Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4667
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4667, 355 aa
1>>>pF1KB4667 355 - 355 aa - 355 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1870+/-0.00105; mu= 17.5334+/- 0.063
mean_var=69.0502+/-13.410, 0's: 0 Z-trim(103.8): 53 B-trim: 43 in 1/50
Lambda= 0.154345
statistics sampled from 7514 (7567) to 7514 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.593), E-opt: 0.2 (0.232), width: 16
Scan time: 2.620
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS13804.1 GNAZ gene_id:2781|Hs108|chr22 ( 355) 2329 527.8 5.4e-150
CCDS802.1 GNAI3 gene_id:2773|Hs108|chr1 ( 354) 1589 363.0 2.1e-100
CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 354) 1588 362.8 2.5e-100
CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 355) 1588 362.8 2.5e-100
CCDS54587.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 318) 1447 331.4 6.5e-91
CCDS63642.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 339) 1447 331.4 6.8e-91
CCDS47625.1 GNAT3 gene_id:346562|Hs108|chr7 ( 354) 1407 322.5 3.4e-88
CCDS10756.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 1389 318.5 5.5e-87
CCDS59061.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 ( 302) 1387 318.0 6.6e-87
CCDS63644.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 ( 303) 1387 318.0 6.6e-87
CCDS803.1 GNAT2 gene_id:2780|Hs108|chr1 ( 354) 1373 314.9 6.5e-86
CCDS10757.1 GNAO1 gene_id:2775|Hs108|chr16 ( 354) 1372 314.7 7.5e-86
CCDS2812.1 GNAT1 gene_id:2779|Hs108|chr3 ( 350) 1293 297.1 1.5e-80
CCDS6657.1 GNA14 gene_id:9630|Hs108|chr9 ( 355) 1046 242.1 5.4e-64
CCDS6658.1 GNAQ gene_id:2776|Hs108|chr9 ( 359) 1034 239.4 3.5e-63
CCDS12103.1 GNA11 gene_id:2767|Hs108|chr19 ( 359) 1020 236.3 3e-62
CCDS5335.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 381) 895 208.5 7.5e-54
CCDS11661.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 377) 880 205.2 7.6e-53
CCDS12104.1 GNA15 gene_id:2769|Hs108|chr19 ( 374) 826 193.1 3.1e-49
CCDS46624.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 380) 774 181.6 9.7e-46
CCDS11851.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 458) 773 181.4 1.3e-45
CCDS42892.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 379) 763 179.1 5.3e-45
CCDS11852.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 381) 757 177.8 1.3e-44
CCDS64584.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 322) 719 169.3 4.1e-42
CCDS62302.1 GNA13 gene_id:10672|Hs108|chr17 ( 282) 661 156.3 2.9e-38
CCDS64583.1 GNA12 gene_id:2768|Hs108|chr7 ( 305) 643 152.3 4.9e-37
CCDS13472.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 394) 607 144.4 1.6e-34
CCDS46623.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 ( 395) 604 143.7 2.5e-34
CCDS46622.1 GNAS gene_id:2778|Hs108|chr20 (1037) 600 143.1 1e-33
CCDS58614.1 GNAL gene_id:2774|Hs108|chr18 ( 174) 344 85.6 3.5e-17
>>CCDS13804.1 GNAZ gene_id:2781|Hs108|chr22 (355 aa)
initn: 2329 init1: 2329 opt: 2329 Z-score: 2806.4 bits: 527.8 E(32554): 5.4e-150
Smith-Waterman score: 2329; 100.0% identity (100.0% similar) in 355 aa overlap (1-355:1-355)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
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CCDS13 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 FNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEI
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRD
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 MTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 MTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQ
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 TSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB4 AVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS13 AVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
310 320 330 340 350
>>CCDS802.1 GNAI3 gene_id:2773|Hs108|chr1 (354 aa)
initn: 1587 init1: 1203 opt: 1589 Z-score: 1915.9 bits: 363.0 E(32554): 2.1e-100
Smith-Waterman score: 1589; 67.2% identity (86.2% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
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CCDS80 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAKEVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEI
.. . ::.:: .. :.:.:. ::::.. :.::: . :: :: :::.:.: :: .: .
CCDS80 YSEDECKQYKVVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGEAARADDARQLFVLAGSAE-EGVM
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRD
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CCDS80 TPELAGVIKRLWRDGGVQACFSRSREYQLNDSASYYLNDLDRISQSNYIPTQQDVLRTRV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 MTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQ
::::::..::::.: ::: :::::::::::::::::::::::::: :: ::: : ::..
CCDS80 KTTGIVETHFTFKDLYFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEA
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CCDS80 MNRMHESMKLFDSICNNKWFTETSIILFLNKKDLFEEKIKRSPLTICYPEYTGSNTYEEA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB4 AVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
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CCDS80 AAYIQCQFEDLNRRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKECGLY
300 310 320 330 340 350
>>CCDS5595.1 GNAI1 gene_id:2770|Hs108|chr7 (354 aa)
initn: 1192 init1: 1192 opt: 1588 Z-score: 1914.7 bits: 362.8 E(32554): 2.5e-100
Smith-Waterman score: 1588; 67.2% identity (85.9% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
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CCDS55 MGCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEAG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEI
.. : ::.:: .. :.:.:. ::::.. :.::: . :: :: :::.:.: :: .: .
CCDS55 YSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAE-EGFM
70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRD
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CCDS55 TAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRV
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 MTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQ
::::::..::::.: ::: :::::::::::::::::::::::::: :: ::: : ::..
