Result of FASTA (ccds) for
pFN21AB3844
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB3844, 674 aa
1>>>pF1KB3844 674 - 674 aa - 674 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2669+/-0.00125; mu= 14.9090+/- 0.075
mean_var=109.1860+/-22.231, 0's: 0 Z-trim(104.2): 194 B-trim: 326 in 1/49
Lambda= 0.122741
statistics sampled from 7561 (7790) to 7561 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.239), width: 16
Scan time: 2.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 ( 674) 4426 795.6 0
CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 ( 649) 2479 450.8 2.8e-126
CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 ( 660) 1835 336.8 6.1e-92
CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 581) 439 89.5 1.4e-17
CCDS46984.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 ( 587) 439 89.5 1.5e-17
CCDS31464.1 LRRC4C gene_id:57689|Hs108|chr11 ( 640) 427 87.4 6.8e-17
CCDS47218.1 LRRC70 gene_id:100130733|Hs108|chr5 ( 622) 425 87.1 8.5e-17
CCDS46347.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 518) 408 84.0 6e-16
CCDS74530.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 519) 408 84.0 6e-16
CCDS33920.1 CPN2 gene_id:1370|Hs108|chr3 ( 545) 408 84.0 6.2e-16
CCDS46346.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 590) 408 84.0 6.6e-16
CCDS82475.1 LRRTM4 gene_id:80059|Hs108|chr2 ( 591) 408 84.0 6.6e-16
CCDS30976.1 FMOD gene_id:2331|Hs108|chr1 ( 376) 394 81.4 2.6e-15
CCDS42595.1 LRRC4B gene_id:94030|Hs108|chr19 ( 713) 394 81.6 4.2e-15
CCDS54226.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 510) 386 80.1 8.8e-15
CCDS12300.1 PODNL1 gene_id:79883|Hs108|chr19 ( 512) 386 80.1 8.8e-15
CCDS9037.1 KERA gene_id:11081|Hs108|chr12 ( 352) 382 79.2 1.1e-14
CCDS55601.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 519) 378 78.7 2.4e-14
CCDS55602.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 642) 378 78.7 2.8e-14
CCDS573.1 PODN gene_id:127435|Hs108|chr1 ( 661) 378 78.8 2.9e-14
CCDS56578.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 643) 355 74.7 4.7e-13
CCDS6698.1 ECM2 gene_id:1842|Hs108|chr9 ( 699) 355 74.7 5e-13
CCDS14680.1 SLITRK2 gene_id:84631|Hs108|chrX ( 845) 351 74.1 9.5e-13
CCDS14721.1 BGN gene_id:633|Hs108|chrX ( 368) 345 72.7 1e-12
CCDS5799.1 LRRC4 gene_id:64101|Hs108|chr7 ( 653) 348 73.4 1.1e-12
CCDS1438.1 PRELP gene_id:5549|Hs108|chr1 ( 382) 340 71.8 2e-12
CCDS9039.1 DCN gene_id:1634|Hs108|chr12 ( 359) 338 71.5 2.4e-12
CCDS9465.1 SLITRK5 gene_id:26050|Hs108|chr13 ( 958) 344 72.9 2.5e-12
CCDS12130.1 LRG1 gene_id:116844|Hs108|chr19 ( 347) 336 71.1 3e-12
CCDS2876.1 LRTM1 gene_id:57408|Hs108|chr3 ( 345) 325 69.1 1.2e-11
CCDS7453.1 SLIT1 gene_id:6585|Hs108|chr10 (1534) 334 71.2 1.2e-11
CCDS14679.1 SLITRK4 gene_id:139065|Hs108|chrX ( 837) 327 69.8 1.8e-11
CCDS75111.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1521) 328 70.2 2.5e-11
CCDS75110.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1525) 328 70.2 2.5e-11
CCDS43276.1 RXFP1 gene_id:59350|Hs108|chr4 ( 757) 322 68.9 3.1e-11
CCDS14256.1 NYX gene_id:60506|Hs108|chrX ( 481) 319 68.2 3.1e-11
CCDS3426.1 SLIT2 gene_id:9353|Hs108|chr4 (1529) 326 69.8 3.2e-11
CCDS4369.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1523) 325 69.6 3.6e-11
CCDS64311.1 SLIT3 gene_id:6586|Hs108|chr5 (1530) 325 69.6 3.6e-11
>>CCDS8057.1 FLRT1 gene_id:23769|Hs108|chr11 (674 aa)
initn: 4426 init1: 4426 opt: 4426 Z-score: 4243.5 bits: 795.6 E(32554): 0
Smith-Waterman score: 4426; 100.0% identity (100.0% similar) in 674 aa overlap (1-674:1-674)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPGLR
