FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB9628, 331 aa
  1>>>pF1KB9628 331 - 331 aa - 331 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3894+/-0.000754; mu= 8.5863+/- 0.046
 mean_var=145.0325+/-29.956, 0's: 0 Z-trim(114.0): 45  B-trim: 621 in 1/55
 Lambda= 0.106498
 statistics sampled from 14563 (14608) to 14563 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.788), E-opt: 0.2 (0.449), width:  16
 Scan time:  3.010

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12       ( 331) 2245 355.8 2.9e-98
CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2         ( 356) 1102 180.2 2.2e-45
CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7        ( 337)  827 137.9 1.1e-32
CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17       ( 382)  653 111.2 1.4e-24


>>CCDS8886.1 NEUROD4 gene_id:58158|Hs108|chr12            (331 aa)
 initn: 2245 init1: 2245 opt: 2245  Z-score: 1877.7  bits: 355.8 E(32554): 2.9e-98
Smith-Waterman score: 2245; 100.0% identity (100.0% similar) in 331 aa overlap (1-331:1-331)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB9 MSKTFVKSKEMGELVNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSIEEEEEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 MSKTFVKSKEMGELVNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSIEEEEEE
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 EEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGLNDALDNLRRVMPCYSKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 EEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGLNDALDNLRRVMPCYSKT
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 QKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLSQPTSNLVAGCLQLGPQS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 QKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLSQPTSNLVAGCLQLGPQS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB9 VLLEKHEDKSPICDSAISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMETHLLHLKPQVFKSLGESSFGSH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 VLLEKHEDKSPICDSAISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMETHLLHLKPQVFKSLGESSFGSH
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB9 LPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSYSFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 LPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSYSFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQA
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330 
pF1KB9 GTPRYDVPIDMSYDSYPHHGIGTQLNTVFTE
       :::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS88 GTPRYDVPIDMSYDSYPHHGIGTQLNTVFTE
              310       320       330 

>>CCDS2283.1 NEUROD1 gene_id:4760|Hs108|chr2              (356 aa)
 initn: 1210 init1: 714 opt: 1102  Z-score: 928.1  bits: 180.2 E(32554): 2.2e-45
Smith-Waterman score: 1208; 53.4% identity (77.4% similar) in 358 aa overlap (1-329:1-354)

               10          20        30        40        50        
pF1KB9 MSKTFVKSKEMGELV--NTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSI----
       :.:.. .:  :::    . ::: :. :.::.: .: ...      : ... :.::.    
CCDS22 MTKSYSESGLMGEPQPQGPPSWTDECLSSQDEEHEADKKEDD---LETMNAEEDSLRNGG
               10        20        30        40           50       

                      60        70        80        90       100   
pF1KB9 -----------EEEEEEEEDGEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGL
                  :::::::.: .::::::::::::::::::::. ::.:::::::.:::::
CCDS22 EEEDEDEDLEEEEEEEEEDDDQKPKRRGPKKKKMTKARLERFKLRRMKANARERNRMHGL
        60        70        80        90       100       110       

           110       120       130       140       150       160   
pF1KB9 NDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLS
       : ::::::.:.::::::::::::::::::.::::::::.:..:..:.  .::. ::::::
CCDS22 NAALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKSPDLVSFVQTLCKGLS
       120       130       140       150       160       170       

           170       180       190          200       210          
pF1KB9 QPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPPYGHMET-
       :::.:::::::::.:.. : :...:  :   .:   . :: ..:::::::::::: :.. 
CCDS22 QPTTNLVAGCLQLNPRTFLPEQNQDMPPHLPTASASFPVHPYSYQSPGLPSPPYGTMDSS
       180       190       200       210       220       230       

     220         230       240       250       260       270       
pF1KB9 HLLHLKP--QVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSY
       :..:.::  .....  :  : : : ::..: ..:::.:::::.::::.:.. : ..::.:
CCDS22 HVFHVKPPPHAYSAALEPFFESPLTDCTSPSFDGPLSPPLSINGNFSFKHEPSAEFEKNY
       240       250       260       270       280       290       

       280       290       300         310         320         330 
pF1KB9 SFMPHYPSSSLSSGHVHSTPFQAGT--PRYDVPID--MSYDSYPHHG--IGTQLNTVFTE
       .:  :::...:.... :.. : .::  :: ..:::  ::.::. ::   ...:::..:  
CCDS22 AFTMHYPAATLAGAQSHGSIF-SGTAAPRCEIPIDNIMSFDSHSHHERVMSAQLNAIFHD
       300       310        320       330       340       350      

>>CCDS5434.1 NEUROD6 gene_id:63974|Hs108|chr7             (337 aa)
 initn: 737 init1: 737 opt: 827  Z-score: 700.1  bits: 137.9 E(32554): 1.1e-32
Smith-Waterman score: 827; 51.3% identity (72.3% similar) in 267 aa overlap (49-307:54-318)

       20        30        40        50        60          70      
pF1KB9 SWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHDSIEEEEEEEEDGEK--PKRRGPKKKK
                                     :: .. ::::..::. :.  :.::: .:::
CCDS54 ECEDQKQIKKPESFSKQIVLRGKSIKRAPGEETEKEEEEEDREEEDENGLPRRRGLRKKK
            30        40        50        60        70        80   

