Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8678
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8678, 376 aa
1>>>pF1KB8678 376 - 376 aa - 376 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6251+/-0.00106; mu= 14.2290+/- 0.063
mean_var=61.0595+/-12.009, 0's: 0 Z-trim(102.1): 41 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.164134
statistics sampled from 6770 (6810) to 6770 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.209), width: 16
Scan time: 2.260
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 ( 376) 2488 598.1 4.2e-171
CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 ( 376) 2344 564.0 7.7e-161
CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 ( 377) 1429 347.3 1.3e-95
CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 ( 375) 1427 346.8 1.8e-95
CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 ( 375) 1426 346.6 2.1e-95
CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 ( 377) 1424 346.1 2.9e-95
CCDS7392.1 ACTA2 gene_id:59|Hs108|chr10 ( 377) 1421 345.4 4.8e-95
CCDS1930.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 376) 1418 344.7 7.9e-95
CCDS34163.1 ACTBL2 gene_id:345651|Hs108|chr5 ( 376) 1399 340.2 1.8e-93
CCDS46414.1 POTEE gene_id:445582|Hs108|chr2 (1075) 1358 330.6 3.9e-90
CCDS59431.1 POTEI gene_id:653269|Hs108|chr2 (1075) 1356 330.1 5.5e-90
CCDS46409.1 POTEF gene_id:728378|Hs108|chr2 (1075) 1351 329.0 1.2e-89
CCDS59432.1 POTEJ gene_id:653781|Hs108|chr2 (1038) 1336 325.4 1.4e-88
CCDS56124.1 ACTG2 gene_id:72|Hs108|chr2 ( 333) 1102 269.9 2.4e-72
CCDS3206.1 ACTRT3 gene_id:84517|Hs108|chr3 ( 372) 1065 261.1 1.1e-69
CCDS45.1 ACTRT2 gene_id:140625|Hs108|chr1 ( 377) 1036 254.3 1.3e-67
CCDS1881.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 394) 1001 246.0 4.4e-65
CCDS14611.1 ACTRT1 gene_id:139741|Hs108|chrX ( 376) 999 245.5 5.8e-65
CCDS46307.1 ACTR2 gene_id:10097|Hs108|chr2 ( 399) 990 243.4 2.7e-64
CCDS6772.1 ACTL7A gene_id:10881|Hs108|chr9 ( 435) 922 227.3 2e-59
CCDS6771.1 ACTL7B gene_id:10880|Hs108|chr9 ( 415) 897 221.3 1.2e-57
CCDS12207.1 ACTL9 gene_id:284382|Hs108|chr19 ( 416) 850 210.2 2.7e-54
CCDS183.1 ACTL8 gene_id:81569|Hs108|chr1 ( 366) 681 170.2 2.6e-42
CCDS33277.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 418) 501 127.6 2e-29
CCDS34782.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 348) 495 126.1 4.6e-29
CCDS5934.1 ACTR3B gene_id:57180|Hs108|chr7 ( 418) 495 126.2 5.4e-29
CCDS63000.1 ACTR3 gene_id:10096|Hs108|chr2 ( 367) 482 123.1 4e-28
CCDS33463.1 ACTL10 gene_id:170487|Hs108|chr20 ( 245) 474 121.1 1e-27
CCDS5702.1 ACTL6B gene_id:51412|Hs108|chr7 ( 426) 410 106.0 6.3e-23
CCDS43174.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 387) 337 88.7 9.2e-18
CCDS3231.1 ACTL6A gene_id:86|Hs108|chr3 ( 429) 337 88.7 1e-17
CCDS9074.1 ACTR6 gene_id:64431|Hs108|chr12 ( 396) 323 85.4 9.4e-17
CCDS47744.1 ACTR3C gene_id:653857|Hs108|chr7 ( 210) 296 79.0 4.4e-15
CCDS13308.1 ACTR5 gene_id:79913|Hs108|chr20 ( 607) 275 74.1 3.7e-13
>>CCDS7536.1 ACTR1A gene_id:10121|Hs108|chr10 (376 aa)
initn: 2488 init1: 2488 opt: 2488 Z-score: 3185.3 bits: 598.1 E(32554): 4.2e-171
Smith-Waterman score: 2488; 100.0% identity (100.0% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS75 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB8 KEYEEDGARSIHRKTF
::::::::::::::::
CCDS75 KEYEEDGARSIHRKTF
370
>>CCDS2033.1 ACTR1B gene_id:10120|Hs108|chr2 (376 aa)
initn: 2344 init1: 2344 opt: 2344 Z-score: 3001.0 bits: 564.0 E(32554): 7.7e-161
Smith-Waterman score: 2344; 90.4% identity (98.9% similar) in 376 aa overlap (1-376:1-376)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::
CCDS20 MESYDIIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHMRVMAGALEGDLFIGP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
:::::::::.::::::::.:.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS20 KAEEHRGLLTIRYPMEHGVVRDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPSKN
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 REKAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
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CCDS20 MRVDIAGRDVSRYLRLLLRKEGVDFHTSAEFEVVRTIKERACYLSINPQKDEALETEKVQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVL
: ::::::...::.:::::::::.:::.:.::::.:::..:::.:::::::::::.::::
CCDS20 YTLPDGSTLDVGPARFRAPELLFQPDLVGDESEGLHEVVAFAIHKSDMDLRRTLFANIVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
:::::::::::::::::::::::::.::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS20 SGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDIKIKISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSK
310 320 330 340 350 360
370
pF1KB8 KEYEEDGARSIHRKTF
:::::::.:.::::::
CCDS20 KEYEEDGSRAIHRKTF
370
>>CCDS10041.1 ACTC1 gene_id:70|Hs108|chr15 (377 aa)
initn: 1421 init1: 571 opt: 1429 Z-score: 1830.0 bits: 347.3 E(32554): 1.3e-95
Smith-Waterman score: 1429; 53.7% identity (82.1% similar) in 369 aa overlap (12-376:10-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
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CCDS10 MCDDEETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
.:. .::.:...::.::::. .:.:::.::.... ..:.. ::::.:::::::::. :
CCDS10 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::. ....::::::::.....::::::::.:::::.:::::::::: ::::::.:.::.:
CCDS10 REKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
::.:.::::.. .: : ..::.: ...: :::. :::. ::.... ... . . ...
