Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9471
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9471, 1099 aa
1>>>pF1KB9471 1099 - 1099 aa - 1099 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8350+/-0.00102; mu= -6.6901+/- 0.061
mean_var=360.4924+/-73.752, 0's: 0 Z-trim(115.6): 55 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.067550
statistics sampled from 16167 (16209) to 16167 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.785), E-opt: 0.2 (0.498), width: 16
Scan time: 4.990
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9819.1 ELMSAN1 gene_id:91748|Hs108|chr14 (1045) 7112 707.7 3.4e-203
CCDS4867.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6 (1200) 1199 131.5 1.1e-29
CCDS75455.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6 (1220) 1112 123.0 4.1e-27
CCDS46133.2 ZNF541 gene_id:84215|Hs108|chr19 (1346) 868 99.3 6.3e-20
>>CCDS9819.1 ELMSAN1 gene_id:91748|Hs108|chr14 (1045 aa)
initn: 7112 init1: 7112 opt: 7112 Z-score: 3761.4 bits: 707.7 E(32554): 3.4e-203
Smith-Waterman score: 7112; 99.9% identity (100.0% similar) in 1045 aa overlap (1-1045:1-1045)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MNLQAQPKAQNKRKRCLFGGQEPAPKEQPPPLQPPQQSIRVKEEQYLGHEGPGGAVSTSQ
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CCDS98 MNLQAQPKAQNKRKRCLFGGQEPAPKEQPPPLQPPQQSIRVKEEQYLGHEGPGGAVSTSQ
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 PVELPPPSSLALLNSVVYGPERTSAAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PVELPPPSSLALLNSVVYGPERTSAAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 WQQQPGQPPPHSTWNCHSLSLYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALKREKAGGPQLDRYVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 WQQQPGQPPPHSTWNCHSLSLYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALKREKAGGPQLDRYVR
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 PMMPQKVQLEVGRPQAPLNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PMMPQKVQLEVGRPQAPLNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 AAFPPQKQQQQQQPQQQQQQQQAALPQMPLFENFYSMPQQPSQQPQDFGLQPAGPLGQSH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AAFPPQKQQQQQQPQQQQQQQQAALPQMPLFENFYSMPQQPSQQPQDFGLQPAGPLGQSH
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 LAHHSMAPYPFPPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRRLSKEGILPPSAL
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CCDS98 LAHHSMAPYPFPPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRRLSKEGILPPSAL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 DGAGTQPGQEATGNLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGFPLELRESQLLPDGERLAPNG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DGAGTQPGQEATGNLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGFPLELRESQLLPDGERLAPNG
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB9 REREAPAMGSEEGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELASLQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 REREAPAMGSEEGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELASLQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB9 NAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKRAREDSGMVPLIIPVSVPVRTVDPTE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 NAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKRAREDSGMVPLIIPVSVPVRTVDPTE
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB9 AAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEPSVRKP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 AAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEPSVRKP
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB9 KQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPVYSNITPYQSHLRSPVRLADHPSERSFELPPYTPPPIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 KQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPVYSNITPYQSHLRSPVRLADHPSERSFELPPYTPPPIL
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB9 SPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPPPITPKSAHRTLLRTNSAEVTPPVLSVMGEATPVSIE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 SPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPPPITPKSAHRTLLRTNSAEVTPPVLSVMGEATPVSIE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB9 PRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSI
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KB9 FPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKL
:::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FPGAGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKL
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KB9 FNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLTFGDVDTSDEKSAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 FNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLTFGDVDTSDEKSAQ
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KB9 EEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLEPKREVKEPRKEGEEEVPEIQEKEEQEEGRE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLEPKREVKEPRKEGEEEVPEIQEKEEQEEGRE
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KB9 RSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQASEKPREGTGKSRRALPFSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQASEKPREGTGKSRRALPFSE
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KB9 KKKKTETFSKTQNQENTFPCKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHAEQEKKAAALRLKEKEAAAA
:::::::::::::::::::::::::
CCDS98 KKKKTETFSKTQNQENTFPCKKCGR
1030 1040
>>CCDS4867.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6 (1200 aa)
initn: 893 init1: 501 opt: 1199 Z-score: 646.3 bits: 131.5 E(32554): 1.1e-29
Smith-Waterman score: 1401; 33.4% identity (57.5% similar) in 1013 aa overlap (115-1084:175-1129)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
:. ::. .: .: .:: . :
CCDS48 SFTQVFANQNLRIQVNNMAQVLHTQSAVMDGAPDSALRQLLSQKPMEPPAPAIP-----S
150 160 170 180 190
150 160 170 180 190
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
:. . .:::: ..: ::. .. . : : .:. .: .. :.: :::
CCDS48 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
. : : . .: : : : : .... : .. : : :: .::: :: :
CCDS48 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
::.: . .::. :..... . :: . :: .. .: :.: .. ::
CCDS48 QQRQGSMQIPQYYQPQPMMQHLQEQQQQQMHLQPPSYHRDPHQYTPEQAHTVQLIPLGSM
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
. : . : .: .: ... :.. : :.. :. . ::..: : ::..
