Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB9449
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB9449, 465 aa
1>>>pF1KB9449 465 - 465 aa - 465 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.0782+/-0.0007; mu= 10.3519+/- 0.042
mean_var=114.9815+/-22.720, 0's: 0 Z-trim(113.8): 27 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.119608
statistics sampled from 14381 (14405) to 14381 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.776), E-opt: 0.2 (0.442), width: 16
Scan time: 2.860
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS45996.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 ( 441) 3003 528.6 4.9e-150
CCDS59359.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 ( 433) 2935 516.9 1.7e-146
CCDS53322.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 554) 2083 369.9 3.7e-102
CCDS615.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 498) 2043 363.0 4e-100
CCDS44156.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 509) 2043 363.0 4.1e-100
CCDS53321.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 ( 501) 1984 352.8 4.7e-97
CCDS59331.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 439) 1634 292.4 6.4e-79
CCDS12107.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 428) 1616 289.3 5.4e-78
CCDS59330.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 508) 1617 289.5 5.5e-78
CCDS55291.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 494) 1610 288.3 1.2e-77
CCDS6474.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 420) 1599 286.3 4e-77
CCDS58640.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 430) 1587 284.3 1.7e-76
CCDS45914.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 ( 499) 1570 281.4 1.5e-75
CCDS55292.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 ( 446) 1564 280.3 2.8e-75
>>CCDS45996.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 (441 aa)
initn: 2700 init1: 2700 opt: 3003 Z-score: 2807.0 bits: 528.6 E(32554): 4.9e-150
Smith-Waterman score: 3003; 99.8% identity (99.8% similar) in 441 aa overlap (26-465:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 MYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQA
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTI
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 TGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 CSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLPNGHLSFQDC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 CSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLPNGHLSFQDC
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 FVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 FVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTT
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKLDFCSAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 KRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKLDFCSAL
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410
pF1KB9 SSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHH-
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 SSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHHH
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB9 GQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS45 GQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
400 410 420 430 440
>>CCDS59359.1 NFIX gene_id:4784|Hs108|chr19 (433 aa)
initn: 2632 init1: 2632 opt: 2935 Z-score: 2743.8 bits: 516.9 E(32554): 1.7e-146
Smith-Waterman score: 2935; 99.8% identity (99.8% similar) in 432 aa overlap (35-465:2-433)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 CRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 MDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRK
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 YFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 PPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLPNGHLSFQDCFVTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLPNGHLSFQDCFVTS
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 GVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTTKRPK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 GVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTTKRPK
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 SIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKLDFCSALSSQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 SIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKLDFCSALSSQG
280 290 300 310 320 330
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 SSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHH-GQDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS59 SSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHHHGQDS
340 350 360 370 380 390
430 440 450 460
pF1KB9 LKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS59 LKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
400 410 420 430
>>CCDS53322.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (554 aa)
initn: 1441 init1: 1361 opt: 2083 Z-score: 1947.6 bits: 369.9 E(32554): 3.7e-102
Smith-Waterman score: 2083; 70.1% identity (83.4% similar) in 465 aa overlap (11-460:30-486)
10 20 30 40
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPA-MYSPYCLTQDEFHPF
::: : . : ::: :::: ::::::::::
CCDS53 MQMCRPASSSVLYVPTRWPGGCGATWQSCPSPPPRRTRIPQRPAVMYSPLCLTQDEFHPF
10 20 30 40 50 60
50 60 70 80 90 100
pF1KB9 IEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRL
:::::::::::.:::::::::::::::::::::::.::::::::::.::::.::::::::
CCDS53 IEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRL
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
pF1KB9 LAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVI
:::::::::::.:::::::.::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::
CCDS53 LAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVI
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB9 LFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSN
::::::::::::::: :::::::::::::::::::..::::::::::::. .:.::.: .
CCDS53 LFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYLAYFVHAADSSQSESPS
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270
pF1KB9 QQGDADIKPLP-NGHLSFQDCFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYY
: .::::: : ::::.::: ::::::..:::::::::::.:...::::::.:::: :::
CCDS53 QPSDADIKDQPENGHLGFQDSFVTSGVFSVTELVRVSQTPIAAGTGPNFSLSDLESSSYY
250 260 270 280 290 300
280 290 300 310 320 330
pF1KB9 NINQVTLGRRSITSPPSTSTTKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPN
... .. :::. : :::.::: ::..: ::.:: .. :: : ::::..:: ::::: .
