Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB0479
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB0479, 518 aa
1>>>pF1KB0479 518 - 518 aa - 518 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0591+/-0.000673; mu= 15.4728+/- 0.041
mean_var=82.7199+/-16.152, 0's: 0 Z-trim(112.2): 32 B-trim: 68 in 1/51
Lambda= 0.141016
statistics sampled from 12935 (12961) to 12935 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.752), E-opt: 0.2 (0.398), width: 16
Scan time: 3.370
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4847.1 UNC5CL gene_id:222643|Hs108|chr6 ( 518) 3622 746.2 2e-215
CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4 ( 931) 420 94.9 4.2e-19
CCDS83279.1 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 948) 396 90.0 1.3e-17
CCDS6093.2 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 ( 953) 396 90.0 1.3e-17
CCDS34299.1 UNC5A gene_id:90249|Hs108|chr5 ( 842) 368 84.3 5.9e-16
CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 934) 311 72.7 2e-12
CCDS7309.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 ( 945) 311 72.7 2e-12
>>CCDS4847.1 UNC5CL gene_id:222643|Hs108|chr6 (518 aa)
initn: 3622 init1: 3622 opt: 3622 Z-score: 3980.9 bits: 746.2 E(32554): 2e-215
Smith-Waterman score: 3622; 99.8% identity (99.8% similar) in 518 aa overlap (1-518:1-518)
10 20 30 40 50 60
pF1KB0 MCPQESSFQPSQFLLLVGVPVASVLLLAQCLRWHCPRRLLGACWTLNGQEEPVSQPTPQL
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CCDS48 MCPQESSFQPSQFLLLVGVPVASVLLLAQCLRWHCPRRLLGACWTLNGQEEPVSQPTPQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB0 ENEVSRQHLPATLPEMVAFYQELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDT
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CCDS48 ENEVSRQHLPATLPEMVAFYQELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS48 GISLLIPPGAVAVGRQERVSLILVWDLSDAPSLSQAQGLVSPVVACGPHGASFLKPCTLT
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB0 FKHCAEQPSHARTYSSNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASRDECRIHLSHFSLYTCVLEAPVG
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CCDS48 FKHCAEQPSHARTYSSNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASRDECRIHLSHFSLYTCVLEAPVG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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CCDS48 REARKWLQLAVFCSPLVPGQSHLQLRIYFLNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDF
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 NGARGDQCLKLTYISEGWENVDDSSCQLVPHLHIWHGKCPFRSFCFRRKAADENEDCSAL
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CCDS48 NGARGDQCLKLTYISEGWENVDDSSCQLVPHLHIWHGKCPFRSFCFRRKAADENEDCSAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 TNEIIVTMHTFQDGLETKYMEILRFQASEEESWAAPPPVSQPPPCNRLPPELFEQLRMLL
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CCDS48 TNEIIVTMHTFQDGLETKYMEILRFQASEEESWAAPPPVSQPPPCNRLPPELFEQLRMLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 EPNSITGNDWRGLASHLGLCGMKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQNGSLQELHYLMTVMER
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CCDS48 EPNSITGNDWRRLASHLGLCGMKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQNGSLQELHYLMTVMER
430 440 450 460 470 480
490 500 510
pF1KB0 LDCASAIQNYLSGTHGGSPGPERGGARDNQGLELDEKL
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CCDS48 LDCASAIQNYLSGTHGGSPGPERGGARDNQGLELDEKL
490 500 510
>>CCDS3643.1 UNC5C gene_id:8633|Hs108|chr4 (931 aa)
initn: 324 init1: 211 opt: 420 Z-score: 456.4 bits: 94.9 E(32554): 4.2e-19
Smith-Waterman score: 422; 25.7% identity (53.4% similar) in 459 aa overlap (52-481:469-916)
30 40 50 60 70 80
pF1KB0 ASVLLLAQCLRWHCPRRLLGACWTLNGQEEPVSQPTPQLENEVSRQHLPATLPEMVAFYQ
:. .: :.:. .: .: . .. .
CCDS36 PPDLTSAAAMYRGPVYALHDVSDKIPMTNSPILDPLPNLKIKVYNTSGAVTPQDDLSEFT
440 450 460 470 480 490
90 100 110 120 130
pF1KB0 ELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFS-AREVDHR----------GGCLMLQDTGISLLIPPGA
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CCDS36 SKLSPQMTQSLLENEALSLKNQSLARQTDPSCTAFGSFNSLGGHLIVPNSGVSLLIPAGA
500 510 520 530 540 550
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 VAVGRQERVSLILVWDLSDAPSLSQAQGLVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSH
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CCDS36 IPQGRVYEMYVTVHRKETMRPPMDDSQTLLTPVVSCGPPGALLTRPVVLTMHHCADPNTE
560 570 580 590 600 610
200 210 220 230 240
pF1KB0 ARTYSSNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASRDECRIHLS----HFSLYTCVLEAPVG----RE
.. ... :. . : . : :.:. :. . : :: .
