Result of FASTA (omim) for
pFN21AA1944
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KA1944, 1099 aa
1>>>pF1KA1944 1099 - 1099 aa - 1099 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8186+/-0.000408; mu= 19.5249+/- 0.026
mean_var=68.9457+/-13.315, 0's: 0 Z-trim(110.9): 30 B-trim: 13 in 1/52
Lambda= 0.154462
statistics sampled from 19347 (19353) to 19347 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.581), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16
Scan time: 13.750
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_597705 (OMIM: 611257) transmembrane protein 132 (1099) 7258 1627.1 0
NP_001291367 (OMIM: 616178) transmembrane protein (1074) 1423 326.8 4.1e-88
>>NP_597705 (OMIM: 611257) transmembrane protein 132D pr (1099 aa)
initn: 7258 init1: 7258 opt: 7258 Z-score: 8730.0 bits: 1627.1 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 7258; 100.0% identity (100.0% similar) in 1099 aa overlap (1-1099:1-1099)
10 20 30 40 50 60
pF1KA1 MCPSEMGTLWHHWSPVLISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 MCPSEMGTLWHHWSPVLISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSF
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KA1 FLKEANQDIMRNSSLQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 FLKEANQDIMRNSSLQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFT
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KA1 NKFSLNWKLKAHILRDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 NKFSLNWKLKAHILRDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KA1 GSCRLQGDLGLCVAELELLSSWFSPPTVVAGRRKSVDQPEGTPVELYYTVHPGGERGDCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 GSCRLQGDLGLCVAELELLSSWFSPPTVVAGRRKSVDQPEGTPVELYYTVHPGGERGDCV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 REDARRSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 REDARRSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KA1 KGDVLTFPVSISRNSTEDRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KGDVLTFPVSISRNSTEDRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAVI
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KA1 VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGEITSDLGVSKIYV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGEITSDLGVSKIYV
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KA1 SPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSSDEDVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 SPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSSDEDVI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KA1 KVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTELNQIKG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTELNQIKG
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KA1 WRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGPGGHLAHLLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 WRVPIVSSRRPAGDSEEEEDDERRGRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGPGGHLAHLLGS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KA1 DWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTILAEKTITVLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 DWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTILAEKTITVLD
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KA1 EKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAISCWVQFSDGSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 EKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAISCWVQFSDGSV
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KA1 TPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVEMVISESCQKS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 TPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVEMVISESCQKS
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KA1 KRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENNVSDRRPKKPSQEWGSQEGQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 KRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENNVSDRRPKKPSQEWGSQEGQ
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KA1 YYGSSSMGLMEGRGTTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQTIPSDLTSFPAQVDLPRSNGE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 YYGSSSMGLMEGRGTTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQTIPSDLTSFPAQVDLPRSNGE
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KA1 MDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVTFALKYRHKQVPFEEQEGMSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 MDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVTFALKYRHKQVPFEEQEGMSH
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KA1 SHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEESKYLLSTNSQKSINGQLFKPL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 SHDWVGLSNRTELLENHINFASSQDEQITAIDRGMDFEESKYLLSTNSQKSINGQLFKPL
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KA1 GPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYPTRNSIVMSSEDDIKWVCQDL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_597 GPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYPTRNSIVMSSEDDIKWVCQDL
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090
pF1KA1 DPGDCKELHNYMERLHENV
:::::::::::::::::::
NP_597 DPGDCKELHNYMERLHENV
1090
>>NP_001291367 (OMIM: 616178) transmembrane protein 132E (1074 aa)
initn: 2182 init1: 609 opt: 1423 Z-score: 1702.9 bits: 326.8 E(85289): 4.1e-88
Smith-Waterman score: 2556; 40.6% identity (70.5% similar) in 1091 aa overlap (47-1097:43-1072)
20 30 40 50 60 70
pF1KA1 LISLAALFSKVTEGRGILESIQRFSLLPTYLPVTYHINNADVSFFLKEAN--QDIMRNSS
:::.:..... ..:::.:: . . :::
NP_001 LLCLSALLAHASGRSHPASPSPPGPQASPVLPVSYRLSHTRLAFFLREARPPSPAVANSS
20 30 40 50 60 70
80 90 100 110 120 130
pF1KA1 LQSRVESFLIYKSRRLPVLNASYGPFSIEQVVPQDLMLPSNPFGFTNKFSLNWKLKAHIL
:: : : :.......:::::.: :::: ::: ..:. ::. . . .....:::..: :.
