Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9653
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9653, 276 aa
1>>>pF1KB9653 276 - 276 aa - 276 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.1396+/-0.000859; mu= 4.0049+/- 0.051
mean_var=202.3890+/-42.708, 0's: 0 Z-trim(114.0): 80 B-trim: 8 in 1/51
Lambda= 0.090153
statistics sampled from 14512 (14592) to 14512 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.448), width: 16
Scan time: 2.570
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9473.1 SOX21 gene_id:11166|Hs108|chr13 ( 276) 1856 253.1 1.6e-67
CCDS3094.1 SOX14 gene_id:8403|Hs108|chr3 ( 240) 664 98.0 6.6e-21
CCDS3239.1 SOX2 gene_id:6657|Hs108|chr3 ( 317) 620 92.4 4.3e-19
CCDS9523.1 SOX1 gene_id:6656|Hs108|chr13 ( 391) 611 91.3 1.1e-18
CCDS14669.1 SOX3 gene_id:6658|Hs108|chrX ( 446) 602 90.2 2.8e-18
CCDS32549.1 SOX15 gene_id:6665|Hs108|chr17 ( 233) 471 72.9 2.3e-13
CCDS4547.1 SOX4 gene_id:6659|Hs108|chr6 ( 474) 456 71.3 1.5e-12
CCDS12995.1 SOX12 gene_id:6666|Hs108|chr20 ( 315) 439 68.9 5.2e-12
CCDS10428.1 SOX8 gene_id:30812|Hs108|chr16 ( 446) 428 67.6 1.8e-11
CCDS11689.1 SOX9 gene_id:6662|Hs108|chr17 ( 509) 423 67.0 3.1e-11
CCDS14772.1 SRY gene_id:6736|Hs108|chrY ( 204) 409 64.8 5.6e-11
CCDS1654.1 SOX11 gene_id:6664|Hs108|chr2 ( 441) 415 65.9 5.8e-11
CCDS13964.1 SOX10 gene_id:6663|Hs108|chr22 ( 466) 410 65.3 9.5e-11
>>CCDS9473.1 SOX21 gene_id:11166|Hs108|chr13 (276 aa)
initn: 1856 init1: 1856 opt: 1856 Z-score: 1325.9 bits: 253.1 E(32554): 1.6e-67
Smith-Waterman score: 1856; 100.0% identity (100.0% similar) in 276 aa overlap (1-276:1-276)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDE
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CCDS94 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 AKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFPVPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFPVPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAG
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 AGGGLVPESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFPQSAAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLGSKMA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 AGGGLVPESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFPQSAAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLGSKMA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 EISSSSSGLPYASSLGYPTAGAGAFHGAAAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 EISSSSSGLPYASSLGYPTAGAGAFHGAAAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNC
190 200 210 220 230 240
250 260 270
pF1KB9 SAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS94 SAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
250 260 270
>>CCDS3094.1 SOX14 gene_id:8403|Hs108|chr3 (240 aa)
initn: 1046 init1: 627 opt: 664 Z-score: 488.8 bits: 98.0 E(32554): 6.6e-21
Smith-Waterman score: 978; 57.9% identity (73.7% similar) in 285 aa overlap (1-276:1-240)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDE
:::: ::.::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::.:.::::.:::
CCDS30 MSKPSDHIKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHNSEISKRLGAEWKLLSEAEKRPYIDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 AKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFPVPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAG
::::::.:::::::::::::::::.:::::...::.:: :: :.. : ::: ::: .:
CCDS30 AKRLRAQHMKEHPDYKYRPRRKPKNLLKKDRYVFPLPY-LG---DTD-P-LKA-AGLPVG
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB9 AGGGLVPESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFPQSAAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLGS---
:. :: :. :::: :.:.: ..: :::::: ..
CCDS30 ASDGL-----LSAPEKA---------RAFLPPASA-------------PYSLLDPAQFSS
120 130 140
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 ----KMAEISSS--SSGLPYASSLGYPTAGAGAFHGAAAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGN
::.:. . ...:::::.::: . ::: :. . . :::.:::: :
CCDS30 SAIQKMGEVPHTLATGALPYASTLGYQN---GAF-GSLSCPSQ-------HTHTHPSPTN
150 160 170 180 190
240 250 260 270
pF1KB9 PGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
:::..::::.:: . ::::.::::.::: : .::: .:.:.:.
