPDWAHCYSDLQMSVAQRET-CIGMCKESCNDTQYKMTISMADWP
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 SVVSEKWLLPVLTWDQGRQVNKKLNKTDLAKLLIFYKDLNQRSIMESPANSIEMLLSNFG
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CCDS10 SEASEDWIFHVLSQERDQSTNITLSRKGIVKLNIYFQEFNYRTIEESAANNIVWLLSNLG
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580
pF1KB6 GQLGLWMSCSVVCVIE----IIEVFFIDFFSIIARRQWQKAKEWWAWKQAPPCPEAPRSP
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CCDS10 GQFGFWMGGSVLCLIEFGEIIIDFVWITIIKLVALAKSLRQRRAQASYAGPP-PTVAELV
530 540 550 560 570 580
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 QGQDNPALDIDDDLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTDTQMLDE
... : ... : : .. : . .::::::.:..:::.
CCDS10 EAHTNFGFQ-PDTAPRSPNTGPYPSEQALPIPGTPPPNYDSLRLQPLDVIESDSEGDAI
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 L
>>CCDS8543.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (669 aa)
initn: 1301 init1: 943 opt: 1163 Z-score: 1192.6 bits: 231.0 E(32554): 4.2e-60
Smith-Waterman score: 1332; 34.1% identity (65.9% similar) in 613 aa overlap (24-625:54-653)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSR-GRLR
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60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RLLWIGFTLTAVALILWQCALLVFSFYTVSVSIKVHFR--KLDFPAVTICNINPYKYSTV
.: . : . ... :: .:: ... ::..... :: :::::::..:::.: .
CCDS85 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
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120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RHLLADLEQETREALKSLYGFPESRKRREAESWNSVSEGKQPRFSHRIPLLIFDQDEKGK
.. : .:.. :...: .:: . :.... :.. : . : : : .
CCDS85 KEELEELDRITEQTLFDLYKYS---------SFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQRLRVP
150 160 170 180 190
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ARDFFTGRKRKVGGSIIHKASNVMHIESKQVVGFQLCSNDTSDCATYTFSSGINAIQEWY
. : :.:..:. . .: . : .:::::... ::: :.:::..:..:::
CCDS85 PPPHGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWK--IGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWY
200 210 220 230 240 250
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KLHYMNIMAQVPLEKKINMSYSAEELLVTCFFDGVSCDARNFTLFHHPMHGNCYTFNNRE
..::.::....: . ... .: :. :::. :.. :::::.:::::::...
CCDS85 RFHYINILSRLPETLPSLEEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKN
260 270 280 290 300 310
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 NETILSTSMGGSEYGLQVILYINEEEYNPFLVSSTGAKVIIHRQDEYPFVEDVGTEIETA
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CCDS85 NSNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLRPG
320 330 340 350 360 370
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 MVTSIGMHLTESFKLSEPYSQCTEDGSDVPIRNIYNAAYSLQICLHSCFQTKMVEKCGCA
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420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QYSQPLPPAANYCNYQQHPNWMYCYYQLHRAFVQEELGCQSVCKEACSFKEWTLTTSLAQ
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CCDS85 YIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGYSR
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480 490 500 510 520 530
pF1KB6 WPSVVSEKWLLPVLTWDQGRQVNKKLNKTDLAKLLIFYKDLNQRSIMESPANSIEMLLSN
::::.:..:.. .:. ... ::.: : .::. ::.:.:: .. :::. .. ::::
CCDS85 WPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNNKRN--GVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLLSN
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540 550 560 570 580
pF1KB6 FGGQLGLWMSCSVVCVIEIIEVFF----IDFFSIIAR---RQWQKAKEWW-AWKQAPPCP
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CCDS85 LGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEVASTLA
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590 600 610 620 630 640
pF1KB6 EAPRSPQGQDNPALDIDDDLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTD
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CCDS85 SSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASSSTCPLGGP
620 630 640 650 660
pF1KB6 TQMLDEL
>>CCDS53739.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (692 aa)
initn: 1330 init1: 943 opt: 1163 Z-score: 1192.3 bits: 231.0 E(32554): 4.3e-60
Smith-Waterman score: 1332; 34.1% identity (65.9% similar) in 613 aa overlap (24-625:77-676)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSR-GRLR
. .::....: ::. :: :.: :. .:..
CCDS53 NKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMK
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RLLWIGFTLTAVALILWQCALLVFSFYTVSVSIKVHFR--KLDFPAVTICNINPYKYSTV
.: . : . ... :: .:: ... ::..... :: :::::::..:::.: .
CCDS53 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KB6 RHLLADLEQETREALKSLYGFPESRKRREAESWNSVSEGKQPRFSHRIPLLIFDQDEKGK
.. : .:.. :...: .:: . :.... :.. : . : : : .