NP_001 LQ-RSEPFVVFQTKELPVLNVSLGPFSTSQVVARELLQPSSTLDIPERLTVNWKVRAFIV
80 90 100 110 120 130
140 150 160 170 180 190
pF1KA1 RDKVYLSRPKVQVLFHIMGRDWDDRSAGEKLPCLRVFAFRETREVRGSCRLQGDLGLCVA
:..: :.: :::::.. :::::: .. :.:::.:. :::..:::..::::.: :. :..
NP_001 RSHVPASQPVVQVLFYVAGRDWDDFGVTERLPCVRLHAFRDAREVKSSCRLSGGLATCLV
140 150 160 170 180 190
200 210 220 230 240
pF1KA1 ELELLSSWFSPPTVVA---GRRKSVD--QPEGT----PVELYYTVHPGGERGDCVREDAR
. :: .::.::. .: .:::: : .::.: .:::::.: : : .:
NP_001 RAELPLAWFGPPAPAAPPTARRKSPDGLEPEATGESQQAELYYTLHAPDASGGC--GGSR
200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KA1 RSNGIRTGHSDIDESGPPLQRIGSIFLYQTHRKPSLRELRLDNSVAIHYIPKTVRKGDVL
:. : .: . . :: ::::: :.. . .:.: :::... :. . .. :.::
NP_001 RGAGPGVGARAESPTQHPLLRIGSISLFRPPPRRTLQEHRLDSNLMIRLPDRPLKPGEVL
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350
pF1KA1 TFPVSISRNSTE------DRFTLRAKVKKGVNIIGVRASSPSIWDVKERTDYTGKYAPAV
.. . .. ::. ..::::.:.::::...:... : . : : . .:.. :.
NP_001 SILLYLAPNSSSPSSPSVEHFTLRVKAKKGVTLLGTKSRSGQ-WHVTSELLTGAKHSTAT
310 320 330 340 350 360
360 370 380 390 400 410
pF1KA1 I-VCQKKAAGSENSADGASYEVMQIDVEVEEPGDLPATQLVTWQVEYPGE-ITSDL--GV
. : ... . :..:.: :.:. . . . . :...: :. :: .:
NP_001 VDVAWAQSTPLPPREGQGPLEILQLDFEMENFTSQSVKRRIMWHIDYRGHGALPDLERAV
370 380 390 400 410 420
420 430 440 450 460 470
pF1KA1 SKIYVSPKDLIGVVPLAMEAEILNTAILTGKTVAVPVKVVSVEDDGTVTELLESVECRSS
... : .:. ...::::..::.:::::::.:::.::::...: .: : .. :::.:.
NP_001 TELTVIQRDVQAILPLAMDTEIINTAILTGRTVAIPVKVIAIEVNGLVLDISALVECESD
430 440 450 460 470 480
480 490 500 510 520 530
pF1KA1 DEDVIKVSDRCDYVFVNGKEMKGKVNVVVNFTYQHLSSPLEMTVWVPRLPLQIEVSDTEL
.::.::::. ::::::.::: .:..:. :.: :. :..:::::::::.:::.::.::..:
NP_001 NEDIIKVSSSCDYVFVSGKESRGSMNARVTFRYDVLNAPLEMTVWVPKLPLHIELSDARL
490 500 510 520 530 540
540 550 560 570 580 590
pF1KA1 NQIKGWRVPIVSSRRPAGDSEEE--EDDERR---GRGCTLQYQHAMVRVLTQFVAEAAGP
.:.:::::::. .:: . .::.: :..::: .:::::::::: ..:.::: . ..