CCDS30 PGYVVPCNCTAWSASTLQPPVAYILFPGMTKTGIDPYSSAHATAM
200 210 220 230 240
>>CCDS3239.1 SOX2 gene_id:6657|Hs108|chr3 (317 aa)
initn: 624 init1: 569 opt: 620 Z-score: 456.3 bits: 92.4 E(32554): 4.3e-19
Smith-Waterman score: 620; 43.0% identity (62.9% similar) in 272 aa overlap (6-269:39-304)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHN
:.:::::::::::::.::::::::::::::
CCDS32 LKPPGPQQTSGGGGGNSTAAAAGGNQKNSPDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHN
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 SEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFP
::::::::::::::.:.::::::::::::::.::::::::::::::: :::.::::...:
CCDS32 SEISKRLGAEWKLLSETEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKTLMKKDKYTLP
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 VPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAGAGGGLVP--ESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFPQS
::. .. .:.:. :: :.:. .: . .. . .. .::
CCDS32 -----GGLLAPGGNSMASGVGVGAGLGAGVNQRMDSYAHMNGWSNGSYSMMQDQLGYPQH
130 140 150 160 170 180
160 170 180 190 200
pF1KB9 AAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLG-SKMAEISSSSSGLP-YA---SSLGYPTAGAGAFHGA
. : .:: :.. : ..:. .. .: : :. :. : : . :.. :.
CCDS32 PGLNAHGAAQMQPMHRYDVSALQYNSMTSSQTYMNGSPTYSMSYSQQGTPGMALGSM-GS
190 200 210 220 230 240
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 AAAAAAAAAAAGGHTHSHP-SPGNPGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDP
.. . :... . :: .: . : . :. . : : : . : :
CCDS32 VVKSEASSSPPVVTSSSHSRAPCQAGDLRDMISMYLPGAEVPEPAAPSRLHMSQHYQSGP
250 260 270 280 290 300
270
pF1KB9 YPAAYAAAL
:
CCDS32 VPGTAINGTLPLSHM
310
>>CCDS9523.1 SOX1 gene_id:6656|Hs108|chr13 (391 aa)
initn: 742 init1: 555 opt: 611 Z-score: 448.8 bits: 91.3 E(32554): 1.1e-18
Smith-Waterman score: 684; 46.2% identity (64.9% similar) in 305 aa overlap (6-258:49-349)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHN
:.:::::::::::::.::::::::::::::
CCDS95 PTNLSGPAGAGGGGGGGGGGGGGGGAKANQDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMAQENPKMHN
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 SEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFP
::::::::::::...:.::::::::::::::.::::::::::::::: ::::::::...
CCDS95 SEISKRLGAEWKVMSEAEKRPFIDEAKRLRALHMKEHPDYKYRPRRKTKTLLKKDKYSLA
80 90 100 110 120 130
100 110 120 130
pF1KB9 ---VPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHA----------GAGGGLVPESLLAN---PEKAAA
. : :: . : .. .:.: : .:::: . . :: : ..::
CCDS95 GGLLAAGAGGGGAAVAMGVGVGVGAAAVGQRLESPGGAAGGGYAHVNGWANGAYPGSVAA
140 150 160 170 180 190
140 150 160 170 180
pF1KB9 AAAAAA----ARVFFPQSAAAAAAAAAAAAAG-------------SPYSLLDLGS-KMAE
:::::: :.. . : .:..: : : .:. :.:. ...
CCDS95 AAAAAAMMQEAQLAYGQHPGAGGAHPHAHPAHPHPHHPHAHPHNPQPMHRYDMGALQYSP
200 210 220 230 240 250
190 200 210 220
pF1KB9 ISSSSS----------GLPYASSLGYPTAGAGAFHGAAAAAAAAAAAA--------GGHT
::.:.. ::::... . .:..:: ...:.::::::::: :. .
CCDS95 ISNSQGYMSASPSGYGGLPYGAAAAAAAAAGGAHQNSAVAAAAAAAAASSGALGALGSLV
260 270 280 290 300 310
230 240 250 260 270
pF1KB9 HSHPSPGNPGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
.:.:: . :. : . : : :: . . ::
CCDS95 KSEPSGSPPA---PAHSRA-PCPGDLREMISMYLPAGEGGDPAAAAAAAAQSRLHSLPQH
320 330 340 350 360 370
CCDS95 YQGAGAGVNGTVPLTHI
380 390
>>CCDS14669.1 SOX3 gene_id:6658|Hs108|chrX (446 aa)
initn: 565 init1: 565 opt: 602 Z-score: 441.7 bits: 90.2 E(32554): 2.8e-18
Smith-Waterman score: 612; 48.2% identity (66.3% similar) in 249 aa overlap (6-232:137-383)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKMHN
:.:::::::::::::.:::::: :::::::
CCDS14 GKSSANAAGGANSGGGSSGGASGGGGGTDQDRVKRPMNAFMVWSRGQRRKMALENPKMHN
110 120 130 140 150 160
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 SEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFAFP
:::::::::.:::::..::::::::::::::.::::.:::::::::: ::::::::...:
CCDS14 SEISKRLGADWKLLTDAEKRPFIDEAKRLRAVHMKEYPDYKYRPRRKTKTLLKKDKYSLP
170 180 190 200 210 220
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 VPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAGAGGGLVPESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFPQSAA
:.: : : :.:. . .: : .. : .: . . .. . : .
