Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB5484
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB5484, 650 aa
1>>>pF1KB5484 650 - 650 aa - 650 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9929+/-0.000731; mu= 9.0830+/- 0.044
mean_var=163.5646+/-32.082, 0's: 0 Z-trim(115.7): 15 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.100284
statistics sampled from 16278 (16293) to 16278 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.804), E-opt: 0.2 (0.5), width: 16
Scan time: 4.760
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS32997.1 APLP1 gene_id:333|Hs108|chr19 ( 651) 4434 653.2 3.2e-187
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CCDS58196.1 APLP2 gene_id:334|Hs108|chr11 ( 761) 761 121.9 3.3e-27
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CCDS56213.1 APP gene_id:351|Hs108|chr21 ( 752) 683 110.6 8.2e-24
CCDS13576.1 APP gene_id:351|Hs108|chr21 ( 770) 683 110.6 8.4e-24
>>CCDS32997.1 APLP1 gene_id:333|Hs108|chr19 (651 aa)
initn: 3573 init1: 3573 opt: 4434 Z-score: 3474.8 bits: 653.2 E(32554): 3.2e-187
Smith-Waterman score: 4434; 99.8% identity (99.8% similar) in 651 aa overlap (1-650:1-651)
10 20 30 40 50 60
pF1KB5 MGPASPAARGLSRRPGQPPLPLLLPLLLLLLRAQPAIGSLAGGSPGAAEAPGSAQVAGLC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MGPASPAARGLSRRPGQPPLPLLLPLLLLLLRAQPAIGSLAGGSPGAAEAPGSAQVAGLC
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GRLTLHRDLRTGRWEPDPQRSRRCLRDPQRVLEYCRQMYPELQIARVEQATQAIPMERWC
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 GGSRSGSCAHPHHQVVPFRCLPGEFVSEALLVPEGCRFLHQERMDQCESSTRRHQEAQEA
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 CSSQGLILHGSGMLLPCGSDRFRGVEYVCCPPPGTPDPSGTAVGDPSTRSWPPGSRVEGA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB5 EDEEEEESFPQPVDDYFVEPPQAEEEEETVPPPSSHTLAVVGKVTPTPRPTDGVDIYFGM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 EDEEEEESFPQPVDDYFVEPPQAEEEEETVPPPSSHTLAVVGKVTPTPRPTDGVDIYFGM
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pF1KB5 PGEISEHEGFLRAKMDLEERRMRQINEVMREWAMADNQSKNLPKADRQALNEHFQSILQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 PGEISEHEGFLRAKMDLEERRMRQINEVMREWAMADNQSKNLPKADRQALNEHFQSILQT
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB5 LEEQVSGERQRLVETHATRVIALINDQRRAALEGFLAALQADPPQAERVLLALRRYLRAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 LEEQVSGERQRLVETHATRVIALINDQRRAALEGFLAALQADPPQAERVLLALRRYLRAE
370 380 390 400 410 420
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pF1KB5 QKEQRHTLRHYQHVAAVDPEKAQQMRFQVHTHLQVIEERVNQSLGLLDQNPHLAQELRPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 QKEQRHTLRHYQHVAAVDPEKAQQMRFQVHTHLQVIEERVNQSLGLLDQNPHLAQELRPQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530
pF1KB5 IQELLHSEHLGPSELEAPAPGGSSEDKGGLQPPDSKD-DTPMTLPKGSTEQDAASPEKEK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::::::::::
CCDS32 IQELLHSEHLGPSELEAPAPGGSSEDKGGLQPPDSKDADTPMTLPKGSTEQDAASPEKEK
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KB5 MNPLEQYERKVNASVPRGFPFHSSEIQRDELAPAGTGVSREAVSGLLIMGAGGGSLIVLS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MNPLEQYERKVNASVPRGFPFHSSEIQRDELAPAGTGVSREAVSGLLIMGAGGGSLIVLS
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KB5 MLLLRRKKPYGAISHGVVEVDPMLTLEEQQLRELQRHGYENPTYRFLEERP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 MLLLRRKKPYGAISHGVVEVDPMLTLEEQQLRELQRHGYENPTYRFLEERP
610 620 630 640 650
>>CCDS44774.1 APLP2 gene_id:334|Hs108|chr11 (695 aa)
initn: 1612 init1: 768 opt: 798 Z-score: 631.4 bits: 127.2 E(32554): 7.6e-29
Smith-Waterman score: 1602; 40.6% identity (69.3% similar) in 684 aa overlap (23-648:15-692)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MGPASPAARGLSRRPGQPPLPLLLPLLLLLLRAQPAIGSLAG------GSPGAAEAPGSA
:: :::. : : ::. .::: .. :.. : .
