FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB7033, 424 aa
  1>>>pF1KB7033 424 - 424 aa - 424 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9133+/-0.000328; mu= 14.8772+/- 0.020
 mean_var=81.5812+/-16.547, 0's: 0 Z-trim(115.9): 10  B-trim: 291 in 1/54
 Lambda= 0.141997
 statistics sampled from 26659 (26669) to 26659 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.667), E-opt: 0.2 (0.313), width:  16
 Scan time:  9.210

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_060103 (OMIM: 611357) protein FAM46A [Homo sapi ( 442) 1654 348.4 2.1e-95
NP_060179 (OMIM: 613952) protein FAM46C [Homo sapi ( 391) 1586 334.5 2.9e-91
NP_689843 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapi ( 389) 1281 272.0 1.9e-72
NP_001164045 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo s ( 389) 1281 272.0 1.9e-72


>>NP_060103 (OMIM: 611357) protein FAM46A [Homo sapiens]  (442 aa)
 initn: 1599 init1: 1219 opt: 1654  Z-score: 1833.9  bits: 348.4 E(85289): 2.1e-95
Smith-Waterman score: 1654; 65.3% identity (83.2% similar) in 386 aa overlap (44-424:59-442)

            20        30        40        50        60        70   
pF1KB7 AAQVGTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRG
                                     :  : . :.: ::.:::..::: :::::::
NP_060 GGDFGGGDFGGGDFGGGGSFGGHCLDYCESPTAHCNVLNWEQVQRLDGILSETIPIHGRG
       30        40        50        60        70        80        

            80        90       100       110       120       130   
pF1KB7 NFPTLSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDL
       ::::: .::  ::.:::  : :. . :..:::.::::::::: .::::::::::.: .::
NP_060 NFPTLELQPSLIVKVVRRRLAEKRIGVRDVRLNGSAASHVLHQDSGLGYKDLDLIFCADL
       90       100       110       120       130       140        

           140       150       160       170       180       190   
pF1KB7 RSEASFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSN
       :.:. :: .: ::: ::::::: ::.. ::::::::::::::.::::.::::::::::::
NP_060 RGEGEFQTVKDVVLDCLLDFLPEGVNKEKITPLTLKEAYVQKMVKVCNDSDRWSLISLSN
      150       160       170       180       190       200        

           200       210       220       230       240       250   
pF1KB7 KSGKNVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDF
       .::::::::::::.:::::::.::::: ::::::: .:: .::.:.::::. :::.::::
NP_060 NSGKNVELKFVDSLRRQFEFSVDSFQIKLDSLLLFYECSENPMTETFHPTIIGESVYGDF
      210       220       230       240       250       260        

           260       270       280       290       300       310   
pF1KB7 TEALEHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFP
        ::..:: ...::::.:::::::::::::.::::::::  : ....::::::::::::: 
NP_060 QEAFDHLCNKIIATRNPEEIRGGGLLKYCNLLVRGFRP-ASDEIKTLQRYMCSRFFIDFS
      270       280       290       300        310       320       

           320       330       340       350       360       370   
pF1KB7 DLVEQRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALAL
       :. ::.: :: ::. :: : .  :.:  :.::: ::::::::::.:::::::.::. ::.
NP_060 DIGEQQRKLESYLQNHFVGLED-RKYEYLMTLHGVVNESTVCLMGHERRQTLNLITMLAI
       330       340        350       360       370       380      

           380         390       400       410          420    
pF1KB7 QALAEQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLA---HAYPTWLPCN
       ..::.:.  : .. .  .  :.   .     :::.. :::...   ..: ::::::
NP_060 RVLADQNVIPNVANVTCYYQPAPYVADANFSNYYIAQVQPVFTCQQQTYSTWLPCN
        390       400       410       420       430       440  

>>NP_060179 (OMIM: 613952) protein FAM46C [Homo sapiens]  (391 aa)
 initn: 1494 init1: 1331 opt: 1586  Z-score: 1759.5  bits: 334.5 E(85289): 2.9e-91
Smith-Waterman score: 1586; 64.0% identity (83.0% similar) in 383 aa overlap (48-424:14-391)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
                                     .: :.: ::.::  .:.: .::::::::::
NP_060                  MAEESSCTRDCMSFSVLNWDQVSRLHEVLTEVVPIHGRGNFPT
                                10        20        30        40   

