Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8895
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8895, 223 aa
1>>>pF1KB8895 223 - 223 aa - 223 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4294+/-0.000859; mu= 13.2941+/- 0.052
mean_var=67.4139+/-13.205, 0's: 0 Z-trim(106.5): 59 B-trim: 6 in 2/51
Lambda= 0.156207
statistics sampled from 8930 (8991) to 8930 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.656), E-opt: 0.2 (0.276), width: 16
Scan time: 2.030
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS5752.1 DNAJB9 gene_id:4189|Hs108|chr7 ( 223) 1507 348.3 2.3e-96
CCDS684.1 DNAJB4 gene_id:11080|Hs108|chr1 ( 337) 343 86.1 3e-17
CCDS47755.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7 ( 241) 340 85.3 3.6e-17
CCDS5946.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7 ( 326) 340 85.4 4.7e-17
CCDS35007.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 ( 348) 337 84.7 7.9e-17
CCDS47959.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 ( 420) 337 84.8 9.3e-17
CCDS47960.2 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 ( 462) 337 84.8 1e-16
CCDS3277.1 DNAJB11 gene_id:51726|Hs108|chr3 ( 358) 320 80.9 1.2e-15
CCDS3048.1 DNAJB8 gene_id:165721|Hs108|chr3 ( 232) 312 79.0 2.8e-15
CCDS12312.1 DNAJB1 gene_id:3337|Hs108|chr19 ( 340) 308 78.2 7.2e-15
CCDS7316.2 DNAJB12 gene_id:54788|Hs108|chr10 ( 409) 304 77.3 1.6e-14
CCDS45400.1 DNAJA3 gene_id:9093|Hs108|chr16 ( 453) 304 77.3 1.7e-14
CCDS10515.1 DNAJA3 gene_id:9093|Hs108|chr16 ( 480) 304 77.4 1.8e-14
CCDS46519.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2 ( 277) 297 75.7 3.4e-14
CCDS2439.1 DNAJB2 gene_id:3300|Hs108|chr2 ( 324) 297 75.7 3.9e-14
CCDS10726.1 DNAJA2 gene_id:10294|Hs108|chr16 ( 412) 286 73.3 2.6e-13
CCDS34035.1 DNAJB14 gene_id:79982|Hs108|chr4 ( 379) 283 72.6 3.9e-13
CCDS14008.1 DNAJB7 gene_id:150353|Hs108|chr22 ( 309) 278 71.4 7.2e-13
CCDS30606.1 DNAJC16 gene_id:23341|Hs108|chr1 ( 782) 279 71.8 1.4e-12
CCDS45316.1 DNAJA4 gene_id:55466|Hs108|chr15 ( 397) 273 70.3 1.9e-12
CCDS10299.2 DNAJA4 gene_id:55466|Hs108|chr15 ( 426) 273 70.3 2.1e-12
CCDS6533.1 DNAJA1 gene_id:3301|Hs108|chr9 ( 397) 270 69.7 3.1e-12
CCDS74613.1 DNAJC10 gene_id:54431|Hs108|chr2 ( 747) 266 68.9 9.9e-12
CCDS33345.1 DNAJC10 gene_id:54431|Hs108|chr2 ( 793) 266 68.9 1e-11
CCDS4214.1 DNAJC18 gene_id:202052|Hs108|chr5 ( 358) 260 67.4 1.4e-11
>>CCDS5752.1 DNAJB9 gene_id:4189|Hs108|chr7 (223 aa)
initn: 1507 init1: 1507 opt: 1507 Z-score: 1843.5 bits: 348.3 E(32554): 2.3e-96
Smith-Waterman score: 1507; 100.0% identity (100.0% similar) in 223 aa overlap (1-223:1-223)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKNKS
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CCDS57 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKNKS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGSSFEQSFNFNFDDLFK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 PDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGSSFEQSFNFNFDDLFK
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 DFGFFGQNQNTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFSFGGGLFDDMFEDMEKMFSFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 DFGFFGQNQNTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFSFGGGLFDDMFEDMEKMFSFS
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220
pF1KB8 GFDSTNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS57 GFDSTNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
190 200 210 220
>>CCDS684.1 DNAJB4 gene_id:11080|Hs108|chr1 (337 aa)