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10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 QVAGLCGRLTLHRDLRTGRWEPDPQRSRRCLRDPQRVLEYCRQMYPELQIARVEQATQAI
:.: .::.:..: ...::.::::: .. :.. ..::.::..:::::::. : .:.: .
CCDS44 QIAMFCGKLNMHVNIQTGKWEPDPTGTKSCFETKEEVLQYCQEMYPELQITNVMEANQRV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 PMERWCGGSRSGSCAHPHHQVVPFRCLPGEFVSEALLVPEGCRFLHQERMDQCESSTRRH
.. :: ... .: . :.::.:: :::::..::::: :.:.:.:::. ::. . :
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120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KB5 QEAQEACSSQGLILHGSGMLLPCGSDRFRGVEYVCCPPP---GT-------PDPSGTAVG
..::: .::. :.. ::::::: :.:.:.:::::: :. :
CCDS44 TVVKEACLTQGMTLYSYGMLLPCGVDQFHGTEYVCCPQTKIIGSVSKEEEEEDEEEEEEE
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270
pF1KB5 D------------PSTRSWPPGSRVEGAEDEEEEESFPQPVDD--YFVEPPQAEEEEETV
: :. . ... ::.:.:: . :.: :. . .... .:
CCDS44 DEEEDYDVYKSEFPTEADLEDFTEAAVDEDDEDEEEGEEVVEDRDYYYDTFKGDDYNEEN
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
pF1KB5 P--PPSSHTLA---VVG--KVTPTPRPTDGVDIYFGMPGEISEHEGFLRAKMDLEERRMR
: : :. :.. .. :: ::: ::. ::.:: .. .:: : .:: .:: :.
CCDS44 PTEPGSDGTMSDKEITHDVKVPPTPLPTNDVDVYFETSADDNEHARFQKAKEQLEIRHRN
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB5 QINEVMREWAMADNQSKNLPKADRQALNEHFQSILQTLEEQVSGERQRLVETHATRVIAL
....: .:: :. :.::::::.::.: .:::.....::.....:.:.::::: .:: :.
CCDS44 RMDRVKKEWEEAELQAKNLPKAERQTLIQHFQAMVKALEKEAASEKQQLVETHLARVEAM
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB5 INDQRRAALEGFLAALQADPPQAERVLLALRRYLRAEQKEQRHTLRHYQHVAAVDPEKAQ
.::.:: :::..:::::.:::. .:.: :::::.:::.:.. ::.:::::: :::::::
CCDS44 LNDRRRMALENYLAALQSDPPRPHRILQALRRYVRAENKDRLHTIRHYQHVLAVDPEKAA
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490
pF1KB5 QMRFQVHTHLQVIEERVNQSLGLLDQNPHLAQELRPQIQELLHSEHLGPSEL-----EAP
::. :: :::.::::: ::::.:: . :..:::.. .:.:::. .. ... :.:
CCDS44 QMKSQVMTHLHVIEERRNQSLSLLYKVPYVAQEIQEEIDELLQEQRADMDQFTASISETP
470 480 490 500 510 520
500 510 520 530 540 550
pF1KB5 APGGSSEDKGGLQPPDSKDDTPMTLPK----GSTEQDAA--SPEKEKMNPLEQYERK--V
. : ... :: .::. : :::.. . :.. .: .. ... .
CCDS44 VDVRVSSEESEEIPPFHPFHPFPALPENEGSGVGEQDGGLIGAEEKVINSKNKVDENMVI
530 540 550 560 570 580
560 570 580 590 600
pF1KB5 NASVP-RGFPFHSSEI-----QRDELAP--AGTGVSREAVSGLLIMGAGGGSLIVLSMLL
. .. . . :.. .. .:. ..: ..: :. :::..... ...::.:...