CCDS48 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410
pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
: : ... : . : : :: .: :.. :. . : . .. :::: : :.
CCDS48 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
. : . :. : . : . :. :. . :: .: . ..
CCDS48 SPESSGQPKGAFGEQFDAKNKLTCSICLK--------------EFKNLPALNGHMRSHGG
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 LQNAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKR-AREDSGMVPLIIPVSVPVRTVD
.. :. . .:: .: :: . . : . : ...:...::::::. .
CCDS48 MR-ASPNLKQEEGEK-VLPPQPQPPLPPPPPPPPPPQLPPEAESLTPMVMPVSVPVKLLP
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGPEQNPAEHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKLEGEP--
: ..: : . .: :. ::. .. . ..: . . . : : ::
CCDS48 PKPSSQ-GFTNSTVAAPS---ARDKPASSMS---DDEMPVLEIPRKHQPSVPKAE-EPLK
600 610 620 630 640
600 610 620 630 640 650
pF1KB9 SVRKPKQ-RPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSPVRLADHPS-ERSFELP
.:.. :. : :::::.:: . : . ::. : :::.:::: :.:: . . :::
CCDS48 TVQEKKKFRHRPEPLFIPPPPSYNPNPAASYSGATLYQSQLRSPRVLGDHLLLDPTHELP
650 660 670 680 690 700
660 670 680 690 700
pF1KB9 PYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHRTLL-RTNSAEVTP-PV
::::::.:::::.::::. :..:: : : :.:: . . :.:: :.:: . . :
CCDS48 PYTPPPMLSPVRQGSGLFSNVLISGHGPGAHPQLPLTPLTPTPRVLLCRSNSIDGSNVTV
710 720 730 740 750 760
710 720 730 740 750 760
pF1KB9 LSVMGEATPVSIEPRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADLVWQPWEDLESSREKQR
:: : :..:::::.: ::::::: ..: . : : ::: :::.:: .::. .::
CCDS48 TPGPGEQT-VDVEPRINIGLRFQAEIPELQDISALAQDTHKATLVWKPWPELENHDLQQR
770 780 790 800 810 820
770 780 790 800 810 820
pF1KB9 QVEDLLTAACSSIFPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLLKKPLRPHNHPLATYHY
::.::. ::: .:: :::.:.::: : :..::.. .:. :::.::.: . ::::.:::
CCDS48 -VENLLNLCCSSALPGGGTNSEFALHSLFEAKGDVMVALEMLLLRKPVRLKCHPLANYHY
830 840 850 860 870 880
830 840 850 860 870 880
pF1KB9 TGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFYYTYKKQVKIGRNGTLT
.:::.: :::::::..: :.:::..:::....::::::::.:::.:: ...::.
