Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8710
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8710, 400 aa
1>>>pF1KB8710 400 - 400 aa - 400 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.4477+/-0.000332; mu= 8.3570+/- 0.021
mean_var=147.3782+/-30.737, 0's: 0 Z-trim(120.3): 145 B-trim: 1785 in 1/52
Lambda= 0.105647
statistics sampled from 35119 (35318) to 35119 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.745), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16
Scan time: 9.920
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_919445 (OMIM: 300439) E3 ubiquitin-protein liga ( 428) 874 144.6 4.5e-34
NP_078815 (OMIM: 300439) E3 ubiquitin-protein liga ( 402) 817 135.8 1.8e-31
NP_001193927 (OMIM: 612062) E3 ubiquitin-protein l ( 936) 283 54.7 1.1e-06
XP_016861149 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 250) 257 50.3 6e-06
XP_016861147 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_016861148 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_011510678 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_005247149 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_016861146 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_016861145 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 257 50.4 6.2e-06
XP_016861143 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 257 50.5 8.3e-06
NP_899237 (OMIM: 609247) E3 ubiquitin-protein liga ( 381) 257 50.5 8.3e-06
XP_016861144 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 257 50.5 8.3e-06
XP_011510675 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 257 50.5 8.3e-06
XP_011510676 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 381) 257 50.5 8.3e-06
NP_009213 (OMIM: 609247) E3 ubiquitin-protein liga ( 381) 257 50.5 8.3e-06
XP_016861150 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 193) 246 48.6 1.6e-05
NP_001307294 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 315) 245 48.6 2.5e-05
NP_001307293 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 315) 245 48.6 2.5e-05
NP_001307291 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 315) 245 48.6 2.5e-05
NP_001307292 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 315) 245 48.6 2.5e-05
XP_016879916 (OMIM: 610431) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307287 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307290 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307285 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_056343 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein liga ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307289 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307288 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_001307286 (OMIM: 610431) E3 ubiquitin-protein l ( 350) 245 48.6 2.8e-05
NP_115549 (OMIM: 612062) E3 ubiquitin-protein liga ( 836) 240 48.1 9.3e-05
XP_016884479 (OMIM: 612062) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 841) 240 48.1 9.3e-05
XP_011528737 (OMIM: 612062) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 841) 240 48.1 9.3e-05
XP_011528738 (OMIM: 612062) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 841) 240 48.1 9.3e-05
XP_011528739 (OMIM: 612062) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 841) 240 48.1 9.3e-05
XP_011528740 (OMIM: 612062) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 841) 240 48.1 9.3e-05
XP_016877830 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 993) 238 47.9 0.00013
XP_016877829 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 993) 238 47.9 0.00013
XP_016877827 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 994) 238 47.9 0.00013
NP_001257459 (OMIM: 605840) E3 ubiquitin-protein l ( 994) 238 47.9 0.00013
XP_016879917 (OMIM: 610431) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 227) 227 45.7 0.00013
XP_016877826 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti (1002) 238 47.9 0.00013
XP_006720642 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti (1003) 238 47.9 0.00013
NP_001317260 (OMIM: 605840) E3 ubiquitin-protein l (1003) 238 47.9 0.00013
XP_006720638 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti (1026) 238 47.9 0.00013
XP_011519999 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti (1030) 238 47.9 0.00014
XP_011519996 (OMIM: 605840) PREDICTED: E3 ubiquiti (1039) 238 47.9 0.00014
NP_001127809 (OMIM: 612489) RING finger protein 24 ( 148) 220 44.5 0.0002
NP_001308678 (OMIM: 612489) RING finger protein 24 ( 148) 220 44.5 0.0002
NP_009150 (OMIM: 612489) RING finger protein 24 is ( 148) 220 44.5 0.0002
XP_011527448 (OMIM: 612489) PREDICTED: RING finger ( 163) 220 44.6 0.00021
>>NP_919445 (OMIM: 300439) E3 ubiquitin-protein ligase R (428 aa)
initn: 610 init1: 561 opt: 874 Z-score: 732.8 bits: 144.6 E(85289): 4.5e-34
Smith-Waterman score: 874; 41.3% identity (68.8% similar) in 356 aa overlap (20-369:26-375)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQT--N
::::. .::.:: : .: .:. . :.: :
NP_919 MGPPPGAGVSCRGGCGFSRLLAWCFLLALSPQAPGSRGAEAVW-TAYLNVSWRVPHTGVN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LTVWSVSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGA-APWVA
::: .:: : .:..:: : . :.. : .::. :..: : : : :: : . . :.:
NP_919 RTVWELSEEGVYGQDSPLEPVAGVLVPPDGPGA-LNACNPHTNFTVPTVWGSTVQVSWLA
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 LVARGG-CTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGRE
:. ::: ::: ::. .: .:.::..:..: : ..:::: :. .::.:::. :: .
