Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB7172
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB7172, 491 aa
1>>>pF1KB7172 491 - 491 aa - 491 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5464+/-0.00108; mu= 16.3393+/- 0.064
mean_var=78.5260+/-15.945, 0's: 0 Z-trim(103.1): 143 B-trim: 26 in 1/47
Lambda= 0.144733
statistics sampled from 7089 (7246) to 7089 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.584), E-opt: 0.2 (0.223), width: 16
Scan time: 3.020
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 3279 695.0 4.9e-200
CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 ( 477) 1702 365.7 6.4e-101
CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 1017 222.7 8.1e-58
CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 967 212.2 1.1e-54
CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 ( 513) 965 211.8 1.4e-54
CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 911 200.7 5.6e-51
CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 896 197.5 4.7e-50
CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 885 195.0 1.3e-49
CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 837 185.0 1.5e-46
CCDS6314.1 KCNV1 gene_id:27012|Hs108|chr8 ( 500) 812 179.8 5.8e-45
CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 796 176.5 5.3e-44
CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 766 170.2 4.5e-42
CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 701 156.7 6.8e-38
CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 674 151.1 3.1e-36
CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 655 147.1 4.3e-35
CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 642 144.4 2.9e-34
CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 640 143.9 3.5e-34
CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 626 141.0 2.8e-33
CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 626 141.0 2.9e-33
CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 605 136.7 7e-32
CCDS14314.1 KCND1 gene_id:3750|Hs108|chrX ( 647) 564 128.1 2.8e-29
CCDS5776.1 KCND2 gene_id:3751|Hs108|chr7 ( 630) 560 127.3 4.8e-29
CCDS844.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 636) 540 123.1 8.8e-28
CCDS843.1 KCND3 gene_id:3752|Hs108|chr1 ( 655) 540 123.1 9e-28
CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 469 108.2 2.2e-23
CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 429 99.9 7.5e-21
CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 429 99.9 7.8e-21
CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 429 99.9 8.1e-21
CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 429 99.9 8.2e-21
CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 429 99.9 8.3e-21
CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 429 99.9 8.4e-21
CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 418 97.6 4e-20
CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 418 97.6 4.1e-20
CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 410 96.0 1.5e-19
CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 405 94.9 2.3e-19
CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 405 94.9 2.5e-19
CCDS7736.1 KCNQ1 gene_id:3784|Hs108|chr11 ( 676) 285 69.9 9.9e-12
CCDS456.1 KCNQ4 gene_id:9132|Hs108|chr1 ( 695) 276 68.0 3.7e-11
CCDS13521.1 KCNQ2 gene_id:3785|Hs108|chr20 ( 393) 266 65.8 1e-10
>>CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 (491 aa)
initn: 3279 init1: 3279 opt: 3279 Z-score: 3704.8 bits: 695.0 E(32554): 4.9e-200
Smith-Waterman score: 3279; 99.8% identity (100.0% similar) in 491 aa overlap (1-491:1-491)
10 20 30 40 50 60
pF1KB7 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLTCHSEEAILELCDDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLTCHSEEAILELCDDY
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB7 SVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYWGINELFIDSCCSNR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 SVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYWGINELFIDSCCSNR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB7 YQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRFGQLRKKIWIRMENPAY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 YQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRFGQLRKKIWIRMENPAY
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB7 CLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDDPVLEGVEIACIAWFTGELAVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 CLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDDPVLEGVEIACIAWFTGELAVR
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB7 LAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVDTKEEESEDIENMGKVVQILRLMRIFRI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 LAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVDTKEEESEDIENMGKVVQILRLMRIFRI
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB7 LKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSVGISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPIC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 LKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSVGISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPIC
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB7 WWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIICGILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDID
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 WWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIICGILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDID
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB7 VDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHAFITSLSSVGIVVSDPDSTDASSIEDNEDIC
:::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS16 VDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHTFITSLSSVGIVVSDPDSTDASSIEDNEDIC
430 440 450 460 470 480
490
pF1KB7 NTTSLENCTAK
:::::::::::
CCDS16 NTTSLENCTAK
490
>>CCDS6279.1 KCNS2 gene_id:3788|Hs108|chr8 (477 aa)
initn: 1722 init1: 798 opt: 1702 Z-score: 1925.3 bits: 365.7 E(32554): 6.4e-101
Smith-Waterman score: 1702; 56.4% identity (82.2% similar) in 450 aa overlap (12-458:15-462)
10 20 30 40 50
pF1KB7 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLTCHSEEAILELC
.: : . .::::::. . . ::::::.::::.:: :::.:::::::
CCDS62 MTGQSLWDVSEANVEDGE-IRINVGGFKRRLRSHTLLRFPETRLGRLLLCHSREAILELC
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB7 DDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYWGINELFIDSCC
:::. ...:.:::::: :: :::.::.::::::: ::::::: ::::::::::.::::::
CCDS62 DDYDDVQREFYFDRNPELFPYVLHFYHTGKLHVMAELCVFSFSQEIEYWGINEFFIDSCC
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB7 SNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRFGQLRKKIWIRMEN
: :. :: : ... ::..: . :: :::.: : .. ::: .:..:...:. ..:
CCDS62 SYSYHGRKVEPEQEKWDEQSDQESTTSSFDEILAFYNDASKFDGQPLGNFRRQLWLALDN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB7 PAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVD---DPVLEGVEIACIAWFT
:.: . .....: :. ::..::..::..:. .:: :.. . :: .: :: :::::
CCDS62 PGYSVLSRVFSILSILVVMGSIITMCLNSLPDFQIPDSQGNPGEDPRFEIVEHFGIAWFT
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB7 GELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVDTKEEESEDIENMGKVVQILRL
::..:.:.:: ::.:: ::.::..::.::: ::.:. : . . :.:.:.:.:::
CCDS62 FELVARFAVAPDFLKFFKNALNLIDLMSIVPFYITLVVNLVVESTPTLANLGRVAQVLRL
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB7 MRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSVGISIFSVLIYSVEKDDHTSSL
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CCDS62 MRIFRILKLARHSTGLRSLGATLKYSYKEVGLLLLYLSVGISIFSVVAYTIEKEENEG-L
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB7 TSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIICGILVVALPITIIFNKFSKYYQ
..:: ::::::.:::::::::. : : :::: ::.::. :::::.::::.::::::..:.