CCDS44 DETLDVKEMIFNAERVGGLEEERESVGPLREDFSLSSSALIGLLVIAVAIATVIVISLVM
590 600 610 620 630 640
610 620 630 640 650
pF1KB5 LRRKKPYGAISHGVVEVDPMLTLEEQQLRELQRHGYENPTYRFLEERP
:: :. ::.::::.:::::::: ::..: ..: ::::::::..::.
CCDS44 LR-KRQYGTISHGIVEVDPMLTPEERHLNKMQNHGYENPTYKYLEQMQI
650 660 670 680 690
>>CCDS44775.1 APLP2 gene_id:334|Hs108|chr11 (522 aa)
initn: 1253 init1: 762 opt: 762 Z-score: 605.0 bits: 121.9 E(32554): 2.2e-27
Smith-Waterman score: 1023; 33.7% identity (57.7% similar) in 653 aa overlap (23-648:15-519)
10 20 30 40 50
pF1KB5 MGPASPAARGLSRRPGQPPLPLLLPLLLLLLRAQPAIGSLAG------GSPGAAEAPGSA
:: :::. : : ::. .::: .. :.. : .
CCDS44 MAATGTAAAAATGRLLLLLLVGLTA-PAL-ALAGYIEALAANAGTGFAVAEP
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB5 QVAGLCGRLTLHRDLRTGRWEPDPQRSRRCLRDPQRVLEYCRQMYPELQIARVEQATQAI
:.: .::.:..: ...::.::::: .. :.. ..::.::..:::::::. : .:.: .
CCDS44 QIAMFCGKLNMHVNIQTGKWEPDPTGTKSCFETKEEVLQYCQEMYPELQITNVMEANQRV
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB5 PMERWCGGSRSGSCAHPHHQVVPFRCLPGEFVSEALLVPEGCRFLHQERMDQCESSTRRH
.. :: ... .: . :.::.:: ::
CCDS44 SIDNWCRRDKK-QCKS--RFVTPFKCL----------VP---------------------
120 130
180 190 200 210 220 230
pF1KB5 QEAQEACSSQGLILHGSGMLLPCGSDRFRGVEYVCCPPPGTPDPSGTAVGDPSTRSWPPG
CCDS44 ------------------------------------------------------------
240 250 260 270 280 290
pF1KB5 SRVEGAEDEEEEESFPQPVDDYFVEPPQAEEEEETVPPPSSHTLAVVGKVTPTPRPTDGV
::: ::. :
CCDS44 ---------------------------------------------------PTPLPTNDV
140
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 DIYFGMPGEISEHEGFLRAKMDLEERRMRQINEVMREWAMADNQSKNLPKADRQALNEHF
:.:: .. .:: : .:: .:: :. ....: .:: :. :.::::::.::.: .::
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150 160 170 180 190 200
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pF1KB5 QSILQTLEEQVSGERQRLVETHATRVIALINDQRRAALEGFLAALQADPPQAERVLLALR
:.....::.....:.:.::::: .:: :..::.:: :::..:::::.:::. .:.: :::
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210 220 230 240 250 260
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RYLRAEQKEQRHTLRHYQHVAAVDPEKAQQMRFQVHTHLQVIEERVNQSLGLLDQNPHLA
::.:::.:.. ::.:::::: ::::::: ::. :: :::.::::: ::::.:: . :..:
CCDS44 RYVRAENKDRLHTIRHYQHVLAVDPEKAAQMKSQVMTHLHVIEERRNQSLSLLYKVPYVA
270 280 290 300 310 320
480 490 500 510 520
pF1KB5 QELRPQIQELLHSEHLGPSEL-----EAPAPGGSSEDKGGLQPPDSKDDTPMTLPK----
::.. .:.:::. .. ... :.:. : ... :: .::.