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB3 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 LPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVGSI
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB3 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 TETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSYGPTTTLN
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB3 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 QEQNAGPMASLPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGSRKKDDY
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB3 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS80 MESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTIGYGTTRG
610 620 630 640 650 660
670
pF1KB3 YRDGGIPDIDYSYT
::::::::::::::
CCDS80 YRDGGIPDIDYSYT
670
>>CCDS13121.1 FLRT3 gene_id:23767|Hs108|chr20 (649 aa)
initn: 2568 init1: 1535 opt: 2479 Z-score: 2380.5 bits: 450.8 E(32554): 2.8e-126
Smith-Waterman score: 2479; 58.7% identity (82.2% similar) in 651 aa overlap (34-674:6-649)
10 20 30 40 50
pF1KB3 AHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDW-LFLCYGLIAFLTEV----IDSTTCPSVC
: .:: :... .: . . .:::::
CCDS13 MISAAWSIFLIGTKIGLFLQVAPLSVMAKSCPSVC
10 20 30
60 70 80 90 100 110
pF1KB3 RCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDL
::: :::::::: :::::. ::.::::::::::::::::::.:::. ..:. ::::.:.:
CCDS13 RCDAGFIYCNDRFLTSIPTGIPEDATTLYLQNNQINNAGIPSDLKNLLKVERIYLYHNSL
40 50 60 70 80 90
120 130 140 150 160 170
pF1KB3 DEFPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQ
:::: :::. ..:::::.::.:::. :::..:: ::.:::::::::.::::: :: ::.
CCDS13 DEFPTNLPKYVKELHLQENNIRTITYDSLSKIPYLEELHLDDNSVSAVSIEEGAFRDSNY
100 110 120 130 140 150
180 190 200 210 220 230
pF1KB3 LKLLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQR
:.::::::::::.:: :::.:.::::::::::::: ...::.::.::::::::: :.
CCDS13 LRLLFLSRNHLSTIPWGLPRTIEELRLDDNRISTISSPSLQGLTSLKRLVLDGNLLNNHG
160 170 180 190 200 210
240 250 260 270 280 290
pF1KB3 IADDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELER
..: .: : ::::::::::::.: :.:::...:.::::::: :...: :... .:.: :
CCDS13 LGDKVFFNLVNLTELSLVRNSLTAAPVNLPGTNLRKLYLQDNHINRVPPNAFSYLRQLYR
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB3 LDLSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQ
::.:::::..::.:.:::: :..::.::::::.:::.. :.:::... . :::::::::
CCDS13 LDMSNNNLSNLPQGIFDDLDNITQLILRNNPWYCGCKMKWVRDWLQSLPVKVNVRGLMCQ
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400 410
pF1KB3 GPEKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQGGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKRPG
.:::::::::::...:. .: ..: .... ::: . .. ::. . .:.:
CCDS13 APEKVRGMAIKDLNAELFDCKDSG----IVSTIQITTAIPN-TVYPAQGQWPAPVTKQPD
340 350 360 370 380 390
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 LRLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSPAVG
.. : . :. . . . ::..: ::..:.:.:.:.:: .:: ...:::::.:::::: :
CCDS13 IKNPKLTKDHQTTGSPSRKTITITVKSVTSDTIHISWKLALPMTALRLSWLKLGHSPAFG
400 410 420 430 440 450
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 SITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETAD--SYGPT
:::::.: :...:::.::::: : : .::: ::::: :. :::::: ..::: :.::
CCDS13 SITETIVTGERSEYLVTALEPDSPYKVCMVPMETSNLYLFDETPVCIETETAPLRMYNPT
460 470 480 490 500 510
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 TTLNQEQNAGPMAS--LPLAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAYNRGS
::::.::. :. . ::::.::::::::: . : :. .:::::. : :..:. ::..:
CCDS13 TTLNREQEKEPYKNPNLPLAAIIGGAVALVTIAL-LALVCWYVHRNGSLFSRNCAYSKGR
520 530 540 550 560
600 610 620 630 640 650
pF1KB3 RKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPI-NPYRAKEEYVVHTIFPSNGSSLCKATHTI
:.:::: :.:::::::::::: ..::::: : .:::.:.::::: :: .: : .:.
