Result of FASTA (omim) for pFN21AB4406
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KB4406, 2214 aa
  1>>>pF1KB4406 2214 - 2214 aa - 2214 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
  60827320 residues in 85289 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2513+/-0.000759; mu= 9.5022+/- 0.046
 mean_var=246.8163+/-52.002, 0's: 0 Z-trim(109.6): 479  B-trim: 347 in 2/52
 Lambda= 0.081637
 statistics sampled from 17280 (17859) to 17280 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.536), E-opt: 0.2 (0.209), width:  16
 Scan time: 15.990

The best scores are:                                      opt bits E(85289)
NP_003096 (OMIM: 104300,602005) sortilin-related r (2214) 15428 1833.8       0
XP_016873658 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2110) 14715 1749.8       0
XP_016873659 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2039) 14248 1694.8       0
XP_016873660 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1769) 12368 1473.3       0
XP_011541267 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1701) 11657 1389.5       0
XP_016873661 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1334) 9426 1126.6       0
XP_011541269 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (1158) 8237 986.5       0
XP_011541265 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sort (2176) 7921 949.6       0
XP_011509485 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (4612) 1259 165.3 1.5e-38
XP_011509486 (OMIM: 222448,600073) PREDICTED: low- (3892) 1227 161.5 1.8e-37
NP_004516 (OMIM: 222448,600073) low-density lipopr (4655) 1227 161.6   2e-37
NP_002323 (OMIM: 107770) prolow-density lipoprotei (4544) 1073 143.4 5.7e-32
XP_016874792 (OMIM: 107770) PREDICTED: prolow-dens (4561) 1073 143.4 5.8e-32
NP_001278831 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1034)  821 113.0 1.8e-23
XP_016873224 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1072)  821 113.1 1.9e-23
XP_011543333 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1600)  821 113.3 2.4e-23
NP_002326 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60181 (1615)  821 113.3 2.5e-23
XP_011543332 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1624)  821 113.3 2.5e-23
XP_005274051 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1653)  821 113.3 2.5e-23
XP_011543331 (OMIM: 133780,144750,166710,259770,60 (1662)  821 113.3 2.5e-23
NP_001018064 (OMIM: 602600,608446) low-density lip ( 904)  814 112.2 2.9e-23
NP_004622 (OMIM: 602600,608446) low-density lipopr ( 963)  814 112.2 3.1e-23
XP_011540398 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 762)  812 111.8 3.1e-23
XP_016857755 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 842)  812 111.9 3.3e-23
XP_006710945 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 901)  812 111.9 3.5e-23
XP_006710944 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 917)  812 111.9 3.5e-23
XP_005271230 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 976)  812 112.0 3.7e-23
NP_001309155 (OMIM: 192977,224050) very low-densit ( 804)  810 111.6 3.8e-23
NP_001309154 (OMIM: 192977,224050) very low-densit ( 832)  810 111.6 3.9e-23
XP_011540396 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 934)  798 110.3 1.1e-22
XP_016857754 (OMIM: 602600,608446) PREDICTED: low- ( 921)  794 109.8 1.5e-22
XP_016874793 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1345)  762 106.2 2.7e-21
XP_011518973 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1462)  762 106.3 2.8e-21
NP_002327 (OMIM: 603507,610947,616724) low-density (1613)  762 106.3   3e-21
XP_006719141 (OMIM: 603507,610947,616724) PREDICTE (1613)  762 106.3   3e-21
XP_011518406 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1160)  726 101.9 4.6e-20
XP_011518405 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1637)  726 102.1 5.8e-20
XP_016873223 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) P (1809)  726 102.1 6.2e-20
NP_002325 (OMIM: 212780,604270,614305,616304) low- (1905)  726 102.1 6.4e-20
NP_065828 (OMIM: 606284) VPS10 domain-containing r (1159)  709 99.9 1.8e-19
XP_011511818 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1160)  709 99.9 1.8e-19
XP_016863970 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1166)  709 99.9 1.8e-19
XP_011511816 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173)  709 99.9 1.9e-19