NP_919 LIQRGGGCTFADKIHLAYERGASGAVIFNFPGTRNEVIPMSHPGAVDIVAIMIGNLKGTK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ILELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYT
::. .:.:: :::.: :: .: ... :. ::...:. . .....::: .:. .
NP_919 ILQSIQRGIQVTMVIEVGKKH-GPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRLRNA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 GSQIGSQSHRK-ETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKH
.: .: . : ..::.::.: :.:.:.:.: : :...:::::: .: .:..::: :.:
NP_919 RAQSRKQRQLKADAKKAIGRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNH
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 IFHRICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALP
:::. :.:::::.:::::::: :..:::: ::.. . . : . .: . .
NP_919 IFHKTCVDPWLLEHRTCPMCKCDILKALGI---EVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DDDGSDESSPPSAS-PAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.:. :. .: :: . .::
NP_919 EDNRSETASSGYASVQGTDEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSVAVDVIPHVDNPTFEED
360 370 380 390 400 410
>>NP_078815 (OMIM: 300439) E3 ubiquitin-protein ligase R (402 aa)
initn: 618 init1: 618 opt: 817 Z-score: 686.2 bits: 135.8 E(85289): 1.8e-31
Smith-Waterman score: 817; 39.6% identity (69.1% similar) in 333 aa overlap (39-369:29-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 SVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSVSESGRFGDSS
:: :.. : . .: :. . : : .: .:
NP_078 MNQENRSSFFWLLVIFTFLLKITASFSMSAYVTVTYYNETSNYTAIETCECGVYGLAS
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARGGCTFKDKVLVAA
: .: :.::.: ... ..: .:.: . ::.::. ::.:::..:. .:.
NP_078 PVANAMGVVGIP--KNNNYQACDHNTEF------SNTKKPWIALIERGNCTFSEKIQTAG
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQKGIPVTMTIGVG
::::.:::.:: . :: :. :.. :. .::.:::. :: .::. .:.:: :::.: ::
NP_078 RRNADAVVIYNAPETGNQTIQMANFGAVDIVAIMIGNLKGTKILQSIQRGIQVTMVIEVG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIGSQSHRK-ETKKVI
.: ... :. ::...:. . .....::: .:. . .: .: . : ..::.:
NP_078 KKH-GPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRLRNARAQSRKQRQLKADAKKAI
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRICIDPWLLDHRTCP
:.: :.:.:.:.: : :...:::::: .: .:..::: :.::::. :.:::::.:::::
NP_078 GRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNHIFHKTCVDPWLLEHRTCP
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 MCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDDGSDESSPPSAS-PAE
::: :..:::: ::.. . . : . .: . . .:. :. .: :: .
NP_078 MCKCDILKALGI---EVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHEEDNRSETASSGYASVQGT
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400
pF1KB8 SEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.::
NP_078 DEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSVAVDVIPHVDNPTFEEDETPNQETAVREIKS
350 360 370 380 390 400
>>NP_001193927 (OMIM: 612062) E3 ubiquitin-protein ligas (936 aa)
initn: 257 init1: 227 opt: 283 Z-score: 241.1 bits: 54.7 E(85289): 1.1e-06
Smith-Waterman score: 293; 26.1% identity (52.8% similar) in 371 aa overlap (16-360:39-393)
10 20 30 40
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEW-FSAVVNI
: :.:: :: ::: .:: : : :: .
NP_001 PGATGRRRRRLRRRPRGLRCSRLPPPPPLPLLLGLL-LAAAGPGA-ARAKETAFVEVVLF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB8 EYVDPQTNLTVWSVSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGR
: .:. . :..... .:::. .. .:.: . : : : : . . . : :
NP_001 ES-SPSGDYTTYTTGLTGRFSRAGATLSAEGEI-VQMHPLGL---CNNNDEEDLYEYGWV
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 GAAP--WVALVARGGCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIM
:.. : . : :. :..:.:.::.. : : . . :. . .
