Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB4019
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB4019, 430 aa
1>>>pF1KB4019 430 - 430 aa - 430 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0607+/-0.00089; mu= 16.3584+/- 0.055
mean_var=150.5831+/-32.289, 0's: 0 Z-trim(110.6): 83 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.104517
statistics sampled from 11682 (11766) to 11682 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.703), E-opt: 0.2 (0.361), width: 16
Scan time: 2.900
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 430) 2813 435.9 3.5e-122
CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 420) 2608 405.0 7e-113
CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 434) 2361 367.8 1.2e-101
CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 ( 347) 2182 340.7 1.3e-93
CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 359) 2071 324.0 1.5e-88
CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 ( 430) 1864 292.9 4.2e-79
CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 ( 351) 1823 286.6 2.7e-77
CCDS12406.1 PBX4 gene_id:80714|Hs108|chr19 ( 374) 1580 250.0 3e-66
>>CCDS1246.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (430 aa)
initn: 2813 init1: 2813 opt: 2813 Z-score: 2307.0 bits: 435.9 E(32554): 3.5e-122
Smith-Waterman score: 2813; 100.0% identity (100.0% similar) in 430 aa overlap (1-430:1-430)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATTPSSVTSPTEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS12 AQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATTPSSVTSPTEG
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB4 PGSVHSDTSN
::::::::::
CCDS12 PGSVHSDTSN
430
>>CCDS55653.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (420 aa)
initn: 2608 init1: 2608 opt: 2608 Z-score: 2140.1 bits: 405.0 E(32554): 7e-113
Smith-Waterman score: 2608; 100.0% identity (100.0% similar) in 400 aa overlap (1-400:1-400)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATTPSSVTSPTEG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISHLPRHPRQAHYHFRLPTWHP
370 380 390 400 410 420
430
pF1KB4 PGSVHSDTSN
>>CCDS6865.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (434 aa)
initn: 1266 init1: 1200 opt: 2361 Z-score: 1938.6 bits: 367.8 E(32554): 1.2e-101
Smith-Waterman score: 2361; 83.2% identity (93.9% similar) in 440 aa overlap (1-430:1-434)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI
::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.:::::
CCDS68 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADGD----GRKQDIGDILHQIMTI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL
::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: ::::::::::::
CCDS68 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN
::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.::::::::::::::::::
CCDS68 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS68 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280 290
pF1KB4 RRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKK
:::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS68 RRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSNWFGNKRIRYKK
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340 350
pF1KB4 NIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSA---HGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSV
::::::::::.:::::::::... : ...:.:::.:::: :::.:::. ::::.::..
CCDS68 NIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNS-GSSGSFNLPNSGDMFMNM
300 310 320 330 340 350
360 370 380 390 400 410
pF1KB4 QSLNGDSYQGAQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATT
::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::.....:::....::::::::::
CCDS68 QSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNLNANGGWQDATT
360 370 380 390 400 410
420 430
pF1KB4 PSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
::::::::::::::::::::
CCDS68 PSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
420 430
>>CCDS55654.1 PBX1 gene_id:5087|Hs108|chr1 (347 aa)
initn: 2292 init1: 2182 opt: 2182 Z-score: 1793.9 bits: 340.7 E(32554): 1.3e-93
Smith-Waterman score: 2182; 99.1% identity (99.4% similar) in 337 aa overlap (1-337:1-337)
10 20 30 40 50 60
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTITDQSLDE
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB4 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 AQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLLAEGVAGP
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB4 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 EKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACNEFTTHVM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB4 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDARRKRRNF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB4 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS55 NKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRIRYKKNIGKFQE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB4 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMSVQSLNGDSYQG
:::::::::::::::::::::::::::::::::. :
CCDS55 EANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGGYPSPCYQPDRRIQ
310 320 330 340
370 380 390 400 410 420
pF1KB4 AQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDATTPSSVTSPTEG
>>CCDS48021.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (359 aa)
initn: 1200 init1: 1200 opt: 2071 Z-score: 1703.2 bits: 324.0 E(32554): 1.5e-88
Smith-Waterman score: 2071; 88.1% identity (97.5% similar) in 361 aa overlap (73-430:1-359)
50 60 70 80 90 100
pF1KB4 IGDILQQIMTITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTD
::::::.::::::::: :::::::::.: :
CCDS48 MKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPD
10 20 30
110 120 130 140 150 160
pF1KB4 PQLMRLDNMLLAEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYH
:::::::::::::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.:::::::
CCDS48 PQLMRLDNMLLAEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYH
40 50 60 70 80
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 TELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::
CCDS48 TELEKYEQACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEA
90 100 110 120 130 140
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 VMILRSRFLDARRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSN
::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::
CCDS48 VMILRSRFLDARRKRRNFSKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCSITVSQVSN
150 160 170 180 190 200
290 300 310 320 330
pF1KB4 WFGNKRIRYKKNIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSA---HGSQANSPSTPNSAGSSSSFN
:::::::::::::::::::::.:::::::::... : ...:.:::.:::: :::.:::
CCDS48 WFGNKRIRYKKNIGKFQEEANLYAAKTAVTAAHAVAAAVQNNQTNSPTTPNS-GSSGSFN
210 220 230 240 250 260
340 350 360 370 380 390
pF1KB4 MSNSGDLFMSVQSLNGDSYQGAQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGI
. ::::.::..::::::::::.:::::::::::::::::.:::::::::.....:::...
