Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5892
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5892, 524 aa
1>>>pF1KB5892 524 - 524 aa - 524 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.8446+/-0.00104; mu= 10.7235+/- 0.062
mean_var=108.6397+/-22.508, 0's: 0 Z-trim(106.0): 185 B-trim: 18 in 1/50
Lambda= 0.123050
statistics sampled from 8519 (8729) to 8519 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.634), E-opt: 0.2 (0.268), width: 16
Scan time: 2.980
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 ( 524) 3406 615.9 3.5e-176
CCDS6411.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1630) 2107 385.6 2.4e-106
CCDS6412.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1655) 2107 385.6 2.4e-106
CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495) 1269 236.8 1.3e-61
CCDS645.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1537) 1269 236.8 1.4e-61
CCDS58951.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1367) 1258 234.8 4.8e-61
CCDS34172.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1302) 1255 234.3 6.6e-61
CCDS58954.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1346) 1255 234.3 6.8e-61
CCDS3990.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1371) 1255 234.3 6.9e-61
CCDS58953.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1412) 1255 234.3 7.1e-61
CCDS58952.1 ERBIN gene_id:55914|Hs108|chr5 (1419) 1255 234.3 7.1e-61
CCDS55124.1 LRRD1 gene_id:401387|Hs108|chr7 ( 860) 643 125.5 2.4e-28
CCDS58095.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 536) 615 120.5 5e-27
CCDS46951.1 LRRIQ4 gene_id:344657|Hs108|chr3 ( 560) 570 112.5 1.3e-24
CCDS7568.1 SHOC2 gene_id:8036|Hs108|chr10 ( 582) 521 103.8 5.6e-22
CCDS646.1 LRRC40 gene_id:55631|Hs108|chr1 ( 602) 479 96.4 1e-19
CCDS34844.1 MFHAS1 gene_id:9258|Hs108|chr8 (1052) 478 96.3 1.8e-19
CCDS58521.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1258) 438 89.2 2.9e-17
CCDS11192.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1269) 438 89.2 3e-17
CCDS58522.1 FLII gene_id:2314|Hs108|chr17 (1214) 429 87.6 8.6e-17
CCDS724.1 LRRC8B gene_id:23507|Hs108|chr1 ( 803) 406 83.5 1e-15
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 392 80.9 4.4e-15
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 392 80.9 4.4e-15
CCDS726.1 LRRC8D gene_id:55144|Hs108|chr1 ( 858) 389 80.5 8.8e-15
CCDS35155.1 LRRC8A gene_id:56262|Hs108|chr9 ( 810) 386 79.9 1.2e-14
CCDS766.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 335) 371 77.0 3.7e-14
CCDS58014.1 LRRC39 gene_id:127495|Hs108|chr1 ( 339) 371 77.0 3.7e-14
CCDS1424.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 915) 362 75.7 2.6e-13
CCDS30971.1 LGR6 gene_id:59352|Hs108|chr1 ( 967) 362 75.7 2.7e-13
CCDS44508.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 893) 360 75.3 3.2e-13
CCDS7716.1 PIDD1 gene_id:55367|Hs108|chr11 ( 910) 360 75.3 3.3e-13
CCDS44621.1 LRRC10B gene_id:390205|Hs108|chr11 ( 292) 349 73.1 4.9e-13
CCDS9000.1 LGR5 gene_id:8549|Hs108|chr12 ( 907) 350 73.5 1.1e-12
CCDS66873.1 LRRC28 gene_id:123355|Hs108|chr15 ( 312) 340 71.5 1.6e-12
CCDS2741.1 LRRC2 gene_id:79442|Hs108|chr3 ( 371) 338 71.2 2.3e-12
CCDS12189.1 LRRC8E gene_id:80131|Hs108|chr19 ( 796) 341 71.9 3e-12
CCDS73910.1 PHLPP2 gene_id:23035|Hs108|chr16 (1256) 342 72.2 4e-12
CCDS32479.1 PHLPP2 gene_id:23035|Hs108|chr16 (1323) 342 72.2 4.1e-12
CCDS7112.1 RSU1 gene_id:6251|Hs108|chr10 ( 277) 331 69.9 4.3e-12
CCDS10380.1 LRRC28 gene_id:123355|Hs108|chr15 ( 367) 327 69.3 8.9e-12
CCDS31856.1 LRRC10 gene_id:376132|Hs108|chr12 ( 277) 317 67.4 2.4e-11
CCDS10089.1 LRRC57 gene_id:255252|Hs108|chr15 ( 239) 312 66.5 3.9e-11
CCDS725.1 LRRC8C gene_id:84230|Hs108|chr1 ( 803) 319 68.0 4.6e-11
CCDS42409.1 LRRC30 gene_id:339291|Hs108|chr18 ( 301) 312 66.5 4.8e-11
>>CCDS4953.2 LRRC1 gene_id:55227|Hs108|chr6 (524 aa)
initn: 3406 init1: 3406 opt: 3406 Z-score: 3276.6 bits: 615.9 E(32554): 3.5e-176
Smith-Waterman score: 3406; 99.8% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNNEIYNLPESVGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LGNNEIYNLPESIGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB5 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVEDEKDEEDNETRTLLRRAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVEDEKDEEDNETRTLLRRAT
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520
pF1KB5 PHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS49 PHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
490 500 510 520
>>CCDS6411.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1630 aa)
initn: 2902 init1: 1992 opt: 2107 Z-score: 2022.9 bits: 385.6 E(32554): 2.4e-106
Smith-Waterman score: 2144; 64.5% identity (85.3% similar) in 504 aa overlap (1-499:1-494)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
:..:::::::::::::.::::::: ::::::::.:::::::::::::::::. ::.:..