CCDS13 RRKDDYAEAGTKKDNSILEIRETSFQMLPISNEPISKEEFVIHTIFPPNGMNLYKNNHSE
570 580 590 600 610 620
660 670
pF1KB3 GYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
. ...:.:::.:::: :.:..
CCDS13 S-SSNRSYRDSGIPDSDHSHS
630 640
>>CCDS9877.1 FLRT2 gene_id:23768|Hs108|chr14 (660 aa)
initn: 1879 init1: 1332 opt: 1835 Z-score: 1764.1 bits: 336.8 E(32554): 6.1e-92
Smith-Waterman score: 1835; 44.0% identity (73.7% similar) in 655 aa overlap (31-674:16-660)
10 20 30 40 50 60
pF1KB3 MVVAHPTATATTTPTATVTATVVMTTATMDLRDWLFLCYGLIAFLTEVIDSTTCPSVCRC
:..::.. :: . ..... .:::::::
CCDS98 MGLQTTKWPSHGAFFLKSWLIISLGLYSQVSKLL---ACPSVCRC
10 20 30 40
70 80 90 100 110 120
pF1KB3 DNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDATTLYLQNNQINNAGIPQDLKTKVNVQVIYLYENDLDE
: .:.:::.:.:::.: ::. .:.:::.::::::::.: .:.. .:...::: :.:::
CCDS98 DRNFVYCNERSLTSVPLGIPEGVTVLYLHNNQINNAGFPAELHNVQSVHTVYLYGNQLDE
50 60 70 80 90 100
130 140 150 160 170 180
pF1KB3 FPINLPRSLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHLDDNSVSTVSIEEDAFADSKQLK
::.:::...: ::::.::..::.: .::.. ::.:::::::.:::..:. :: .. .::
CCDS98 FPMNLPKNVRVLHLQENNIQTISRAALAQLLKLEELHLDDNSISTVGVEDGAFREAISLK
110 120 130 140 150 160
190 200 210 220 230 240
pF1KB3 LLFLSRNHLSSIPSGLPHTLEELRLDDNRISTIPLHAFKGLNSLRRLVLDGNLLANQRIA
:::::.:::::.: ::: :.:::.:.:::..: ::..:.::.::..:::::.:. ::
CCDS98 LLFLSKNHLSSVPVGLPVDLQELRVDENRIAVISDMAFQNLTSLERLIVDGNLLTNKGIA
170 180 190 200 210 220
250 260 270 280 290 300
pF1KB3 DDTFSRLQNLTELSLVRNSLAAPPLNLPSAHLQKLYLQDNAISHIPYNTLAKMRELERLD
. :::.: .: :.:.:::::. :: .::..:: .:::::: :.::: ......:.:::::
CCDS98 EGTFSHLTKLKEFSIVRNSLSHPPPDLPGTHLIRLYLQDNQINHIPLTAFSNLRKLERLD
230 240 250 260 270 280
310 320 330 340 350 360
pF1KB3 LSNNNLTTLPRGLFDDLGNLAQLLLRNNPWFCGCNLMWLRDWVKARAAVVNVRGLMCQGP
.:::.: : .:.::.:.:: :: ::::::: :.. :. .:.: . .::::.:::::
CCDS98 ISNNQLRMLTQGVFDNLSNLKQLTARNNPWFCDCSIKWVTEWLKYIPSSLNVRGFMCQGP
290 300 310 320 330 340
370 380 390 400 410
pF1KB3 EKVRGMAIKDITSEMDECFETGPQ----GGVANAAAKTTASNHASATTPQGSLFTLKAKR
:.:::::..... .. : : : . ..:. :: : .:. :
CCDS98 EQVRGMAVRELNMNLLSCPTTTPGLPLFTPAPSTASPTTQPPTLSIPNPSRSYTPPTPTT
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450 460 470
