Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9866
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9866, 435 aa
1>>>pF1KB9866 435 - 435 aa - 435 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4463+/-0.000804; mu= 5.9849+/- 0.049
mean_var=220.1864+/-44.682, 0's: 0 Z-trim(116.2): 28 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.086433
statistics sampled from 16794 (16821) to 16794 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.805), E-opt: 0.2 (0.517), width: 16
Scan time: 3.880
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 ( 435) 2966 382.0 6.2e-106
CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 ( 433) 1176 158.8 9.6e-39
CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 ( 358) 1023 139.7 4.6e-33
CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 ( 333) 989 135.4 8.3e-32
CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 ( 543) 955 131.3 2.2e-30
CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 ( 515) 949 130.6 3.6e-30
CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 ( 382) 942 129.6 5.3e-30
CCDS7191.1 GJD4 gene_id:219770|Hs108|chr10 ( 370) 534 78.7 1.1e-14
CCDS9290.1 GJB2 gene_id:2706|Hs108|chr13 ( 226) 477 71.4 1e-12
CCDS1569.1 GJC2 gene_id:57165|Hs108|chr1 ( 439) 471 70.9 2.8e-12
CCDS9291.1 GJB6 gene_id:10804|Hs108|chr13 ( 261) 466 70.1 3e-12
CCDS11487.1 GJC1 gene_id:10052|Hs108|chr17 ( 396) 462 69.7 5.7e-12
CCDS14408.1 GJB1 gene_id:2705|Hs108|chrX ( 283) 447 67.7 1.6e-11
CCDS383.1 GJB4 gene_id:127534|Hs108|chr1 ( 266) 446 67.6 1.7e-11
CCDS384.1 GJB3 gene_id:2707|Hs108|chr1 ( 270) 443 67.2 2.2e-11
>>CCDS9289.1 GJA3 gene_id:2700|Hs108|chr13 (435 aa)
initn: 2966 init1: 2966 opt: 2966 Z-score: 2015.4 bits: 382.0 E(32554): 6.2e-106
Smith-Waterman score: 2966; 99.8% identity (100.0% similar) in 435 aa overlap (1-435:1-435)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
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CCDS92 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLKRESP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLKRESP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 SPKEPPQDNPSSRDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKPLYR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 SPKEPPQDNPSSRDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKPLYR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 CDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSRLGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 CDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSRLGP
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 DASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADFKML
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:
CCDS92 DASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADFKLL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 ALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQPPALKAYPAASTPAAPSPVGSSSP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS92 ALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQPPALKAYPAASTPAAPSPVGSSSP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 PLAHEAEAGAAPLLLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQPPLPLGDPGRASKA
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CCDS92 PLAHEAEAGAAPLLLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQPPLPLGDPGRASKA
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB9 SRASSGRARPEDLAI
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CCDS92 SRASSGRARPEDLAI
430
>>CCDS30834.1 GJA8 gene_id:2703|Hs108|chr1 (433 aa)
initn: 1171 init1: 657 opt: 1176 Z-score: 809.1 bits: 158.8 E(32554): 9.6e-39
Smith-Waterman score: 1176; 45.5% identity (66.4% similar) in 446 aa overlap (1-435:1-433)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
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CCDS30 MGDWSFLGNILEEVNEHSTVIGRVWLTVLFIFRILILGTAAEFVWGDEQSDFVCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLKRESP
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CCDS30 CENVCYDEAFPISHIRLWVLQIIFVSTPSLMYVGHAVHYVRMEEKRKSREAEE-LGQQAG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB9 SPKEPPQDN-PSSRDDRG--RVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELKP
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CCDS30 TNGGPDQGSVKKSSGSKGTKKFRLEGTLLRTYICHIIFKTLFEVGFIVGHYFLYGFRILP
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTSR
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CCDS30 LYRCSRWPCPNVVDCFVSRPTEKTIFILFMLSVASVSLFLNVMELGHLGLKGIRSALKRP
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 LGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAADF
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CCDS30 VEQPLGEIPEKSLHSIAVSSIQKAKGYQLLEEEKIVSHYFPLTEVGMV--ETSPLPAKPF
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 KMLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQ-PPALKAYPAASTPAAPSPVG
... : . : . : :... : . . . : .: . ::: .. . : .