CCDS48 LPNSGDMFMNMQSLNGDSYQGSQVGANVQSQVDTLRHVINQTGGYSDGLGGNSLYSPHNL
270 280 290 300 310 320
400 410 420 430
pF1KB4 SANGGWQDATTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
.::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 NANGGWQDATTPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
330 340 350
>>CCDS4748.1 PBX2 gene_id:5089|Hs108|chr6 (430 aa)
initn: 2181 init1: 1142 opt: 1864 Z-score: 1533.7 bits: 292.9 E(32554): 4.2e-79
Smith-Waterman score: 2114; 78.8% identity (91.9% similar) in 419 aa overlap (15-430:23-430)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHPGLSQHLQDGAGGTEG-EGGR-KQDIGDILQQI
: : :: : .::. : ::: :::::::::::
CCDS47 MDERLLGPPPPGGGRGGLGLVSGEPGGPGEPPGGGDPGGGSGGVPGGRGKQDIGDILQQI
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 MTITDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDN
:::::::::::::.::::::::::::::.::::::::: ::::..:::::.:::::::::
CCDS47 MTITDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRSSQEEEPVDPQLMRLDN
70 80 90 100 110 120
120 130 140 150 160
pF1KB4 MLLAEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGS-DNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYE
::::::::::::::::::::::::::::. : :::.::::::.::.:::.:::.::::::
CCDS47 MLLAEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGGVSPDNSIEHSDYRSKLAQIRHIYHSELEKYE
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
pF1KB4 QACNEFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSR
::::::::::::::::::::::..:::.::::::::::::.:::::::::::::::::::
CCDS47 QACNEFTTHVMNLLREQSRTRPVAPKEMERMVSIIHRKFSAIQMQLKQSTCEAVMILRSR
190 200 210 220 230 240
230 240 250 260 270 280
pF1KB4 FLDARRKRRNFNKQATEILNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRI
:::::::::::.:::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS47 FLDARRKRRNFSKQATEVLNEYFYSHLSNPYPSEEAKEELAKKCGITVSQVSNWFGNKRI
250 260 270 280 290 300
290 300 310 320 330 340
pF1KB4 RYKKNIGKFQEEANIYAAKTAVTATNVSAHGSQANSPSTPNSAGSSSSFNMSNSGDLFMS
:::::::::::::::::.::::..:. ..: :...::. :.::::..:::.:.:::.:..
CCDS47 RYKKNIGKFQEEANIYAVKTAVSVTQ-GGH-SRTSSPTPPSSAGSGGSFNLSGSGDMFLG
310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KB4 VQSLNGDSYQGAQVGANVQSQVDTLRHVISQTGGYSDGLAASQMYSPQGISANGGWQDAT
. .::::::.. :::..::: .. :::.:.:...:::::. . :::.::.:.
CCDS47 MPGLNGDSYSA--------SQVESLRHSMGP-GGYGDNLGGGQMYSPREMRANGSWQEAV
360 370 380 390 400
410 420 430
pF1KB4 TPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
:::::::::::::::::::::
CCDS47 TPSSVTSPTEGPGSVHSDTSN
410 420 430
>>CCDS83416.1 PBX3 gene_id:5090|Hs108|chr9 (351 aa)
initn: 2045 init1: 1190 opt: 1823 Z-score: 1501.2 bits: 286.6 E(32554): 2.7e-77
Smith-Waterman score: 1823; 81.8% identity (91.5% similar) in 352 aa overlap (1-342:1-347)
10 20 30 40 50
pF1KB4 MDEQPRLMHSHAGVGMAGHP---GLS----QHLQDGAGGTEGEGGRKQDIGDILQQIMTI
::.: :.... :::..::: :.. : ..:: : ::::::::::.:::::
CCDS83 MDDQSRMLQTLAGVNLAGHSVQGGMALPPPPHGHEGADG----DGRKQDIGDILHQIMTI
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KB4 TDQSLDEAQARKHALNCHRMKPALFNVLCEIKEKTVLSIRGAQEEEPTDPQLMRLDNMLL
::::::::::.::::::::::::::.::::::::: :::::::::.: ::::::::::::
CCDS83 TDQSLDEAQAKKHALNCHRMKPALFSVLCEIKEKTGLSIRGAQEEDPPDPQLMRLDNMLL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KB4 AEGVAGPEKGGGSAAAAAAAAASGGAGSDNSVEHSDYRAKLSQIRQIYHTELEKYEQACN
::::.::::::::::::::::::::. ::::.:::::::::.::::::::::::::::::
CCDS83 AEGVSGPEKGGGSAAAAAAAAASGGS-SDNSIEHSDYRAKLTQIRQIYHTELEKYEQACN
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KB4 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVSIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS83 EFTTHVMNLLREQSRTRPISPKEIERMVGIIHRKFSSIQMQLKQSTCEAVMILRSRFLDA
180 190 200 210 220 230
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