Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8299
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8299, 537 aa
1>>>pF1KB8299 537 - 537 aa - 537 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6177+/-0.000715; mu= 17.3400+/- 0.043
mean_var=70.6034+/-13.945, 0's: 0 Z-trim(109.1): 8 B-trim: 0 in 0/54
Lambda= 0.152638
statistics sampled from 10639 (10644) to 10639 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.694), E-opt: 0.2 (0.327), width: 16
Scan time: 2.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS7690.1 RIC8A gene_id:60626|Hs108|chr11 ( 537) 3523 784.8 0
CCDS65982.1 RIC8A gene_id:60626|Hs108|chr11 ( 531) 3441 766.7 0
CCDS81734.1 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 ( 560) 915 210.5 4.2e-54
CCDS81733.1 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 ( 536) 831 192.0 1.5e-48
CCDS9109.2 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 ( 520) 650 152.1 1.5e-36
>>CCDS7690.1 RIC8A gene_id:60626|Hs108|chr11 (537 aa)
initn: 3523 init1: 3523 opt: 3523 Z-score: 4188.8 bits: 784.8 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3523; 100.0% identity (100.0% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-537)
10 20 30 40 50 60
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 SHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLKC
70 80 90 100 110 120
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 LCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVRQ
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190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 QLFQELKGVRLLTDTLELTLGVTPEGNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNITLDSIKGEV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 EFMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKTHRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQGWPPP
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370 380 390 400 410 420
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 QVLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLVRLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYG
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430 440 450 460 470 480
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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490 500 510 520 530
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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS76 QKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQPMGMSPRGHLTSLQDAMCETMEQQLSSDPDSDPD
490 500 510 520 530
>>CCDS65982.1 RIC8A gene_id:60626|Hs108|chr11 (531 aa)
initn: 2305 init1: 2305 opt: 3441 Z-score: 4091.3 bits: 766.7 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 3441; 98.9% identity (98.9% similar) in 537 aa overlap (1-537:1-531)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEPRAVAEAVETGEEDVIMEALRSYNQEHSQSFTFDDAQQEDRKRLAELLVSVLEQGLPP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 MEPRAVAEAVETGEEDVIMEALRSYNQEHSQSFTFDDAQQEDRKRLAELLVSVLEQGLPP
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 SHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLKC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 SHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLKC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 LCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVRQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 LCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVRQ
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 QLFQELKGVRLLTDTLELTLGVTPEGNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNITLDSIKGEV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 QLFQELKGVRLLTDTLELTLGVTPEGNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNITLDSIKGEV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 DEEDAALYRHLGTLLRHCVMIATAGDRTEEFHGHAVNLLGNLPLKCLDVLLTLEPHGDST
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 DEEDAALYRHLGTLLRHCVMIATAGDRTEEFHGHAVNLLGNLPLKCLDVLLTLEPHGDST
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB8 EFMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKTHRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQGWPPP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 EFMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKTHRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQ-----
310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB8 QVLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLVRLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYG
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 -VLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLVRLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYG
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB8 NAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSEDEDTDTDEYKEAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 NAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSEDEDTDTDEYKEAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEE
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530
pF1KB8 QKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQPMGMSPRGHLTSLQDAMCETMEQQLSSDPDSDPD
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS65 QKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQPMGMSPRGHLTSLQDAMCETMEQQLSSDPDSDPD
480 490 500 510 520 530
>>CCDS81734.1 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 (560 aa)
initn: 1595 init1: 734 opt: 915 Z-score: 1084.7 bits: 210.5 E(32554): 4.2e-54
Smith-Waterman score: 1560; 47.4% identity (73.9% similar) in 568 aa overlap (2-533:3-560)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPRAVAEAVETGEEDVIMEALRSYNQEHSQSFTFDDAQQEDRKRLAELLVSVLEQGLP
: ::. :..:: .: ..::.:...: .: :...... ::.: : . .:: . .:
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10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PSHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLK
. .: :. .::::::.. : : :.....: : : .. . :. . ... :..::::
CCDS81 TTCQVSCLEVLRILSRDKKVLVPVTTKENMQILLRLAKLNELDDSLEKVSEFPVIVESLK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 CLCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVR
::::.:..: .::.:. : :..:: . . ..:.: .:.. :::::::::. :.::.:
CCDS81 CLCNIVFNSQMAQQLSLELNLAAKLCNLLRKCKDRKFINDIKCFDLRLLFLLSLLHTDIR
120 130 140 150 160 170
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pF1KB8 QQLFQELKGVRLLTDTLELTLGV--TPE------GNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNI
.:: ::.:. :::. :: .... : : : :: : :::. :.: ::.:::.