XP_011511817 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1173)  709 99.9 1.9e-19
XP_005248044 (OMIM: 606284) PREDICTED: VPS10 domai (1174)  709 99.9 1.9e-19
NP_001192157 (OMIM: 602458,613589) sortilin isofor ( 694)  697 98.3 3.5e-19
XP_005271158 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695)  697 98.3 3.5e-19
XP_006710875 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695)  697 98.3 3.5e-19
XP_005271159 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 695)  697 98.3 3.5e-19
XP_005271157 (OMIM: 602458,613589) PREDICTED: sort ( 830)  697 98.3 3.9e-19


>>NP_003096 (OMIM: 104300,602005) sortilin-related recep  (2214 aa)
 initn: 15428 init1: 15428 opt: 15428  Z-score: 9835.9  bits: 1833.8 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 15428; 100.0% identity (100.0% similar) in 2214 aa overlap (1-2214:1-2214)

               10        20        30        40        50        60
pF1KB4 MATRSSRRESRLPFLFTLVALLPPGALCEVWTQRLHGGSAPLPQDRGFLVVQGDPRELRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 MATRSSRRESRLPFLFTLVALLPPGALCEVWTQRLHGGSAPLPQDRGFLVVQGDPRELRL
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KB4 WARGDARGASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVAL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 WARGDARGASRADEKPLRRKRSAALQPEPIKVYGQVSLNDSHNQMVVHWAGEKSNVIVAL
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KB4 ARDSLALARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKRYIFA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 ARDSLALARPKSSDVYVSYDYGKSFKKISDKLNFGLGNRSEAVIAQFYHSPADNKRYIFA
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KB4 DAYAQYLWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 DAYAQYLWITFDFCNTLQGFSIPFRAADLLLHSKASNLLLGFDRSHPNKQLWKSDDFGQT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KB4 WIMIQEHVKSFSWGIDPYDKPNTIYIERHEPSGYSTVFRSTDFFQSRENQEVILEEVRDF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 WIMIQEHVKSFSWGIDPYDKPNTIYIERHEPSGYSTVFRSTDFFQSRENQEVILEEVRDF
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KB4 QLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGRKPMRAAQFVTRHPINEYYIADASEDQVF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QLRDKYMFATKVVHLLGSEQQSSVQLWVSFGRKPMRAAQFVTRHPINEYYIADASEDQVF
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KB4 VCVSHSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRVEGL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 VCVSHSNNRTNLYISEAEGLKFSLSLENVLYYSPGGAGSDTLVRYFANEPFADFHRVEGL
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KB4 QGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQGCSLHLAQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QGVYIATLINGSMNEENMRSVITFDKGGTWEFLQAPAFTGYGEKINCELSQGCSLHLAQR
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KB4 LSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLASKTNVYISSSAGARWREALPGPHYY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 LSQLLNLQLRRMPILSKESAPGLIIATGSVGKNLASKTNVYISSSAGARWREALPGPHYY
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KB4 TWGDHGGIITAIAQGMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKSTVFTIF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TWGDHGGIITAIAQGMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPGEKSTVFTIF
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KB4 GSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVFKRRTPHATC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVFKRRTPHATC
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KB4 FNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYSPPVPCPVGS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 FNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYSPPVPCPVGS
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KB4 TYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLASGATE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 TYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDLASGATE
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KB4 QLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGLETVEALAFE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 QLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGLETVEALAFE
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KB4 PLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGDFRLTIVNSSVLDRPRALVLVPQEGVMFWTDWGDLKP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGDFRLTIVNSSVLDRPRALVLVPQEGVMFWTDWGDLKP
