Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8772
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8772, 558 aa
1>>>pF1KB8772 558 - 558 aa - 558 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2615+/-0.000405; mu= 14.0414+/- 0.025
mean_var=82.6917+/-16.885, 0's: 0 Z-trim(112.6): 64 B-trim: 961 in 1/52
Lambda= 0.141040
statistics sampled from 21502 (21566) to 21502 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.617), E-opt: 0.2 (0.253), width: 16
Scan time: 10.410
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001136001 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001135999 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001136000 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_085142 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo sapi ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001135996 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001135997 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001135998 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001136002 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo s ( 547) 645 141.4 7.1e-33
NP_001171656 (OMIM: 300417) G-protein coupled rece (1395) 612 134.8 1.7e-30
XP_016885471 (OMIM: 300417) PREDICTED: G-protein c (1395) 612 134.8 1.7e-30
NP_001092880 (OMIM: 300417) G-protein coupled rece (1395) 612 134.8 1.7e-30
NP_055525 (OMIM: 300417) G-protein coupled recepto (1395) 612 134.8 1.7e-30
NP_001092881 (OMIM: 300417) G-protein coupled rece (1395) 612 134.8 1.7e-30
XP_016885470 (OMIM: 300417) PREDICTED: G-protein c (1395) 612 134.8 1.7e-30
NP_612446 (OMIM: 300969) G-protein coupled recepto ( 838) 590 130.3 2.4e-29
NP_001171803 (OMIM: 300969) G-protein coupled rece ( 838) 590 130.3 2.4e-29
NP_001004051 (OMIM: 300969) G-protein coupled rece ( 838) 590 130.3 2.4e-29
NP_001171804 (OMIM: 300969) G-protein coupled rece ( 838) 590 130.3 2.4e-29
NP_001171805 (OMIM: 300969) G-protein coupled rece ( 838) 590 130.3 2.4e-29
NP_808816 (OMIM: 300364) armadillo repeat-containi ( 379) 520 115.9 2.3e-25
NP_808817 (OMIM: 300364) armadillo repeat-containi ( 379) 520 115.9 2.3e-25
XP_005262198 (OMIM: 300364) PREDICTED: armadillo r ( 379) 520 115.9 2.3e-25
NP_057691 (OMIM: 300364) armadillo repeat-containi ( 379) 520 115.9 2.3e-25
NP_057692 (OMIM: 300362) armadillo repeat-containi ( 453) 509 113.7 1.3e-24
XP_016868176 (OMIM: 611864) PREDICTED: armadillo r ( 273) 465 104.6 4.1e-22
XP_011514904 (OMIM: 611864) PREDICTED: armadillo r ( 280) 465 104.7 4.2e-22
NP_001154481 (OMIM: 611864) armadillo repeat-conta ( 308) 465 104.7 4.6e-22
XP_011514903 (OMIM: 611864) PREDICTED: armadillo r ( 316) 465 104.7 4.7e-22
NP_114111 (OMIM: 611864) armadillo repeat-containi ( 343) 465 104.7 5e-22
XP_016868173 (OMIM: 611864) PREDICTED: armadillo r ( 352) 465 104.7 5.1e-22
XP_005278171 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
NP_055597 (OMIM: 300363) armadillo repeat-containi ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278167 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885476 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_011529373 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885477 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278166 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278170 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885483 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
NP_001269160 (OMIM: 300363) armadillo repeat-conta ( 632) 403 92.2 5.4e-18
NP_808818 (OMIM: 300363) armadillo repeat-containi ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278173 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278174 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_005278168 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885484 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885485 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885478 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885480 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885479 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
XP_016885481 (OMIM: 300363) PREDICTED: armadillo r ( 632) 403 92.2 5.4e-18
>>NP_001136001 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo sapie (547 aa)
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10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MVDSGTEARARGKAEAGLQDGISGPATARVNGKTQAEAVAEAELKTESVTQAKAGDGAMT
: :... :. .: : :: .. .:.. : : .
NP_001 MAGTKNKTRAQAKTEKKAAIQAKAGAEREATGVVRPVAKTRAKA
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...: . .:.: . : .:..:..::: :.: :.: .::: : .
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120 130 140 150
pF1KB8 -RVSTVTKSEVKVVAVI----EANIRS-----------YAKSHDKANTGSRPDRRE-ETS
.:.. :.:. . : . ::.: : .. ..:: . :.. .: : .
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pF1KB8 IGMK------SSDEDEENIC-SWFWTGEEPSVGSWFWPEEETSLQVYKPLP--KIQEKPK
: . .:.:::. .::: :.. : : :. . .. :: : .:.:: .
NP_001 AGADCKPRSGAEEEEEENVIGNWFWEGDDTS----FDPNPKPVSRIVKPQPVYEINEKNR
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: .:: .. : . : ::::. .: . ::: : .
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260 270 280 290 300 310
pF1KB8 LIETPLGIRPLTKIPPYHGPYYQTLAEIKKQIRQREKYGPNPKACHCKSRGFSLEPKEFD
.: .:. . : ::. ::..::: :: : .: :: :: . . .. .::.
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:::.::: : ::.::.:: . ::. ..::.:..:..::....::.:.. :. . . ..
NP_001 KLVSLLKSTTDPLIHKIARIAMGVHNVHPFAQEFINEVGVVTLIESLLSFPSPEMRKKTV
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pF1KB8 SMVDDSSESSEEPKSGESYIHQVCKGIISCPLNSPVQLAGLKLLGHLSIKFEDHYVITSY
.. : ..:. .. : .....:: .: ::::: : .:::.::.:. : ::....:
NP_001 ITLNPPS-GDERQRKIELHVKHMCKETMSFPLNSPGQQSGLKILGQLTTDFVHHYIVANY
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pF1KB8 IIEIFENINFQFKTKAKLFTKEKFTKSELISIFQEAKQFGQKLQDLAEHSDPEVRDKVIR
. :: ::. ... :... . .... . :..::.:.:.
NP_001 GVAIFINIKEHIR-KGSIVVVDHLSYNTLMAIFREVKEIIETM
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pF1KB8 LILKL
>>NP_001135999 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo sapie (547 aa)
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pF1KB8 MVDSGTEARARGKAEAGLQDGISGPATARVNGKTQAEAVAEAELKTESVTQAKAGDGAMT
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...: . .:.: . : .:..:..::: :.: :.: .::: : .
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pF1KB8 -RVSTVTKSEVKVVAVI----EANIRS-----------YAKSHDKANTGSRPDRRE-ETS
.:.. :.:. . : . ::.: : .. ..:: . :.. .: : .
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pF1KB8 IPDFLTLLNKGSVKTKFYVLKVFSCLSKNHANTRELISAKVLSSLVAPFNKNESKANILN
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pF1KB8 LILKL
>>NP_001136000 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo sapie (547 aa)
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NP_001 GVAIFINIKEHIR-KGSIVVVDHLSYNTLMAIFREVKEIIETM
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pF1KB8 LILKL
>>NP_085142 (OMIM: 300921) protein BHLHb9 [Homo sapiens] (547 aa)
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NP_085 MAGTKNKTRAQAKTEKKAAIQAKAGAEREATGVVRPVAKTRAKA
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NP_001 IREHLRAKESTEPESSSCNCIQCELKIGSEEFEELLLLMEKIRDPFIHEISKIAMGMRSA
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