Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8569
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8569, 771 aa
1>>>pF1KB8569 771 - 771 aa - 771 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0593+/-0.000335; mu= 12.6206+/- 0.021
mean_var=123.6680+/-24.185, 0's: 0 Z-trim(118.6): 174 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.115331
statistics sampled from 31467 (31659) to 31467 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.708), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16
Scan time: 13.230
The best scores are: opt bits E(85289)
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NP_001257894 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-con (1024) 1999 344.2 1.6e-93
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XP_016868754 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 511) 1944 334.9 5.2e-91
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XP_016868747 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1067) 1947 335.6 6.7e-91
NP_996792 (OMIM: 614440) PH and SEC7 domain-contai ( 513) 1936 333.6 1.3e-90
XP_006712455 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 (1055) 1269 222.8 6.1e-57
NP_036587 (OMIM: 614442) PH and SEC7 domain-contai (1056) 1266 222.3 8.6e-57
XP_005263691 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 (1056) 1266 222.3 8.6e-57
XP_006712457 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 ( 964) 861 154.9 1.5e-36
XP_006712456 (OMIM: 614442) PREDICTED: PH and SEC7 ( 965) 858 154.4 2.2e-36
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XP_011542770 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 997) 775 140.6 3.2e-32
XP_016868751 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1008) 772 140.1 4.6e-32
XP_011542775 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 972) 767 139.2 7.9e-32
XP_011542771 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 985) 767 139.2 8e-32
XP_011542769 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 (1006) 767 139.2 8.1e-32
XP_016868753 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 701) 614 113.7 2.8e-24
XP_016868752 (OMIM: 614440) PREDICTED: PH and SEC7 ( 945) 614 113.8 3.6e-24
XP_011523777 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322) 370 72.9 2.5e-12
XP_011523778 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 322) 370 72.9 2.5e-12
XP_016880827 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 338) 370 72.9 2.6e-12
XP_011523779 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 339) 370 72.9 2.6e-12
NP_001278947 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 370 72.9 2.6e-12
NP_001278948 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 3 ( 339) 370 72.9 2.6e-12
XP_016880826 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 380) 370 72.9 2.8e-12
NP_059430 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 2 [Ho ( 397) 370 72.9 2.9e-12
NP_004753 (OMIM: 182115) cytohesin-1 isoform 1 [Ho ( 398) 370 72.9 2.9e-12
XP_016880825 (OMIM: 182115) PREDICTED: cytohesin-1 ( 399) 370 72.9 2.9e-12
NP_004218 (OMIM: 605081) cytohesin-3 [Homo sapiens ( 399) 366 72.3 4.7e-12
XP_006723536 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 394) 354 70.3 1.8e-11
NP_004219 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 2 [Ho ( 399) 354 70.3 1.9e-11
NP_059431 (OMIM: 602488) cytohesin-2 isoform 1 [Ho ( 400) 354 70.3 1.9e-11
XP_006723535 (OMIM: 602488) PREDICTED: cytohesin-2 ( 421) 354 70.3 1.9e-11
NP_001304953 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 2 ( 337) 327 65.7 3.6e-10
XP_011528449 (OMIM: 606514) PREDICTED: cytohesin-4 ( 337) 327 65.7 3.6e-10
NP_037517 (OMIM: 606514) cytohesin-4 isoform 1 [Ho ( 394) 327 65.8 4.1e-10
NP_001317548 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 doma ( 814) 316 64.1 2.7e-09
XP_011532617 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an ( 814) 316 64.1 2.7e-09
NP_055684 (OMIM: 610166) IQ motif and SEC7 domain- ( 963) 316 64.2 3e-09
XP_011532613 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 316 64.2 3.2e-09
XP_011532616 (OMIM: 610166) PREDICTED: IQ motif an (1006) 316 64.2 3.2e-09
>>NP_001257895 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-contain (645 aa)
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pF1KB8 SRPWRAGVLAEGDNASRSLYPDAEDPQLGLDGPGEPDVRDGFSATFEKILESELLRGTQY
::: :.:: .:: ::::. .::.:
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pF1KB8 SSLDSLDGLSLTDESDS-CVSFEAPLTPLIQQRARDSPEPGAGLGIGDMAFEGDMG-AAG
.:: ::..:. ..: .:: : : . .: : : : : : : ...
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.:: : . .. :.. .: .: :. .: : .: .::. . : .
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:.: :.. .:::::::.:.: : ::.: :.:: .. :::.:::.:::.:.::.. :::
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:.:::::.::.:::::::.:: :.:.::: :::.::: . ::::::::::::.:::.::
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::::. .:::: :::::::::::::::::::::.:.: .::.::. :::: :: ..:::
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.::.:::::::.:::::.:::.:::::.: . : . :: .:..::::.