CCDS62 ATIPACWWWATVSMTTVGYGDVVPGTTAGKLTASACILAGILVVVLPITLIFNKFSHFYR
360 370 380 390 400 410
420 430 440 450 460 470
pF1KB7 KQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHAFITSLSSVGIVVSDPDSTDASSIE
.::... . : : . .:.: :.:: ::........::...
CCDS62 RQKQLESAMRSCDFGDGMKEVPSVNLRDYYAHKVKSLMASLTNMSRSSPSELSLNDSLR
420 430 440 450 460 470
480 490
pF1KB7 DNEDICNTTSLENCTAK
>>CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 (545 aa)
initn: 1025 init1: 496 opt: 1017 Z-score: 1151.5 bits: 222.7 E(32554): 8.1e-58
Smith-Waterman score: 1102; 42.5% identity (71.0% similar) in 414 aa overlap (17-417:99-504)
10 20 30 40
pF1KB7 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHTRLGKLLT
.:.:::: . ..: : ::.::::.: :
CCDS64 DDLAEEDQQAGEVTTAKPEGPSDPPALLSTLNVNVGGHSYQLDYCELAGFPKTRLGRLAT
70 80 90 100 110 120
50 60 70 80 90 100
pF1KB7 CHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSFCQEIEYW
:. : ::::: ::.:::.:..:. : ::: .: : :.. :: : .:. ::
CCDS64 STSRSRQLSLCDDYEEQTDEYFFDRDPAVFQLVYNFYLSGVLLVLDGLCPRRFLEELGYW
130 140 150 160 170 180
110 120 130 140 150 160
pF1KB7 GINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKFDTLRF-G
:. . :: ..::..: :. : :.. .... ::. .:: : .:: :
CCDS64 GVRLKYTPRCCRICFEERRDELSERLKIQ--HELRAQAQVEEA----EEL--FRDMRFYG
190 200 210 220 230 240
170 180 190 200 210 220
pF1KB7 QLRKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNEDGEVDD-----P
:...: ::.: ..:: :...: . ::.:.::. .... :.:...:. . :
CCDS64 PQRRRLWNLMEKPFSSVAAKAIGVASSTFVLVSVVALALNTVEEMQQHSGQGEGGPDLRP
250 260 270 280 290 300
230 240 250 260 270
pF1KB7 VLEGVEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVD--TKE--
.:: ::. :...:: : .:::..: ..: .. ::..:.:.:.:.: : .. : :
CCDS64 ILEHVEMLCMGFFTLEYLLRLASTPDLRRFARSALNLVDLVAILPLYLQLLLECFTGEGH
310 320 330 340 350 360
280 290 300 310 320 330
pF1KB7 EESEDIENMGKVVQILR---LMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGLLLLFLSV
.... . ..::: :.:: ::::::::::::::.:::..: :::. :..:: ::::...
CCDS64 QRGQTVGSVGKVGQVLRVMRLMRIFRILKLARHSTGLRAFGFTLRQCYQQVGCLLLFIAM
370 380 390 400 410 420
340 350 360 370 380 390
pF1KB7 GISIFSVLIYSVEKDDHTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKLIASTCIIC
:: ::. .::::.: ....:.:: ::::..:..:::::: .: : :...: ::
CCDS64 GIFTFSAAVYSVEHDVPSTNFTTIPHSWWWAAVSISTVGYGDMYPETHLGRFFAFLCIAF
430 440 450 460 470 480
400 410 420 430 440 450
pF1KB7 GILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYAQRMHAFIT
::.. ..::.:..:::: ::.: :
CCDS64 GIILNGMPISILYNKFSDYYSKLKAYEYTTIRRERGEVNFMQRARKKIAECLLGSNPQLT
490 500 510 520 530 540
>>CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 (519 aa)
initn: 978 init1: 354 opt: 967 Z-score: 1095.4 bits: 212.2 E(32554): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 967; 39.1% identity (67.8% similar) in 422 aa overlap (10-417:54-465)
10 20 30
pF1KB7 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPHT
: . .. . .:::: . . ::: ::: .