CCDS53 SMSPGAM-RRSLPSTSSTSSTKRLKSVED-EMDSPGEEPFYTGQGRSPGSGS-QSSGW-H
310 320 330 340 350
340 350 360 370 380 390
pF1KB9 DVDAG---PASLKKSGKLDFCSALSSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHF
.:. : :..:::: : : : :: :: :::.: ::..: : .::.:: :.:::
CCDS53 EVEPGMPSPTTLKKSEKSGFSSPSPSQTSSLGTAFTQHHRPVITGPR-ASPHATPSTLHF
360 370 380 390 400 410
400 410 420 430 440
pF1KB9 PSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQ--------HSQRQA
:.. :::: .:::.::.:::: :..::::::.:: : .:: .:: :: ..
CCDS53 PTSPIIQQPGPYFSHPAIRYHP--QETLKEFVQLVCPD-AGQQAGQVGFLNPNGSSQGKV
420 430 440 450 460 470
450 460
pF1KB9 --PPLPTGLSASDPGTATF
: ::: . :
CCDS53 HNPFLPTPMLPPPPPPPMARPVPLPVPDTKPPTTSTEGGAASPTSPTYSTPSTSPANRFV
480 490 500 510 520 530
>>CCDS615.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (498 aa)
initn: 1441 init1: 1361 opt: 2043 Z-score: 1911.0 bits: 363.0 E(32554): 4e-100
Smith-Waterman score: 2043; 70.8% identity (84.4% similar) in 449 aa overlap (26-460:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQA
:::: :::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS61 MYSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQA
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTI
:::::::::::::::.::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::.
CCDS61 RKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQ
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS61 TGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KB9 CSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLP-NGHLSFQD
:::::::::::::::..::::::::::::. .:.::.: .: .::::: : ::::.:::
CCDS61 CSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYLAYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKDQPENGHLGFQD
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 CFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTST
::::::..:::::::::::.:...::::::.:::: :::... .. :::. : :::.
CCDS61 SFVTSGVFSVTELVRVSQTPIAAGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGAM-RRSLPSTSSTSS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAG---PASLKKSGKLDF
::: ::..: ::.:: .. :: : ::::..:: ::::: ..:. : :..:::: : :
CCDS61 TKRLKSVED-EMDSPGEEPFYTGQGRSPGSGS-QSSGW-HEVEPGMPSPTTLKKSEKSGF
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 CSALSSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRY
: :: :: :::.: ::..: : .::.:: :.::::.. :::: .:::.::.:::
CCDS61 SSPSPSQTSSLGTAFTQHHRPVITGPR-ASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGPYFSHPAIRY
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB9 HHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQ--------HSQRQA--PPLPTGLSASDPGTATF
: :..::::::.:: : .:: .:: :: .. : ::: . :
CCDS61 HP--QETLKEFVQLVCPD-AGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMAR
400 410 420 430 440
CCDS61 PVPLPVPDTKPPTTSTEGGAASPTSPILVPGIKVAASHHPPDRPPDPFSTL
450 460 470 480 490
>>CCDS44156.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (509 aa)
initn: 1441 init1: 1361 opt: 2043 Z-score: 1910.8 bits: 363.0 E(32554): 4.1e-100
Smith-Waterman score: 2043; 70.8% identity (84.4% similar) in 449 aa overlap (26-460:1-441)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQA
:::: :::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS44 MYSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQA
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTI
:::::::::::::::.::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::.
CCDS44 RKRKYFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQ
::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::
CCDS44 TGKKPPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQ
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230
pF1KB9 CSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLP-NGHLSFQD
:::::::::::::::..::::::::::::. .:.::.: .: .::::: : ::::.:::
CCDS44 CSNPGLCVQPHHIGVSVKELDLYLAYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKDQPENGHLGFQD
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 CFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTST
::::::..:::::::::::.:...::::::.:::: :::... .. :::. : :::.