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KB4 GIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVDDQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 GIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVDDQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNL
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KB4 PHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 PHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNA
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KB4 CVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 CVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLR
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120      1130      1140
pF1KB4 NQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_003 NQYRCSNGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDL
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GLIREYIVEYSRSGSKMWASQRAASNFTEIKNLLVNTLYTVRVAAVTSRGIGNWSDSKSI
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pF1KB4 TTIKGKVIPPPDIHIDSYGENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQERRTLNFRG
       :::::::                                                     
XP_016 TTIKGKVCFKTLTTHTKKGCWKSNQIHVP                               
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>>XP_011541267 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sortilin  (1701 aa)
 initn: 11657 init1: 11657 opt: 11657  Z-score: 7437.0  bits: 1389.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 11657; 99.8% identity (100.0% similar) in 1653 aa overlap (562-2214:49-1701)

             540       550       560       570       580       590 
pF1KB4 EALPGPHYYTWGDHGGIITAIAQGMETNELKYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPG
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XP_011 RAKESFQVHYTDNCRTSTMKRMLCWIPRMQRYSTNEGETWKTFIFSEKPVFVYGLLTEPG
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XP_011 EKSTVFTIFGSNKENVHSWLILQVNATDALGVPCTENDYKLWSPSDERGNECLLGHKTVF
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pF1KB4 KRRTPHATCFNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KRRTPHATCFNGEDFDRPVVVSNCSCTREDYECDFGFKMSEDLSLEVCVPDPEFSGKSYS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ETVEALAFEPLSQLLYWVDAGFKKIEVANPDGDFRLTIVNSSVLDRPRALVLVPQEGVMF
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 WTDWGDLKPGIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVDDQWIYWTDAYLECIERITFSGQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 QRSVILDNLPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFY
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 KGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTC
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       ::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 IPLSYKCDLEDDCGDNSDESHCEMHQCRSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEAN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 SSKHCDGLRDCSDGSDEQHCEPLCTHFMDFVCKNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGSDEDAA
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FAGCSQDPEFHKVCDEFGFQCQNGVCISLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPNCSRY
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 FQFRCENGHCIPNRWKCDRENDCGDWSDEKDCGDSHILPFSTPGPSTCLPNYYRCSSGTC
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 DGHQDCQDGRDEANCPTHSTLTCMSREFQCEDGEACIVLSERCDGFLDCSDESDEKACSD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ELTVYKVQNLQWTADFSGDVTLTWMRPKKMPSASCVYNVYYRVVGESIWKTLETHSNKTN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 TVLKVLKPDTTYQVKVQVQCLSKAHNTNDFVTLRTPEGLPDAPRNLQLSLPREAEGVIVG
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 HWAPPIHTHGLIREYIVEYSRSGSKMWASQRAASNFTEIKNLLVNTLYTVRVAAVTSRGI
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pF1KB4 GNWSDSKSITTIKGKVIPPPDIHIDSYGENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GNWSDSKSITTIKGKVIPPPDIHIDSYGENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQ
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 ERRTLNFRGSILSHKVGNLTAHTSYEISAWAKTDLGDSPLAFEHVMTRGVRPPAPSLKAK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 AINQTAVECTWTGPRNVVYGIFYATSFLDLYRNPKSLTTSLHNKTVIVSKDEQYLFLVRV
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       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
