Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8710
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8710, 400 aa
1>>>pF1KB8710 400 - 400 aa - 400 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2514+/-0.000804; mu= 9.7199+/- 0.049
mean_var=144.4300+/-29.460, 0's: 0 Z-trim(113.0): 73 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.106720
statistics sampled from 13600 (13675) to 13600 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.753), E-opt: 0.2 (0.42), width: 16
Scan time: 3.270
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 ( 400) 2731 431.7 5.9e-121
CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 ( 438) 960 159.0 7.7e-39
CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 384) 886 147.6 1.9e-35
CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 ( 419) 886 147.6 2e-35
CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 428) 874 145.8 7.3e-35
CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX ( 402) 817 137.0 3.1e-32
CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 ( 305) 653 111.6 9.8e-25
CCDS5784.1 RNF133 gene_id:168433|Hs108|chr7 ( 376) 628 107.9 1.7e-23
>>CCDS2051.1 RNF149 gene_id:284996|Hs108|chr2 (400 aa)
initn: 2731 init1: 2731 opt: 2731 Z-score: 2285.0 bits: 431.7 E(32554): 5.9e-121
Smith-Waterman score: 2731; 99.8% identity (100.0% similar) in 400 aa overlap (1-400:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSVSE
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CCDS20 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSVSE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARGGCTF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 SGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARGGCTF
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 KDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQKGIP
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CCDS20 KDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQKGIP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 VTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIGSQSHR
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CCDS20 VTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIGSQSHR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 KETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRICIDPWL
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CCDS20 KETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRICIDPWL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDDGSDESSPP
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CCDS20 LDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDDGSDDSSPP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400
pF1KB8 SASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
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CCDS20 SASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
370 380 390 400
>>CCDS34065.1 RNF150 gene_id:57484|Hs108|chr4 (438 aa)
initn: 567 init1: 456 opt: 960 Z-score: 810.8 bits: 159.0 E(32554): 7.7e-39
Smith-Waterman score: 960; 43.5% identity (71.8% similar) in 347 aa overlap (25-358:27-366)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSV
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CCDS34 MAMSLIQACCSLALSTWLLSFCFVHLLCLDFTVAEKEEWYTAFVNITYAEPAPDPGAGAA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
pF1KB8 -----------SESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAA
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CCDS34 GGGGAELHTEKTECGRYGEHSPKQDARGEV-VMASSAHDRLACDPNTKFAAPT---RGKN
70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB8 PWVALVARGGCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPK
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CCDS34 -WIALIPKGNCTYRDKIRNAFLQNASAVVIFNVGSNTNETITMPHAGVEDIVAIMIPEPK
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB8 GREILELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRF
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CCDS34 GKEIVSLLERNITVTMYITIGTRNLQKYVSRTSVVFVSISFIVLMIISLAWLVFYYIQRF
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
pF1KB8 LYTGSQIGSQSHRKET-KKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILP
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CCDS34 RYANARDRNQRRLGDAAKKAISKLQIRTIKKGDKETESDFDNCAVCIEGYKPNDVVRILP
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 CKHIFHRICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAP-ESPPGRDPAANLS
:.:.::. :.::::::::::::::....:::: . ....:. :. : :. ...
CCDS34 CRHLFHKSCVDPWLLDHRTCPMCKMNILKALGIPPNADCMDDLPTDFEGSLGGPPTNQIT
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 LALPDDDGSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
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CCDS34 GA--SDTTVNESSVTLDPAVRTVGALQVVQDTDPIPQEGDVIFTTNSEQEPAVSSDSDIS
360 370 380 390 400 410
>>CCDS64340.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (384 aa)
initn: 580 init1: 436 opt: 886 Z-score: 750.0 bits: 147.6 E(32554): 1.9e-35
Smith-Waterman score: 886; 41.7% identity (66.0% similar) in 379 aa overlap (11-381:5-377)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCV--PG-ARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWS
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CCDS64 MSCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEPGRGAPLTF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGG--DLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVAR
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CCDS64 RIDRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVP-PNIK---QWIALLQR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GGCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELV
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CCDS64 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYNN-KSKEEPVTMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 QKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIG
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CCDS64 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKIRYTNARDR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SQSHRKET-KKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRI
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CCDS64 NQRRLGDAAKKAISKLTTRTVKKGDKETDPDFDHCAVCIESYKQNDVVRILPCKHVFHKS
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 CIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPD--DD
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CCDS64 CVDPWLSEHCTCPMCKLNILKALGIVPNLPCTDNVAFDMERLTRTQAVNRRSALGDLAGD
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB8 GSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.: : .: :: : . .::
CCDS64 NSLGLEPLRTSGISPLPQ-DGELTPRTGEINIAVTR
350 360 370 380
>>CCDS4451.1 RNF130 gene_id:55819|Hs108|chr5 (419 aa)
initn: 580 init1: 436 opt: 886 Z-score: 749.5 bits: 147.6 E(32554): 2e-35
Smith-Waterman score: 886; 41.7% identity (66.0% similar) in 379 aa overlap (11-381:5-377)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCV--PG-ARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWS
: : :: ::: : :. : . . :...:..:. .: . .