CCDS36 DWKILLKNQAAQGQ-WEDVVVVGEENFTTPCYIQLDAEACHILTENLSTYALVGHSTTKA
620 630 640 650 660 670
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 ARKWLQLAVFCSPLVPGQSHLQLRIYFLNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDFNG
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CCDS36 AAKRLKLAIF-GPLCCSSLEYSIRVYCLDDTQDALKEILHLERQMGGQLLEEPKALHFKG
680 690 700 710 720 730
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 ARGDQCLKLTYISEG-WENVDDSSCQLVPHLHIWHGKCPFRSFCFRRKAADENEDCSALT
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CCDS36 STHNLRLSIHDIAHSLWKSKLLAKYQEIPFYHVWSGSQRNLHCTFTL------ERFSLNT
740 750 760 770 780 790
370 380 390 400 410
pF1KB0 NEIIVTMHTFQDGLETKYMEILRFQASEEESWAAPPPVSQP---------PPCNRLPPEL
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CCDS36 VELVCKLCVRQVEGEGQIFQ-LNCTVSEEPT-GIDLPLLDPANTITTVTGPSAFSIPLPI
800 810 820 830 840
420 430 440 450 460 470
pF1KB0 FEQLRMLLEPNSITGNDWRGLASHLGLCGMKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQNGSLQELH
..: :. . :.::: :: .:.: . ... . ::...::.:.: :: .:
CCDS36 RQKLCSSLDAPQTRGHDWRMLAHKLNL-DRYLNYFATKSSPTGVILDLWEAQNFPDGNLS
850 860 870 880 890 900
480 490 500 510
pF1KB0 YLMTVMERLDCASAIQNYLSGTHGGSPGPERGGARDNQGLELDEKL
.: .:.:..
CCDS36 MLAAVLEEMGRHETVVSLAAEGQY
910 920 930
>>CCDS83279.1 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 (948 aa)
initn: 278 init1: 103 opt: 396 Z-score: 429.9 bits: 90.0 E(32554): 1.3e-17
Smith-Waterman score: 396; 26.3% identity (57.8% similar) in 391 aa overlap (110-481:545-920)
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 YQELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDTGISLLIPPGAVAVGRQERV
: :: :.. .::.::::: ::. :.
CCDS83 TMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRTTGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIP----EEN
520 530 540 550 560 570
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 SLILVWDLSDA-PSLSQAQG---LVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSHARTYS
: . ..... ::: :..: :.:: :.::: : .::. :::. :. .
CCDS83 SWEIYMSINQGEPSL-QSDGSEVLLSPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIH
580 590 600 610 620
200 210 220 230 240
pF1KB0 SNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASR-----DE--CRIHLSHFSLYTCVLEAPVGREARKWLQ
. ..: :. . ... : :.. :. :. :. . : :. : : :.
CCDS83 LKKRTQQGK-WEEVMSVEDESTSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGE-PITDCAVKQLK
630 640 650 660 670 680
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LAVF-CSPLVPGQSHLQLRIYFLNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDFNGARGDQ
.::: : . .. .::.: ..:::::.: ....:. .::.: .:. :.: .
CCDS83 VAVFGC--MSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSL
690 700 710 720 730 740
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 CLKLTYISEG-WENVDDSSCQLVPHLHIW-HGKCPFR-SFCFRRKAADENE-DCSALTNE
... : :. ..:: :: ..: .. :.. .: ..: . .. .:. .
CCDS83 QISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQ
750 760 770 780 790 800
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 IIVTMHTFQ---DGLETKYMEILRFQASEEESWAAPPPVSQPPPCNRLPPELFEQLRMLL
. . .: . ::.. : . : :.:. .. :.. : ..: . ... .
CCDS83 LKGHEQILQVQTSILESER-ETITFFAQEDSTF----PAQTGPKAFKIPYSIRQRICATF
810 820 830 840 850 860
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 EPNSITGNDWRGLASHLGLCGMKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQNGSLQELHYLMTVMER
. . :.::. ::.. .. . .. ... : ::.:.::.:.: .. .: : ..:.
CCDS83 DTPNAKGKDWQMLAQKNSI-NRNLSYFATQSSPSAVILNLWEARHQHDGDLDSLACALEE
870 880 890 900 910
490 500 510
pF1KB0 LDCASAIQNYLSGTHGGSPGPERGGARDNQGLELDEKL
.