         80        90       100       110       120       130      
pF1KB9 MTKARLERFRARRVKANARERTRMHGLNDALDNLRRVMPCYSKTQKLSKIETLRLARNYI
        :: :::: . :: .::::::.:::::::::::::.:.::::::::::::::::::.:::
CCDS54 TTKLRLERVKFRRQEANARERNRMHGLNDALDNLRKVVPCYSKTQKLSKIETLRLAKNYI
            90       100       110       120       130       140   

        140       150       160       170       180       190      
pF1KB9 WALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLSQPTSNLVAGCLQLGPQSVLLEKHEDKSPICDSA
       :::::.:. :. :.   ::. :::::::::.:::::::::. .: :. .  . .    : 
CCDS54 WALSEILRIGKRPDLLTFVQNLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNARSFLMGQGGEAAHHTRSP
           150       160       170       180       190       200   

        200       210        220       230       240       250     
pF1KB9 ISVHNFNYQSPGLPSPP-YGHMETHLLHLKPQVFKSLGESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTP
        :.    :.:: : .:: .: ...    .::  . :  :: . :  :.:..: .::::.:
CCDS54 YSTFYPPYHSPELTTPPGHGTLDNSK-SMKPYNYCSAYESFYESTSPECASPQFEGPLSP
           210       220        230       240       250       260  

          260       270       280           290       300       310
pF1KB9 P-LSISGNFSLKQDGSPDLEKSYSFMPHY----PSSSLSSGHVHSTPFQAGTPRYDVPID
       : .. .: :::::. . :  :.:..  ::    : . :..: .   : ..  : ::.   
CCDS54 PPINYNGIFSLKQEETLDYGKNYNYGMHYCAVPPRGPLGQGAMFRLPTDSHFP-YDLHLR
            270       280       290       300       310        320 

              320       330 
pF1KB9 MSYDSYPHHGIGTQLNTVFTE
                            
CCDS54 SQSLTMQDELNAVFHN     
             330            

>>CCDS11338.1 NEUROD2 gene_id:4761|Hs108|chr17            (382 aa)
 initn: 926 init1: 642 opt: 653  Z-score: 554.9  bits: 111.2 E(32554): 1.4e-24
Smith-Waterman score: 849; 48.4% identity (67.7% similar) in 316 aa overlap (39-329:65-380)

       10        20        30        40        50         60       
pF1KB9 KEMGELVNTPSWMDKGLGSQNEVKEEESRPGTYGMLSSLTEEHD-SIEEEEEEEED----
                                     :: . :. . :: . . ::::::::.    
CCDS11 DAPPPPPPAPGPGAPGPARAAKPVPLRGEEGTEATLAEVKEEGELGGEEEEEEEEEEGLD
           40        50        60        70        80        90    

               70        80        90       100       110       120
pF1KB9 ---GEKPKRRGPKKKKMTKARLERFRARRVKANARERTRMHGLNDALDNLRRVMPCYSKT
          ::.::.:::::.::::::::: . :: :::::::.::: :: ::::::.:.::::::
CCDS11 EAEGERPKKRGPKKRKMTKARLERSKLRRQKANARERNRMHDLNAALDNLRKVVPCYSKT
          100       110       120       130       140       150    

              130       140       150       160       170       180
pF1KB9 QKLSKIETLRLARNYIWALSEVLETGQTPEGKGFVEMLCKGLSQPTSNLVAGCLQLGPQS
       ::::::::::::.::::::::.:..:. :.  ..:. :::::::::.:::::::::. ..
CCDS11 QKLSKIETLRLAKNYIWALSEILRSGKRPDLVSYVQTLCKGLSQPTTNLVAGCLQLNSRN
          160       170       180       190       200       210    

              190          200       210             220           
pF1KB9 VLLEKHEDKSPICDSA---ISVHNFNYQSPGLPSPP------YGHMETHLL--HLKPQVF
        : :.  : .    ..   ...: . :    : .         :   .: :  :    ..
CCDS11 FLTEQGADGAGRFHGSGGPFAMHPYPYPCSRLAGAQCQAAGGLGGGAAHALRTHGYCAAY
          220       230       240       250       260       270    

     230        240       250       260       270       280        
pF1KB9 KSL-GESSFGSHLPDCSTPPYEGPLTPPLSISGNFSLKQDGSPDLEKSYSFMPHYPSSSL
       ..: . .. :.  :: ..  :::::.::: ..::::::::.::: :::: .  :: .   
CCDS11 ETLYAAAGGGGASPDYNSSEYEGPLSPPLCLNGNFSLKQDSSPDHEKSYHYSMHYSALPG
          280       290       300       310       320       330    

      290       300       310         320          330 
pF1KB9 SSGHVHSTPFQAGTPRYDVPID--MSYDSYPHHGIGT---QLNTVFTE
       :    :.  : ... :  :  .  .::: . ::  :    .::. :  
CCDS11 SRPTGHGLVFGSSAVRGGVHSENLLSYDMHLHHDRGPMYEELNAFFHN
          340       350       360       370       380  




331 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]