CCDS64 MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
:::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::.:::::..::::::::.::
CCDS64 LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
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CCDS64 PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNNEIYNLPESVGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::::::::.:: :..
CCDS64 LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.::.:.::.::::
CCDS64 GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
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CCDS64 LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
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CCDS64 HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVE----DEKDEEDN-ETRTL
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CCDS64 --PPSLEDAGQQGSL--------SETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGL
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB5 LRRATPHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
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CCDS64 QRRATPHPSELKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSAST
480 490 500 510 520 530
>>CCDS6412.1 SCRIB gene_id:23513|Hs108|chr8 (1655 aa)
initn: 2902 init1: 1992 opt: 2107 Z-score: 2022.8 bits: 385.6 E(32554): 2.4e-106
Smith-Waterman score: 2144; 64.5% identity (85.3% similar) in 504 aa overlap (1-499:1-494)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MFHCIPLWRCNRHVESIDKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDANQLRELPEQFFQLVK
:..:::::::::::::.::::::: ::::::::.:::::::::::::::::. ::.:..
CCDS64 MLKCIPLWRCNRHVESVDKRHCSLQAVPEEIYRYSRSLEELLLDANQLRELPKPFFRLLN
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB5 LRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCKALQVADFSGNPLTRL
:::::::::::::::::.::::::::::::::.::::::::.:::::..::::::::.::
CCDS64 LRKLGLSDNEIQRLPPEVANFMQLVELDVSRNDIPEIPESIKFCKALEIADFSGNPLSRL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB5 PESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTYLPDSLTQLRRLEELD
:..: .:..:. :..::.:::.:: ..::: ::..:::::::: :: ::. : .::.::
CCDS64 PDGFTQLRSLAHLALNDVSLQALPGDVGNLANLVTLELRENLLKSLPASLSFLVKLEQLD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB5 LGNNEIYNLPESVGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSENRLERLPEEIS
::.:.. ::...::: .:..:::: :::: :: :.:::. :.::::::::::.:: :..
CCDS64 LGGNDLEVLPDTLGALPNLRELWLDRNQLSALPPELGNLRRLVCLDVSENRLEELPAELG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 GLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAVGECESLTELVLTENQ
::. ::::..:::::. .:::::.::.::::::::::: .. ::.:.::.:.::.::::
CCDS64 GLVLLTDLLLSQNLLRRLPDGIGQLKQLSILKVDQNRLCEVTEAIGDCENLSELILTENL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB5 LLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDNRLTRIPAEVSQATEL
:..::.:.::: ::.:::.:::.: .:: ::::: .:.:. .:::::. .: :....:::
CCDS64 LMALPRSLGKLTKLTNLNVDRNHLEALPPEIGGCVALSVLSLRDNRLAVLPPELAHTTEL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 HVLDVAGNRLLHLPLSLTALKLKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDYTTGEKILTCVLLPQLP
:::::::::: ::..:: :.::::::..::.::.: :::. : ::::.::: :::: :
CCDS64 HVLDVAGNRLQSLPFALTHLNLKALWLAENQAQPMLRFQTEDDARTGEKVLTCYLLPQQP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470
pF1KB5 SEPTCQENLPRCGALENLVNDVSDEAWNERAVNRVSAIRFVE----DEKDEEDN-ETRTL
: :. . :.: .:.:.. .:::.:.:.: :: :: : : :
CCDS64 --PPSLEDAGQQGSL--------SETWSDAPPSRVSVIQFLEAPIGDEDAEEAAAEKRGL
430 440 450 460 470
480 490 500 510 520
pF1KB5 LRRATPHPGELKHMKKTVENLRNDMNAAKGLDSNKNEVNHAIDRVTTSV
:::::::.::: ::...:. :..