CCDS30 NQFE--EKISTGPLGDLSRGYQETLPSYAQVGAQEVEGEGPPAEEG----AEPEVGEKKE
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400
pF1KB9 SSSPPLAHEAEAGAAPLLLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQ-------PPL
. ..: : :.: .: : : :: .. .. . : :
CCDS30 EAERLTTEEQEKVAVP---EGEKVETPGVDKEGEKEEPQSEKVSKQGLPAEKTPSLCPEL
360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KB9 PLGDPGRASKASRASSGRARPEDLAI
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CCDS30 TTDDARPLSRLSKASS-RARSDDLTV
410 420 430
>>CCDS929.1 GJA5 gene_id:2702|Hs108|chr1 (358 aa)
initn: 1032 init1: 627 opt: 1023 Z-score: 707.1 bits: 139.7 E(32554): 4.6e-33
Smith-Waterman score: 1023; 61.0% identity (83.5% similar) in 236 aa overlap (1-232:1-236)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
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CCDS92 MGDWSFLGNFLEEVHKHSTVVGKVWLTVLFIFRMLVLGTAAESSWGDEQADFRCDTIQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLK-RES
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CCDS92 CQNVCYDQAFPISHIRYWVLQIIFVSTPSLVYMGHAMHTVRMQEKRKLREAERAKEVRGS
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 PSPKEPPQDNPSS---RDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFELK
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CCDS92 GSYEYPVAEKAELSCWEEGNGRIALQGTLLNTYVCSILIRTTMEVGFIVGQYFIYGIFLT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 PLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGVTS
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CCDS92 TLHVCRRSPCPHPVNCYVSRPTEKNVFIVFMLAVAALSLLLSLAELYHLGWKKIRQRFVK
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 RLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPAAD
CCDS92 PRQHMAKCQLSGPSVGIVQSCTPPPDFNQCLENGPGGKFFNPFSNNMASQQNTDNLVTEQ
250 260 270 280 290 300
>>CCDS30669.1 GJA4 gene_id:2701|Hs108|chr1 (333 aa)
initn: 1070 init1: 603 opt: 989 Z-score: 684.6 bits: 135.4 E(32554): 8.3e-32
Smith-Waterman score: 1018; 46.6% identity (66.6% similar) in 371 aa overlap (1-359:1-328)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
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CCDS30 MGDWGFLEKLLDQVQEHSTVVGKIWLTVLFIFRILILGLAGESVWGDEQSDFECNTAQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEE-EQLKRES
: :::::.::::::::.:.::..:::::::.:::::... : ::. ...: : . : ..
CCDS30 CTNVCYDQAFPISHIRYWVLQFLFVSTPTLVYLGHVIYLSRREERLRQKEGELRALPAKD
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 PSPKEP-----PQDNPSSRDDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFE
:. .. : : . ::.:. :::. ::: ... :...:.::. ::. :::.
CCDS30 PQVERALAAVERQMAKISVAEDGRLRIRGALMGTYVASVLCKSVLEAGFLYGQWRLYGWT
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGV
..:.. :.: ::: ::::.::::::::::::::.:. ::.::.::. :: . :..:.
CCDS30 MEPVFVCQRAPCPYLVDCFVSRPTEKTIFIIFMLVVGLISLVLNLLELVHLLCRCLSRGM
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPPPA
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CCDS30 RARQGQDA---------PPTQGTSSDPYTDQVFF--YL-----PVGQG-----PSSPP--
250 260 270
300 310 320 330 340
pF1KB9 ADFKMLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQ-----PPALKAYPAASTP
::: : .:::::: ..:.. :: . : .