initn: 324 init1: 296 opt: 343 Z-score: 423.1 bits: 86.1 E(32554): 3e-17
Smith-Waterman score: 343; 43.4% identity (69.9% similar) in 143 aa overlap (25-161:3-137)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKNKS
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CCDS68 MGKDYYCILGIEKGASDEDIKKAYRKQALKFHPDKNKS
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB8 PDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQR-GSGSSFEQSFNFNFDDLF
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CCDS68 PQAEEKFKEVAEAYEVLSDPKKREIYDQFGEEGLKGGAGGTDGQGGTFRYTFHGDPHATF
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KDFGFFGQNQNTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHH-----FQEFSFGGGLFDDMFEDME
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CCDS68 A--AFFG-----GSNP-FEIFFGRRMGGGRDSEEMEIDGDPFSAFGFSMNGYPRDRNSVG
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB8 KMFSFSGFDSTNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
CCDS68 PSRLKQDPPVIHELRVSLEEIYSGCTKRMKISRKRLNADGRSYRSEDKILTIEIKKGWKE
160 170 180 190 200 210
>>CCDS47755.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7 (241 aa)
initn: 180 init1: 150 opt: 340 Z-score: 421.7 bits: 85.3 E(32554): 3.6e-17
Smith-Waterman score: 344; 36.8% identity (65.7% similar) in 204 aa overlap (27-210:4-202)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKN--
::..::: . :: ..::::..:::.:.:::::
CCDS47 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPE
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSPDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGSSFEQSFNFNF---
.. .:: ::...:::::.::::..: :: :. ....: : .:: :.. :.:.:
CCDS47 NKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAKKRDIYDKYGKEGLNGGGG---GGSHFDSPFEFGFTFR
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160
pF1KB8 --DDLFKDFGFFGQNQNTGS--KKRFENHFQTRQDGGSSRQR---HHFQEFS----FGGG
::.:..: : :.. . . . ::. : .:. .::.: :. :: ::.:
CCDS47 NPDDVFREF-FGGRDPFSFDFFEDPFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSG
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 L--FDDMFEDMEKMF--SFSGFDSTNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDC
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CCDS47 FSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSFGGSGMGN-FKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENG
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 SGQ
CCDS47 QERVEVEEDGQLKSLTINGKEQLLRLDNK
220 230 240
>>CCDS5946.1 DNAJB6 gene_id:10049|Hs108|chr7 (326 aa)
initn: 180 init1: 150 opt: 340 Z-score: 419.7 bits: 85.4 E(32554): 4.7e-17
Smith-Waterman score: 344; 36.8% identity (65.7% similar) in 204 aa overlap (27-210:4-202)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKN--
::..::: . :: ..::::..:::.:.:::::
CCDS59 MVDYYEVLGVQRHASPEDIKKAYRKLALKWHPDKNPE
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSPDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGSSFEQSFNFNF---
.. .:: ::...:::::.::::..: :: :. ....: : .:: :.. :.:.:
CCDS59 NKEEAERKFKQVAEAYEVLSDAKKRDIYDKYGKEGLNGGGG---GGSHFDSPFEFGFTFR
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160
pF1KB8 --DDLFKDFGFFGQNQNTGS--KKRFENHFQTRQDGGSSRQR---HHFQEFS----FGGG
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CCDS59 NPDDVFREF-FGGRDPFSFDFFEDPFEDFFGNRRGPRGSRSRGTGSFFSAFSGFPSFGSG
100 110 120 130 140 150
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 L--FDDMFEDMEKMF--SFSGFDSTNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDC
. :: : .. .. ....:.::. : :.. : . :. :.