XP_011 VVPYQGPSSDYVVVKMIPDSRLPPRHLHVVHTGKTSVVIKWESPYDSPDQDLLYAVAVKD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 LIRKTDRSYKVKSRNSTVEYTLNKLEPGGKYHIIVQLGNMSKDSSIKITTVSLSAPDALK
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 GVGFAILYTKHRRLQSSFTAFANSHYSSRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 GVGFAILYTKHRRLQSSFTAFANSHYSSRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPM
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pF1KB4 VIA
       :::
XP_011 VIA
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>>XP_016873661 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sortilin  (1334 aa)
 initn: 9426 init1: 9426 opt: 9426  Z-score: 6018.2  bits: 1126.6 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 9426; 99.8% identity (100.0% similar) in 1326 aa overlap (889-2214:9-1334)

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XP_016                       MQASKRLRVMFWTDWGDLKPGIYRSNMDGSAAYHLVSE
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pF1KB4 DVKWPNGISVDDQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNLPHPYAIAVFKNEIYWDDW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 SQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SQLSIFRASKYSGSQMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSR
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pF1KB4 SCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLRNQYRCSNGNCINSIWWCD
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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pF1KB4 RSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCEASNFQCRNGHCIPQRWAC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DGDTDCQDGSDEDPVNCEKKCNGFRCPNGTCIPSSKHCDGLRDCSDGSDEQHCEPLCTHF
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pF1KB4 MDFVCKNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGSDEDAAFAGCSQDPEFHKVCDEFGFQCQNGVCI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 MDFVCKNRQQCLFHSMVCDGIIQCRDGSDEDAAFAGCSQDPEFHKVCDEFGFQCQNGVCI
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pF1KB4 SLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPNCSRYFQFRCENGHCIPNRWKCDRENDCGDWS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SLIWKCDGMDDCGDYSDEANCENPTEAPNCSRYFQFRCENGHCIPNRWKCDRENDCGDWS
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 DEKDCGDSHILPFSTPGPSTCLPNYYRCSSGTCVMDTWVCDGYRDCADGSDEEACPLLAN
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 VTAASTPTQLGRCDRFEFECHQPKTCIPNWKRCDGHQDCQDGRDEANCPTHSTLTCMSRE
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pF1KB4 FQCEDGEACIVLSERCDGFLDCSDESDEKACSDELTVYKVQNLQWTADFSGDVTLTWMRP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 FQCEDGEACIVLSERCDGFLDCSDESDEKACSDELTVYKVQNLQWTADFSGDVTLTWMRP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 KKMPSASCVYNVYYRVVGESIWKTLETHSNKTNTVLKVLKPDTTYQVKVQVQCLSKAHNT
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 NDFVTLRTPEGLPDAPRNLQLSLPREAEGVIVGHWAPPIHTHGLIREYIVEYSRSGSKMW
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 ASQRAASNFTEIKNLLVNTLYTVRVAAVTSRGIGNWSDSKSITTIKGKVIPPPDIHIDSY
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GENYLSFTLTMESDIKVNGYVVNLFWAFDTHKQERRTLNFRGSILSHKVGNLTAHTSYEI
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SAWAKTDLGDSPLAFEHVMTRGVRPPAPSLKAKAINQTAVECTWTGPRNVVYGIFYATSF
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LDLYRNPKSLTTSLHNKTVIVSKDEQYLFLVRVVVPYQGPSSDYVVVKMIPDSRLPPRHL
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       ::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 HVVHTGKTSVVIKWESPYDSPDQDLLYAVAVKDLIRKTDRSYKVKSRNSTVEYTLNKLEP
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 GGKYHIIVQLGNMSKDSSIKITTVSLSAPDALKIITENDHVLLFWKSLALKEKHFNESRG
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pF1KB4 YEIHMFDSAMNITAYLGNTTDNFFKISNLKMGHNYTFTVQARCLFGNQICGEPAILLYDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 YEIHMFDSAMNITAYLGNTTDNFFKISNLKMGHNYTFTVQARCLFGNQICGEPAILLYDE
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pF1KB4 LGSGADASATQAARSTDVAAVVVPILFLILLSLGVGFAILYTKHRRLQSSFTAFANSHYS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 LGSGADASATQAARSTDVAAVVVPILFLILLSLGVGFAILYTKHRRLQSSFTAFANSHYS
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pF1KB4 SRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPMVIA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_016 SRLGSAIFSSGDDLGEDDEDAPMITGFSDDVPMVIA
