Result of FASTA (omim) for
pFN21AB4275
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4275, 574 aa
1>>>pF1KB4275 574 - 574 aa - 574 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.6272+/-0.000444; mu= -18.5617+/- 0.028
mean_var=582.5749+/-118.879, 0's: 0 Z-trim(125.0): 141 B-trim: 0 in 0/56
Lambda= 0.053137
statistics sampled from 47727 (47898) to 47727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.822), E-opt: 0.2 (0.562), width: 16
Scan time: 13.490
The best scores are: opt bits E(85289)
XP_016856182 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 573) 1265 111.8 6.4e-24
NP_001185781 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 588) 1265 111.8 6.5e-24
XP_006710522 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 596) 1265 111.8 6.6e-24
XP_006710521 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 607) 784 74.9 8.4e-13
NP_001185779 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622) 784 74.9 8.5e-13
NP_055762 (OMIM: 616035) forkhead box protein J3 i ( 622) 784 74.9 8.5e-13
XP_011539328 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 622) 784 74.9 8.5e-13
NP_001185780 (OMIM: 616035) forkhead box protein J ( 622) 784 74.9 8.5e-13
XP_005270689 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 630) 784 74.9 8.6e-13
XP_016856184 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 433) 552 57.0 1.5e-07
XP_016856183 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead bo ( 520) 552 57.1 1.7e-07
NP_005242 (OMIM: 153400,602402) forkhead box prote ( 501) 486 52.0 5.5e-06
NP_001129121 (OMIM: 612351) forkhead box protein I ( 420) 426 47.3 0.00012
NP_001445 (OMIM: 602291) forkhead box protein J1 [ ( 421) 415 46.5 0.00021
NP_036320 (OMIM: 274600,600791,601093) forkhead bo ( 378) 392 44.7 0.00066
NP_001443 (OMIM: 603250) forkhead box protein F2 [ ( 444) 383 44.0 0.0012
NP_005241 (OMIM: 603252) forkhead box protein L1 [ ( 345) 372 43.1 0.0018
NP_004465 (OMIM: 602211) forkhead box protein D2 [ ( 495) 376 43.5 0.0019
XP_016876735 (OMIM: 602294) PREDICTED: hepatocyte ( 439) 373 43.3 0.002
NP_004487 (OMIM: 602294) hepatocyte nuclear factor ( 472) 373 43.3 0.0021
NP_004488 (OMIM: 602295) hepatocyte nuclear factor ( 350) 368 42.8 0.0022
NP_005240 (OMIM: 164874,613454) forkhead box prote ( 489) 370 43.1 0.0026
NP_001444 (OMIM: 601090,601631,602482) forkhead bo ( 553) 371 43.2 0.0027
NP_001442 (OMIM: 265380,601089) forkhead box prote ( 379) 364 42.5 0.0029
NP_710141 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 457) 360 42.3 0.0042
NP_068556 (OMIM: 600288) hepatocyte nuclear factor ( 463) 360 42.3 0.0042
NP_004464 (OMIM: 241850,602617,616534) forkhead bo ( 373) 357 42.0 0.0042
NP_004109 (OMIM: 602939) forkhead box protein S1 [ ( 330) 346 41.1 0.0069
NP_005188 (OMIM: 602628) forkhead box protein N3 i ( 468) 347 41.3 0.0085
NP_001078940 (OMIM: 602628) forkhead box protein N ( 490) 347 41.3 0.0087
NP_658982 (OMIM: 274600,600791,601093) forkhead bo ( 283) 337 40.3 0.01
>>XP_016856182 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead box pr (573 aa)
initn: 1255 init1: 562 opt: 1265 Z-score: 550.4 bits: 111.8 E(85289): 6.4e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:1-572)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPGSSRKCSPGSPTDPNATLSKDEAA
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XP_016 MTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTGISKK---NALLDPNTTLDQEEVQ
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 VHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWICDNFPYYKNAGIGWKNSIRHNLSL
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XP_016 QHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWICDNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170
pF1KB4 NKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI--SR-KRRHPPDDDLSQDSPEQEASKSPRG
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XP_016 NKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKKRARSVERVTLYNTDQDGSDSPR-
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 GVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGSVDGGAVAAGASGRESAEGPPPLYNT