CCDS83 IGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
920 930 940
>>CCDS6093.2 UNC5D gene_id:137970|Hs108|chr8 (953 aa)
initn: 278 init1: 103 opt: 396 Z-score: 429.9 bits: 90.0 E(32554): 1.3e-17
Smith-Waterman score: 396; 26.3% identity (57.8% similar) in 391 aa overlap (110-481:550-925)
80 90 100 110 120 130
pF1KB0 YQELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDTGISLLIPPGAVAVGRQERV
: :: :.. .::.::::: ::. :.
CCDS60 TMHPRNKMPYIQNLSSLPTRTELRTTGVFGHLGGRLVMPNTGVSLLIPHGAIP----EEN
520 530 540 550 560 570
140 150 160 170 180 190
pF1KB0 SLILVWDLSDA-PSLSQAQG---LVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSHARTYS
: . ..... ::: :..: :.:: :.::: : .::. :::. :. .
CCDS60 SWEIYMSINQGEPSL-QSDGSEVLLSPEVTCGPPDMIVTTPFALTIPHCADVSSEHWNIH
580 590 600 610 620 630
200 210 220 230 240
pF1KB0 SNTTLLDAKVWRPLGRPGAHASR-----DE--CRIHLSHFSLYTCVLEAPVGREARKWLQ
. ..: :. . ... : :.. :. :. :. . : :. : : :.
CCDS60 LKKRTQQGK-WEEVMSVEDESTSCYCLLDPFACHVLLDSFGTYALTGE-PITDCAVKQLK
640 650 660 670 680 690
250 260 270 280 290 300
pF1KB0 LAVF-CSPLVPGQSHLQLRIYFLNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDFNGARGDQ
.::: : . .. .::.: ..:::::.: ....:. .::.: .:. :.: .
CCDS60 VAVFGC--MSCNSLDYNLRVYCVDNTPCAFQEVVSDERHQGGQLLEEPKLLHFKGNTFSL
700 710 720 730 740 750
310 320 330 340 350 360
pF1KB0 CLKLTYISEG-WENVDDSSCQLVPHLHIW-HGKCPFR-SFCFRRKAADENE-DCSALTNE
... : :. ..:: :: ..: .. :.. .: ..: . .. .:. .
CCDS60 QISVLDIPPFLWRIKPFTACQEVPFSRVWCSNRQPLHCAFSLERYTPTTTQLSCKICIRQ
760 770 780 790 800 810
370 380 390 400 410 420
pF1KB0 IIVTMHTFQ---DGLETKYMEILRFQASEEESWAAPPPVSQPPPCNRLPPELFEQLRMLL
. . .: . ::.. : . : :.:. .. :.. : ..: . ... .
CCDS60 LKGHEQILQVQTSILESER-ETITFFAQEDSTF----PAQTGPKAFKIPYSIRQRICATF
820 830 840 850 860
430 440 450 460 470 480
pF1KB0 EPNSITGNDWRGLASHLGLCGMKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQNGSLQELHYLMTVMER
. . :.::. ::.. .. . .. ... : ::.:.::.:.: .. .: : ..:.
CCDS60 DTPNAKGKDWQMLAQKNSI-NRNLSYFATQSSPSAVILNLWEARHQHDGDLDSLACALEE
870 880 890 900 910 920
490 500 510
pF1KB0 LDCASAIQNYLSGTHGGSPGPERGGARDNQGLELDEKL
.
CCDS60 IGRTHTKLSNISESQLDEADFNYSRQNGL
930 940 950
>>CCDS34299.1 UNC5A gene_id:90249|Hs108|chr5 (842 aa)
initn: 233 init1: 201 opt: 368 Z-score: 399.9 bits: 84.3 E(32554): 5.9e-16
Smith-Waterman score: 395; 26.5% identity (54.4% similar) in 423 aa overlap (68-471:411-820)
40 50 60 70 80 90
pF1KB0 RLLGACWTLNGQEEPVSQPTPQLENEVSRQHLPATLPEMVAFYQELHTPTQGQTMVRQLM
: . : : ..: : :.. :.:
CCDS34 LCPRQDGPSPKFQLTNGHLLSPLGGGRHTLHHSSPTSEAEEFVSRLST----QNYFRSLP
390 400 410 420 430
100 110 120 130 140 150
pF1KB0 HKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDTGISLLIPPGAVAVGRQERVSLILVWDLSDAPSLSQAQ
. .. . :: ::. .::::::::: :. :. .. : : . :. :
CCDS34 RGTSNMTYGTFNFLGGRLMIPNTGISLLIPPDAIPRGKIYEIYLTLHKPEDVRLPLAGCQ
440 450 460 470 480 490
160 170 180 190 200 210