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>>XP_011541269 (OMIM: 104300,602005) PREDICTED: sortilin  (1158 aa)
 initn: 8237 init1: 8237 opt: 8237  Z-score: 5262.1  bits: 986.5 E(85289):    0
Smith-Waterman score: 8237; 99.8% identity (100.0% similar) in 1158 aa overlap (1057-2214:1-1158)

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                                     :::::::::::::::::.::::::::::::
XP_011                               MCDCPQGYQLKNNTCVKQENTCLRNQYRCS
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pF1KB4 NGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDLEDDCGD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NGNCINSIWWCDFDNDCGDMSDERNCPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDLEDDCGD
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       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_011 NSDESHCEMHQCRSDEYNCSSGMCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCEASNFQC
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pF1KB4 RNGHCIPQRWACDGDTDCQDGSDEDPVNCEKKCNGFRCPNGTCIPSSKHCDGLRDCSDGS
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       . :   : .  ::: .:  . . :..   . : . :   : : .. ..:. .. .: :  
XP_011 TWSAFQNGTDRRVVFDS--SIILTETIAIDWVGRNLYW-TDYALETIEVSKIDGSHRTVL
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       .  .: .:.::   ::                                            
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XP_011    MDRGPAAVACTLLLALVACLAPASGQECDSAHFRCGSGHCIPADWRCDGTKDCSDDA
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       :: .: .. :. .  :.::  : ::: :. :: ..:: :.::: . : .  : : . .::
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       .:.:: : . ::   :: : .:: .:   : :::  .. : :: :      ::  .::.:
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       .:::  .:: . :  : : : :: ::: .  ::   ::.:::::. :. : :  .. :.:
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        .  .:.... ::::  .:.:..:::    :: . : . :: :.   ..: ..: :::. 
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         :::. ::    :: :  .        ::    :..:..    : :. :        . 
XP_011 KVCDGILDCPGREDENNTSTGKYCSMTLCSALNCQYQCHETPYGGACFCPPGYIINHNDS
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XP_011 IIFSNGRDLLIGDIHGRSFRILVESQNRGVAVGVAFHYHLQRVFWTDTVQNKVFSVDING
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        . :::. : ..:: : :: . ... .: :..  ..:...: ::..:.:... . : .::
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       .... :  : .:..:: .:  .: . :. ::::    ::.  . :: :...:  .. .::
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       .:. .. :: .:..: ::.... .   .:::.....:...... ::.......:.:.. .
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pF1KB4 QMEILANQLTGLMDMKIFYKGKNTGSNACVPRPCSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLP
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       .:  . : :  :.:: ..                                          
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       .:  .. :. ::.: :... :. :.:::::::  .: :  . :.:     :: ::. ::.
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pF1KB4 GISVD---DQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRSVILDNLPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQL
       :.:.:   .. :::.:   . :: : ..: .: ::  .  .::.. .:....:: .  . 
XP_011 GLSIDYLNNDRIYWSDFKEDVIETIKYDGTDRRVIAKEAMNPYSLDIFEDQLYWISKEKG
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XP_011 EVWKQNKFGQGKKEKTLVVNPWLTQVRIFHQLRYNKSVPNLC-KQICSHLCLLRPGG-YS
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       : ::.  .:: . ..   ::                                        
XP_011 CACPQ--GSSFIEGSTTECDAAIELPINLPPPCRCMHGGNCYFDETDLPKCKCPSGYTGK
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        . ..  ::...:  ..  :::   .  .: .... .: : :: .:. :..  .::.:.:
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pF1KB4 DLKPGIYRSNMDGSAAYHLVSEDVKWPNGISVD--DQWIYWTDAYLECIERITFSGQQRS
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pF1KB4 VIL--DNLPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQME--ILANQLTGLMDMKIF
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XP_011 VIRYGSRYPTPYGITVFENSIIWVDRNLKKIFQASKEPENTEPPTVIRDNINWLRDVTIF
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pF1KB4 YKG------KNTGSNACVPRP--CSLLCLPKANNSRSCRCPEDVSSSVLPSGDLMCDCPQ
        :        ....: :.     :: ::.                               