CCDS10 SQLLSSPMETPSIKGLYYRRVRKVGALDASPVDLKKEILINVGGRRYLLPWSTLDRFPLS
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 RLGKLLTCHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFSF
::.:: :.: : :..:::::. ..:..:::.:: : ...: .::: ...:.:..::
CCDS10 RLSKLRLCRSYEEIVQLCDDYDEDSQEFFFDRSPSAFGVIVSFLAAGKLVLLQEMCALSF
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 CQEIEYWGINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEKF
.:. ::::.: .. :: : :: :. :. . .:: .. : .
CCDS10 QEELAYWGIEEAHLERCCL-RKLLRKLEELEELAKLHREDVLRQQR-------ETRRPAS
150 160 170 180 190
160 170 180 190 200 210
pF1KB7 DTLRFGQLRKKIWIRMENPAYCLSAKLIAISSLSVVLASIVAMCVHSMSEFQNED--GEV
. :.: ... .::: : .:..: :. : .. :..:: .: ... :. ::
CCDS10 HSSRWGLCMNRLREMVENPQSGLPGKVFACLSILFVATTAVSLCVSTMPDLRAEEDQGEC
200 210 220 230 240 250
220 230 240 250 260 270
pF1KB7 DDPV--LEGVEIACIAWFTGELAVRLAAAPCQKKFWKNPLNIIDFVSIIPFYATLAVDTK
. . :: :.:::. :. .:.. : . .:...::::::...: :.:..:::.
CCDS10 SRKCYYIFIVETICVAWFSLEFCLRFVQAQDKCQFFQGPLNIIDILAISPYYVSLAVS--
260 270 280 290 300 310
280 290 300 310 320
pF1KB7 EEESED---------IENMGKVVQILRLMRIFRILKLARHSVGLRSLGATLRHSYHEVGL
:: :: .:..: :...:: .::. ...:::::.::..:: :.:. .: ::
CCDS10 EEPPEDGERPSGSSYLEKVGLVLRVLRALRILYVMRLARHSLGLQTLGLTVRRCTREFGL
320 330 340 350 360 370
330 340 350 360 370 380
pF1KB7 LLLFLSVGISIFSVLIYSVEKDD-HTSSLTSIPICWWWATISMTTVGYGDTHPVTLAGKL
:::::.:.:..:: :.: .::.. .. .:::: .::: :::::::::: : .. :..
CCDS10 LLLFLAVAITLFSPLVYVAEKESGRVLEFTSIPASYWWAIISMTTVGYGDMVPRSVPGQM
380 390 400 410 420 430
390 400 410 420 430 440
pF1KB7 IASTCIICGILVVALPITIIFNKFSKYYQKQKDIDVDQCSEDAPEKCHELPYFNIRDIYA
.: . :. :::..:.: : ::. ::. : . :
CCDS10 VALSSILSGILIMAFPATSIFHTFSHSYLELKKEQEQLQARLRHLQNTGPASECELLDPH
440 450 460 470 480 490
450 460 470 480 490
pF1KB7 QRMHAFITSLSSVGIVVSDPDSTDASSIEDNEDICNTTSLENCTAK
CCDS10 VASEHELMNDVNDLILEGPALPIMHM
500 510
>>CCDS13436.1 KCNG1 gene_id:3755|Hs108|chr20 (513 aa)
initn: 981 init1: 381 opt: 965 Z-score: 1093.2 bits: 211.8 E(32554): 1.4e-54
Smith-Waterman score: 965; 38.0% identity (68.2% similar) in 421 aa overlap (9-417:57-471)
10 20 30
pF1KB7 MVFGEFFHRPGQDEELVNLNVGGFKQSVDQSTLLRFPH
.: . .. . .::::.: :. .:: .::
CCDS13 AFLPQRQAIKGAFYRRAQRLRPQDEPRQGCQPEDRRRRIIINVGGIKYSLPWTTLDEFPL
30 40 50 60 70 80
40 50 60 70 80 90
pF1KB7 TRLGKLLTCHSEEAILELCDDYSVADKEYYFDRNPSLFRYVLNFYYTGKLHVMEELCVFS
::::.: .: . . ::..::::.:. .:..:::::. : .:.: .:::....:.:..:
CCDS13 TRLGQLKACTNFDDILNVCDDYDVTCNEFFFDRNPGAFGTILTFLRAGKLRLLREMCALS
90 100 110 120 130 140
100 110 120 130 140 150
pF1KB7 FCQEIEYWGINELFIDSCCSNRYQERKEENHEKDWDQKSHDVSTDSSFEESSLFEKELEK
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CCDS63 YITLLVESLSGSQTTQELENVGRIVQVLRLLRALRMLKLGRHSTGLRSLGMTITQCYEEV
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]