CCDS44 SFVTSGVFSVTELVRVSQTPIAAGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGAM-RRSLPSTSSTSS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAG---PASLKKSGKLDF
::: ::..: ::.:: .. :: : ::::..:: ::::: ..:. : :..:::: : :
CCDS44 TKRLKSVED-EMDSPGEEPFYTGQGRSPGSGS-QSSGW-HEVEPGMPSPTTLKKSEKSGF
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB9 CSALSSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRY
: :: :: :::.: ::..: : .::.:: :.::::.. :::: .:::.::.:::
CCDS44 SSPSPSQTSSLGTAFTQHHRPVITGPR-ASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGPYFSHPAIRY
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460
pF1KB9 HHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQ--------HSQRQA--PPLPTGLSASDPGTATF
: :..::::::.:: : .:: .:: :: .. : ::: . :
CCDS44 HP--QETLKEFVQLVCPD-AGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMAR
400 410 420 430 440
CCDS44 PVPLPVPDTKPPTTSTEGGAASPTSPTYSTPSTSPANRFVSVGPRDPSFVNIPQQTQSWY
450 460 470 480 490 500
>>CCDS53321.1 NFIA gene_id:4774|Hs108|chr1 (501 aa)
initn: 1382 init1: 1302 opt: 1984 Z-score: 1855.9 bits: 352.8 E(32554): 4.7e-97
Smith-Waterman score: 1984; 70.5% identity (84.3% similar) in 440 aa overlap (35-460:2-433)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 CRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQARKRK
:::::::::::::::::.::::::::::::
CCDS53 MDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQARKRK
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 YFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTITGKK
:::::::::::.::::::::::.::::.:::::::::::::::::::.:::::::.::::
CCDS53 YFKKHEKRMSKEEERAVKDELLSEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPEYREDFVLTVTGKK
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 PPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQCSNP
::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::
CCDS53 PPCCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKSPQCSNP
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 GLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLP-NGHLSFQDCFVT
:::::::::::..::::::::::::. .:.::.: .: .::::: : ::::.::: :::
CCDS53 GLCVQPHHIGVSVKELDLYLAYFVHAADSSQSESPSQPSDADIKDQPENGHLGFQDSFVT
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290 300
pF1KB9 SGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPSTSTTKRP
:::..:::::::::::.:...::::::.:::: :::... .. :::. : :::.:::
CCDS53 SGVFSVTELVRVSQTPIAAGTGPNFSLSDLESSSYYSMSPGAM-RRSLPSTSSTSSTKRL
220 230 240 250 260 270
310 320 330 340 350 360
pF1KB9 KSIDDSEMESPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPNDVDAG---PASLKKSGKLDFCSAL
::..: ::.:: .. :: : ::::..:: ::::: ..:. : :..:::: : : :
CCDS53 KSVED-EMDSPGEEPFYTGQGRSPGSGS-QSSGW-HEVEPGMPSPTTLKKSEKSGFSSPS
280 290 300 310 320
370 380 390 400 410 420
pF1KB9 SSQGSSPRMAFTHHPLPVLAGVRPGSPRATASALHFPSTSIIQQSSPYFTHPTIRYHHHG
:: :: :::.: ::..: : .::.:: :.::::.. :::: .:::.::.::::
CCDS53 PSQTSSLGTAFTQHHRPVITGPR-ASPHATPSTLHFPTSPIIQQPGPYFSHPAIRYH--P
330 340 350 360 370 380
430 440 450 460
pF1KB9 QDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQ--------HSQRQA--PPLPTGLSASDPGTATF
:..::::::.:: : .:: .:: :: .. : ::: . :
CCDS53 QETLKEFVQLVCPD-AGQQAGQVGFLNPNGSSQGKVHNPFLPTPMLPPPPPPPMARPVPL
390 400 410 420 430 440
CCDS53 PVPDTKPPTTSTEGGAASPTSPTYSTPSTSPANRFVSVGPRDPSFVNIPQQTQSWYLG
450 460 470 480 490 500
>>CCDS59331.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (439 aa)
initn: 1496 init1: 1173 opt: 1634 Z-score: 1530.4 bits: 292.4 E(32554): 6.4e-79
Smith-Waterman score: 1634; 61.2% identity (77.7% similar) in 443 aa overlap (26-453:1-434)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYS-PYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQ
::: : :::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS59 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQ
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS59 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSP
::::: : :::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :.
CCDS59 ITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDS--SNQQGDA-DIKPLPNGHLS
::..: ::::::::::..:::::::::::. .. :: : ... .: : ::. .
CCDS59 QCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYLAYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTD
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FQDCFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPS
::. ::::::..::::..::.:::.:..::::::..:.. :..: .. : : :
CCDS59 FQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVVTGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TSTTKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGR--SPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKL
.: .:: :: . :: :: :: ::.. .:.: .: .:...: .: :. ..