XP_011 DKQVQPRSPAEVNNNPCLENNGGCSHLCFALPGLHTPKCDCAFGTLQSDGKNCAISTENF
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Smith-Waterman score: 339; 23.8% identity (59.4% similar) in 315 aa overlap (745-1042:1733-2045)

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pF1KB4 PCPVGSTYRRTRGYRKISGDTCSGGDVEARLEGELVPCPLAEENEFILYAVRKSIYRYDL
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XP_011 PCAFSRCSHLCLLSSQGPHFYSCVCPSGWSLSPDLLNC-LRDDQPFLITVRQHIIFGISL
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pF1KB4 ---ASGATEQLPLTGLRAAVALDFDYEHNCLYWSDLALDVIQRLCLNGSTGQEVIINSGL
          ...   ..:..:.. .. ..::  .. .:: .   . :.:.  .:..       : .
XP_011 NPEVKSNDAMVPIAGIQNGLDVEFDDAEQYIYWVENPGE-IHRVKTDGTNRTVFASISMV
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            ::.. .:. :: ..   ..::: .  ::.:     :.:...   .  : .... :
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        .: ..:.: :    .   :  .::::...  : . ...  . ...:  .: .::. .  
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       . .:  ...... .   .::.:      :. .:::  ..  :: :               
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       .. . :: :...:  .. .:. :.::. ..   ..:..: .:: ..:   ::::...:..
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pF1KB4 YLECIERITFSGQQRSVILDN-LPHPYAIAVFKNEIYWDDWSQLSIFRASKYSGSQMEIL
       .:  ::   . :..: .. :. ::::.::..:.. ::: ::.  .. ...::.::. . :
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pF1KB4 ANQLTGLMDMKIFYKGKNTG-SNACVPRP--CSLLCLPK-ANNSRSCRCPEDVSSSVLPS
       .:     .:.....  ..   :: :      :: ::: : .... .:.::.:  .  : :
XP_011 VNTTHRPFDIHVYHPYRQPIVSNPCGTNNGGCSHLCLIKPGGKGFTCECPDDFRTLQL-S
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pF1KB4 GDLMCDCPQGYQLKNNTCVKEENTCLRNQYRCSNGN-CINSIWW-CDFDNDCGDMSDERN
       :. .:  :.               :  .:. :.:.. ::  ::: :: ..::.: :::  
XP_011 GSTYC-MPM---------------CSSTQFLCANNEKCI-PIWWKCDGQKDCSDGSDELA
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pF1KB4 -CPTTICDLDTQFRCQESGTCIPLSYKCDLEDDCGDNSDESH--CEMHQCRSDEYNCSSG
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XP_011 LCPQRFCRLG-QFQCSD-GNCTSPQTLCNAHQNCPDGSDEDRLLCENHHCDSNEWQCANK
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pF1KB4 MCIRSSWVCDGDNDCRDWSDEANCTAIYHTCEASNFQCRNGHCIPQRWACDGDTDCQDGS
        ::  :: ::  :::.: ::: .     .::. ..:.: ::.:::: : :: :.:: : :
XP_011 RCIPESWQCDTFNDCEDNSDEDSSHCASRTCRPGQFRCANGRCIPQAWKCDVDNDCGDHS
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XP_011 DEPIEECMSSAHLCDNFTEFSCKTNYRCIPKWAVCNGVDDCRDNSDEQGCEERTCHPVGD
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XP_011 EVNNNPCLENNGGCSHLCFALPGLHTPKCDCAFGTLQS--DGK--NCAISTEN-FLIFAL
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       : ::.  .:: . ..   ::                                        
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        . ..  ::...:  ..  :::   .  .: .... .: : :: .:. :..  .::.:.:
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        :        ....: :.     :: ::.                               
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       . .:  ...... .   .::.:      :. .:::  ..  :: :               
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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