CCDS44 MSCAGRAGPARLAALALLTCSLWPARADNASQEYYTALINVTVQEPGRGAPLTF
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 VSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGG--DLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVAR
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CCDS44 RIDRGRYGLDSPKAEVRGQVLAPLPLHGVADHLGCDPQTRFFVP-PNIK---QWIALLQR
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GGCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELV
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CCDS44 GNCTFKEKISRAAFHNAVAVVIYNN-KSKEEPVTMTHPGTGDIIAVMITELRGKDILSYL
120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 QKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIG
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CCDS44 EKNISVQMTIAVGTRMPPKNFSRGSLVFVSISFIVLMIISSAWLIFYFIQKIRYTNARDR
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 SQSHRKET-KKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRI
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CCDS44 NQRRLGDAAKKAISKLTTRTVKKGDKETDPDFDHCAVCIESYKQNDVVRILPCKHVFHKS
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 CIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPD--DD
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CCDS44 CVDPWLSEHCTCPMCKLNILKALGIVPNLPCTDNVAFDMERLTRTQAVNRRSALGDLAGD
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400
pF1KB8 GSDESSPPSASPAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.: : .: :: : . .::
CCDS44 NSLGLEPLRTSGISPLPQ-DGELTPRTGEINIAVTKEWFIIASFGLLSALTLCYMIIRAT
350 360 370 380 390 400
>>CCDS14521.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (428 aa)
initn: 610 init1: 561 opt: 874 Z-score: 739.4 bits: 145.8 E(32554): 7.3e-35
Smith-Waterman score: 874; 41.3% identity (68.8% similar) in 356 aa overlap (20-369:26-375)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQT--N
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CCDS14 MGPPPGAGVSCRGGCGFSRLLAWCFLLALSPQAPGSRGAEAVW-TAYLNVSWRVPHTGVN
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 LTVWSVSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGA-APWVA
::: .:: : .:..:: : . :.. : .::. :..: : : : :: : . . :.:
CCDS14 RTVWELSEEGVYGQDSPLEPVAGVLVPPDGPGA-LNACNPHTNFTVPTVWGSTVQVSWLA
60 70 80 90 100 110
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pF1KB8 LVARGG-CTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGRE
:. ::: ::: ::. .: .:.::..:..: : ..:::: :. .::.:::. :: .
CCDS14 LIQRGGGCTFADKIHLAYERGASGAVIFNFPGTRNEVIPMSHPGAVDIVAIMIGNLKGTK
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 ILELVQKGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYT
::. .:.:: :::.: :: .: ... :. ::...:. . .....::: .:. .
CCDS14 ILQSIQRGIQVTMVIEVGKKH-GPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRLRNA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 GSQIGSQSHRK-ETKKVIGQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKH
.: .: . : ..::.::.: :.:.:.:.: : :...:::::: .: .:..::: :.:
CCDS14 RAQSRKQRQLKADAKKAIGRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNH
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 IFHRICIDPWLLDHRTCPMCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALP
:::. :.:::::.:::::::: :..:::: ::.. . . : . .: . .