CCDS30 -----------------CPTYNG---LSSSEQNWANLTTEERLASSRPPLFLDPPPQNGQ
280 290 300 310
350 360 370 380 390 400
pF1KB9 AAPS-PVGSSSPPLAHEAEAGAAPLLLDGSGSSLEGSALAGTPEEEEQAVTTAAQMHQPP
:: : .:.:
CCDS30 KPPSRPSSSASKKQYV
320 330
>>CCDS5025.1 GJA10 gene_id:84694|Hs108|chr6 (543 aa)
initn: 945 init1: 551 opt: 955 Z-score: 658.9 bits: 131.3 E(32554): 2.2e-30
Smith-Waterman score: 955; 52.5% identity (79.3% similar) in 261 aa overlap (1-253:1-258)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
::::..:: .::... :::..::.:::.:::::.::: .:::::: :::: :.:::.:::
CCDS50 MGDWNLLGGILEEVHSHSTIVGKIWLTILFIFRMLVLRVAAEDVWDDEQSAFACNTRQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEE-QLKRES
:.:.::: ::::: ::::.:::::::.:.:.:.::.:. .: :: ..:.. . . . :.
CCDS50 CNNICYDDAFPISLIRFWVLQIIFVSSPSLVYMGHALYRLRAFEKDRQRKKSHLRAQMEN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 PSPKEPPQ---DNPSSR-DDRGRVR---MAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYG
:. : : : ... :.. . : ::::::..:. ....::::. :::.:::
CCDS50 PDLDLEEQQRIDRELRRLEEQKRIHKVPLKGCLLRTYVLHILTRSVLEVGFMIGQYILYG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 FELKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQ
:...:::.: . ::::.::::.:::::::::..:: ..: :::::.:::.::: .:. .
CCDS50 FQMHPLYKCTQPPCPNAVDCFVSRPTEKTIFMLFMHSIAAISLLLNILEIFHLGIRKIMR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 GVTSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPP
. .. . .. : : ::
CCDS50 TLYKKSSSEGIEDETG---PPFHLKKYSVAQQCMICSSLPERISPLQANNQQQVIRVNVP
250 260 270 280 290
>>CCDS432.1 GJA9 gene_id:81025|Hs108|chr1 (515 aa)
initn: 955 init1: 555 opt: 949 Z-score: 655.1 bits: 130.6 E(32554): 3.6e-30
Smith-Waterman score: 949; 54.5% identity (83.1% similar) in 242 aa overlap (1-234:1-242)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
::::..:: ::... :::.:::.:::.:::::.::::.::::::.:::: : :::.:::
CCDS43 MGDWNLLGDTLEEVHIHSTMIGKIWLTILFIFRMLVLGVAAEDVWNDEQSGFICNTEQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKERE------EEEQ
:.:::::.::::: ::.:.::.::::.:.:.:.::.:. .:. :....: : :.
CCDS43 CRNVCYDQAFPISLIRYWVLQVIFVSSPSLVYMGHALYRLRVLEEERQRMKAQLRVELEE
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 LKRESPSPKEPPQDNPSSRDDR--GRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYG
.. : : .. ... . . : ... . :.:: :::..:. ... ::::. :::.:::
CCDS43 VEFEMPRDRRRLEQELCQLEKRKLNKAPLRGTLLCTYVIHIFTRSVVEVGFMIGQYLLYG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 FELKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQ
:.:.::..: :::: .:::.:::::::::..:: ..: ::.::.:::.:::.::.:.
CCDS43 FHLEPLFKCHGHPCPNIIDCFVSRPTEKTIFLLFMQSIATISLFLNILEIFHLGFKKIKR
190 200 210 220 230 240
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 GVTSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPYYAHTAAPLGQARAVGYPGAPP
:.
