Result of FASTA (omim) for
pFN21AB8422
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8422, 744 aa
1>>>pF1KB8422 744 - 744 aa - 744 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.4766+/-0.000444; mu= 7.5188+/- 0.028
mean_var=345.0692+/-70.573, 0's: 0 Z-trim(120.2): 1811 B-trim: 173 in 1/55
Lambda= 0.069043
statistics sampled from 33090 (35253) to 33090 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.738), E-opt: 0.2 (0.413), width: 16
Scan time: 13.450
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_689838 (OMIM: 610159) zinc finger protein 366 [ ( 744) 5306 543.4 1.3e-153
NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 ( 864) 889 103.5 3.8e-21
XP_016881641 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 502) 884 102.7 3.9e-21
XP_016881642 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 502) 884 102.7 3.9e-21
XP_016881640 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 669) 884 102.8 4.7e-21
XP_016881639 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 688) 884 102.9 4.7e-21
XP_016881638 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 700) 884 102.9 4.8e-21
NP_001138296 (OMIM: 604750) zinc finger protein 23 ( 700) 884 102.9 4.8e-21
XP_006723037 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger ( 700) 884 102.9 4.8e-21
NP_006621 (OMIM: 604750) zinc finger protein 234 [ ( 700) 884 102.9 4.8e-21
XP_016882571 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 878 101.9 5e-21
XP_016882570 (OMIM: 194551) PREDICTED: zinc finger ( 365) 878 101.9 5e-21
XP_011526007 (OMIM: 603980) PREDICTED: zinc finger ( 531) 881 102.4 5e-21
NP_037512 (OMIM: 603994) zinc finger protein 112 i ( 907) 885 103.1 5.2e-21
NP_001076804 (OMIM: 603994) zinc finger protein 11 ( 913) 885 103.1 5.2e-21
NP_001092096 (OMIM: 603980) zinc finger protein 98 ( 572) 881 102.5 5.2e-21
XP_011513163 (OMIM: 602277) PREDICTED: zinc finger ( 675) 880 102.5 6.2e-21
NP_001305822 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 675) 880 102.5 6.2e-21
NP_067040 (OMIM: 194551) zinc finger protein 77 [H ( 545) 878 102.1 6.3e-21
NP_001305821 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 880 102.5 6.6e-21
NP_001305820 (OMIM: 602277) zinc finger protein 18 ( 751) 880 102.5 6.6e-21
NP_009080 (OMIM: 602277) zinc finger protein 184 i ( 751) 880 102.5 6.6e-21
XP_016882569 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 489) 873 101.6 8.3e-21
NP_067039 (OMIM: 194545) endothelial zinc finger p ( 489) 873 101.6 8.3e-21
XP_016882567 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 873 101.6 8.9e-21
XP_011525495 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 873 101.6 8.9e-21
XP_016882568 (OMIM: 194545) PREDICTED: endothelial ( 549) 873 101.6 8.9e-21
NP_001165697 (OMIM: 613903) zinc finger protein 54 ( 628) 873 101.7 9.6e-21
NP_001165696 (OMIM: 613903) zinc finger protein 54 ( 660) 873 101.7 9.9e-21
NP_689819 (OMIM: 613903) zinc finger protein 540 i ( 660) 873 101.7 9.9e-21
NP_998763 (OMIM: 616847) zinc finger protein 543 [ ( 600) 871 101.5 1.1e-20
XP_016882723 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 518) 867 101.0 1.3e-20
NP_001243102 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 531) 867 101.0 1.3e-20
XP_011526566 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 536) 867 101.0 1.3e-20
NP_003420 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 is ( 595) 867 101.1 1.4e-20
NP_001243100 (OMIM: 603899) zinc finger protein 85 ( 625) 867 101.1 1.4e-20
XP_011526565 (OMIM: 603899) PREDICTED: zinc finger ( 640) 867 101.1 1.5e-20
NP_001309067 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 864 100.9 2e-20
NP_001309068 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 864 100.9 2e-20
NP_001309066 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 782) 864 100.9 2e-20