        80        90       100       110       120       130       
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
       : .  ..:::.::: ::: :..::.:::.::::.:::  ..::: :::::.:.: : .::
NP_060 LEITLKDIVQTVRSRLEEAGIKVHDVRLNGSAAGHVLVKDNGLGCKDLDLIFHVALPTEA
            50        60        70        80        90       100   

       140       150       160       170       180       190       
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
        :::.. :::  ::.::: ::.. ::.:.::::::::::::::::.:::::::::::.::
NP_060 EFQLVRDVVLCSLLNFLPEGVNKLKISPVTLKEAYVQKLVKVCTDTDRWSLISLSNKNGK
           110       120       130       140       150       160   

       200       210       220       230       240       250       
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
       :::::::::.:::::::.:::::::::::.: .::..:.:: ::::: :::.:::: ::.
NP_060 NVELKFVDSIRRQFEFSVDSFQIILDSLLFFYDCSNNPISEHFHPTVIGESMYGDFEEAF
           170       180       190       200       210       220   

       260       270       280       290       300       310       
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
       .::..:.:::..:::::::::::: .:::: :::  . ....:.:::::::::::::..:
NP_060 DHLQNRLIATKNPEEIRGGGLLKYSNLLVRDFRPTDQEEIKTLERYMCSRFFIDFPDILE
           230       240       250       260       270       280   

       320       330        340       350       360       370      
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAAR-RYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQAL
       :.: :: ::. ::  :.  : .:  :. :.:::::::::::.:::::::.::. :::..:
NP_060 QQRKLETYLQNHF--AEEERSKYDYLMILRRVVNESTVCLMGHERRQTLNLISLLALRVL
           290         300       310       320       330       340 

        380         390          400       410       420    
pF1KB7 AEQG--PAATAALAWRPPG---TDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN
       :::.  :.:: .  .  :.   .::      ::::.      .. ::::::::
NP_060 AEQNIIPSATNVTCYYQPAPYVSDG---NFSNYYVAHPPVTYSQPYPTWLPCN
             350       360          370       380       390 

>>NP_689843 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapiens]  (389 aa)
 initn: 1226 init1: 1092 opt: 1281  Z-score: 1421.8  bits: 272.0 E(85289): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1281; 52.5% identity (79.0% similar) in 366 aa overlap (48-411:6-370)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
                                     ...:.: ::  :: .:.: :::::.:::::
NP_689                          MSEIRFTNLTWDQVITLDQVLDEVIPIHGKGNFPT
                                        10        20        30     

        80        90       100       110       120       130       
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
       . :.:..:..::.. :  ::. :...::.::.::..:  ..:..:::::..: :.: .. 
NP_689 MEVKPKDIIHVVKDQLIGQGIIVKDARLNGSVASYILASHNGISYKDLDVIFGVELPGNE
          40        50        60        70        80        90     

       140       150       160       170       180       190       
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
        ::..: .:: :::::::  :.. :..:  .:.::::::::::.  : ::::::::..::
NP_689 EFQVVKDAVLDCLLDFLPKDVKKEKLSPDIMKDAYVQKLVKVCNGHDCWSLISLSNNTGK
         100       110       120       130       140       150     

       200       210       220       230       240       250       
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
       :.:::::.:.:::::::.:::::.:: .: : . ... ...  .:.:..::.:::: ::.
NP_689 NLELKFVSSLRRQFEFSVDSFQIVLDPMLDFYSDKNAKLTKESYPVVVAESMYGDFQEAM
         160       170       180       190       200       210     

       260       270       280       290       300       310       
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
        ::.:..: ::.::::::::::::: :::.::.:   .... :.:::::::::::: . :
NP_689 THLQHKLICTRKPEEIRGGGLLKYCSLLVHGFKPACMSEIKNLERYMCSRFFIDFPHIEE
         220       230       240       250       260       270     