CCDS59 FSSFDTGFTSFGSLGHGGLTSFSSTSFGGSGMGN-FKSISTSTKMVNGRKITTKRIVENG
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 SGQ
CCDS59 QERVEVEEDGQLKSLTINGVADDDALAEERMRRGQNALPAQPAGLRPPKPPRPASLLRHA
220 230 240 250 260 270
>>CCDS35007.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 (348 aa)
initn: 370 init1: 308 opt: 337 Z-score: 415.6 bits: 84.7 E(32554): 7.9e-17
Smith-Waterman score: 353; 37.7% identity (63.3% similar) in 199 aa overlap (25-212:3-198)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKNKS
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CCDS35 MGKDYYKILGIPSGANEDEIKKAYRKMALKYHPDKNKE
10 20 30
70 80 90 100 110
pF1KB8 PDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGS-SFEQSFNFNFDDLF
:.:: ::.::::::..::: ..: :: :. .. .: : :..: ::. .:. . :
CCDS35 PNAEEKFKEIAEAYDVLSDPKKRGLYDQYGEEGLKTGGGTSGGSSGSFHYTFHGDPHATF
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KDFGFFGQNQ-----NTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFS-FG-GGLFDDMFED
.: : :.: .. . : . :. .: .... : :. :: .:: .
CCDS35 ASF-FGGSNPFDIFFASSRSTRPFSGFDP-DDMDVDEDEDPFGAFGRFGFNGLSRGPRRA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220
pF1KB8 MEKMFSFSGF-DSTNQHT--VQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
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CCDS35 PEPLYPRRKVQDPPVVHELRVSLEEIYHGSTKRMK-ITRRRLNPDGRTVRTEDKILHIVI
160 170 180 190 200 210
CCDS35 KRGWKEGTKITFPKEGDATPDNIPADIVFVLKDKPHAHFRRDGTNVLYSALISLKEALCG
220 230 240 250 260 270
>>CCDS47959.1 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 (420 aa)
initn: 347 init1: 308 opt: 337 Z-score: 414.3 bits: 84.8 E(32554): 9.3e-17
Smith-Waterman score: 353; 37.7% identity (63.3% similar) in 199 aa overlap (25-212:75-270)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYH
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CCDS47 EPLKLRAWTLNGFVKFRNKETSAGPVAVMGKDYYKILGIPSGANEDEIKKAYRKMALKYH
50 60 70 80 90 100
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PDKNKSPDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGS-SFEQSFNF
::::: :.:: ::.::::::..::: ..: :: :. .. .: : :..: ::. .:.
CCDS47 PDKNKEPNAEEKFKEIAEAYDVLSDPKKRGLYDQYGEEGLKTGGGTSGGSSGSFHYTFHG
110 120 130 140 150 160
120 130 140 150 160
pF1KB8 NFDDLFKDFGFFGQNQ-----NTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFS-FG-GGLF
. : .: : :.: .. . : . :. .: .... : :. :: .::
CCDS47 DPHATFASF-FGGSNPFDIFFASSRSTRPFSGFDP-DDMDVDEDEDPFGAFGRFGFNGLS
170 180 190 200 210 220
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 DDMFEDMEKMFSFSGF-DSTNQHT--VQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
. : .. : : :. :. .:::.:. . .:.:: :
CCDS47 RGPRRAPEPLYPRRKVQDPPVVHELRVSLEEIYHGSTKRMK-ITRRRLNPDGRTVRTEDK
230 240 250 260 270 280
CCDS47 ILHIVIKRGWKEGTKITFPKEGDATPDNIPADIVFVLKDKPHAHFRRDGTNVLYSALISL
290 300 310 320 330 340
>>CCDS47960.2 DNAJB5 gene_id:25822|Hs108|chr9 (462 aa)
initn: 347 init1: 308 opt: 337 Z-score: 413.7 bits: 84.8 E(32554): 1e-16
Smith-Waterman score: 353; 37.7% identity (63.3% similar) in 199 aa overlap (25-212:117-312)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYH
:.:: :::.:..:.: .::::..:.:.:::
CCDS47 EPLKLRAWTLNGFVKFRNKETSAGPVAVMGKDYYKILGIPSGANEDEIKKAYRKMALKYH
90 100 110 120 130 140
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PDKNKSPDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGS-SFEQSFNF
::::: :.:: ::.::::::..::: ..: :: :. .. .: : :..: ::. .:.