NP_001 GVVKLEQPELDPKPCLTVLGKAKRAVQRGATAVIFDVSENPEAID--QLNQGSEDPLKRP
130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB8 ISYPKGREILELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSV------VFVAIAFITMMIISL
. : :: . ..:.. .. :. ..:. : . .:.:. :... .. :
NP_001 VVYVKGADAIKLMN----IVNKQKVARARIQHRPPRQPTEYFDMGIFLAF-FVVVSLVCL
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 AWLIFYYIQ--RFLYTGSQIGSQSHRK-ETKKVIGQLLLHTVKHGEKG-IDV----DAEN
:. .. : . .... :. .: ::.: .. . ..: : .:. .. .
NP_001 ILLVKIKLKQRRSQNSMNRLAVQALEKMETRKFNSK--SKGRREGSCGALDTLSSSSTSD
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 CAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEP-----
::.:.:.. . .:..:: : ::: :.:::::.:.::: :. ..:. : .
NP_001 CAICLEKYIDGEELRVIPCTHRFHRKCVDPWLLQHHTCPHCRHNIIEQKGNPSAVCVETS
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370
pF1KB8 ----GDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDDGSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDA
: :.. : ::: .: : : . : . :
NP_001 NLSRGRQQRVTLPVHYPGRVHRTNAIPAYPTRTSMDSHGNPVTLLTMDRHGEQSLYSPQT
360 370 380 390 400 410
380 390 400
pF1KB8 GENTALLEAGRSDSRHGGPIS
NP_001 PAYIRSYPPLHLDHSLAAHRCGLEHRAYSPAHPFRRPKLSGRSFSKAACFSQYETMYQHY
420 430 440 450 460 470
>>XP_016861149 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (250 aa)
initn: 205 init1: 156 opt: 257 Z-score: 227.8 bits: 50.3 E(85289): 6e-06
Smith-Waterman score: 257; 30.8% identity (56.8% similar) in 146 aa overlap (203-345:51-188)
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGS
. : :. .. : : .....: .:.
XP_016 ESSANSLKDEFTYEKGGHLILVPEFSLPLEYYLIPFLIIVGICLILIVIFMITKFVQDRH
30 40 50 60 70 80
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 QIGSQSHRKETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFH
. . ::. : .: .: :.:.. :: ::.:..... : .:::::.: .:
XP_016 RARRNRLRKDQLK---KLPVHKFKKGDE-YDV----CAICLDEYEDGDKLRILPCSHAYH
90 100 110 120 130
300 310 320 330 340
pF1KB8 RICIDPWLLD-HRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDV--QEMPAPESPPGRDPAANLSLALP
:.:::: ..:::.:: :. . : : .: . : : : :..:
XP_016 CKCVDPWLTKTKKTCPVCKQKVVPSQGDSDSDTDSSQEENEVTEHTPLLRPLASVSAQSF
140 150 160 170 180 190
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DDDGSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
XP_016 GALSESRSHQNMTESSDYEEDDNEDTDSSDAENEINEHDVVVQLQPNGERDYNIANTV
200 210 220 230 240 250
>>XP_016861147 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (262 aa)
initn: 228 init1: 156 opt: 257 Z-score: 227.5 bits: 50.4 E(85289): 6.2e-06
Smith-Waterman score: 257; 30.8% identity (56.8% similar) in 146 aa overlap (203-345:63-200)
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGS
. : :. .. : : .....: .:.
XP_016 ESSANSLKDEFTYEKGGHLILVPEFSLPLEYYLIPFLIIVGICLILIVIFMITKFVQDRH
40 50 60 70 80 90
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 QIGSQSHRKETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFH
. . ::. : .: .: :.:.. :: ::.:..... : .:::::.: .:
XP_016 RARRNRLRKDQLK---KLPVHKFKKGDE-YDV----CAICLDEYEDGDKLRILPCSHAYH
100 110 120 130 140
300 310 320 330 340
pF1KB8 RICIDPWLLD-HRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDV--QEMPAPESPPGRDPAANLSLALP
:.:::: ..:::.:: :. . : : .: . : : : :..:
XP_016 CKCVDPWLTKTKKTCPVCKQKVVPSQGDSDSDTDSSQEENEVTEHTPLLRPLASVSAQSF
150 160 170 180 190 200
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DDDGSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
XP_016 GALSESRSHQNMTESSDYEEDDNEDTDSSDAENEINEHDVVVQLQPNGERDYNIANTV
210 220 230 240 250 260
>>XP_016861148 (OMIM: 609247) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (262 aa)
initn: 228 init1: 156 opt: 257 Z-score: 227.5 bits: 50.4 E(85289): 6.2e-06
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60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]