CCDS81 SQLRYELQGLPLLTQILESAFSIKWTDEYESAIDHNGPP--LSPQETDCAIEALKALFNV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TLDSIKGEVDEEDAALYRHLGTLLRHCVMIA-TAGDRTEEFHGHAVNLLGNLPLKCLDVL
:.:: : . : :. .: ....::::..:. . :.:::.:..:::::.:.:..:::::
CCDS81 TVDSWKVH-KESDSHQFRVMAAVLRHCLLIVGPTEDKTEELHSNAVNLLSNVPVSCLDVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB8 L-------------TLE--PHGDSTE-----------FMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKT
. ::. : . ..: . :.::..:..:: :.:::. :
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300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 HRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQGWPPPQVLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLV
.:...::::.::::.: :: ::::: ::::::::: .::::: .:::::
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390 400 410 420 430 440
pF1KB8 RLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYGNAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSED
:::::.: ::..:::::::::.: : ..:::::::::::::::::.:::: .. ::::
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450 460 470 480 490 500
pF1KB8 EDTDTDEYKEAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEEQKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQP
:::::.:::.:: .:: .::..:: :::.. :::::::.::::::.:.:::::.....:
CCDS81 EDTDTEEYKNAKPNINLITGHLEEPMPNPIDEMTEEQKEYEAMKLVNMLDKLSREELLKP
480 490 500 510 520 530
510 520 530
pF1KB8 MGMSPRGHLTSLQDAMCE-TMEQQLSSDPDSDPD
::..: : .: :..:. . .. .. ::: :
CCDS81 MGLKPDGTITPLEEALNQYSVIEETSSDTD
540 550 560
>>CCDS81733.1 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 (536 aa)
initn: 1331 init1: 664 opt: 831 Z-score: 985.0 bits: 192.0 E(32554): 1.5e-48
Smith-Waterman score: 1476; 47.7% identity (73.3% similar) in 539 aa overlap (2-505:3-531)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPRAVAEAVETGEEDVIMEALRSYNQEHSQSFTFDDAQQEDRKRLAELLVSVLEQGLP
: ::. :..:: .: ..::.:...: .: :...... ::.: : . .:: . .:
CCDS81 MDEERALY-IVRAGEAGAIERVLRDYSDKHRATFKFESTDEDKRKKLCEGIFKVLIKDIP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PSHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLK
. .: :. .::::::.. : : :.....: : : .. . :. . ... :..::::
CCDS81 TTCQVSCLEVLRILSRDKKVLVPVTTKENMQILLRLAKLNELDDSLEKVSEFPVIVESLK
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 CLCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVR
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CCDS81 CLCNIVFNSQMAQQLSLELNLAAKLCNLLRKCKDRKFINDIKCFDLRLLFLLSLLHTDIR
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180 190 200 210 220 230
pF1KB8 QQLFQELKGVRLLTDTLELTLGV--TPE------GNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNI
.:: ::.:. :::. :: .... : : : :: : :::. :.: ::.:::.
CCDS81 SQLRYELQGLPLLTQILESAFSIKWTDEYESAIDHNGPP--LSPQETDCAIEALKALFNV
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240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TLDSIKGEVDEEDAALYRHLGTLLRHCVMIA-TAGDRTEEFHGHAVNLLGNLPLKCLDVL
:.:: : . : :. .: ....::::..:. . :.:::.:..:::::.:.:..:::::
CCDS81 TVDSWKVH-KESDSHQFRVMAAVLRHCLLIVGPTEDKTEELHSNAVNLLSNVPVSCLDVL
240 250 260 270 280 290
300 310 320
pF1KB8 L-------------TLE--PHGDSTE-----------FMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKT
. ::. : . ..: . :.::..:..:: :.:::. :
CCDS81 ICPLTHEETAQEATTLDELPSNKTAEKETVLKNNTMVYNGMNMEAIHVLLNFMEKRIDKG
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 HRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQGWPPPQVLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLV
.:...::::.::::.: :: ::::: ::::::::: .::::: .:::::
CCDS81 SSYREGLTPVLSLLTECSRAHRNIRKFLK------DQVLPPLRDVTNRPEVGSTVRNKLV
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 RLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYGNAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSED
:::::.: ::..:::::::::.: : ..:::::::::::::::::.:::: .. ::::
CCDS81 RLMTHVDLGVKQIAAEFLFVLCKERVDSLLKYTGYGNAAGLLAARGLLAGGRGDNWYSED
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 EDTDTDEYKEAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEEQKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQP
:::::.:::.:: .:: .::..:: :::.. :::::::.::::::.:.::::: ..