CCDS10 MRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 ----YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFS
: ::::..: :: ::: :: ::.:..:: :: ::::. .:.: :.:.:. :..
CCDS10 LEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 NIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKM
: :::::.:.. :..::. .:. :::. .::.: :: :: ::.::::::::::.::..:
CCDS10 NNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQM
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB8 WVSKKEYEEDGARSIHRKTF
:.::.::.: : .::: :
CCDS10 WISKQEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS11782.1 ACTG1 gene_id:71|Hs108|chr17 (375 aa)
initn: 1422 init1: 570 opt: 1427 Z-score: 1827.5 bits: 346.8 E(32554): 1.8e-95
Smith-Waterman score: 1427; 53.4% identity (82.7% similar) in 369 aa overlap (12-376:8-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
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CCDS11 MEEEIAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
.:. .::.:...::.::::: .:.:::.::.... ..:.. ::::::::::::::. :
CCDS11 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::. ....:::::.::.....::::::::.:::::.:.::::::::.::::::.:.::.:
CCDS11 REKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
.:.:.::::.. .: : ..::.: ...: :::. :::. ::.... ... . . ...
CCDS11 LRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 ----YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFS
: ::::..: :: ::: :: ::.:...: :: ::::. .:.: :.:.:. :..
CCDS11 LEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 NIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKM
: :::::.:.. :..::. .:. :::. .::.: :: :: ::.::::::::::.::..:
CCDS11 NTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQM
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB8 WVSKKEYEEDGARSIHRKTF
:.::.::.:.: .::: :
CCDS11 WISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS5341.1 ACTB gene_id:60|Hs108|chr7 (375 aa)
initn: 1412 init1: 570 opt: 1426 Z-score: 1826.2 bits: 346.6 E(32554): 2.1e-95
Smith-Waterman score: 1426; 53.1% identity (82.7% similar) in 369 aa overlap (12-376:8-375)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
.:.:::::. :::::::. :. ::. ::::.: ::.: . : ..:
CCDS53 MDDDIAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
.:. .::.:...::.::::: .:.:::.::.... ..:.. ::::::::::::::. :
CCDS53 EAQSKRGILTLKYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::. ....:::::.::.....::::::::.:::::.:.::::::::.::::::.:.::.:
CCDS53 REKMTQIMFETFNTPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVMDSGDGVTHTVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
.:.:.::::.. .: : ..::.: ...: :::. :::. ::.... ... . . ...
CCDS53 LRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAASSSS
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KB8 ----YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFS
: ::::..: :: ::: :: ::.:...: :: ::::. .:.: :.:.:. :..
CCDS53 LEKSYELPDGQVITIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETTFNSIMKCDVDIRKDLYA
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB8 NIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKM
: :::::.:.. :..::. .:. :::. .::.: :: :: ::.::::::::::.::..:
CCDS53 NTVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQM
300 310 320 330 340 350
360 370
pF1KB8 WVSKKEYEEDGARSIHRKTF
:.::.::.:.: .::: :
CCDS53 WISKQEYDESGPSIVHRKCF
360 370
>>CCDS1578.1 ACTA1 gene_id:58|Hs108|chr1 (377 aa)
initn: 1416 init1: 571 opt: 1424 Z-score: 1823.6 bits: 346.1 E(32554): 2.9e-95
Smith-Waterman score: 1424; 53.1% identity (82.1% similar) in 369 aa overlap (12-376:10-377)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MESYDVIANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGP
.: :::::..:::::::. :. ::. ::::.: ::.: . : ..:
CCDS15 MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGD
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 KAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKDQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKN
.:. .::.:...::.::::. .:.:::.::.... ..:.. ::::.:::::::::. :
CCDS15 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFY-NELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKAN
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSI
::. ....::::::::.....::::::::.:::::.:::::::::: ::::::.:.::.:
CCDS15 REKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAI
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
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360 370
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CCDS19 EAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHSFY-NELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKAN
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CCDS19 REKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAI
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pF1KB8 MRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQ
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CCDS19 MRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSS
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pF1KB8 ----YYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFS
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CCDS19 LEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYA
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pF1KB8 NIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKM
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CCDS19 NNVLSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQM
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360 370
pF1KB8 WVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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CCDS19 WISKPEYDEAGPSIVHRKCF
360 370
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pF1KB8 WVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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CCDS34 WISKQEYDEAGPPIVHRKCF
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CCDS46 YSVWVGGSILASLSTFQQMWISKQEYDESGPSIVHRKCF
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]