CCDS47 PDKNKEPNAEEKFKEIAEAYDVLSDPKKRGLYDQYGEEGLKTGGGTSGGSSGSFHYTFHG
150 160 170 180 190 200
120 130 140 150 160
pF1KB8 NFDDLFKDFGFFGQNQ-----NTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFS-FG-GGLF
. : .: : :.: .. . : . :. .: .... : :. :: .::
CCDS47 DPHATFASF-FGGSNPFDIFFASSRSTRPFSGFDP-DDMDVDEDEDPFGAFGRFGFNGLS
210 220 230 240 250 260
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 DDMFEDMEKMFSFSGF-DSTNQHT--VQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
. : .. : : :. :. .:::.:. . .:.:: :
CCDS47 RGPRRAPEPLYPRRKVQDPPVVHELRVSLEEIYHGSTKRMK-ITRRRLNPDGRTVRTEDK
270 280 290 300 310 320
CCDS47 ILHIVIKRGWKEGTKITFPKEGDATPDNIPADIVFVLKDKPHAHFRRDGTNVLYSALISL
330 340 350 360 370 380
>>CCDS3277.1 DNAJB11 gene_id:51726|Hs108|chr3 (358 aa)
initn: 330 init1: 185 opt: 320 Z-score: 394.7 bits: 80.9 E(32554): 1.2e-15
Smith-Waterman score: 320; 41.6% identity (74.4% similar) in 125 aa overlap (4-126:3-118)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKNKS
::.. : . .:.. ..:....: :::::.::: ..::::..:::.. :::.: .
CCDS32 MAPQNLSTFCLLLLYLIGAVIAGRDFYKILGVPRSASIKDIKKAYRKLALQLHPDRNPD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KB8 -PDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGSGSSFEQSFNFNFDDLF
:.:. ::.... :::.:::...::.::: :. .. .:. : . :. : . .:
CCDS32 DPQAQEKFQDLGAAYEVLSDSEKRKQYDTYGEEGLKDGH-QSSHGDIFSH--------FF
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 KDFGF-FGQNQNTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFSFGGGLFDDMFEDMEKMFS
:::: ::
CCDS32 GDFGFMFGGTPRQQDRNIPRGSDIIVDLEVTLEEVYAGNFVEVVRNKPVARQAPGKRKCN
120 130 140 150 160 170
>>CCDS3048.1 DNAJB8 gene_id:165721|Hs108|chr3 (232 aa)
initn: 194 init1: 151 opt: 312 Z-score: 387.8 bits: 79.0 E(32554): 2.8e-15
Smith-Waterman score: 312; 36.1% identity (67.2% similar) in 180 aa overlap (26-200:3-173)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MATPQSIFIFAICILMITELILASKSYYDILGVPKSASERQIKKAFHKLAMKYHPDKN--
.::..::: ::: ..::::..:::...:::::
CCDS30 MANYYEVLGVQASASPEDIKKAYRKLALRWHPDKNPD
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 KSPDAEAKFREIAEAYETLSDANRRKEYDTLGHSAFTSGKGQRGS-GSSFEQSFNF-NFD
.. .:: ::. ..::::.:::...:. :: : ... .: : : :. ...: : .
CCDS30 NKEEAEKKFKLVSEAYEVLSDSKKRSLYDRAGCDSWRAGGGASTPYHSPFDTGYTFRNPE
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 DLFKDFGFFGQNQNTGSKKRFENHFQTRQDGGSSRQRHHFQEFSFGGGLFDDMFEDMEKM
:.:.. ::: . . : . ... :.. . : : : . .:..: : .. :: .
CCDS30 DIFRE--FFG-GLDPFSFEFWDSPFNSDRGG-----RGHGLRGAFSAG-FGEFPAFMEAF
100 110 120 130 140
180 190 200 210 220
pF1KB8 FSFSGFD-STNQHTVQTENRFHGSSKHCRTVTQRRGNMVTTYTDCSGQ
::. . : ..::. . . : :::
CCDS30 SSFNMLGCSGGSHTTFSSTSFGGSSSGSSGFKSVMSSTEMINGHKVTTKRIVENGQERVE
150 160 170 180 190 200
>>CCDS12312.1 DNAJB1 gene_id:3337|Hs108|chr19 (340 aa)
initn: 267 init1: 267 opt: 308 Z-score: 380.4 bits: 78.2 E(32554): 7.2e-15
Smith-Waterman score: 308; 36.7% identity (64.7% similar) in 150 aa overlap (25-169:3-144)
10 20 30 40 50 60
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