CCDS64 QRRATPHPSELKVMKRSIEGRRSEACPCQPDSGSPLPAEEEKRLSAESGLSEDSRPSAST
480 490 500 510 520 530
>>CCDS81341.1 LRRC7 gene_id:57554|Hs108|chr1 (1495 aa)
initn: 1122 init1: 1122 opt: 1269 Z-score: 1219.5 bits: 236.8 E(32554): 1.3e-61
Smith-Waterman score: 1269; 44.3% identity (73.0% similar) in 467 aa overlap (9-470:20-477)
10 20 30 40
pF1KB5 MFHCIPLWRCNRHVESI----DKRHCSLVYVPEEIYRYARSLEELLLDA
:: : : : : :::: ::.:.. . :.:::: :::
CCDS81 MQCLEMTTKRKIIGRLVPCRCFRGEEEIISVLDYSHCSLQQVPKEVFNFERTLEELYLDA
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB5 NQLRELPEQFFQLVKLRKLGLSDNEIQRLPPEIANFMQLVELDVSRNEIPEIPESISFCK
::..:::.:.:. ::::.. ::... :: ::....: :::.:.: . :.::.:. ::
CCDS81 NQIEELPKQLFNCQALRKLSIPDNDLSNLPTTIASLVNLKELDISKNGVQEFPENIKCCK
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB5 ALQVADFSGNPLTRLPESFPELQNLTCLSVNDISLQSLPENIGNLYNLASLELRENLLTY
: . . : ::...::..: .: ::: : .:: :. :: :.: : .: :::::: :
CCDS81 CLTIIEASVNPISKLPDGFTQLLNLTQLYLNDAFLEFLPANFGRLVKLRILELRENHLKT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB5 LPDSLTQLRRLEELDLGNNEIYNLPESVGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCL
:: :. .: .::.:::::::. .::: . . .:..::.:.: :. :: ::.:: :. :
CCDS81 LPKSMHKLAQLERLDLGNNEFGELPEVLDQIQNLRELWMDNNALQVLPGSIGKLKMLVYL
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB5 DVSENRLERLPEEISGLTSLTDLVISQNLLETIPDGIGKLKKLSILKVDQNRLTQLPEAV
:.:.::.: . .::: .: ::..:.:.:. .::.:: ::::. ::::.:.::.::...
CCDS81 DMSKNRIETVDMDISGCEALEDLLLSSNMLQQLPDSIGLLKKLTTLKVDDNQLTMLPNTI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB5 GECESLTELVLTENQLLTLPKSIGKLKKLSNLNADRNKLVSLPKEIGGCCSLTVFCVRDN
:. : :. . :.: .::..:: :..: .: .:.: : ::.:::.: ..::. .:.:
CCDS81 GNLSLLEEFDCSCNELESLPSTIGYLHSLRTLAVDENFLPELPREIGSCKNVTVMSLRSN
310 320 330 340 350 360
350 360 370 380 390 400
pF1KB5 RLTRIPAEVSQATELHVLDVAGNRLLHLPLSLTALK-LKALWLSDNQSQPLLTFQTDTDY
.: .: :..: .:.::... ::: .::.:.: :: : :::::::::. :. .::..
CCDS81 KLEFLPEEIGQMQKLRVLNLSDNRLKNLPFSFTKLKELAALWLSDNQSKALIPLQTEAHP
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pF1KB5 TQLRRLEELDLGNNEIYNLPESVGALLHLKDLWLDGNQLSELPQEIGNLKNLLCLDVSEN
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CCDS39 NRLTQLERLDLGSNEFTEVPEVLEQLSGLKEFWMDANRLTFIPGFIGSLKQLTYLDVSKN
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CCDS39 VKTSESTTTVKSKVDEREKYMIGNSVQKISEPEAEISPGSLPVTANMKASENLKHIVNHD
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