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XP_016 ---SSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYTPVTSHPE--SVSQSLTPQQQ-----PQYNL
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KB4 -NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS----------SSSSQHGFSSLLGDIPPS
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XP_016 PERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQGLMNIPSESSQQSHTSCTYQHSPS
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KB4 NNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQPQQQQAPAQGPSAVGGAPPLHTP
.. . ...:. .. . . . : :.::.. :. : . : : :
XP_016 STVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSHPQMHTQPSPHPPHRPHGLPQH-P
290 300 310 320 330 340
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 STDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYHP-HQHHPHSHPAQQPPPPQPQAQ
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XP_016 QRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHHPNHQHQTLTH--QAPPPPQ-QVS
350 360 370 380 390
400 410 420 430 440 450
pF1KB4 GQAPINNTGFAFPSDWCSNIDSLKESFKMVNRLNWSSIEQSQFSELMESLRQAEQKNWTL
.. ..: :: ...: :::: .... .:::... :::. ::::.:::. :::.:
XP_016 CNSGVSN-------DWYATLDMLKESCRIASSVNWSDVDLSQFQGLMESMRQADLKNWSL
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500
pF1KB4 DQHHIANLCDSLNHFLTQTGHVPPQG--------GTHRPPAPAR-IADSCALTSGKQESA
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XP_016 DQVQFADLCSSLNQFFTQTGLIHSQSNVQQNVCHGAMHPTKPSQHIGTGNLYIDSRQNLP
460 470 480 490 500 510
510 520 530 540 550 560
pF1KB4 MSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPMYPIPTQDSAGYNRPAH--HMVP------RPSVPPPGAN
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XP_016 PSVMPPPGYPHIPQALSTPGTTM-------AGHHRAMNQQHMMPSQAFQMRRSLPP----
520 530 540 550 560
570
pF1KB4 EEIPDDFDWDLIT
..: :::::: :
XP_016 DDIQDDFDWDSIV
570
>>NP_001185781 (OMIM: 616035) forkhead box protein J3 is (588 aa)
initn: 1255 init1: 562 opt: 1265 Z-score: 550.3 bits: 111.8 E(85289): 6.5e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:16-587)
10 20 30 40
pF1KB4 MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPGSSRKCSPG
:.:.:::::::.:::::::.::.:.: ....: : :.: .
NP_001 MGLYGQACPSVTSLRMTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTGISKK---N
10 20 30 40 50
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 SPTDPNATLSKDEAAVHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWICDNFPYYKN
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NP_001 ALLDPNTTLDQEEVQQHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWICDNFPYYRE
60 70 80 90 100 110
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 AGIGWKNSIRHNLSLNKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI--SR-KRRHPPDDDL
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NP_001 AGSGWKNSIRHNLSLNKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKKRARSVERV
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 SQDSPEQEASKSPRGGVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGSVDGGAVAAGA
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NP_001 TLYNTDQDGSDSPR----SSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYTPVTSHPE--SVSQSL
180 190 200 210 220 230
230 240 250 260
pF1KB4 SGRESAEGPPPLYNT-NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS----------SSS
. ... : :: ..: .. .:: ::.::: :::.::::..:.: : :
NP_001 TPQQQ-----PQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQGLMNIPSES
240 250 260 270 280
270 280 290 300 310 320
pF1KB4 SQHGFSSLLGDIPPSNNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQPQQQQAPA
::.. .: . ::.. . ...:. .. . . . : :.::.. :.
NP_001 SQQSHTSCTYQHSPSSTVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSHPQMHTQPS
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
pF1KB4 QGPSAVGGAPPLHTPSTDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYHP-HQHHPH
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NP_001 PHPPHRPHGLPQH-PQRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHHPNHQHQTL
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
pF1KB4 SHPAQQPPPPQPQAQGQAPINNTGFAFPSDWCSNIDSLKESFKMVNRLNWSSIEQSQFSE
.: : ::::: :.. .. ..: :: ...: :::: .... .:::... :::.