CCDS43 GLWGKYKLKKEHNEFHANKAKQNVAKYQSTSANSLKRLPSAPDYNLLVEKQTHTAVYPSL
250 260 270 280 290 300
>>CCDS5123.1 GJA1 gene_id:2697|Hs108|chr6 (382 aa)
initn: 1117 init1: 583 opt: 942 Z-score: 652.1 bits: 129.6 E(32554): 5.3e-30
Smith-Waterman score: 991; 41.3% identity (65.0% similar) in 443 aa overlap (1-435:1-382)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MGDWSFLGRLLENAQEHSTVIGKVWLTVLFIFRILVLGAAAEDVWGDEQSDFTCNTQQPG
::::: ::.::...: .::. :::::.::::::::.::.:.:..:::::: : :::::::
CCDS51 MGDWSALGKLLDKVQAYSTAGGKVWLSVLFIFRILLLGTAVESAWGDEQSAFRCNTQQPG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 CENVCYDRAFPISHIRFWALQIIFVSTPTLIYLGHVLHIVRMEEKKKEREEEEQLKRESP
:::::::..:::::.:::.:::::::.:::.::.::....: ::: ...::: .. . .
CCDS51 CENVCYDKSFPISHVRFWVLQIIFVSVPTLLYLAHVFYVMRKEEKLNKKEEELKVAQTDG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170
pF1KB9 SPKEPPQDNPSSR------DDRGRVRMAGALLRTYVFNIIFKTLFEVGFIAGQYFLYGFE
. . . ...:.:.: :.:::::...:.::..:::.:. :...:::
CCDS51 VNVDMHLKQIEIKKFKYGIEEHGKVKMRGGLLRTYIISILFKSIFEVAFLLIQWYIYGFS
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 LKPLYRCDRWPCPNTVDCFISRPTEKTIFIIFMLAVACASLLLNMLEIYHLGWKKLKQGV
:. .: : : :::. ::::.::::::::::::::.:. .:: ::..:.... .: ::
CCDS51 LSAVYTCKRDPCPHQVDCFLSRPTEKTIFIIFMLVVSLVSLALNIIELFYVFFK----GV
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 TSRLGPDASEAPLGTADPPPLPPSSRPPAVAIGFPPY--YAHTAAPLGQARAVGYPGAPP
.:. : .:: .. :: : : . ..: : : .::
CCDS51 KDRVK--------GKSDPYHATSGALSPAKDCGSQKYAYFNGCSSPT----APLSPMSPP
240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 PAADFKMLALTEARGKGQSAKLYNGHHHLLMTEQNWANQAAERQPPALKAYPAASTPAAP
.:. .: :... : . :: . .:::::: .::.. . :.::
CCDS51 ---GYKL--VTGDRNNS-SCRNYNKQ----ASEQNWANYSAEQN----RMGQAGST----
290 300 310 320
360 370 380 390 400 410
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...: : : :. . :...... :: . :: .
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420 430
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CCDS51 DQRPSSRASSRASSRPRPDDLEI
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.:: :. . . . :..::.:... ...:.::. :.. :. ::: :.::: :::
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. : : :: ..:::..::::::.....:. ::. :.::.. .. .:.. . :
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:: : :: : . : : .. . : . : : ::: :
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: :. :. . .. .:: .. :.. ...:.: ::: .. : . :
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:: : : .. .: :
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. .: . .::. :.: ::. .:.:...::..:. : .: :: .. :
CCDS92 DIEEIKTQ---------KVRIEGSLWWTYTSSIFFRVIFEAAFMYVFYVMYDGFSMQRLV
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CCDS92 KCNAWPCPNTVDCFVSRPTEKTVFTVFMIAVSGICILLNVTELCYLLIRYCSGKSKKPV
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CCDS15 AVGADGKAAGTPGPTGQHDGRRRIQREG-LMRVYVAQLVARAAFEVAFLVGQYLLYGFEV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]