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.:..::::.:.::.::: ..::::.::::.:...::: ::::::.::.: ::::: .:
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:::: .:::::::::::::. .:. :.::::::::::::: :.: ::: :::.:::.:::
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pF1KB8 PAFPAAVSSMKKFCRPLLPSCTTRLCQEEQLRSHENKLRQLTAELAEHRCHPVERGIKSK
: :::::::.::: :::::: .::: ::::.:.:: ::. ...:: ::: . . ..:
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pF1KB8 EAEEYRLKEHYLTFEKSRYETYIHLLAMKIKVGSDDLERIEARLATLEGDDPSLRKTHSS
:::: : :: :: :::::: :: :: .:.:.::..:. .:: :: . . .: .:::
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:.:. . .. . .. :
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>>NP_002770 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-containing (1024 aa)
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pF1KB8 MEEDKLLSAVPEEGDATRDPGPEPEEEPGVRNGMASEG
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: .:: ::::. .::.:.:: ::..:. ..: .:: : : . .: : :
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: : : : ....:: : . .. :.. .: .: :. .: : .:
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.::. . : .:.: :.. .:::::::.:.: : ::.: :.:: .. :::.
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:::.:::.:.::.. ::::.:::::.::.:::::::.:: :.:.::: :::.::: . ::
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::::::::::.:::.:: ::::. .:::: :::::::::::::::::::::.:.: .::
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pF1KB8 ANLDQLNDGQDFAKDLLKTLYNSIKNEKLEWAIDEDELRKSLSELVDDKFGTGTKKVTRI
.::. :::: :: ..:::.::.:::::::.:::::.:::.:::::.: . :: .
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..::. ::::. .:..::::.:.::.::: ..::::.::::.:...::: :
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:::::.::.: ::::: .::::: .:::::::::::::. .:. :.:::::::::::::
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pF1KB8 EEMLSWILRINLVAAIFSAPAFPAAVSSMKKFCRPLLPSCTTRLCQEEQLRSHENKLRQL
:.: ::: :::.:::.:::: :::::::.::: :::::: .::: ::::.:.:: ::. .
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pF1KB8 TAELAEHRCHPVERGIKSKEAEEYRLKEHYLTFEKSRYETYIHLLAMKIKVGSDDLERIE
..:: ::: . . ..::::: : :: :: :::::: :: :: .:.:.::..:. .:
NP_002 ASELREHRAAQLGKKGRGKEAEEQRQKEAYLEFEKSRYSTYAALLRVKLKAGSEELDAVE
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pF1KB8 ARLATLEGDDPSLRKTHSSPALSQGHVTGSKTTKDATGPDT
: :: . . .: .::::.:. . .. . .. :
NP_002 AALAQAGSTEDGLPPSHSSPSLQPKPSSQPRAQRHSSEPRPGAGSGRRKP
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>>NP_001257894 (OMIM: 602327) PH and SEC7 domain-contain (1024 aa)
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pF1KB8 MEEDKLLSAVPEEGDATRDPGPEPEEEPGVRNGMASEG
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NP_001 SPREVSSHAQRIARAKWEFFYGSLDPPSSGAKPPEQAPPSPPGVGSRQGSGVAVGRAAKY
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pF1KB8 LNSSLCS-PGHERRGTPAD---TEEPTKDPDVAFHGLSLGLSLTN-------GLALGPDL
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NP_001 SETDLDTVPLRCYRETDIDEVLAEREEADSAIESQPSSEGPPGTAYPPAPRPGPLPGPHP
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pF1KB8 NILEDSAESRPWRAGVLAEGDN----ASRSLYPDAEDPQLGLDGPGEP------DVRDGF
.. . . .:: . :. ::.. : .. : : : : : :.:
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: .:: ::::. .::.:.:: ::..:. ..: .:: : : . .: : :
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pF1KB8 GLGIGDMAFEGDMG-AAGGDGELGSPLRRSISSSRSENVLSRLSLMAMPNGFHEDGPQGP
: : : : ....:: : . .. :.. .: .: :. .: : .:
NP_001 PL-------EPDSGTSSAADG----PWTQ---RGEEEEAEARAKL--APG--RE--PPSP
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.::. . : .:.: :.. .:::::::.:.: : ::.: :.:: .. :::.
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.::. . : .:.: :.. .:::::::.:.: : ::.: :.:: .. :::.
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:::.:::.:.::.. ::::.:::::.::.:::::::.:: :.:.::: :::.::: . ::
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::::::::::.:::.:: ::::. .:::: :::::::::::::::::::::.:.: .::
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XP_016 SSSLTENVWDESWKAPSERPGTSSGT-FSPVRLDESGEDEVFLQENKQHLEKTPKPERDR
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pF1KB8 AGVLAEGDNASRSLYPDAEDPQLGLDGPG-EPDVRDGFSATFEKILESELLRGTQYSSLD
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XP_016 ERISEQEEHVK------GEDEDIL--GPGYTEDSTDVYSSQFETILDNTSL----YYSAE
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pF1KB8 GSKTTKDATGPDT
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771 residues in 1 query sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]