NP_001 SQVKGWRVPILPDRRSVRESEDEDEEEEERRQSASRGCTLQYQHATLQVFTQFHTTSSEG
550 560 570 580 590 600
600 610 620 630 640 650
pF1KA1 GGHLAHLLGSDWQVDITELINDFMQVEEPRIAKLQGGQILMGQELGMTTIQILSPLSDTI
... .:: :: :..:.:..:::.: .::.:.. .. : : : : : ....:::....
NP_001 TDQVVTMLGPDWLVEVTDLVSDFMRVGDPRVAHMVDSSTLAGLEPGTTPFKVVSPLTEAV
610 620 630 640 650 660
660 670 680 690 700 710
pF1KA1 LAEKTITVLDEKVTITDLGVQLVTGLSLSLQLSPGSNRAIFATAVAQELLQRPKQEAAIS
:.: .:: .:::.::.: .:.:..:.:::. ::::...:.::..::. :. :::: .:
NP_001 LGETLLTVTEEKVSITQLQAQVVASLALSLRPSPGSSHTILATTAAQQTLSFLKQEALLS
670 680 690 700 710 720
720 730 740 750 760 770
pF1KA1 CWVQFSDGSVTPLDIYDGKDFSLMATSLDEKVVSIHQDPKFKWPIIAAETEGQGTLVKVE
:...:::...::..:. .:..:...::::.:... :: : :...::.::.: :...:
NP_001 LWLSYSDGTTAPLSLYSPRDYGLLVSSLDEHVATVTQDRAF--PLVVAEAEGSGELLRAE
730 740 750 760 770 780
780 790 800 810 820 830
pF1KA1 MVISESCQKSKRKSVLAVGTANIKVKFGQNDANPNTSDSRHTGAGVHMENNVSDRRPKKP
..:.:::::.:::::::. ....:.::... .: : : . : :..:
NP_001 LTIAESCQKTKRKSVLATTPVGLRVHFGRDEEDP-TYD--YPG-------------PSQP
790 800 810 820 830
840 850 860 870 880
pF1KA1 SQEWGSQEGQYYG--SSSMGLMEGRGTTTDRSILQKKKGQESLLDDNSHLQTIPSDLTSF
. : .:.. : .:.. :. : : . .:
NP_001 GPGGGEDEARGAGPPGSALPAPEAPGPGTASPV-------------------VP------
840 850 860
890 900 910 920 930 940
pF1KA1 PAQVDLPRSNGEMDGNDLMQASKGLSDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCVTFALKYRHK
:.. :: .: ..:. .::.::::::::::::::::::::::::..:.:.::::
NP_001 PTEDFLPLPTG------FLQVPRGLTDLEIGMYALLGVFCLAILVFLINCIVFVLRYRHK
870 880 890 900 910
950 960 970 980 990 1000
pF1KA1 QVPFEEQEGMSHSHDWVGLSNRTEL-LENHINF-ASSQDEQITAIDRGMDFEESKYLLST
..: : : .:.::: :: :.: : ...... :.. : . : : .. . :
NP_001 RIPPEGQTSMDHSHHWVFLGNGQPLRVQGELSPPAGNPLETVPA------FCHGDHHSSG
920 930 940 950 960 970
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KA1 NSQKSINGQLF-KPLGPIIIDGKDQKSEPPTSPTSKRKRVKFTTFTAVSSDDEYPTRNSI
.:: :...:. . : ...:: .: .:::::::::::::::.. :.. . .:.
NP_001 SSQTSVQSQVHGRGDGSSGGSARDQAEDPASSPTSKRKRVKFTTFTTLPSEEL--AYDSV
980 990 1000 1010 1020 1030
1070 1080 1090
pF1KA1 VMSSED-----DIKWVCQDLD----PGDCKELHNYMERLHENV
. :: :. : : :. : .:::::.:..:
NP_001 PAGEEDEEEEEDLGWGCPDVAGPTRPTAPPDLHNYMRRIKEIA
1040 1050 1060 1070
1099 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Fri Nov 4 01:54:00 2016 done: Fri Nov 4 01:54:02 2016
Total Scan time: 13.750 Total Display time: 0.060
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]