Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB6167
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6167, 649 aa
1>>>pF1KB6167 649 - 649 aa - 649 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1148+/-0.00113; mu= 15.5420+/- 0.068
mean_var=81.4132+/-15.925, 0's: 0 Z-trim(103.0): 53 B-trim: 103 in 1/49
Lambda= 0.142143
statistics sampled from 7135 (7184) to 7135 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.564), E-opt: 0.2 (0.221), width: 16
Scan time: 3.140
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS31756.1 RECQL gene_id:5965|Hs108|chr12 ( 649) 4277 887.5 0
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CCDS10363.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1417) 1156 247.6 8.7e-65
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CCDS42380.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 ( 991) 882 191.3 5.3e-48
CCDS6082.1 WRN gene_id:7486|Hs108|chr8 (1432) 841 183.0 2.5e-45
>>CCDS31756.1 RECQL gene_id:5965|Hs108|chr12 (649 aa)
initn: 4277 init1: 4277 opt: 4277 Z-score: 4740.8 bits: 887.5 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4277; 100.0% identity (100.0% similar) in 649 aa overlap (1-649:1-649)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MASVSALTEELDSITSELHAVEIQIQELTERQQELIQKKKVLTKKIKQCLEDSDAGASNE
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CCDS31 MASVSALTEELDSITSELHAVEIQIQELTERQQELIQKKKVLTKKIKQCLEDSDAGASNE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 YDSSPAAWNKEDFPWSGKVKDILQNVFKLEKFRPLQLETINVTMAGKEVFLVMPTGGGKS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 LCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSSKEHVKWVHAEMVNK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLNASSSKEHVKWVHAEMVNK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 NSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 NSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVHCCSQWGHDFRPDYKALGI
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 LKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 IEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 IEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKW
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 SANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 SANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGF
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 GDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNISKCRRVLMAQHFDEVWNSEACNKMCDNCCK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 GDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNISKCRRVLMAQHFDEVWNSEACNKMCDNCCK
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 DSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTLPRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTLPRE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 DLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKIGPKANLLNNEAHAITMQVTKSTQNSFRA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 DLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATISYLKIGPKANLLNNEAHAITMQVTKSTQNSFRA
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640
pF1KB6 ESSQTCHSEQGDKKMEEKNSGNFQKKAANMLQQSGSKNTGAKKRKIDDA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS31 ESSQTCHSEQGDKKMEEKNSGNFQKKAANMLQQSGSKNTGAKKRKIDDA
610 620 630 640
>>CCDS73782.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1286 aa)
initn: 1215 init1: 632 opt: 1156 Z-score: 1277.2 bits: 247.6 E(32554): 8e-65
Smith-Waterman score: 1210; 42.5% identity (72.4% similar) in 445 aa overlap (73-502:649-1090)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 TKKIKQCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSGKVKDILQNVFKLEKFRPLQLETINV
:: . .. :... : :..:: :::.::.
CCDS73 FSESIQNYTDKSAQNLASRNLKHERFQSLSFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFRTNQLEAINA
620 630 640 650 660 670
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLN
.. :.. :..::::::::::::::: : : :.:: :: ::. ::.. : .: : ::.:.
CCDS73 ALLGEDCFILMPTGGGKSLCYQLPACVSPGVTVVISPLRSLIVDQVQKLTSLDIPATYLT
680 690 700 710 720 730
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 ASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVH
.... .. .. .. .:. .::.::::::: :. ..: ::. :: . ..:...::.:
CCDS73 GDKTDSEATNIYLQLSKKDPIIKLLYVTPEKICASNRLISTLENLYERKLLARFVIDEAH
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230 240 250 260 270 280
pF1KB6 CCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFN
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CCDS73 CVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTATANPRVQKDILTQLKILRPQVFSMSFN
800 810 820 830 840 850
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 RPNL-YYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHA
: :: :: . .::... : : .. : .. .::::::.:... . .. .:: :. :
CCDS73 RHNLKYYVLPKKPKKVA-F--DCLEWIRKHHPYDSGIIYCLSRRECDTMADTLQRDGLAA
860 870 880 890 900 910
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 GAYHANLEPEDKTTVHRKW-SANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQ
::::.: . :..:: . . ::. ::.:::::::::::::::: :. ::.:.:::
CCDS73 LAYHAGLSDSARDEVQQKWINQDGCQVICATIAFGMGIDKPDVRFVIHASLPKSVEGYYQ
920 930 940 950 960 970
410 420 430 440 450
pF1KB6 ESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQK--------LYEMVSYCQNISK
:::::::: . :.:.: . :. :.. ...::. :... :: :: ::.::..