NP_001309065 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_150630 (OMIM: 600398) zinc finger protein 160 i ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309061 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309060 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309059 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001096073 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309058 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309057 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309063 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
NP_001309062 (OMIM: 600398) zinc finger protein 16 ( 818) 864 101.0 2.1e-20
>>NP_689838 (OMIM: 610159) zinc finger protein 366 [Homo (744 aa)
initn: 5306 init1: 5306 opt: 5306 Z-score: 2879.0 bits: 543.4 E(85289): 1.3e-153
Smith-Waterman score: 5306; 100.0% identity (100.0% similar) in 744 aa overlap (1-744:1-744)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MQKEMKMIKDEDVHFDLAVKKTPSFPHCLQPVASRGKAPQRHPFPEALRGPFSQFRYEPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 MQKEMKMIKDEDVHFDLAVKKTPSFPHCLQPVASRGKAPQRHPFPEALRGPFSQFRYEPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 PGDLDGFPGVFEGAGSRKRKSMPTKMPYNHPAEEVTLALHSEENKNHGLPNLPLLFPQPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 PGDLDGFPGVFEGAGSRKRKSMPTKMPYNHPAEEVTLALHSEENKNHGLPNLPLLFPQPP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 RPKYDSQMIDLCNVGFQFYRSLEHFGGKPVKQEPIKPSAVWPQPTPTPFLPTPYPYYPKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 RPKYDSQMIDLCNVGFQFYRSLEHFGGKPVKQEPIKPSAVWPQPTPTPFLPTPYPYYPKV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 HPGLMFPFFVPSSSPFPFSRHTFLPKQPPEPLLPRKAEPQESEETKQKVERVDVNVQIDD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 HPGLMFPFFVPSSSPFPFSRHTFLPKQPPEPLLPRKAEPQESEETKQKVERVDVNVQIDD
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 SYYVDVGGSQKRWQCPTCEKSYTSKYNLVTHILGHSGIKPHACTHCGKLFKQLSHLHTHM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 SYYVDVGGSQKRWQCPTCEKSYTSKYNLVTHILGHSGIKPHACTHCGKLFKQLSHLHTHM
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 LTHQGTRPHKCQVCHKAFTQTSHLKRHMMQHSEVKPHNCRVCGRGFAYPSELKAHEAKHA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 LTHQGTRPHKCQVCHKAFTQTSHLKRHMMQHSEVKPHNCRVCGRGFAYPSELKAHEAKHA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 SGRENICVECGLDFPTLAQLKRHLTTHRGPIQYNCSECDKTFQYPSQLQNHMMKHKDIRP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 SGRENICVECGLDFPTLAQLKRHLTTHRGPIQYNCSECDKTFQYPSQLQNHMMKHKDIRP
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 YICSECGMEFVQPHHLKQHSLTHKGVKEHKCGICGREFTLLANMKRHVLIHTNIRAYQCH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 YICSECGMEFVQPHHLKQHSLTHKGVKEHKCGICGREFTLLANMKRHVLIHTNIRAYQCH
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 LCYKSFVQKQTLKAHMIVHSDVKPFKCKLCGKEFNRMHNLMGHMHLHSDSKPFKCLYCPS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 LCYKSFVQKQTLKAHMIVHSDVKPFKCKLCGKEFNRMHNLMGHMHLHSDSKPFKCLYCPS
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB8 KFTLKGNLTRHMKVKHGVMERGLHSQGLGRGRIALAQTAGVLRSLEQEEPFDLSQKRRAK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 KFTLKGNLTRHMKVKHGVMERGLHSQGLGRGRIALAQTAGVLRSLEQEEPFDLSQKRRAK
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB8 VPVFQSDGESAQGSHCHEEEEEDNCYEVEPYSPGLAPQSQQLCTPEDLSTKSEHAPEVLE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 VPVFQSDGESAQGSHCHEEEEEDNCYEVEPYSPGLAPQSQQLCTPEDLSTKSEHAPEVLE
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB8 EACKEEKEDASKGEWEKRSKGDLGAEGGQERDCAGRDECLSLRAFQSTRRGPSFSDYLYF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_689 EACKEEKEDASKGEWEKRSKGDLGAEGGQERDCAGRDECLSLRAFQSTRRGPSFSDYLYF
670 680 690 700 710 720
730 740
pF1KB8 KHRDESLKELLERKMEKQAVLLGI
::::::::::::::::::::::::
NP_689 KHRDESLKELLERKMEKQAVLLGI
730 740
>>NP_001073878 (OMIM: 603981) zinc finger protein 99 [Ho (864 aa)
initn: 1564 init1: 834 opt: 889 Z-score: 500.6 bits: 103.5 E(85289): 3.8e-21
Smith-Waterman score: 889; 32.7% identity (59.9% similar) in 416 aa overlap (215-618:357-765)
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 MFPFFVPSSSPFPFSRHTFLPKQPPEPLLPRKAEPQESEETKQKVERVD---VNVQIDDS
:: : ..:: : :. :.. .