CCDS14 SGLLPPGAAAAAAAAAAAAAAASSPVGVGQRLDTYTHVNGWANGAYSLVQEQLGYAQPPS
230 240 250 260 270 280
160 170 180 190 200
pF1KB9 AAAAAAAAA--------AAGSPYS-LLDLGSK----MAEISSSSSGLPYASSLGYPTAGA
.. : :: :: .. :.. .: ....:: :.. ::.:
CCDS14 MSSPPPPPALPPMHRYDMAGLQYSPMMPPGAQSYMNVAAAAAAASG--YGGMAPSATAAA
290 300 310 320 330 340
210 220 230 240 250
pF1KB9 GAFHG---AAAAAAAAAAAA------GGHTHSHPSPGNPGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLA
.: .: :.:::::::::: :. ..:.:: :
CCDS14 AAAYGQQPATAAAAAAAAAAMSLGPMGSVVKSEPSSPPPAIASHSQRACLGDLRDMISMY
350 360 370 380 390 400
260 270
pF1KB9 YILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
CCDS14 LPPGGDAADAASPLPGGRLHGVHQHYQGAGTAVNGTVPLTHI
410 420 430 440
>>CCDS32549.1 SOX15 gene_id:6665|Hs108|chr17 (233 aa)
initn: 476 init1: 458 opt: 471 Z-score: 353.3 bits: 72.9 E(32554): 2.3e-13
Smith-Waterman score: 474; 43.6% identity (62.7% similar) in 204 aa overlap (4-202:45-226)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKM
:...:::::::::::: ::::.:::.::::
CCDS32 EPPAATAAASSSSGPQEREGAGSPAAPGTLPLEKVKRPMNAFMVWSSAQRRQMAQQNPKM
20 30 40 50 60 70
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 HNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFA
:::::::::::.:::: :.:::::..::::::: :....:::::::::: :.
CCDS32 HNSEISKRLGAQWKLLDEDEKRPFVEEAKRLRARHLRDYPDYKYRPRRKAKS--------
80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB9 FPVPYGLGGVADAEHPALKAGAGLHAGAGGGLV--PESLLANPEKAAAAAAAAAARVFFP
: : :. . : : :.:: . : ..: .. . . . ...:
CCDS32 ----SGAG-------PS-RCGQGRGNLASGGPLWGPGYATTQPSRGFGYRPPSYSTAYLP
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200
pF1KB9 QSAAAAAAAAAAAAAGS-PYSLLDLGSKMAEISSSSSGLPYASSLGY--PTAGAGAFHGA
: ... : . : : : : ... . . . :: .: : : :::
CCDS32 GSYGSSHCKLEAPSPCSLPQSDPRLQGEL--LPTYTHYLPPGSPTPYNPPLAGAPMPLTH
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 AAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNCSAWPSPGLQPPLAYILLPGMGKPQLDPY
CCDS32 L
>>CCDS4547.1 SOX4 gene_id:6659|Hs108|chr6 (474 aa)
initn: 505 init1: 393 opt: 456 Z-score: 338.7 bits: 71.3 E(32554): 1.5e-12
Smith-Waterman score: 464; 40.2% identity (65.2% similar) in 244 aa overlap (4-222:55-287)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKM
: :.:::::::::::. .:::. ...: :
CCDS45 GLELGIASSPTPGSTASTGGKADDPSWCKTPSGHIKRPMNAFMVWSQIERRKIMEQSPDM
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 HNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFA
::.::::::: .:::: .:.: ::: ::.::: :: ..::::::::.: :. ... .
CCDS45 HNAEISKRLGKRWKLLKDSDKIPFIREAERLRLKHMADYPDYKYRPRKKVKSGNANSSSS
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130
pF1KB9 F-----PVPYG--LGGVADAEHPALKAGAGLHAGAGGGLV--------PESLLANPEKAA
: : .:: . . : . .:.. .::.::: . : . . :.:
CCDS45 AAASSKPGEKGDKVGGSGGGGHGGGGGGGSSNAGGGGGGASGGGANSKPAQKKSCGSKVA
150 160 170 180 190 200
140 150 160 170 180
pF1KB9 AAAAAAA----ARVFFP------QSAAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLGSKMAEISSSSSG
..:.... :.... ..::::::. :: ::. .:: ::. ... .