pF1KB0 GLVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSHARTYSSNTTLLDAKVWRPLGRPGAHAS
:.::.:.::: :. . .: :.. ::.: . . . ... :. . . : .:
CCDS34 TLLSPIVSCGPPGVLLTRPVILAMDHCGEPSPDSWSLRLKKQSCEGS-WEDVLHLGEEAP
500 510 520 530 540 550
220 230 240 250 260
pF1KB0 RD--ECRIHLSHFSLYTCVLE--APVGRE----ARKWLQLAVFCSPLVPGQSHLQLRIYF
:... : ..: : : ::. : : :.: .: .:.. . . ..:.:
CCDS34 SHLYYCQLEASACYVFTEQLGRFALVGEALSVAAAKRLKLLLF-APVACTSLEYNIRVYC
560 570 580 590 600 610
270 280 290 300 310 320
pF1KB0 LNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDFNGARGDQCLKLTYI-SEGWENVDDSSCQL
:..: ::. .. :. ::.: ... :. . . :.. . : :.. : :
CCDS34 LHDTHDALKEVVQLEKQLGGQLIQEPRVLHFKDSYHNLRLSIHDVPSSLWKSKLLVSYQE
620 630 640 650 660 670
330 340 350 360 370 380
pF1KB0 VPHLHIWHGKCPFR--SFCFRRKAADENE-DCSALTNEIIVTMHTFQDGL----ETKYME
.: :::.: . .: ..: . . .. :. . .. ..:. .. .:.. :
CCDS34 IPFYHIWNGTQRYLHCTFTLERVSPSTSDLACKLWVWQVEGDGQSFSINFNITKDTRFAE
680 690 700 710 720 730
390 400 410 420 430 440
pF1KB0 ILRFQASEEESWAAPPPVSQPPPCNRLPPELFEQLRMLLEPNSITGNDWRGLASHLGLCG
.: . :: :. : . : ..: . ... :.: : ::: ::..: :
CCDS34 LLAL-----ESEAGVPALVGPSAF-KIPFLIRQKIISSLDPPCRRGADWRTLAQKLHL-D
740 750 760 770 780
450 460 470 480 490
pF1KB0 MKIRFLSCQRSPAAAILELFEEQ---NGSLQELHYLMTVMERLDCASAIQNYLSGTHGGS
.. :.. . ::.: ::.:.: . ::.:..:
CCDS34 SHLSFFASKPSPTAMILNLWEARHFPNGNLSQLAAAVAGLGQPDAGLFTVSEAEC
790 800 810 820 830 840
500 510
pF1KB0 PGPERGGARDNQGLELDEKL
>>CCDS58083.1 UNC5B gene_id:219699|Hs108|chr10 (934 aa)
initn: 294 init1: 187 opt: 311 Z-score: 336.5 bits: 72.7 E(32554): 2e-12
Smith-Waterman score: 394; 27.8% identity (55.9% similar) in 388 aa overlap (112-481:542-919)
90 100 110 120 130 140
pF1KB0 ELHTPTQGQTMVRQLMHKLLVFSAREVDHRGGCLMLQDTGISLLIPPGAVAVGRQERVSL
:: : . ::.:::.: ::. :. .. :
CCDS58 HLRSASLGSQQLLGLPRDPGSSVSGTFGCLGGRLSIPGTGVSLLVPNGAIPQGKFYEMYL
520 530 540 550 560 570
150 160 170 180 190 200
pF1KB0 ILVWDLSDAPSLSQAQGLVSPVVACGPHGASFLKPCTLTFKHCAEQPSHARTYSSNTTLL
.. : : .: ..:: :.::: : . .: ::. :::: .. .. .:
CCDS58 LINKAESTLPLSEGTQTVLSPSVTCGPTGLLLCRPVILTMPHCAEVSARDWIFQLKTQAH
580 590 600 610 620 630
210 220 230 240 250
pF1KB0 DAKVWRP--------LGRPG-AHASRDECRIHLSHFSLYTCVLEAPVGREARKWLQLAVF
... :. :. : . :.: :.... :. . :. .: : : ::::::
CCDS58 QGH-WEEVVTLDEETLNTPCYCQLEPRACHILLDQLGTYVFTGES-YSRSAVKRLQLAVF
640 650 660 670 680
260 270 280 290 300 310
pF1KB0 CSPLVPGQSHLQLRIYFLNNTPCALQWALTNEQPHGGRLRGPCQLFDFNGARGDQCLKLT
.: . . . .::.: :..:: ::. .: :. :: : . . :. . . :.:
CCDS58 -APALCTSLEYSLRVYCLEDTPVALKEVLELERTLGGYLVEEPKPLMFKDSYHNLRLSLH
690 700 710 720 730 740
320 330 340 350 360
pF1KB0 YISEG-WENVDDSSCQLVPHLHIWHG--KCPFRSFCFRRKAADENE-DCSALTNEIIVTM
. .. :.. .. : .: ::: : : .: ..:.. .: :. . ..
CCDS58 DLPHAHWRSKLLAKYQEIPFYHIWSGSQKALHCTFTLERHSLASTELTCKICVRQVEGEG
750 760 770 780 790 800
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