CCDS73 ESGRAGRDGEISHCLLFYTYHDVTRLKRLIMMEKDGNHHTRETHFNNLYSMVHYCENITE
980 990 1000 1010 1020 1030
460 470 480 490 500
pF1KB6 CRRVLMAQHFDEV-WNSEACNKM----CDNCCKDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELN
:::. . .: : .: . :.: :::::: . .. ...:. .........
CCDS73 CRRIQLLAYFGENGFNPDFCKKHPDVSCDNCCKTKDYKTRDVTDDVKSIVRFVQEHSSSQ
1040 1050 1060 1070 1080 1090
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 EKLTPLKLIDSWMGKGAAKLRVAGVVAPTLPREDLEKIIAHFLIQQYLKEDYSFTAYATI
CCDS73 GMRNIKHVGPSGRFTMNMLVDIFLESLSSDPEVLLQIDGVTEDKLEKYGAEVISVLQKYS
1100 1110 1120 1130 1140 1150
>>CCDS10363.1 BLM gene_id:641|Hs108|chr15 (1417 aa)
initn: 1215 init1: 632 opt: 1156 Z-score: 1276.6 bits: 247.6 E(32554): 8.7e-65
Smith-Waterman score: 1265; 38.1% identity (69.5% similar) in 567 aa overlap (73-604:649-1210)
50 60 70 80 90 100
pF1KB6 TKKIKQCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSGKVKDILQNVFKLEKFRPLQLETINV
:: . .. :... : :..:: :::.::.
CCDS10 FSESIQNYTDKSAQNLASRNLKHERFQSLSFPHTKEMMKIFHKKFGLHNFRTNQLEAINA
620 630 640 650 660 670
110 120 130 140 150 160
pF1KB6 TMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISATMLN
.. :.. :..::::::::::::::: : : :.:: :: ::. ::.. : .: : ::.:.
CCDS10 ALLGEDCFILMPTGGGKSLCYQLPACVSPGVTVVISPLRSLIVDQVQKLTSLDIPATYLT
680 690 700 710 720 730
170 180 190 200 210 220
pF1KB6 ASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAVDEVH
.... .. .. .. .:. .::.::::::: :. ..: ::. :: . ..:...::.:
CCDS10 GDKTDSEATNIYLQLSKKDPIIKLLYVTPEKICASNRLISTLENLYERKLLARFVIDEAH
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230 240 250 260 270 280
pF1KB6 CCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFTFTASFN
: :::::::: ::: ...:...::.. ...:::::. .: : : : . .:. :::
CCDS10 CVSQWGHDFRQDYKRMNMLRQKFPSVPVMALTATANPRVQKDILTQLKILRPQVFSMSFN
800 810 820 830 840 850
290 300 310 320 330 340
pF1KB6 RPNL-YYEVRQKPSNTEDFIEDIVKLINGRYKGQSGIIYCFSQKDSEQVTVSLQNLGIHA
: :: :: . .::... : : .. : .. .::::::.:... . .. .:: :. :
CCDS10 RHNLKYYVLPKKPKKVA-F--DCLEWIRKHHPYDSGIIYCLSRRECDTMADTLQRDGLAA
860 870 880 890 900 910
350 360 370 380 390 400
pF1KB6 GAYHANLEPEDKTTVHRKW-SANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSMSKSMENYYQ
::::.: . :..:: . . ::. ::.:::::::::::::::: :. ::.:.:::
CCDS10 LAYHAGLSDSARDEVQQKWINQDGCQVICATIAFGMGIDKPDVRFVIHASLPKSVEGYYQ
920 930 940 950 960 970
410 420 430 440 450
pF1KB6 ESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQK--------LYEMVSYCQNISK
:::::::: . :.:.: . :. :.. ...::. :... :: :: ::.::..