CCDS53 KEELEELDRITEQTLFDLYKYS---------SFTTLVAGSRSRRDLRGTLPHPLQRLRVP
170 180 190 200 210
180 190 200 210 220 230
pF1KB6 ARDFFTGRKRKVGGSIIHKASNVMHIESKQVVGFQLCSNDTSDCATYTFSSGINAIQEWY
. : :.:..:. . .: . : .:::::... ::: :.:::..:..:::
CCDS53 PPPHGARRARSVASSLRDNNPQVDWKDWK--IGFQLCNQNKSDCFYQTYSSGVDAVREWY
220 230 240 250 260 270
240 250 260 270 280 290
pF1KB6 KLHYMNIMAQVPLEKKINMSYSAEELLVTCFFDGVSCDARNFTLFHHPMHGNCYTFNNRE
..::.::....: . ... .: :. :::. :.. :::::.:::::::...
CCDS53 RFHYINILSRLPETLPSLEEDTLGNFIFACRFNQVSCNQANYSHFHHPMYGNCYTFNDKN
280 290 300 310 320 330
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 NETILSTSMGGSEYGLQVILYINEEEYNPFLVSSTGAKVIIHRQDEYPFVEDVGTEIETA
: .. .:: : . ::...: ..... :.: . :::.:..: ::: :..: : ... .
CCDS53 NSNLWMSSMPGINNGLSLMLRAEQNDFIPLLSTVTGARVMVHGQDEPAFMDDGGFNLRPG
340 350 360 370 380 390
360 370 380 390 400 410
pF1KB6 MVTSIGMHLTESFKLSEPYSQCTEDGSDVPIRNIYNAAYSLQICLHSCFQTKMVEKCGCA
. :::.:. .:. :..::..:::::..:.: . :. :.:.::::: .:...::::
CCDS53 VETSISMRKETLDRLGGDYGDCTKNGSDVPVENLYPSKYTQQVCIHSCFQESMIKECGCA
400 410 420 430 440 450
420 430 440 450 460 470
pF1KB6 QYSQPLPPAANYCNYQQHPNWMYCYYQLHRAFVQEELGCQSVCKEACSFKEWTLTTSLAQ
: : ..::.:..: .: ::::.:. : ...::: . :.. :: . :... ..
CCDS53 YIFYPRPQNVEYCDYRKHSSWGYCYYKLQVDFSSDHLGCFTKCRKPCSVTSYQLSAGYSR
460 470 480 490 500 510
480 490 500 510 520 530
pF1KB6 WPSVVSEKWLLPVLTWDQGRQVNKKLNKTDLAKLLIFYKDLNQRSIMESPANSIEMLLSN
::::.:..:.. .:. ... ::.: : .::. ::.:.:: .. :::. .. ::::
CCDS53 WPSVTSQEWVFQMLSRQNNYTVNNKRN--GVAKVNIFFKELNYKTNSESPSVTMVTLLSN
520 530 540 550 560 570
540 550 560 570 580
pF1KB6 FGGQLGLWMSCSVVCVIEIIEVFF----IDFFSIIAR---RQWQKAKEWW-AWKQAPPCP
.:.: .::.. ::. :.:. :. : : :. .. : : :. .. : . :
CCDS53 LGSQWSLWFGSSVLSVVEMAELVFDLLVIMFLMLLRRFRSRYWSPGRGGRGAQEVASTLA
580 590 600 610 620 630
590 600 610 620 630 640
pF1KB6 EAPRSPQGQDNPALDIDDDLPTFNSALHLPPALGTQVPGTPPPKYNTLRLERAFSNQLTD
.: : .:.... :. . :: :: . . : :
CCDS53 SSPPSHFCPHPMSLSLSQPGPAPSPALTAPPPAYATLGPRPSPGGSAGASSSTCPLGGP
640 650 660 670 680 690
pF1KB6 TQMLDEL
>>CCDS53738.1 SCNN1A gene_id:6337|Hs108|chr12 (728 aa)
initn: 1330 init1: 943 opt: 1163 Z-score: 1192.0 bits: 231.0 E(32554): 4.5e-60
Smith-Waterman score: 1332; 34.1% identity (65.9% similar) in 613 aa overlap (24-625:113-712)
10 20 30 40 50
pF1KB6 MAPGEKIKAKIKKNLPVTGPQAPTIKELMRWYCLNTNTHGCRRIVVSR-GRLR
. .::....: ::. :: :.: :. .:..
CCDS53 NKREEQGLGPEPAAPQQPTAEEEALIEFHRSYRELFEFFCNNTTIHGAIRLVCSQHNRMK
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KB6 RLLWIGFTLTAVALILWQCALLVFSFYTVSVSIKVHFR--KLDFPAVTICNINPYKYSTV
.: . : . ... :: .:: ... ::..... :: :::::::..:::.: .
CCDS53 TAFWAVLWLCTFGMMYWQFGLLFGEYFSYPVSLNINLNSDKLVFPAVTICTLNPYRYPEI
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CCDS59 QEEPPIIDQLGLGVSPGYQTFVSCQQQQLSFLPPPWGDCSSASLNPNYEPEPSD-PLGSP
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CCDS59 KVLGYFWNRQHSQRHSSTNLTSHPSLCRHQDSLRLPPHLLPCHTALDLLSVSSEPRPDIL
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649 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]