CCDS59 SSGSKRHKS---GSMEEDVDT--SPGGDYYTSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEM
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB9 D---FCSALSSQGSSPRMA-FTHHPLPVLAGVRPGSPRAT--ASALHFPSTSIIQQS-SP
: : : : .:::.. ::.: ::.: :. : :. .::::::.:::. :. :
CCDS59 DKSPFNSP--SPQDSPRLSSFTQHHRPVIA-VHSGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTAST
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 YFTHPTIRY--HHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
:: : .::: : . :: ::..:...: : ..: : . : . :: :
CCDS59 YFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLAC-DPASQQPGPPTLRPTRPLQTVPLWD
390 400 410 420 430
>>CCDS12107.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (428 aa)
initn: 1477 init1: 1154 opt: 1616 Z-score: 1513.8 bits: 289.3 E(32554): 5.4e-78
Smith-Waterman score: 1616; 62.2% identity (78.9% similar) in 426 aa overlap (26-438:1-420)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYS-PYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQ
::: : :::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS12 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQ
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS12 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSP
::::: : :::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :.
CCDS12 ITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDS--SNQQGDA-DIKPLPNGHLS
::..: ::::::::::..:::::::::::. .. :: : ... .: : ::. .
CCDS12 QCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYLAYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTD
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FQDCFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPS
::. ::::::..::::..::.:::.:..::::::..:.. :..: .. : : :
CCDS12 FQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVVTGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TSTTKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGR--SPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKL
.: .:: :: . :: :: :: ::.. .:.: .: .:...: .: :. ..
CCDS12 SSGSKRHKS---GSMEEDVDT--SPGGDYYTSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEM
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB9 DFCSALS-SQGSSPRMA-FTHHPLPVLAGVRPGSPRAT--ASALHFPSTSIIQQS-SPYF
: : : .:::.. ::.: ::.: :. : :. .::::::.:::. :. : ::
CCDS12 DKSPFNSPSPQDSPRLSSFTQHHRPVIA-VHSGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTASTYF
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450 460
pF1KB9 THPTIRY--HHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASDPGTATF
: .::: : . :: ::..:...:. .: :
CCDS12 PHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQPGPSWYLG
390 400 410 420
>>CCDS59330.1 NFIC gene_id:4782|Hs108|chr19 (508 aa)
initn: 1477 init1: 1154 opt: 1617 Z-score: 1513.6 bits: 289.5 E(32554): 5.5e-78
Smith-Waterman score: 1627; 59.7% identity (75.8% similar) in 467 aa overlap (26-462:1-458)
10 20 30 40 50
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYS-PYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQ
::: : :::::::::::::::::::::.:::::::
CCDS59 MYSSPLCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFAYTWFNLQ
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB9 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLT
::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::: ::::::.
CCDS59 ARKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEVKQKWASRLLAKLRKDIRPECREDFVLS
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB9 ITGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSP
::::: : :::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::: :.
CCDS59 ITGKKAPGCVLSNPDQKGKMRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLVKAA
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB9 QCSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDS--SNQQGDA-DIKPLPNGHLS
::..: ::::::::::..:::::::::::. .. :: : ... .: : ::. .
CCDS59 QCGHPVLCVQPHHIGVAVKELDLYLAYFVRERDAEQSGSPRTGMGSDQEDSKPITLDTTD
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB9 FQDCFVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLESPSYYNINQVTLGRRSITSPPS
::. ::::::..::::..::.:::.:..::::::..:.. :..: .. : : :
CCDS59 FQESFVTSGVFSVTELIQVSRTPVVTGTGPNFSLGELQGHLAYDLNPASTGLRRTLPSTS
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TSTTKRPKSIDDSEMESPVDDVFYPGTGR--SPAAGSSQSSGWPNDVDAGPASLKKSGKL
.: .:: :: . :: :: :: ::.. .:.: .: .:...: .: :. ..