CCDS45 GGAGGGVSKPHAKLILAGGGGGGKAAAAAAASFAAEQAGAA-ALLPLGA-----AADHHS
210 220 230 240 250
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 LPYASSLGYPTAGAGAFHGAAAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNCSAWPSPGL
: : . :.:.:.: ..::.:.:: :: : :
CCDS45 LYKART---PSASASA--SSAASASAALAAPGKHLAEKKVKRVYLFGGLGTSSSPVGGVG
260 270 280 290 300 310
250 260 270
pF1KB9 QPPLAYILLPGMGKPQLDPYPAAYAAAL
CCDS45 AGADPSDPLGLYEEEGAGCSPDAPSLSGRSSAASSPAAGRSPADHRGYASLRAASPAPSS
320 330 340 350 360 370
>>CCDS12995.1 SOX12 gene_id:6666|Hs108|chr20 (315 aa)
initn: 487 init1: 385 opt: 439 Z-score: 329.1 bits: 68.9 E(32554): 5.2e-12
Smith-Waterman score: 439; 34.4% identity (58.2% similar) in 273 aa overlap (4-265:36-295)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENPKM
: :.:::::::::::. .:::. .. : :
CCDS12 GARAKRDGGPPPPGPGPAEEGAREPGWCKTPSGHIKRPMNAFMVWSQHERRKIMDQWPDM
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB9 HNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLLKKDKFA
::.::::::: .:.:: .::: ::. ::.::: :: ..::::::::.: : : :
CCDS12 HNAEISKRLGRRWQLLQDSEKIPFVREAERLRLKHMADYPDYKYRPRKKSKGAPAK---A
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140
pF1KB9 FPVPYGLGGVADAEHPALK-AGAGLHAGAGGGL-----VPESLLANPEKAAAAA--AAAA
: : : .: .. .:. . : : . .::: : .::. . .. . . .
CCDS12 RPRPPGGSGGGSRLKPGPQLPGRGGRRAAGGPLGGGAAAPEDDDEDDDEELLEVRLVETP
130 140 150 160 170 180
150 160 170 180 190 200
pF1KB9 ARVFFPQSAAAAAAAAAAAAAGSPYSLLDLGSKMAEISSSSSGLPYASSLGYPTAGAGAF
.: .. . :. :: . : : .: . .. : . : . : .:.:
CCDS12 GRELWRMVPAGRAARGQAERAQGPSGEGAAAAAAASPTPSEDEEPEEEE----EEAAAAE
190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KB9 HGAAAAAAAAAAAAGGHTHSHPSPGNPGYMIPCNCSAWP-SPGLQPP--LAYILLPGMGK
.: ..:.. . : .. :.:.. .::: .: :::: ... .: .
CCDS12 EGEEETVASGEESLGFLSRLPPGPAG------LDCSALDRDPDLQPPSGTSHFEFPDYCT
240 250 260 270 280 290
270
pF1KB9 PQLDPYPAAYAAAL
:..
CCDS12 PEVTEMIAGDWRPSSIADLVFTY
300 310
>>CCDS10428.1 SOX8 gene_id:30812|Hs108|chr16 (446 aa)
initn: 466 init1: 393 opt: 428 Z-score: 319.4 bits: 67.6 E(32554): 1.8e-11
Smith-Waterman score: 428; 34.4% identity (58.0% similar) in 262 aa overlap (2-247:98-346)
10 20 30
pF1KB9 MSKPVDHVKRPMNAFMVWSRAQRRKMAQENP
.:: ::::::::::::..: :::.:.. :
CCDS10 IRDAVSQVLKGYDWSLVPMPVRGGGGGALKAKP--HVKRPMNAFMVWAQAARRKLADQYP
70 80 90 100 110 120
40 50 60 70 80
pF1KB9 KMHNSEISKRLGAEWKLLTESEKRPFIDEAKRLRAMHMKEHPDYKYRPRRKPKTLL---K
..::.:.:: :: :.::.:::::::..::.:::..: :.::::::.:::. ..
CCDS10 HLHNAELSKTLGKLWRLLSESEKRPFVEEAERLRVQHKKDHPDYKYQPRRRKSAKAGHSD
130 140 150 160 170 180
90 100 110 120 130 140
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