CCDS44 QEIQEEIDELLQEQRADMDQFTASISETPVDVRVSSEESEEIPPFHPFHPFPALPENEGS
330 340 350 360 370 380
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pF1KB5 GSTEQDAA--SPEKEKMNPLEQYERK--VNASVP-RGFPFHSSEI-----QRDELAP--A
: :::.. . :.. .: .. ... .. .. . . :.. .. .:. ..:
CCDS44 GVGEQDGGLIGAEEKVINSKNKVDENMVIDETLDVKEMIFNAERVGGLEEERESVGPLRE
390 400 410 420 430 440
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pF1KB5 GTGVSREAVSGLLIMGAGGGSLIVLSMLLLRRKKPYGAISHGVVEVDPMLTLEEQQLREL
..: :. :::..... ...::.:...:: :. ::.::::.:::::::: ::..: ..
CCDS44 DFSLSSSALIGLLVIAVAIATVIVISLVMLR-KRQYGTISHGIVEVDPMLTPEERHLNKM
450 460 470 480 490 500
640 650
pF1KB5 QRHGYENPTYRFLEERP
: ::::::::..::.
CCDS44 QNHGYENPTYKYLEQMQI
510 520
>>CCDS8486.1 APLP2 gene_id:334|Hs108|chr11 (763 aa)
initn: 1605 init1: 761 opt: 764 Z-score: 604.2 bits: 122.3 E(32554): 2.5e-27
Smith-Waterman score: 1474; 37.8% identity (64.0% similar) in 714 aa overlap (55-648:51-760)
30 40 50 60 70 80
pF1KB5 PLLLLLLRAQPAIGSLAGGSPGAAEAPGSAQVAGLCGRLTLHRDLRTGRWEPDPQRSRRC
:.: .::.:..: ...::.::::: .. :
CCDS84 VGLTAPALALAGYIEALAANAGTGFAVAEPQIAMFCGKLNMHVNIQTGKWEPDPTGTKSC
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pF1KB5 LRDPQRVLEYCRQMYPELQIARVEQATQAIPMERWCGGSRSGSCAHPHHQVVPFRCLPGE
.. ..::.::..:::::::. : .:.: . .. :: ... .: :.::.:: ::
CCDS84 FETKEEVLQYCQEMYPELQITNVMEANQRVSIDNWCRRDKK-QCKSRF--VTPFKCLVGE
90 100 110 120 130
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pF1KB5 FVSEALLVPEGCRFLHQERMDQCESSTRRHQEAQEACSSQGLILHGSGMLLPCGSDRFRG
:::..::::: :.:.:.:::. ::. . : ..::: .::. :.. ::::::: :.:.:
CCDS84 FVSDVLLVPEKCQFFHKERMEVCENHQHWHTVVKEACLTQGMTLYSYGMLLPCGVDQFHG
140 150 160 170 180 190
210 220 230 240
pF1KB5 VEYVCCPPP---GT-------------PDPSGTAVGDPSTRSWPPGSRVEG------AED
.:::::: :. . . : .: . .: ::
CCDS84 TEYVCCPQTKIIGSVSKEEEEEDEEEEEEEDEEEDYDVYKSEFPTEADLEDFTEAAVDED
200 210 220 230 240 250
250 260 270
pF1KB5 EEEEESFPQPVDD--YFVEPPQAEEEEETVP--PPSSHTL--------------------
.:.:: . :.: :. . .... .: : : :. :.
CCDS84 DEDEEEGEEVVEDRDYYYDTFKGDDYNEENPTEPGSDGTMSDKEITHDVKAVCSQEAMTG
260 270 280 290 300 310
280 290
pF1KB5 ---AVV---------GK-----------------------------VTPTPRPTDGVDIY
::. :: . ::: ::. ::.:
CCDS84 PCRAVMPRWYFDLSKGKCVRFIYGGCGGNRNNFESEDYCMAVCKAMIPPTPLPTNDVDVY
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KB5 FGMPGEISEHEGFLRAKMDLEERRMRQINEVMREWAMADNQSKNLPKADRQALNEHFQSI
: .. .:: : .:: .:: :. ....: .:: :. :.::::::.::.: .:::..
CCDS84 FETSADDNEHARFQKAKEQLEIRHRNRMDRVKKEWEEAELQAKNLPKAERQTLIQHFQAM
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KB5 LQTLEEQVSGERQRLVETHATRVIALINDQRRAALEGFLAALQADPPQAERVLLALRRYL
...::.....:.:.::::: .:: :..::.:: :::..:::::.:::. .:.: :::::.