NP_001 TH--QAPPPPQ-QVSCNSGVSN-------DWYATLDMLKESCRIASSVNWSDVDLSQFQG
410 420 430 440 450
450 460 470 480 490
pF1KB4 LMESLRQAEQKNWTLDQHHIANLCDSLNHFLTQTGHVPPQG--------GTHRPPAPAR-
::::.:::. :::.::: ..:.::.:::.:.:::: . :. :. .: :..
NP_001 LMESMRQADLKNWSLDQVQFADLCSSLNQFFTQTGLIHSQSNVQQNVCHGAMHPTKPSQH
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pF1KB4 IADSCALTSGKQESAMSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPMYPIPTQDSAGYNRPAH--HMVP-
:. . ...:. : . :.:. :. :. . ::..: . ::.:
NP_001 IGTGNLYIDSRQNLPPSVMPPPGYPHIPQALSTPGTTM-------AGHHRAMNQQHMMPS
520 530 540 550 560
560 570
pF1KB4 -----RPSVPPPGANEEIPDDFDWDLIT
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NP_001 QAFQMRRSLPP----DDIQDDFDWDSIV
570 580
>>XP_006710522 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead box pr (596 aa)
initn: 1255 init1: 562 opt: 1265 Z-score: 550.2 bits: 111.8 E(85289): 6.6e-24
Smith-Waterman score: 1285; 40.2% identity (64.4% similar) in 612 aa overlap (1-573:24-595)
10 20 30
pF1KB4 MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPG
:.:.:::::::.:::::::.::.:.: ....: :
XP_006 MSKVKLWINIPENQEDSIYWQCRMTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTG
10 20 30 40 50 60
40 50 60 70 80 90
pF1KB4 SSRKCSPGSPTDPNATLSKDEAAVHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWIC
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XP_006 ISKK---NALLDPNTTLDQEEVQQHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWIC
70 80 90 100 110
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pF1KB4 DNFPYYKNAGIGWKNSIRHNLSLNKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI--SR-KR
::::::..:: :::::::::::::::: :::: .:::::::::.::: : :. .: :.
XP_006 DNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSLNKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKK
120 130 140 150 160 170
160 170 180 190 200 210
pF1KB4 RHPPDDDLSQDSPEQEASKSPRGGVAGSGEASLPPEGNPQMSLQSPTSIASYSQGTGSVD
: . .. . .:..: ::: .: . :: .. ...:.: :. ::. :. .
XP_006 RARSVERVTLYNTDQDGSDSPR----SSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYTPVTSHPE
180 190 200 210 220 230
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pF1KB4 GGAVAAGASGRESAEGPPPLYNT-NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS-----
.:. . . ... : :: ..: .. .:: ::.::: :::.::::..:.:
XP_006 --SVSQSLTPQQQ-----PQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQG
240 250 260 270 280
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pF1KB4 -----SSSSQHGFSSLLGDIPPSNNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQ
: :::.. .: . ::.. . ...:. .. . . . : :.
XP_006 LMNIPSESSQQSHTSCTYQHSPSSTVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSH
290 300 310 320 330 340
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pF1KB4 PQQQQAPAQGPSAVGGAPPLHTPSTDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYH
::.. :. : . : : :. . : .: .. .: : .:: : :: .:
XP_006 PQMHTQPSPHPPHRPHGLPQH-PQRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHH
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pF1KB4 P-HQHHPHSHPAQQPPPPQPQAQGQAPINNTGFAFPSDWCSNIDSLKESFKMVNRLNWSS
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XP_006 PNHQHQTLTH--QAPPPPQ-QVSCNSGVSN-------DWYATLDMLKESCRIASSVNWSD
410 420 430 440 450
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pF1KB4 IEQSQFSELMESLRQAEQKNWTLDQHHIANLCDSLNHFLTQTGHVPPQG--------GTH
.. :::. ::::.:::. :::.::: ..:.::.:::.:.:::: . :. :.