CCDS14 IFHKTCVDPWLLEHRTCPMCKCDILKALGI---EVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHE
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB8 DDDGSDESSPPSAS-PAESEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.:. :. .: :: . .::
CCDS14 EDNRSETASSGYASVQGTDEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSVAVDVIPHVDNPTFEED
360 370 380 390 400 410
>>CCDS14520.1 RNF128 gene_id:79589|Hs108|chrX (402 aa)
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Smith-Waterman score: 817; 39.6% identity (69.1% similar) in 333 aa overlap (39-369:29-349)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 SVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWSVSESGRFGDSS
:: :.. : . .: :. . : : .: .:
CCDS14 MNQENRSSFFWLLVIFTFLLKITASFSMSAYVTVTYYNETSNYTAIETCECGVYGLAS
10 20 30 40 50
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pF1KB8 PKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARGGCTFKDKVLVAA
: .: :.::.: ... ..: .:.: . ::.::. ::.:::..:. .:.
CCDS14 PVANAMGVVGIP--KNNNYQACDHNTEF------SNTKKPWIALIERGNCTFSEKIQTAG
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pF1KB8 RRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQKGIPVTMTIGVG
::::.:::.:: . :: :. :.. :. .::.:::. :: .::. .:.:: :::.: ::
CCDS14 RRNADAVVIYNAPETGNQTIQMANFGAVDIVAIMIGNLKGTKILQSIQRGIQVTMVIEVG
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 TRHVQEFISGQSVVFVAIAFITMMIISLAWLIFYYIQRFLYTGSQIGSQSHRK-ETKKVI
.: ... :. ::...:. . .....::: .:. . .: .: . : ..::.:
CCDS14 KKH-GPWVNHYSIFFVSVSFFIITAATVGYFIFYSARRLRNARAQSRKQRQLKADAKKAI
180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 GQLLLHTVKHGEKGIDVDAENCAVCIENFKVKDIIRILPCKHIFHRICIDPWLLDHRTCP
:.: :.:.:.:.: : :...:::::: .: .:..::: :.::::. :.:::::.:::::
CCDS14 GRLQLRTLKQGDKEIGPDGDSCAVCIELYKPNDLVRILTCNHIFHKTCVDPWLLEHRTCP
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 MCKLDVIKALGYWGEPGDVQEMPAPESPPGRDPAANLSLALPDDDGSDESSPPSAS-PAE
::: :..:::: ::.. . . : . .: . . .:. :. .: :: .
CCDS14 MCKCDILKALGI---EVDVEDGSVSLQVPVSNEISNSASSHEEDNRSETASSGYASVQGT
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400
pF1KB8 SEPQCDPSFKGDAGENTALLEAGRSDSRHGGPIS
.::
CCDS14 DEPPLEEHVQSTNESLQLVNHEANSVAVDVIPHVDNPTFEEDETPNQETAVREIKS
350 360 370 380 390 400
>>CCDS47692.1 RNF148 gene_id:378925|Hs108|chr7 (305 aa)
initn: 664 init1: 338 opt: 653 Z-score: 557.5 bits: 111.6 E(32554): 9.8e-25
Smith-Waterman score: 737; 41.4% identity (69.1% similar) in 307 aa overlap (14-315:17-304)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MAWRRREASVGARGVLALALLALALCVPGARGRALEWFSAVVNIEYVDPQTNLTVWS
:.: :... : : : . :.:. : .: .:: . :.. . :
CCDS47 MSFLRITPSTHSSVSSGLLRLSIF-LLLSFPDSNGKAI-W-TAHLNITF---QVGNEITS
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 -VSESGRFGDSSPKEGAHGLVGVPWAPGGDLEGCAPDTRFFVPEPGGRGAAPWVALVARG
..::: ::. :: : . :.:..: : . ..: : : : : . : :.::. ::
CCDS47 ELGESGVFGNHSPLERVSGVVALP--EGWNQNACHPLTNFSRP----KQADSWLALIERG
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 GCTFKDKVLVAARRNASAVVLYNEERYGNITLPMSHAGTGNIVVIMISYPKGREILELVQ
:::: :. :::...:..:..:: . :. ..:::: :: :::..::: :: :::. .:
CCDS47 GCTFTHKINVAAEKGANGVIIYNYQGTGSKVFPMSHQGTENIVAVMISNLKGMEILHSIQ
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 KGIPVTMTIGVGTRHVQEFISGQSV---VFVAIAFITMMIISLAWLIFYYI-QRFLYTGS
::. ::. : :: :.: ..: . .:.: : :... .. .: . . . : :
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