CCDS48 AGSDKWTSLERKLFNKALATYSKDFIFVQKMVKSKTVAQCVEYYYTWKKIMRLGRKHRTR
890 900 910 920 930 940
890 900 910 920 930 940
pF1KB9 FGDVDTSDEKSAQEEVEVDIKTSQKFPRVPLPRRESPSEERLE-PKREVKEPRKE-GEEE
.... .: ...:: :.. . . : :.: .::. : :: : . :
CCDS48 LAEI-IDDCVTSEEEEELEEEEEED----PEEDRKSTKEEESEVPKSPEPPPVPVLAPTE
950 960 970 980 990
950 960 970 980 990 1000
pF1KB9 VPEIQEKEEQEEGR---ERSRRAAAVKATQTLQANESASDILILRSHESNAPGSAGGQAS
: .: : : : .:. .. :.:... ... ... . :. :
CCDS48 GPPLQALG-QPSGSFICEMPNCGAVFSSRQALNGHAR------IHGGTNQVTKARGAIPS
1000 1010 1020 1030 1040 1050
1010 1020 1030 1040 1050 1060
pF1KB9 EKPREGTGKSRRALPFSEKKKKTETFSKTQNQENT-FPCKKCGRVFYKVKSRSAHMKSHA
: . : .: : :.. ... .. ... .: ::::.::.::.:.:::.::::.:
CCDS48 GKQKPGGTQSGYC---SVKSSPSHSTTSGETDPTTIFPCKECGKVFFKIKSRNAHMKTHR
1060 1070 1080 1090 1100
1070 1080 1090
pF1KB9 EQEKKAAALRLKEKEAAAAAAAAHQQALREESGAGDKG
.::.. : : ..:: :: :
CCDS48 QQEEQQ---RQKAQKAAFAAEMAATIERTTGPVGAPGLLPLDQLSLIKPIKDVDILDDDV
1110 1120 1130 1140 1150 1160
>>CCDS75455.1 TRERF1 gene_id:55809|Hs108|chr6 (1220 aa)
initn: 893 init1: 501 opt: 1112 Z-score: 600.3 bits: 123.0 E(32554): 4.1e-27
Smith-Waterman score: 1390; 33.2% identity (56.9% similar) in 1029 aa overlap (115-1084:175-1149)
90 100 110 120 130 140
pF1KB9 AAMLSQQVASVKWPNSVMAPGRGPERGGGGGVSDSSWQQ----QPGQPPPHSTWNCHSLS
:. ::. .: .: .:: . :
CCDS75 SFTQVFANQNLRIQVNNMAQVLHTQSAVMDGAPDSALRQLLSQKPMEPPAPAIP-----S
150 160 170 180 190
150 160 170 180 190
pF1KB9 LYSATKGSPHPGVGVPTYYNHPEALK--REKAGGPQLDRYVRPMMPQKVQLEVGRP-QAP
:. . .:::: ..: ::. .. . : : .:. .: .. :.: :::
CCDS75 RYQQVPQQPHPGF--TGGLSKP-ALQVGQHPTQGHLYYDYQQPLA--QVPVQGGQPLQAP
200 210 220 230 240 250
200 210 220 230 240 250
pF1KB9 -LNSFHAAKKPPNQSLPLQPFQLAFGHQVNRQVFRQGPPPPNPVAAFPPQKQQQQQQPQQ
. : : . .: : : : : .... : .. : : :: .::: :: :
CCDS75 QMLSQHMQQMQQHQYYPPQQQQQAGQQRISMQEIQTQPQQIRPSQPQPPPQQQQPQQLQL
260 270 280 290 300 310
260 270 280 290 300
pF1KB9 QQQQQQAALPQM----PLFENFYSMPQQPSQ-QPQDFGLQPAGPLG-QSHLAH----HSM
::.: . .::. :..... . :: . :: .. .: :.: .. ::
CCDS75 QQRQGSMQIPQYYQPQPMMQHLQEQQQQQMHLQPPSYHRDPHQYTPEQAHTVQLIPLGSM
320 330 340 350 360 370
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 APYPF--PPNPDMNPELRKALLQDSAPQPALPQVQIPFPRRSRR--LSKEGIL-PPSALD
. : . : .: .: ... :.. : :.. :. . ::..: : ::..