CCDS10 ESGRAGRDGEISHCLLFYTYHDVTRLKRLIMMEKDGNHHTRETHFNNLYSMVHYCENITE
980 990 1000 1010 1020 1030
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pF1KB6 CRRVLMAQHFDEV-WNSEACNKM----CDNCCKDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELN
:::. . .: : .: . :.: :::::: . .. ...:. ....... : . .
CCDS10 CRRIQLLAYFGENGFNPDFCKKHPDVSCDNCCKTKDYKTRDVTDDVKSIVRFV-QEHSSS
1040 1050 1060 1070 1080 1090
510 520 530 540 550
pF1KB6 EKLTPLK------------LIDSWMGKGAAKLRVAGVVAP--TLPREDLEKIIAHFLIQQ
. . .: :.: ..:. .::.. .:. . . :.. :... ......
CCDS10 QGMRNIKHVGPSGRFTMNMLVDIFLGSKSAKIQ-SGIFGKGSAYSRHNAERLFKKLILDK
1100 1110 1120 1130 1140 1150
560 570 580 590 600
pF1KB6 YLKEDYSFTAY-ATISYLKIGPKAN-LLNNEAHAITMQVTKST----QNSFRAESSQTCH
: :: ..: .:.:. .: ::. .::.. .. :.. .:. :... :. ::
CCDS10 ILDEDLYINANDQAIAYVMLGNKAQTVLNGNLKVDFMETENSSSVKKQKALVAKVSQREE
1160 1170 1180 1190 1200 1210
610 620 630 640
pF1KB6 SEQGDKKMEEKNSGNFQKKAANMLQQSGSKNTGAKKRKIDDA
CCDS10 MVKKCLGELTEVCKSLGKVFGVHYFNIFNTVTLKKLAESLSSDPEVLLQIDGVTEDKLEK
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>>CCDS45777.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 (410 aa)
initn: 806 init1: 365 opt: 882 Z-score: 981.3 bits: 191.2 E(32554): 2.4e-48
Smith-Waterman score: 885; 39.9% identity (69.3% similar) in 378 aa overlap (73-439:8-384)
50 60 70 80 90
pF1KB6 TKKIKQCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSG--KVKDILQNVFKLEKFR-PLQLE-
::.. .:.. :..:: ...:. :::
CCDS45 MSSHHTTFPFDPERRVRSTLKKVFGFDSFKTPLQESA
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100 110 120 130 140 150
pF1KB6 TINVTMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISA
:. :. ..:.::. ::::.::::::::::: . :.:.:. :::.:..::. : : . .
CCDS45 TMAVVKGNKDVFVCMPTGAGKSLCYQLPALLAKGITIVVSPLIALIQDQVDHLLTLKVRV
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160 170 180 190 200 210
pF1KB6 TMLNASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAV
. ::.. : .. : . :.. .. . :..:.::: .: :. :. :.. . .. ..:
CCDS45 SSLNSKLSAQERKELLADLEREKPQTKILYITPE-MAASSSFQPTLNSLVSRHLLSYLVV
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220 230 240 250 260 270
pF1KB6 DEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFT-F
::.:: ::::::::::: :: :. .. .: ..:::::: .: :. : ..: . :
CCDS45 DEAHCVSQWGHDFRPDYLRLGALRSRLGHAPCVALTATATPQVQEDVFAALHLKKPVAIF
160 170 180 190 200 210
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pF1KB6 TASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDF--IEDIVKLINGRY--KGQSG--IIYCFSQKDSEQVT
. : ::.:.:. : .. . ..:. :. :: :: :.:: ... ::..
CCDS45 KTPCFRANLFYDVQFKELISDPYGNLKDFCLKALGQEADKGLSGCGIVYCRTREACEQLA
220 230 240 250 260 270
340 350 360 370 380 390
pF1KB6 VSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKWSANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSM
. :. :..: ::::.:. ..: :. : ... :.:::..::::.:: .:::: : ..
CCDS45 IELSCRGVNAKAYHAGLKASERTLVQNDWMEEKVPVIVATISFGMGVDKANVRFVAHWNI
280 290 300 310 320 330
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pF1KB6 SKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNIS
.::: .::::::::::: . : :::. .: ..: .. : . :.