NP_001 ALRKHQIIHTGKKPYKCEECGKAFSQSSTLRKHEIIHTEEKPYKYEECGKAFSNLSALRK
330 340 350 360 370 380
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 YYVDVGGSQKRWQCPTCEKSYTSKYNLVTHILGHSGIKPHACTHCGKLFKQLSHLHTHML
. . . .:: ..: : :.. . .:..: . :.. :: : .::: ::..: :. : .
NP_001 HEI-IHTGQKPYKCEECGKAFKWSSKLTVHKVIHTAEKPCKCEECGKAFKRFSALRKHKI
390 400 410 420 430 440
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 THQGTRPHKCQVCHKAFTQTSHLKRHMMQHSEVKPHNCRVCGRGFAYPSELKAHEAKHAS
: : .:.::. : :::.. : :..: . :. ::..:. ::..: . :.: .:.. :
NP_001 IHTGKQPYKCEECSKAFSNFSALRKHEIIHTGEKPYKCEECGKAFKWSSKLTVHKVIHME
450 460 470 480 490 500
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 GRENICVECGLDFPTLAQLKRHLTTHRGPIQYNCSECDKTFQYPSQLQNHMMKHKDIRPY
. : ::: : .. :..: : : :.: :: :.:. : :..: . : .::
NP_001 EKPCKCEECGKAFKHFSALRKHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNNSSTLMKHKIIHTGKKPY
510 520 530 540 550 560
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 ICSECGMEFVQPHHLKQHSLTHKGVKEHKCGICGREFTLLANMKRHVLIHTNIRAYQCHL
: ::: : : :: .:. : : : .:: ::. :. .. ...: .:::. . :.:.
NP_001 KCEECGKAFKQSSHLTRHKAIHTGEKPYKCEECGKAFNHFSALRKHQIIHTGKKPYKCEE
570 580 590 600 610 620
490 500 510 520 530 540
pF1KB8 CYKSFVQKQTLKAHMIVHSDVKPFKCKLCGKEFNRMHNLMGHMHLHSDSKPFKCLYCPSK
: :.: :..::. : :.:. ::.::. ::: :. .: : .:.. ::.:: : .
NP_001 CGKAFSQSSTLRKHEIIHTGEKPYKCEECGKAFKWSSHLTRHKVIHTEEKPYKCEECGKA
630 640 650 660 670 680
550 560 570 580 590
pF1KB8 FTLKGNLTRHMKVKHGVMERGLHSQGLGRGRIALAQTAGVLRSLE----QEEPFDLSQ--
:. . : .: .. : .. . . :. :..:.. .::. : :.:. .
NP_001 FNHFSALRKHKIIHTG--KKPYKCEECGK---AFSQSS-TLRKHEIIHTGEKPYKCEECG
690 700 710 720 730
600 610 620 630 640 650
pF1KB8 ---KRRAKVPVFQSDGESAQGSHCHEEEEEDNCYEVEPYSPGLAPQSQQLCTPEDLSTKS
: .:. : . . . .:.:
NP_001 KAFKWSSKLTVHKVIHTAEKPCKCEECGKAFKHFSALRKHKIIHTGKKPYKCEECGKAFN
740 750 760 770 780 790
>--
initn: 460 init1: 460 opt: 475 Z-score: 277.7 bits: 62.3 E(85289): 9.9e-09
Smith-Waterman score: 475; 30.0% identity (56.4% similar) in 243 aa overlap (252-492:114-356)
230 240 250 260 270
pF1KB8 SEETKQKVERVDVNVQIDDSYYVDVGGSQKRWQCPTCE--KSYTSKYNLVTHILGHSGIK
: .: . . : . :: ... . :
NP_001 DFWPDQSIKDSFQEIILRTYARCGHKNLRLRKDCESVNEGKMHEEAYNKLNQCWTTTQGK
90 100 110 120 130 140
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 PHACTHCGKLFKQLSHLHTHMLTHQGTRPHKCQVCHKAFTQTSHLKRHMMQHSEVKPHNC
:.. :.:.. :. . . . : . ::. : :.: . ::: .: :.. . ..:
NP_001 IFQCNKYVKVFHKYSNSNRYKIRHTKKKTFKCMKCSKSFFMLSHLIQHKRIHTRENIYKC
150 160 170 180 190 200
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 RVCGRGFAYPSELKAHEAKHASGRENICVECGLDFPTLAQLKRHLTTHRGPIQYNCSECD
. :..: . : : :. :. . .:: : ... . : : .: ::
NP_001 EERGKAFKWFSTLIKHKIIHTEDKPYKYKKCGKAFNISSMFTKCKIIHTGKKPCKCEECG
210 220 230 240 250 260
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 KTFQYPSQLQNHMMKHKDIRPYICSECGMEFVQPHHLKQHSLTHKGVKEHKCGICGREFT
:.:. : :..: . : .:: : ::: : : :: .:. : : : .:: ::. :.