CCDS75 SQYYYQEPQQPYSHPLYQQSHLSQHQ-QREDSQLKTYSSDRQAQAMLSSHGDLGPPDT--
380 390 400 410 420 430
370 380 390 400 410
pF1KB9 GAGTQPGQEATG-NLFLHHWPLQQPPPGSLGQPHPEALGF-PLELRESQLLPDGERLAPN
: : ... : . : : :: .: :.. :. . : . .. :::: : :.
CCDS75 GMGDPASSDLTRVSSTLPHRPLLSPSGIHLNNMGPQHQQLSPSAMWPQMHLPDG-RAQPG
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450 460 470
pF1KB9 GREREAPAMGSE-EGMRAVSTGDCGQVLRGGVIQSTRRRRRASQEANLLTLAQKAVELAS
. : . :. : . : . :. :. . :: .: . ..
CCDS75 SPESSGQPKGAFGEQFDAKNKLTCSICLK--------------EFKNLPALNGHMRSHGG
500 510 520 530
480 490 500 510 520 530
pF1KB9 LQNAKDGSGSEEKRKSVLASTTKCGVEFSEPSLATKR-AREDSGMVPLIIPVSVPVRTVD
.. :. . .:: .: :: . . : . : ...:...::::::. .
CCDS75 MR-ASPNLKQEEGEK-VLPPQPQPPLPPPPPPPPPPQLPPEAESLTPMVMPVSVPVKLLP
540 550 560 570 580 590
540 550 560 570 580 590
pF1KB9 PTEAAQAGGLDEDGKGP--EQNPA----EHKPSVIVTRRRSTRIPGTDAQAQAEDMNVKL
: ..: : . .: ...:: . . :.: : : : . :. : ...
CCDS75 PKPSSQ-GFTNSTVAAPSARDKPASSMSDDEMPVLV---RMTLSPPHSPQGAAPRTPAEI
600 610 620 630 640 650
600 610 620 630
pF1KB9 --EGEPSV-----------RKPKQRPRPEPLIIPTKAGTFIAPPV-YSNITPYQSHLRSP
. .::: .: : : :::::.:: . : . ::. : :::.::::
CCDS75 PRKHQPSVPKAEEPLKTVQEKKKFRHRPEPLFIPPPPSYNPNPAASYSGATLYQSQLRSP
660 670 680 690 700 710
640 650 660 670 680 690
pF1KB9 VRLADHPS-ERSFELPPYTPPPILSPVREGSGLYFNAIISTSTIPAPP--PITPKS-AHR
:.:: . . :::::::::.:::::.::::. :..:: : : :.:: . . :
CCDS75 RVLGDHLLLDPTHELPPYTPPPMLSPVRQGSGLFSNVLISGHGPGAHPQLPLTPLTPTPR
720 730 740 750 760 770
700 710 720 730 740 750
pF1KB9 TLL-RTNSAEVTP-PVLSVMGEATPVSIEPRINVGSRFQAEIPLMRDRALAAADPHKADL
.:: :.:: . . : :: : :..:::::.: ::::::: ..: . : : ::: :
CCDS75 VLLCRSNSIDGSNVTVTPGPGEQT-VDVEPRINIGLRFQAEIPELQDISALAQDTHKATL
780 790 800 810 820
760 770 780 790 800 810
pF1KB9 VWQPWEDLESSREKQRQVEDLLTAACSSIFPGVGTNQELALHCLHESRGDILETLNKLLL
::.:: .::. .:: ::.::. ::: .:: :::.:.::: : :..::.. .:. :::
CCDS75 VWKPWPELENHDLQQR-VENLLNLCCSSALPGGGTNSEFALHSLFEAKGDVMVALEMLLL
830 840 850 860 870 880
820 830 840 850 860 870
pF1KB9 KKPLRPHNHPLATYHYTGSDQWKMAERKLFNKGIAIYKKDFFLVQKLIQTKTVAQCVEFY
.::.: . ::::.:::.:::.: :::::::..: :.:::..:::....::::::::.:
CCDS75 RKPVRLKCHPLANYHYAGSDKWTSLERKLFNKALATYSKDFIFVQKMVKSKTVAQCVEYY
890 900 910 920 930 940
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