CCDS59 SSGSKRHKS---GSMEEDVDTS--PGGDYYTSPSSPTSSSRNWTEDMEGGISSPVKKTEM
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB9 D---FCSALSSQGSSPRMA-FTHHPLPVLAGVRPGSPRAT--ASALHFPSTSIIQQS-SP
: : : : .:::.. ::.: ::.: :. : :. .::::::.:::. :. :
CCDS59 DKSPFNSP--SPQDSPRLSSFTQHHRPVIA-VHSGIARSPHPSSALHFPTTSILPQTAST
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KB9 YFTHPTIRY--HHHGQDSLKEFVQFVCSDGSGQ-----ATGQ-----H---SQRQAPPLP
:: : .::: : . :: ::..:...:. .: : ..:: : .: ::: :
CCDS59 YFPHTAIRYPPHLNPQDPLKDLVSLACDPASQQPGPLNGSGQLKMPSHCLSAQMLAPP-P
390 400 410 420 430 440
460
pF1KB9 TGLS--ASDPGTATF
:: : :.:
CCDS59 PGLPRLALPPATKPATTSEGGATSPTSPSYSPPDTSPANRSFVGLGPRDPAGIYQAQSWY
450 460 470 480 490 500
>>CCDS55291.1 NFIB gene_id:4781|Hs108|chr9 (494 aa)
initn: 1323 init1: 1202 opt: 1610 Z-score: 1507.2 bits: 288.3 E(32554): 1.2e-77
Smith-Waterman score: 1636; 61.5% identity (77.6% similar) in 447 aa overlap (26-451:2-434)
10 20 30 40 50 60
pF1KB9 MLPACRLPGLPSPRPAAALPPGRPAMYSPYCLTQDEFHPFIEALLPHVRAFSYTWFNLQA
:::: ::::::::::::::::::::..::::::::
CCDS55 MMYSPICLTQDEFHPFIEALLPHVRAIAYTWFNLQA
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB9 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLGEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRPEFREDFVLTI
::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::: :.:::::::.
CCDS55 RKRKYFKKHEKRMSKDEERAVKDELLSEKPEIKQKWASRLLAKLRKDIRQEYREDFVLTV
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB9 TGKKPPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLYKSPQ
:::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::.
CCDS55 TGKKHPCCVLSNPDQKGKIRRIDCLRQADKVWRLDLVMVILFKGIPLESTDGERLMKSPH
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB9 CSNPGLCVQPHHIGVTIKELDLYLAYFVHTPESGQSDSSNQQGDADIKPLPNGHLSFQDC
:.::.:::::::: :..:::::.:::.:. .:::: : ... : : :.: .:
CCDS55 CTNPALCVQPHHITVSVKELDLFLAYYVQEQDSGQSGSPSHNDPAKNPP---GYL--EDS
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB9 FVTSGVWNVTELVRVSQTPVATASGPNFSLADLES-PSYYNINQVTLGRRSITSPPSTST
:: :::.::.::::::.::.. ..: :: .... : : :...:. . .::..::::.
CCDS55 FVKSGVFNVSELVRVSRTPITQGTGVNFPIGEIPSQPYYHDMNSGVNLQRSLSSPPSS--
220 230 240 250 260
300 310 320 330 340 350
pF1KB9 TKRPKSID-DSEME-SPVDDVFYPGTGRSPAAGSSQSSGWPN-DVD-AGPASLKKSGKLD
::::.:. : .:: ::. : ::: . :::::: : . : : ..:...:: :
CCDS55 -KRPKTISIDENMEPSPTGD-FYP-SPSSPAAGSRT---WHERDQDMSSPTTMKKPEKPL
270 280 290 300 310 320
360 370 380 390 400
pF1KB9 FCSALSSQGSSPRMA-FTHHPLPVLAGVRPG--SPRATA--SALHFPSTSIIQQS-SPYF
: :: : : ::::.. : .: : . :: . : :. : : ::. .:. . : ::
CCDS55 FSSA-SPQDSSPRLSTFPQHHHPGIPGVAHSVISTRTPPPPSPLPFPTQAILPPAPSSYF
330 340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KB9 THPTIRY--HHHGQDSLKEFV--------QFVCSDGSGQATGQHSQRQAPPLPTGLSASD
.:::::: : . ::.::..: : .::::..:. . .: :
CCDS55 SHPTIRYPPHLNPQDTLKNYVPSYDPSSPQTSQPNGSGQVVGKVPGHFTPVLAPSPHPSA
390 400 410 420 430 440
460
pF1KB9 PGTATF
CCDS55 VRPVTLSMTDTKPITTSTEAYTASGTSQANRYVGLSPRDPSFLHQQQSWYLG
450 460 470 480 490
465 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Thu Nov 3 23:26:52 2016 done: Thu Nov 3 23:26:52 2016
Total Scan time: 2.860 Total Display time: 0.090
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]