CCDS84 VKALEKEAASEKQQLVETHLARVEAMLNDRRRMALENYLAALQSDPPRPHRILQALRRYV
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB5 RAEQKEQRHTLRHYQHVAAVDPEKAQQMRFQVHTHLQVIEERVNQSLGLLDQNPHLAQEL
:::.:.. ::.:::::: ::::::: ::. :: :::.::::: ::::.:: . :..:::.
CCDS84 RAENKDRLHTIRHYQHVLAVDPEKAAQMKSQVMTHLHVIEERRNQSLSLLYKVPYVAQEI
500 510 520 530 540 550
480 490 500 510 520
pF1KB5 RPQIQELLHSEHLGPSELEAP---APGG---SSEDKGGLQP----------PDSKDDTP-
. .:.:::. .. ... : .: :::.. . : :...: :
CCDS84 QEEIDELLQEQRADMDQFTASISETPVDVRVSSEESEEIPPFHPFHPFPALPENEDTQPE
560 570 580 590 600 610
530 540 550 560
pF1KB5 --MTLPKGST--EQDAA--SPEKEKMNPLEQYERK--VNASVP-RGFPFHSSEI-----Q
. ::: :::.. . :.. .: .. ... .. .. . . :.. .. .
CCDS84 LYHPMKKGSGVGEQDGGLIGAEEKVINSKNKVDENMVIDETLDVKEMIFNAERVGGLEEE
620 630 640 650 660 670
570 580 590 600 610 620
pF1KB5 RDELAP--AGTGVSREAVSGLLIMGAGGGSLIVLSMLLLRRKKPYGAISHGVVEVDPMLT
:. ..: ..: :. :::..... ...::.:...:: :. ::.::::.::::::::
CCDS84 RESVGPLREDFSLSSSALIGLLVIAVAIATVIVISLVMLR-KRQYGTISHGIVEVDPMLT
680 690 700 710 720 730
630 640 650
pF1KB5 LEEQQLRELQRHGYENPTYRFLEERP
::..: ..: ::::::::..::.
CCDS84 PEERHLNKMQNHGYENPTYKYLEQMQI
740 750 760
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CCDS58 HGYENPTYKYLEQMQI
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: . . . . : : :.: :.....:. .: .. :. ::.. :. ...
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CCDS56 SLEQEAANERQQLVETHMARVEAMLNDRRRLALENYITALQAVPPRPRHVFNMLKKYVRA
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CCDS56 EQKDRQHTLKHFEHVRMVDPKKAAQIRSQVMTHLRVIYERMNQSLSLLYNVPAVAEEIQD
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CCDS56 EVDELLQKEQNYSDDVLANMISEPRISYGNDALMPSLTETKTTVELLPVNGEFSLD--DL
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CCDS56 QPWHSFGADSVPANT-ENEVEPVDARPAADRGLTTRPGSGLTNIKTEEISEVKMDAEFRH
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CCDS56 DSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIATVIVITLVMLKKKQ-YTSIHHGVV
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CCDS56 EVDAAVTPEERHLSKMQQNGYENPTYKFFEQMQN
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pF1KB5 MGPASPAARGLSRRPGQPPLPLLLPLLLLLLRAQPAIGSLAGGSPGAAEAPGSAQVAGLC
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CCDS13 MLPGLALLLLAAWTARALEVPTDGNAGLLAEPQIAMFC
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CCDS13 GRLNMHMNVQNGKWDSDPSGTKTCIDTKEGILQYCQEVYPELQITNVVEANQPVTIQNWC
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CCDS13 KRGRKQCKTHPHF-VIPYRCLVGEFVSDALLVPDKCKFLHQERMDVCETHLHWHTVAKET
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:: .. :: ::::::: :.:::::.:::: : :. : : : :
CCDS13 CSEKSTNLHDYGMLLPCGIDKFRGVEFVCCPLAEESDNVDSADAEEDDSDVWWGGADTDY
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CCDS13 ADGSEDKVVEVAEEEEVAEVEEEEADDDEDDEDGDEVEEEAEEPYEEATERTTSIATTTT
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