NP_001 KVFNNSSTLMKHKIIHTGKKPYKCEECGKAFKQSSHLTRHKAIHTGEKPYKCEECGKAFN
270 280 290 300 310 320
460 470 480 490 500 510
pF1KB8 LLANMKRHVLIHTNIRAYQCHLCYKSFVQKQTLKAHMIVHSDVKPFKCKLCGKEFNRMHN
.. ...: .:::. . :.:. : :.: :..::
NP_001 HFSALRKHQIIHTGKKPYKCEECGKAFSQSSTLRKHEIIHTEEKPYKYEECGKAFSNLSA
330 340 350 360 370 380
520 530 540 550 560 570
pF1KB8 LMGHMHLHSDSKPFKCLYCPSKFTLKGNLTRHMKVKHGVMERGLHSQGLGRGRIALAQTA
NP_001 LRKHEIIHTGQKPYKCEECGKAFKWSSKLTVHKVIHTAEKPCKCEECGKAFKRFSALRKH
390 400 410 420 430 440
>>XP_016881641 (OMIM: 604750) PREDICTED: zinc finger pro (502 aa)
initn: 2493 init1: 864 opt: 884 Z-score: 500.3 bits: 102.7 E(85289): 3.9e-21
Smith-Waterman score: 906; 39.3% identity (63.9% similar) in 305 aa overlap (250-554:171-475)
220 230 240 250 260 270
pF1KB8 QESEETKQKVERVDVNVQIDDSYYVDVGGSQKRWQCPTCEKSYTSKYNLVTHILGHSGIK
.: . : .: :.. . .. .: :.: :
XP_016 TGEKPYKCEECGKCFIQPSQFQAHRRIHTGEKPYVCKVCGKGFIYSSSFQAHQGVHTGEK
150 160 170 180 190 200
280 290 300 310 320 330
pF1KB8 PHACTHCGKLFKQLSHLHTHMLTHQGTRPHKCQVCHKAFTQTSHLKRHMMQHSEVKPHNC
:. :..::: :.. : ..:...: : .:.::.:: ::: :.:.:: :. :: :: .:
XP_016 PYKCNECGKSFRMKIHYQVHLVVHTGEKPYKCEVCGKAFRQSSYLKIHLKAHSVQKPFKC
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB8 RVCGRGFAYPSELKAHEAKHASGRENICVECGLDFPTLAQLKRHLTTHRGPIQYNCSECD
. ::.:: :.:. :. :.. . : ::: : :.:: : : : ::: ::
XP_016 EECGQGFNQSSRLQIHQLIHTGEKPYKCEECGKGFSRRADLKIHCRIHTGEKPYNCEECG
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430 440 450
pF1KB8 KTFQYPSQLQNHMMKHKDIRPYICSECGMEFVQPHHLKQHSLTHKGVKEHKCGICGREFT
:.:. :.: .:. :. .:. : ::: : . ::. :. .: : : .::: ::. :
XP_016 KVFSQASHLLTHQRVHSGEKPFKCEECGKSFSRSAHLQAHQKVHTGEKPYKCGECGKGFK
330 340 350 360 370 380
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Total Scan time: 13.450 Total Display time: 0.160
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]