pF1KB3 PGL-RLPDSNIDYPMATGDGAKTLAIHVKALTADSIRITWKATLPASSFRLSWLRLGHSP
: .:: . .: .. . . .. .. ::...: . . . ...:.:...:::
CCDS98 SKLPTIPDWD-GRERVTPPISERIQLSIHFVNDTSIQVSWLSLFTVMAYKLTWVKMGHSL
410 420 430 440 450 460
480 490 500 510 520 530
pF1KB3 AVGSITETLVQGDKTEYLLTALEPKSTYIICMVTMETSNAYVADETPVCAKAETADSY--
. : . : .:.:.: . :. :::.::: ::.: ... : : : : .:..: : ::
CCDS98 VGGIVQERIVSGEKQHLSLVNLEPRSTYRICLVPLDAFN-YRAVEDTICSEATTHASYLN
470 480 490 500 510 520
540 550 560 570 580 590
pF1KB3 -GPTTTLNQEQNAGPMASLP--LAGIIGGAVALVFLFLVLGAICWYVHQAGELLTRERAY
: .:. ..::... . : :::.::::: .:.. : :...::..:. :. ... :
CCDS98 NGSNTASSHEQTTSHSMGSPFLLAGLIGGAVIFVLVVL-LSVFCWHMHKKGRYTSQKWKY
530 540 550 560 570
600 610 620 630 640
pF1KB3 NRGSRKKDDYMESGTKKDNSILEIRGPGLQMLPINPYRA-KEEYVVHTIFPSNGSSLCKA
::: :.:::: :.::::::::::. ..:.. .: . : .. .. :. ::.
CCDS98 NRG-RRKDDYCEAGTKKDNSILEMTETSFQIVSLNNDQLLKGDFRLQPIYTPNGGINYTD
580 590 600 610 620 630
650 660 670
pF1KB3 THTIGYGTTRGYRDGGIPDIDYSYT
: .. : : ....::... .:
CCDS98 CHIP--NNMR-YCNSSVPDLEHCHT
640 650 660
>>CCDS3306.1 LRRC15 gene_id:131578|Hs108|chr3 (581 aa)
initn: 903 init1: 238 opt: 439 Z-score: 428.8 bits: 89.5 E(32554): 1.4e-17
Smith-Waterman score: 442; 32.7% identity (63.1% similar) in 306 aa overlap (79-368:164-464)
50 60 70 80 90 100
pF1KB3 IDSTTCPSVCRCDNGFIYCNDRGLTSIPADIPDDA-------TTLYLQNNQINNAGIPQD
::: : : : : .:.... . :.
CCDS33 SNQLLQIQPAHFSQCSNLKELQLHGNHLEYIPDGAFDHLVGLTKLNLGKNSLTHIS-PRV
140 150 160 170 180 190
110 120 130 140 150
pF1KB3 LKTKVNVQVIYLYENDLDEFPINLPR---SLRELHLQDNNVRTIARDSLARIPLLEKLHL
.. :.::. :::: : ..:.. .:.:: ::.:.. .. . :..:.:
CCDS33 FQHLGNLQVLRLYENRLTDIPMGTFDGLVNLQELALQQNQIGLLSPGLFHNNHNLQRLYL
200 210 220 230 240 250
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CCDS74 GAEQEYEHVSFHKIIAGSVALFLSVAMILLVIYVSWK-RYPASMKQLQQHSLMKRRRKKA
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CCDS74 RESERQMNSPLQEYYVDYKPTNSETMDISVNGSGPCTYTISGSRECEV
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CCDS33 AQNLLAQLPEELFHPLTSLQTLKLSNNALSGLPQGVFGKLGSLQELFLDSNNISE--LPP
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CCDS33 QVFSQLFCLERLWLQRNAITHLPLSIFASLGNLTFLSLQWNMLRVLPAGLFAHTPCLVGL
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