Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB8230
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB8230, 346 aa
1>>>pF1KB8230 346 - 346 aa - 346 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2273+/-0.000876; mu= 5.4614+/- 0.053
mean_var=196.6797+/-40.404, 0's: 0 Z-trim(113.8): 17 B-trim: 743 in 1/52
Lambda= 0.091452
statistics sampled from 14431 (14447) to 14431 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.755), E-opt: 0.2 (0.444), width: 16
Scan time: 2.390
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS6374.1 KHDRBS3 gene_id:10656|Hs108|chr8 ( 346) 2333 319.6 2.4e-87
CCDS4963.1 KHDRBS2 gene_id:202559|Hs108|chr6 ( 349) 1505 210.4 1.8e-54
CCDS350.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1 ( 443) 1273 179.9 3.6e-45
CCDS60067.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1 ( 404) 748 110.6 2.4e-24
CCDS43525.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 ( 319) 479 75.0 9.7e-14
CCDS5286.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 ( 319) 479 75.0 9.7e-14
CCDS5287.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 ( 325) 479 75.0 9.8e-14
CCDS5285.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 ( 341) 479 75.0 1e-13
CCDS75546.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 ( 333) 465 73.1 3.6e-13
>>CCDS6374.1 KHDRBS3 gene_id:10656|Hs108|chr8 (346 aa)
initn: 2333 init1: 2333 opt: 2333 Z-score: 1681.7 bits: 319.6 E(32554): 2.4e-87
Smith-Waterman score: 2333; 100.0% identity (100.0% similar) in 346 aa overlap (1-346:1-346)
10 20 30 40 50 60
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGKDEEKYIDVVINKNMKLGQKV
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CCDS63 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGKDEEKYIDVVINKNMKLGQKV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB8 LIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKY
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB8 FHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSEN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSEN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB8 ADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRGRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRGRG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB8 LLTPRARGVPPTGYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGAD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 LLTPRARGVPPTGYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGAD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340
pF1KB8 YYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKAPSARTAKGVYRDQPYGRY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 YYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKAPSARTAKGVYRDQPYGRY
310 320 330 340
>>CCDS4963.1 KHDRBS2 gene_id:202559|Hs108|chr6 (349 aa)
initn: 1244 init1: 828 opt: 1505 Z-score: 1091.2 bits: 210.4 E(32554): 1.8e-54
Smith-Waterman score: 1505; 67.5% identity (84.0% similar) in 357 aa overlap (2-346:3-349)
10 20 30 40 50
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEIEKFQKGEGK--DEEK-YIDVVINKNMKL
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CCDS49 MEEEKYLPELMAEKDSLDPSFVHASRLLAEEIEKFQGSDGKKEDEEKKYLDVISNKNIKL
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB8 GQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSG
...:::::::.:::::::::::::::::::::::: .:::::::::::::::::::::::
CCDS49 SERVLIPVKQYPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETGAKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSG
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160 170
pF1KB8 EAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNG
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CCDS49 EAKYAHLSDELHVLIEVFAPPGEAYSRMSHALEEIKKFLVPDYNDEIRQEQLRELSYLNG
130 140 150 160 170 180
180 190 200 210 220 230
pF1KB8 GSENADVPVVRGKPTLRTRGVP-AP-AITRGRGGVTARPV----GVVVPRGTPTPRGVLS
::.. ::. .: ::. :: : .:::::. : ::..:::. . ::.:
CCDS49 -SEDSG----RGRG-IRGRGIRIAPTAPSRGRGGAIPPPPPPGRGVLTPRGSTVTRGALP
190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KB8 TRGPVSRGRGLLTPRARGVPPT-GYRPPPPPPTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDN
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CCDS49 V-PPVAR--GVPTPRARGAPTVPGYRAPPPP-AHEAYEEYGYDDGYGGEYDDQTYETYDN
240 250 260 270 280 290
290 300 310 320 330 340
pF1KB8 SYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
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CCDS49 SYATQTQSVPEYYDYGHGVSEDAYDSYAPEEWATTRSSLKAPPQRSARGGYREHPYGRY
300 310 320 330 340
>>CCDS350.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1 (443 aa)
initn: 1201 init1: 709 opt: 1273 Z-score: 924.4 bits: 179.9 E(32554): 3.6e-45
Smith-Waterman score: 1273; 57.8% identity (78.5% similar) in 358 aa overlap (2-346:100-443)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEI
:.::::::::::::::::::::..:.. ::
CCDS35 SATGPDATVGGPAPTPLLPPSATASVKMEPENKYLPELMAEKDSLDPSFTHAMQLLTAEI
70 80 90 100 110 120
40 50 60 70 80
pF1KB8 EKFQKGEGK--DEEKYIDVVINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQE
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CCDS35 EKIQKGDSKKDDEENYLDLFSHKNMKLKERVLIPVKQYPKFNFVGKILGPQGNTIKRLQE
130 140 150 160 170 180
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 ETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALE
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CCDS35 ETGAKISVLGKGSMRDKAKEEELRKGGDPKYAHLNMDLHVFIEVFGPPCEAYALMAHAME
190 200 210 220 230 240
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGV--PAPAITRGRG
:.::::.::. :.: : :. ::.:::: : . :: : .: ::. : : . ::::
CCDS35 EVKKFLVPDMMDDICQEQFLELSYLNGVPEPSRG---RGVP-VRGRGAAPPPPPVPRGRG
250 260 270 280 290 300
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 GVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRG-------RGLLTPRARGVPPTGYRPPPPP
.. : :..: ::::. ::... . :.:: :: .:::: . : :::
CCDS35 --VGPPRGALV-RGTPV-RGAITRGATVTRGVPPPPTVRGAPAPRAR-TAGIQRIPLPPP
310 320 330 340 350 360
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 PTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEE
:. ::: :: ::: :. ::::..:.. :: .:. ..::::::: ...:..:::..