XP_006 VDLSQFQGLMESMRQADLKNWSLDQVQFADLCSSLNQFFTQTGLIHSQSNVQQNVCHGAM
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pF1KB4 RPPAPAR-IADSCALTSGKQESAMSQVNSYGHPQAPHLYPGPSPMYPIPTQDSAGYNRPA
.: :.. :. . ...:. : . :.:. :. :. . ::..:
XP_006 HPTKPSQHIGTGNLYIDSRQNLPPSVMPPPGYPHIPQALSTPGTTM-------AGHHRAM
520 530 540 550 560
550 560 570
pF1KB4 H--HMVP------RPSVPPPGANEEIPDDFDWDLIT
. ::.: : :.:: ..: :::::: :
XP_006 NQQHMMPSQAFQMRRSLPP----DDIQDDFDWDSIV
570 580 590
>>XP_006710521 (OMIM: 616035) PREDICTED: forkhead box pr (607 aa)
initn: 1146 init1: 562 opt: 784 Z-score: 350.8 bits: 74.9 E(85289): 8.4e-13
Smith-Waterman score: 1232; 39.4% identity (62.7% similar) in 632 aa overlap (1-570:1-603)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MASDLESSLTSIDWLPQLTLRATIEKLGSASQAGPPGSSRKCSPGSPTDPNATLSKDEAA
:.:.:::::::.:::::::.::.:.: ....: : :.: .. :::.::...:.
XP_006 MTSELESSLTSMDWLPQLTMRAAIQKSDATQNAHGTGISKK---NALLDPNTTLDQEEVQ
10 20 30 40 50
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pF1KB4 VHQDGKPRYSYATLITYAINSSPAKKMTLSEIYRWICDNFPYYKNAGIGWKNSIRHNLSL
:.:::: ::::.:::.:::::: :::::::::.:::::::::..:: ::::::::::::
XP_006 QHKDGKPPYSYASLITFAINSSPKKKMTLSEIYQWICDNFPYYREAGSGWKNSIRHNLSL
60 70 80 90 100 110
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pF1KB4 NKCFRKVPRPRDDPGKGSYWTIDTCP--DI----SRKR-----RHPPDDDLSQDSPEQE-
:::: :::: .:::::::::.::: : :. .:: : ....:: .:
XP_006 NKCFLKVPRSKDDPGKGSYWAIDTNPKEDVLPTRPKKRARSVERASTPYSIDSDSLGMEC
120 130 140 150 160 170
170 180 190 200 210
pF1KB4 ---ASKSPRGGVAG-SGEASL---PPEGN--PQMSLQ---SPTSIASYSQGT-GSVDGGA
.: :: .. .....: .:. :. ::. : :.:: . .. ::: . .
XP_006 IISGSASPTLAINTVTNKVTLYNTDQDGSDSPRSSLNNSLSDQSLASVNLNSVGSVHSYT
180 190 200 210 220 230
220 230 240 250 260
pF1KB4 VAAGASGRESAEGPP---PLYNT-NHDFKFSYSEINFQDLSWSFRNLYKSMLEKS-----
... : : : :: ..: .. .:: ::.::: :::.::::..:.:
XP_006 PVTSHPESVSQSLTPQQQPQYNLPERDKQLLFSEYNFEDLSASFRSLYKSVFEQSLSQQG
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270 280 290 300 310
pF1KB4 -----SSSSQHGFSSLLGDIPPSNNY--YMYQQQQPPPPQQQQQQQQPPQPPPQQ---SQ
: :::.. .: . ::.. . ...:. .. . . . : :.
XP_006 LMNIPSESSQQSHTSCTYQHSPSSTVSTHPHSNQSSLSNSHGSGLNTTGSNSVAQVSLSH
300 310 320 330 340 350
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pF1KB4 PQQQQAPAQGPSAVGGAPPLHTPSTDGCTPPGGKQAGAEGYGPPPVMAMHPPPLQHGGYH
::.. :. : . : : :. . : .: .. .: : .:: : :: .:
XP_006 PQMHTQPSPHPPHRPHGLPQH-PQRSPHPAPHPQQH-SQLQSPHP---QHPSPHQHIQHH
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NP_001 M-------AGHHRAMNQQHMMPSQAFQMRRSLPP----DDIQDDFDWDSIV
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