CCDS81 EDTDTEEYKNAKPNINLITGHLEEPMPNPIDEMTEEQKEYEAMKLVNMLDKLSRRADVKD
480 490 500 510 520 530
510 520 530
pF1KB8 MGMSPRGHLTSLQDAMCETMEQQLSSDPDSDPD
.
CCDS81 LHQDGG
>>CCDS9109.2 RIC8B gene_id:55188|Hs108|chr12 (520 aa)
initn: 1128 init1: 484 opt: 650 Z-score: 769.8 bits: 152.1 E(32554): 1.5e-36
Smith-Waterman score: 1295; 46.7% identity (72.4% similar) in 490 aa overlap (2-456:3-482)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEPRAVAEAVETGEEDVIMEALRSYNQEHSQSFTFDDAQQEDRKRLAELLVSVLEQGLP
: ::. :..:: .: ..::.:...: .: :...... ::.: : . .:: . .:
CCDS91 MDEERALY-IVRAGEAGAIERVLRDYSDKHRATFKFESTDEDKRKKLCEGIFKVLIKDIP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 PSHRVIWLQSVRILSRDRNCLDPFTSRQSLQALACYADISVSEGSVPESADMDVVLESLK
. .: :. .::::::.. : : :.....: : : .. . :. . ... :..::::
CCDS91 TTCQVSCLEVLRILSRDKKVLVPVTTKENMQILLRLAKLNELDDSLEKVSEFPVIVESLK
60 70 80 90 100 110
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pF1KB8 CLCNLVLSSPVAQMLAAEARLVVKLTERVGLYRERSFPHDVQFFDLRLLFLLTALRTDVR
::::.:..: .::.:. : :..:: . . ..:.: .:.. :::::::::. :.::.:
CCDS91 CLCNIVFNSQMAQQLSLELNLAAKLCNLLRKCKDRKFINDIKCFDLRLLFLLSLLHTDIR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 QQLFQELKGVRLLTDTLELTLGV--TPE------GNPPPTLLPSQETERAMEILKVLFNI
.:: ::.:. :::. :: .... : : : :: : :::. :.: ::.:::.
CCDS91 SQLRYELQGLPLLTQILESAFSIKWTDEYESAIDHNGPP--LSPQETDCAIEALKALFNV
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB8 TLDSIKGEVDEEDAALYRHLGTLLRHCVMIA-TAGDRTEEFHGHAVNLLGNLPLKCLDVL
:.:: : . : :. .: ....::::..:. . :.:::.:..:::::.:.:..:::::
CCDS91 TVDSWKVH-KESDSHQFRVMAAVLRHCLLIVGPTEDKTEELHSNAVNLLSNVPVSCLDVL
240 250 260 270 280 290
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pF1KB8 L-------------TLE--PHGDSTE-----------FMGVNMDVIRALLIFLEKRLHKT
. ::. : . ..: . :.::..:..:: :.:::. :
CCDS91 ICPLTHEETAQEATTLDELPSNKTAEKETVLKNNTMVYNGMNMEAIHVLLNFMEKRIDKG
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KB8 HRLKESVAPVLSVLTECARMHRPARKFLKAQGWPPPQVLPPLRDVRTRPEVGEMLRNKLV
.:...::::.::::.: :: ::::: ::::::::: .::::: .:::::
CCDS91 SSYREGLTPVLSLLTECSRAHRNIRKFLK------DQVLPPLRDVTNRPEVGSTVRNKLV
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KB8 RLMTHLDTDVKRVAAEFLFVLCSESVPRFIKYTGYGNAAGLLAARGLMAGGRPEGQYSED
:::::.: ::..:::::::::.: : ..:::::::::::::::::.:::: .. ::::
CCDS91 RLMTHVDLGVKQIAAEFLFVLCKERVDSLLKYTGYGNAAGLLAARGLLAGGRGDNWYSED
420 430 440 450 460 470
450 460 470 480 490 500
pF1KB8 EDTDTDEYKEAKASINPVTGRVEEKPPNPMEGMTEEQKEHEAMKLVTMFDKLSRNRVIQP
:::::.:::.::
CCDS91 EDTDTEEYKNAKPKEELLKPMGLKPDGTITPLEEALNQYSVIEETSSDTD
480 490 500 510 520
537 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 11:29:37 2016 done: Fri Nov 4 11:29:37 2016
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]