CCDS35 PAPETYEEYGYDDTYA----EQSYEGYEGYYSQ-SQGDSEYYDYGHGEVQDSYEAYGQDD
370 380 390 400 410
330 340
pF1KB8 WTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
:...: ::: :: .::.::..:::::
CCDS35 WNGTRPSLKAPPARPVKGAYREHPYGRY
420 430 440
>>CCDS60067.1 KHDRBS1 gene_id:10657|Hs108|chr1 (404 aa)
initn: 855 init1: 369 opt: 748 Z-score: 550.6 bits: 110.6 E(32554): 2.4e-24
Smith-Waterman score: 972; 49.2% identity (67.9% similar) in 358 aa overlap (2-346:100-404)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLDPSFTHALRLVNQEI
:.::::::::::::::::::::..:.. ::
CCDS60 SATGPDATVGGPAPTPLLPPSATASVKMEPENKYLPELMAEKDSLDPSFTHAMQLLTAEI
70 80 90 100 110 120
40 50 60 70 80
pF1KB8 EKFQKGEGK--DEEKYIDVVINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQE
::.:::..: :::.:.:. .::::: ..:::::::.::
CCDS60 EKIQKGDSKKDDEENYLDLFSHKNMKLKERVLIPVKQYPK--------------------
130 140 150 160
90 100 110 120 130 140
pF1KB8 ETLTKMSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALE
::::::.:. :: ::: ::::.::::.:: :::: :.::.:
CCDS60 -------------------EEELRKGGDPKYAHLNMDLHVFIEVFGPPCEAYALMAHAME
170 180 190 200 210
150 160 170 180 190 200
pF1KB8 EIKKFLIPDYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGV--PAPAITRGRG
:.::::.::. :.: : :. ::.:::: : . :: : .: ::. : : . ::::
CCDS60 EVKKFLVPDMMDDICQEQFLELSYLNGVPEPSRG---RGVP-VRGRGAAPPPPPVPRGRG
220 230 240 250 260
210 220 230 240 250 260
pF1KB8 GVTARPVGVVVPRGTPTPRGVLSTRGPVSRG-------RGLLTPRARGVPPTGYRPPPPP
.. : :..: ::::. ::... . :.:: :: .:::: . : :::
CCDS60 --VGPPRGALV-RGTPV-RGAITRGATVTRGVPPPPTVRGAPAPRAR-TAGIQRIPLPPP
270 280 290 300 310 320
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 PTQETYGEYDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEE
:. ::: :: ::: :. ::::..:.. :: .:. ..::::::: ...:..:::..
CCDS60 PAPETYEEYGYDDTYA----EQSYEGYEGYYSQ-SQGDSEYYDYGHGEVQDSYEAYGQDD
330 340 350 360 370
330 340
pF1KB8 WTNSRH--KAPSARTAKGVYRDQPYGRY
:...: ::: :: .::.::..:::::
CCDS60 WNGTRPSLKAPPARPVKGAYREHPYGRY
380 390 400
>>CCDS43525.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 (319 aa)
initn: 300 init1: 280 opt: 479 Z-score: 360.2 bits: 75.0 E(32554): 9.7e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLD--PSF----THALRLVNQEIEKFQKG-----
:: .:: .: .. :.: .: ::...:: . .:
CCDS43 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 -EGKDEEKYIDV--VINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTK
.:. :.. .. ... ..: .:. .:::..: :::::..::::: . :.:. :: :
CCDS43 LNGSTEKRSAELPDAVGPIVQLQEKLYVPVKEYPDFNFVGRILGPRGLTAKQLEAETGCK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 MSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKF
. . :::::::: :::. : :. .. :::.:::::: : .: .. .:.::.::.