CCDS45 AKSMAGYYQESGRAGRDGKPSWCRLYYSRNDRDQVSFLIRKEVAKLQEKRGNKASDKATI
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 KCRRVLMAQHFDEVWNSEACNKMCDNCCKDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLT
CCDS45 MAFDALVTFCEELG
400 410
>>CCDS32735.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 (435 aa)
initn: 806 init1: 365 opt: 882 Z-score: 980.9 bits: 191.2 E(32554): 2.6e-48
Smith-Waterman score: 885; 39.9% identity (69.3% similar) in 378 aa overlap (73-439:8-384)
50 60 70 80 90
pF1KB6 TKKIKQCLEDSDAGASNEYDSSPAAWNKEDFPWSG--KVKDILQNVFKLEKFR-PLQLE-
::.. .:.. :..:: ...:. :::
CCDS32 MSSHHTTFPFDPERRVRSTLKKVFGFDSFKTPLQESA
10 20 30
100 110 120 130 140 150
pF1KB6 TINVTMAGKEVFLVMPTGGGKSLCYQLPALCSDGFTLVICPLISLMEDQLMVLKQLGISA
:. :. ..:.::. ::::.::::::::::: . :.:.:. :::.:..::. : : . .
CCDS32 TMAVVKGNKDVFVCMPTGAGKSLCYQLPALLAKGITIVVSPLIALIQDQVDHLLTLKVRV
40 50 60 70 80 90
160 170 180 190 200 210
pF1KB6 TMLNASSSKEHVKWVHAEMVNKNSELKLIYVTPEKIAKSKMFMSRLEKAYEARRFTRIAV
. ::.. : .. : . :.. .. . :..:.::: .: :. :. :.. . .. ..:
CCDS32 SSLNSKLSAQERKELLADLEREKPQTKILYITPE-MAASSSFQPTLNSLVSRHLLSYLVV
100 110 120 130 140 150
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pF1KB6 DEVHCCSQWGHDFRPDYKALGILKRQFPNASLIGLTATATNHVLTDAQKILCIEKCFT-F
::.:: ::::::::::: :: :. .. .: ..:::::: .: :. : ..: . :
CCDS32 DEAHCVSQWGHDFRPDYLRLGALRSRLGHAPCVALTATATPQVQEDVFAALHLKKPVAIF
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pF1KB6 TASFNRPNLYYEVRQKPSNTEDF--IEDIVKLINGRY--KGQSG--IIYCFSQKDSEQVT
. : ::.:.:. : .. . ..:. :. :: :: :.:: ... ::..
CCDS32 KTPCFRANLFYDVQFKELISDPYGNLKDFCLKALGQEADKGLSGCGIVYCRTREACEQLA
220 230 240 250 260 270
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pF1KB6 VSLQNLGIHAGAYHANLEPEDKTTVHRKWSANEIQVVVATVAFGMGIDKPDVRFVIHHSM
. :. :..: ::::.:. ..: :. : ... :.:::..::::.:: .:::: : ..
CCDS32 IELSCRGVNAKAYHAGLKASERTLVQNDWMEEKVPVIVATISFGMGVDKANVRFVAHWNI
280 290 300 310 320 330
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pF1KB6 SKSMENYYQESGRAGRDDMKADCILYYGFGDIFRISSMVVMENVGQQKLYEMVSYCQNIS
.::: .::::::::::: . : :::. .: ..: .. : . :.
CCDS32 AKSMAGYYQESGRAGRDGKPSWCRLYYSRNDRDQVSFLIRKEVAKLQEKRGNKASDKATI
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490 500 510
pF1KB6 KCRRVLMAQHFDEVWNSEACNKMCDNCCKDSAFERKNITEYCRDLIKILKQAEELNEKLT
CCDS32 MAFDALVTFCEELGRWGRGHGKSLRAAWCSQVVSRHAEL
400 410 420 430
>>CCDS42380.1 RECQL5 gene_id:9400|Hs108|chr17 (991 aa)
initn: 889 init1: 365 opt: 882 Z-score: 975.3 bits: 191.3 E(32554): 5.3e-48
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50 60 70 80 90
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]