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQALA
       :.. .: ::. :: : ..  .:  :.::: ::::::::::..:::: : ::. .::..:.
NP_689 QQKKIESYLHNHFIG-EGMTKYDYLMTLHGVVNESTVCLMSYERRQILHLITMMALKVLG
         280       290        300       310       320       330    

       380         390       400       410       420          
pF1KB7 EQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN      
       : .  : .  .  .  :.   .. :    :: :  :                   
NP_689 ELNILPNTQKVTCFYQPAPYFAAEARYPIYVIPEPPPVSFQPYHPLHFRGSNGMS
          340       350       360       370       380         

>>NP_001164045 (OMIM: 300976) protein FAM46D [Homo sapie  (389 aa)
 initn: 1226 init1: 1092 opt: 1281  Z-score: 1421.8  bits: 272.0 E(85289): 1.9e-72
Smith-Waterman score: 1281; 52.5% identity (79.0% similar) in 366 aa overlap (48-411:6-370)

        20        30        40        50        60        70       
pF1KB7 GTAAATAVATAAPAGGGPDPEALSAFPGRHLSGLSWPQVKRLDALLSEPIPIHGRGNFPT
                                     ...:.: ::  :: .:.: :::::.:::::
NP_001                          MSEIRFTNLTWDQVITLDQVLDEVIPIHGKGNFPT
                                        10        20        30     

        80        90       100       110       120       130       
pF1KB7 LSVQPRQIVQVVRSTLEEQGLHVHSVRLHGSAASHVLHPESGLGYKDLDLVFRVDLRSEA
       . :.:..:..::.. :  ::. :...::.::.::..:  ..:..:::::..: :.: .. 
NP_001 MEVKPKDIIHVVKDQLIGQGIIVKDARLNGSVASYILASHNGISYKDLDVIFGVELPGNE
          40        50        60        70        80        90     

       140       150       160       170       180       190       
pF1KB7 SFQLTKAVVLACLLDFLPAGVSRAKITPLTLKEAYVQKLVKVCTDSDRWSLISLSNKSGK
        ::..: .:: :::::::  :.. :..:  .:.::::::::::.  : ::::::::..::
NP_001 EFQVVKDAVLDCLLDFLPKDVKKEKLSPDIMKDAYVQKLVKVCNGHDCWSLISLSNNTGK
         100       110       120       130       140       150     

       200       210       220       230       240       250       
pF1KB7 NVELKFVDSVRRQFEFSIDSFQIILDSLLLFGQCSSTPMSEAFHPTVTGESLYGDFTEAL
       :.:::::.:.:::::::.:::::.:: .: : . ... ...  .:.:..::.:::: ::.
NP_001 NLELKFVSSLRRQFEFSVDSFQIVLDPMLDFYSDKNAKLTKESYPVVVAESMYGDFQEAM
         160       170       180       190       200       210     

       260       270       280       290       300       310       
pF1KB7 EHLRHRVIATRSPEEIRGGGLLKYCHLLVRGFRPRPSTDVRALQRYMCSRFFIDFPDLVE
        ::.:..: ::.::::::::::::: :::.::.:   .... :.:::::::::::: . :
NP_001 THLQHKLICTRKPEEIRGGGLLKYCSLLVHGFKPACMSEIKNLERYMCSRFFIDFPHIEE
         220       230       240       250       260       270     

       320       330       340       350       360       370       
pF1KB7 QRRTLERYLEAHFGGADAARRYACLVTLHRVVNESTVCLMNHERRQTLDLIAALALQALA
       :.. .: ::. :: : ..  .:  :.::: ::::::::::..:::: : ::. .::..:.
NP_001 QQKKIESYLHNHFIG-EGMTKYDYLMTLHGVVNESTVCLMSYERRQILHLITMMALKVLG
         280       290        300       310       320       330    

       380         390       400       410       420          
pF1KB7 EQG--PAATAALAWRPPGTDGVVPATVNYYVTPVQPLLAHAYPTWLPCN      
       : .  : .  .  .  :.   .. :    :: :  :                   
NP_001 ELNILPNTQKVTCFYQPAPYFAAEARYPIYVIPEPPPVSFQPYHPLHFRGSNGMS
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