CCDS55 KTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSDYDLVLAEDEE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEA
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CCDS55 MNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKIKKSPLTICYPEYAGSNTYEEA
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB4 AVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
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CCDS55 AAYIQCQFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2813.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 (355 aa)
initn: 1588 init1: 1588 opt: 1588 Z-score: 1914.7 bits: 362.8 E(32554): 2.5e-100
Smith-Waterman score: 1588; 66.4% identity (85.3% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-354)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
::: :.:.: ::.::. ::..:: .... ::.::::::...:::::::::::::: :
CCDS28 MGCTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHEDG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 FNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEI
.. : :..:. .. :.:.:. :..:.. :.::: .:.:: :: :::::. :: .: .
CCDS28 YSEEECRQYRAVVYSNTIQSIMAIVKAMGNLQIDFADPSRADDARQLFALSCTAEEQGVL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 TPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRD
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CCDS28 PDDLSGVIRRLWADHGVQACFGRSREYQLNDSAAYYLNDLERIAQSDYIPTQQDVLRTRV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 MTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQ
::::::..::::.: ::: :::::::::::::::::::::::::: ::.::: : ::..
CCDS28 KTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSAYDLVLAEDEE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 TSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEA
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CCDS28 MNRMHESMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKITHSPLTICFPEYTGANKYDEA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KB4 AVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
: ::: .:::::. :.:::::.::::::::.:.::::::::::::.:::: ::
CCDS28 ASYIQSKFEDLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF
310 320 330 340 350
>>CCDS54587.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 (318 aa)
initn: 1447 init1: 1447 opt: 1447 Z-score: 1745.7 bits: 331.4 E(32554): 6.5e-91
Smith-Waterman score: 1447; 67.9% identity (85.7% similar) in 315 aa overlap (40-354:3-317)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGGFNLEACKEY
:...:::::::::::::: :.. : :..:
CCDS54 MRGAGESGKSTIVKQMKIIHEDGYSEEECRQY
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 KPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEITPELLGVMR
. .. :.:.:. :..:.. :.::: .:.:: :: :::::. :: .: . .: ::.:
CCDS54 RAVVYSNTIQSIMAIVKAMGNLQIDFADPSRADDARQLFALSCTAEEQGVLPDDLSGVIR
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRDMTTGIVENK
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CCDS54 RLWADHGVQACFGRSREYQLNDSAAYYLNDLERIAQSDYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETH
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQTSRMAESLR
::::.: ::: :::::::::::::::::::::::::: ::.::: : ::.. .:: ::..
CCDS54 FTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSAYDLVLAEDEEMNRMHESMK
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEAAVYIQRQFE
::::::::.:: .::.:::::::::. ::: . ::::::::: : : :.::: ::: .::
CCDS54 LFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKITHSPLTICFPEYTGANKYDEAASYIQSKFE
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350
pF1KB4 DLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
:::. :.:::::.::::::::.:.::::::::::::.:::: ::
CCDS54 DLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF
280 290 300 310
>>CCDS63642.1 GNAI2 gene_id:2771|Hs108|chr3 (339 aa)
initn: 1447 init1: 1447 opt: 1447 Z-score: 1745.3 bits: 331.4 E(32554): 6.8e-91
Smith-Waterman score: 1447; 67.9% identity (85.7% similar) in 315 aa overlap (40-354:24-338)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 KEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGGFNLEACKEY
:...:::::::::::::: :.. : :..:
CCDS63 MTEGVKTLGWTKQKGGCHWGRSEGAGESGKSTIVKQMKIIHEDGYSEEECRQY
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 KPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEITPELLGVMR
. .. :.:.:. :..:.. :.::: .:.:: :: :::::. :: .: . .: ::.:
CCDS63 RAVVYSNTIQSIMAIVKAMGNLQIDFADPSRADDARQLFALSCTAEEQGVLPDDLSGVIR
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 RLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRDMTTGIVENK
::::: :.::::.:: ::.:.:.:::::::::::: .::::: .:.::.: ::::::..
CCDS63 RLWADHGVQACFGRSREYQLNDSAAYYLNDLERIAQSDYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETH
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 FTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQTSRMAESLR
::::.: ::: :::::::::::::::::::::::::: ::.::: : ::.. .:: ::..
CCDS63 FTFKDLHFKMFDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSAYDLVLAEDEEMNRMHESMK
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 LFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEAAVYIQRQFE
::::::::.:: .::.:::::::::. ::: . ::::::::: : : :.::: ::: .::
CCDS63 LFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKITHSPLTICFPEYTGANKYDEAASYIQSKFE
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350
pF1KB4 DLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC
:::. :.:::::.::::::::.:.::::::::::::.:::: ::
CCDS63 DLNKRKDTKEIYTHFTCATDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF
300 310 320 330
>>CCDS47625.1 GNAT3 gene_id:346562|Hs108|chr7 (354 aa)
initn: 1072 init1: 1072 opt: 1407 Z-score: 1696.9 bits: 322.5 E(32554): 3.4e-88
Smith-Waterman score: 1407; 57.9% identity (84.5% similar) in 354 aa overlap (1-354:1-353)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGG
:: ::: ::.:.::......:. ...:. : .::::::...::::::::::::::..:
CCDS47 MGSGISSESKESAKRSKELEKKLQEDAERDARTVKLLLLGAGESGKSTIVKQMKIIHKNG
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]