CCDS43 IMVRGKGSMRDKKKEEQNR--GKPNWEHLNEDLHVLITVEDAQNRAEIKLKRAVEEVKKL
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LIP--DYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTAR
:.: . .: ... ::.::. ::: ..:.. .: . . :: : :
CCDS43 LVPAAEGEDSLKKMQLMELAILNGTYRDANIKSPALAFSLAATAQAAPRIITG-------
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 PVGVVVPRG--TPTPRGVLSTRGPVSRG-RGLLTPRARGVP-PTGYRPPPPPPTQETYGE
:. :. : . :::: : : :. : . . : :.: ::. :: : . :
CCDS43 PAPVLPPAALRTPTPAG--PTIMPLIRQIQTAVMPN--GTPHPTAAIVPPGPEAGLIYTP
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 YDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKA
:.:
CCDS43 YEYPYTLAPATSILEYPIEPSGVLGKFFSPWG
290 300 310
>>CCDS5286.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 (319 aa)
initn: 300 init1: 280 opt: 479 Z-score: 360.2 bits: 75.0 E(32554): 9.7e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLD--PSF----THALRLVNQEIEKFQKG-----
:: .:: .: .. :.: .: ::...:: . .:
CCDS52 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 -EGKDEEKYIDV--VINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTK
.:. :.. .. ... ..: .:. .:::..: :::::..::::: . :.:. :: :
CCDS52 LNGSTEKRSAELPDAVGPIVQLQEKLYVPVKEYPDFNFVGRILGPRGLTAKQLEAETGCK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 MSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKF
. . :::::::: :::. : :. .. :::.:::::: : .: .. .:.::.::.
CCDS52 IMVRGKGSMRDKKKEEQNR--GKPNWEHLNEDLHVLITVEDAQNRAEIKLKRAVEEVKKL
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LIP--DYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTAR
:.: . .: ... ::.::. ::: ..:.. .: . . :: : :
CCDS52 LVPAAEGEDSLKKMQLMELAILNGTYRDANIKSPALAFSLAATAQAAPRIITG-------
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 PVGVVVPRG--TPTPRGVLSTRGPVSRG-RGLLTPRARGVP-PTGYRPPPPPPTQETYGE
:. :. : . :::: : : :. : . . : :.: ::. :: : . :
CCDS52 PAPVLPPAALRTPTPAG--PTIMPLIRQIQTAVMPN--GTPHPTAAIVPPGPEAGLIYTP
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 YDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKA
:.:
CCDS52 YEYPYTLAPATSILEYPIEPSGVLGMAFPTKG
290 300 310
>>CCDS5287.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 (325 aa)
initn: 300 init1: 280 opt: 479 Z-score: 360.1 bits: 75.0 E(32554): 9.8e-14
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLD--PSF----THALRLVNQEIEKFQKG-----
:: .:: .: .. :.: .: ::...:: . .:
CCDS52 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 -EGKDEEKYIDV--VINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTK
.:. :.. .. ... ..: .:. .:::..: :::::..::::: . :.:. :: :
CCDS52 LNGSTEKRSAELPDAVGPIVQLQEKLYVPVKEYPDFNFVGRILGPRGLTAKQLEAETGCK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
pF1KB8 MSILGKGSMRDKAKEEELRKSGEAKYFHLNDDLHVLIEVFAPPAEAYARMGHALEEIKKF
. . :::::::: :::. : :. .. :::.:::::: : .: .. .:.::.::.
CCDS52 IMVRGKGSMRDKKKEEQNR--GKPNWEHLNEDLHVLITVEDAQNRAEIKLKRAVEEVKKL
130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB8 LIP--DYNDEIRQAQLQELTYLNGGSENADVPVVRGKPTLRTRGVPAPAITRGRGGVTAR
:.: . .: ... ::.::. ::: ..:.. .: . . :: : :
CCDS52 LVPAAEGEDSLKKMQLMELAILNGTYRDANIKSPALAFSLAATAQAAPRIITG-------
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB8 PVGVVVPRG--TPTPRGVLSTRGPVSRG-RGLLTPRARGVP-PTGYRPPPPPPTQETYGE
:. :. : . :::: : : :. : . . : :.: ::. :: : . :
CCDS52 PAPVLPPAALRTPTPAG--PTIMPLIRQIQTAVMPN--GTPHPTAAIVPPGPEAGLIYTP
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB8 YDYDDGYGTAYDEQSYDSYDNSYSTPAQSGADYYDYGHGLSEETYDSYGQEEWTNSRHKA
:.:
CCDS52 YEYPYTLAPATSILEYPIEPSGVLEWIEMPVMPDISAH
290 300 310 320
>>CCDS5285.1 QKI gene_id:9444|Hs108|chr6 (341 aa)
initn: 300 init1: 280 opt: 479 Z-score: 359.8 bits: 75.0 E(32554): 1e-13
Smith-Waterman score: 486; 35.9% identity (60.6% similar) in 287 aa overlap (5-271:17-290)
10 20 30
pF1KB8 MEEKYLPELMAEKDSLD--PSF----THALRLVNQEIEKFQKG-----
:: .:: .: .. :.: .: ::...:: . .:
CCDS52 MVGEMETKEKPKPTPDYLMQLMNDKKLMSSLPNFCGIFNHLERLLDEEISRVRKDMYNDT
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB8 -EGKDEEKYIDV--VINKNMKLGQKVLIPVKQFPKFNFVGKLLGPRGNSLKRLQEETLTK
.:. :.. .. ... ..: .:. .:::..: :::::..::::: . :.:. :: :
CCDS52 LNGSTEKRSAELPDAVGPIVQLQEKLYVPVKEYPDFNFVGRILGPRGLTAKQLEAETGCK
70 80 90 100 110 120
100 110 120 130 140 150
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